MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Helicobacter pylori Rif1 chromosome

Total Repeats: 1132

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018937	TAAAA	2	10	914	923	80 %	20 %	0 %	0 %	410023238
2	NC_018937	TAAAA	2	10	1807	1816	80 %	20 %	0 %	0 %	410023239
3	NC_018937	TTGAT	2	10	6052	6061	20 %	60 %	20 %	0 %	410023244
4	NC_018937	TTTCT	2	10	8385	8394	0 %	80 %	0 %	20 %	410023245
5	NC_018937	TGCCA	2	10	11857	11866	20 %	20 %	20 %	40 %	410023248
6	NC_018937	TTGAA	2	10	11897	11906	40 %	40 %	20 %	0 %	410023248
7	NC_018937	TTTTG	2	10	11913	11922	0 %	80 %	20 %	0 %	410023248
8	NC_018937	TGGTG	2	10	12748	12757	0 %	40 %	60 %	0 %	410023249
9	NC_018937	CAAAA	2	10	18638	18647	80 %	0 %	0 %	20 %	410023254
10	NC_018937	TGAAA	2	10	20982	20991	60 %	20 %	20 %	0 %	410023256
11	NC_018937	TAAAG	2	10	21687	21696	60 %	20 %	20 %	0 %	410023257
12	NC_018937	CCATG	2	10	23437	23446	20 %	20 %	20 %	40 %	410023259
13	NC_018937	CAAGC	2	10	28246	28255	40 %	0 %	20 %	40 %	410023261
14	NC_018937	TGGGT	2	10	28683	28692	0 %	40 %	60 %	0 %	410023261
15	NC_018937	TTTTA	2	10	29177	29186	20 %	80 %	0 %	0 %	410023262
16	NC_018937	GTTTC	2	10	30491	30500	0 %	60 %	20 %	20 %	410023264
17	NC_018937	TCAAA	2	10	31006	31015	60 %	20 %	0 %	20 %	410023264
18	NC_018937	TTTTC	2	10	31176	31185	0 %	80 %	0 %	20 %	410023264
19	NC_018937	TCATA	2	10	31648	31657	40 %	40 %	0 %	20 %	410023264
20	NC_018937	GTGGG	2	10	34133	34142	0 %	20 %	80 %	0 %	410023267
21	NC_018937	AGCCT	2	10	39551	39560	20 %	20 %	20 %	40 %	410023274
22	NC_018937	AAGCC	2	10	41149	41158	40 %	0 %	20 %	40 %	410023275
23	NC_018937	CAAAC	2	10	41790	41799	60 %	0 %	0 %	40 %	410023275
24	NC_018937	AGAAA	2	10	42476	42485	80 %	0 %	20 %	0 %	410023276
25	NC_018937	TACTC	2	10	43329	43338	20 %	40 %	0 %	40 %	410023277
26	NC_018937	TAAAA	2	10	45758	45767	80 %	20 %	0 %	0 %	410023279
27	NC_018937	TCCCA	2	10	46770	46779	20 %	20 %	0 %	60 %	410023280
28	NC_018937	TGCCT	2	10	49883	49892	0 %	40 %	20 %	40 %	410023282
29	NC_018937	GATTG	2	10	52111	52120	20 %	40 %	40 %	0 %	410023285
30	NC_018937	TGCTT	2	10	52166	52175	0 %	60 %	20 %	20 %	410023285
31	NC_018937	CTTGA	2	10	52582	52591	20 %	40 %	20 %	20 %	410023286
32	NC_018937	CAACA	2	10	52621	52630	60 %	0 %	0 %	40 %	410023286
33	NC_018937	AAATA	2	10	53404	53413	80 %	20 %	0 %	0 %	410023286
34	NC_018937	CCAAA	2	10	53737	53746	60 %	0 %	0 %	40 %	410023287
35	NC_018937	TAAAA	2	10	55788	55797	80 %	20 %	0 %	0 %	410023287
36	NC_018937	ATCAA	2	10	55819	55828	60 %	20 %	0 %	20 %	410023287
37	NC_018937	TGAAA	2	10	56548	56557	60 %	20 %	20 %	0 %	410023288
38	NC_018937	TCAAA	2	10	56802	56811	60 %	20 %	0 %	20 %	410023288
39	NC_018937	CAGCA	2	10	57749	57758	40 %	0 %	20 %	40 %	410023289
40	NC_018937	TAAAA	2	10	59841	59850	80 %	20 %	0 %	0 %	410023289
41	NC_018937	TCAAA	2	10	60557	60566	60 %	20 %	0 %	20 %	410023289
42	NC_018937	TATCC	2	10	65037	65046	20 %	40 %	0 %	40 %	410023293
43	NC_018937	GGTGG	2	10	70511	70520	0 %	20 %	80 %	0 %	410023299
44	NC_018937	ACACC	2	10	71183	71192	40 %	0 %	0 %	60 %	410023299
45	NC_018937	TCAAT	2	10	73688	73697	40 %	40 %	0 %	20 %	410023302
46	NC_018937	TTTCT	2	10	74225	74234	0 %	80 %	0 %	20 %	410023303
47	NC_018937	CTTGG	2	10	74488	74497	0 %	40 %	40 %	20 %	410023303
48	NC_018937	CTTCT	2	10	74542	74551	0 %	60 %	0 %	40 %	410023303
49	NC_018937	TGCCT	2	10	74619	74628	0 %	40 %	20 %	40 %	410023303
50	NC_018937	TCCAA	2	10	75031	75040	40 %	20 %	0 %	40 %	410023304
51	NC_018937	TTTTG	2	10	78313	78322	0 %	80 %	20 %	0 %	410023308
52	NC_018937	ACGCC	2	10	78619	78628	20 %	0 %	20 %	60 %	410023308
53	NC_018937	AAAGC	2	10	79385	79394	60 %	0 %	20 %	20 %	410023309
54	NC_018937	GTATG	2	10	84898	84907	20 %	40 %	40 %	0 %	410023314
55	NC_018937	CCTCA	2	10	86914	86923	20 %	20 %	0 %	60 %	410023316
56	NC_018937	ATCTT	2	10	88013	88022	20 %	60 %	0 %	20 %	410023316
57	NC_018937	TGGCT	2	10	88554	88563	0 %	40 %	40 %	20 %	410023316
58	NC_018937	ATGCC	2	10	88978	88987	20 %	20 %	20 %	40 %	410023317
59	NC_018937	TTGAT	2	10	90024	90033	20 %	60 %	20 %	0 %	410023319
60	NC_018937	GGCGT	2	10	91838	91847	0 %	20 %	60 %	20 %	410023321
61	NC_018937	CTTTC	2	10	95403	95412	0 %	60 %	0 %	40 %	410023323
62	NC_018937	TTTGA	2	10	98197	98206	20 %	60 %	20 %	0 %	410023326
63	NC_018937	TCTTT	2	10	98408	98417	0 %	80 %	0 %	20 %	410023326
64	NC_018937	GGCTT	2	10	99528	99537	0 %	40 %	40 %	20 %	410023328
65	NC_018937	GAATT	2	10	106322	106331	40 %	40 %	20 %	0 %	410023334
66	NC_018937	TCGTT	2	10	108220	108229	0 %	60 %	20 %	20 %	410023335
67	NC_018937	TCTTT	2	10	111524	111533	0 %	80 %	0 %	20 %	410023338
68	NC_018937	TAGGC	2	10	113126	113135	20 %	20 %	40 %	20 %	410023339
69	NC_018937	AAAGC	2	10	114313	114322	60 %	0 %	20 %	20 %	410023340
70	NC_018937	GAATG	2	10	115544	115553	40 %	20 %	40 %	0 %	410023342
71	NC_018937	CAAAT	2	10	116867	116876	60 %	20 %	0 %	20 %	410023343
72	NC_018937	ACCCT	2	10	118295	118304	20 %	20 %	0 %	60 %	410023344
73	NC_018937	ATGCC	2	10	118427	118436	20 %	20 %	20 %	40 %	410023344
74	NC_018937	TGATT	2	10	120589	120598	20 %	60 %	20 %	0 %	410023346
75	NC_018937	AAGCC	2	10	126992	127001	40 %	0 %	20 %	40 %	410023351
76	NC_018937	TTGAT	2	10	128821	128830	20 %	60 %	20 %	0 %	410023352
77	NC_018937	TTGAT	2	10	131947	131956	20 %	60 %	20 %	0 %	410023354
78	NC_018937	CTGAT	2	10	132122	132131	20 %	40 %	20 %	20 %	410023354
79	NC_018937	TTTGA	2	10	133187	133196	20 %	60 %	20 %	0 %	410023355
80	NC_018937	GACTT	2	10	133721	133730	20 %	40 %	20 %	20 %	410023355
81	NC_018937	ATCTC	2	10	134472	134481	20 %	40 %	0 %	40 %	410023355
82	NC_018937	TTTGT	2	10	134986	134995	0 %	80 %	20 %	0 %	410023356
83	NC_018937	GAAAA	2	10	137179	137188	80 %	0 %	20 %	0 %	410023358
84	NC_018937	GAAAA	2	10	137497	137506	80 %	0 %	20 %	0 %	410023358
85	NC_018937	ATTTT	2	10	140454	140463	20 %	80 %	0 %	0 %	410023364
86	NC_018937	ATGTT	2	10	140536	140545	20 %	60 %	20 %	0 %	410023364
87	NC_018937	AAAAG	2	10	140948	140957	80 %	0 %	20 %	0 %	410023364
88	NC_018937	AAATC	2	10	143247	143256	60 %	20 %	0 %	20 %	410023366
89	NC_018937	AAAAT	2	10	144719	144728	80 %	20 %	0 %	0 %	410023367
90	NC_018937	TTTTC	2	10	147074	147083	0 %	80 %	0 %	20 %	410023370
91	NC_018937	GTAAA	2	10	147626	147635	60 %	20 %	20 %	0 %	410023371
92	NC_018937	TTCTT	2	10	149030	149039	0 %	80 %	0 %	20 %	410023372
93	NC_018937	TCTTT	2	10	149524	149533	0 %	80 %	0 %	20 %	410023373
94	NC_018937	TTTTG	2	10	150697	150706	0 %	80 %	20 %	0 %	410023374
95	NC_018937	GCGAT	2	10	151490	151499	20 %	20 %	40 %	20 %	410023374
96	NC_018937	GCTTG	2	10	151746	151755	0 %	40 %	40 %	20 %	410023374
97	NC_018937	GTCCA	2	10	152358	152367	20 %	20 %	20 %	40 %	410023375
98	NC_018937	TTTTG	2	10	152406	152415	0 %	80 %	20 %	0 %	410023375
99	NC_018937	CCAAA	2	10	154246	154255	60 %	0 %	0 %	40 %	410023376
100	NC_018937	TAAGG	2	10	155306	155315	40 %	20 %	40 %	0 %	410023377
101	NC_018937	ACGCC	2	10	157770	157779	20 %	0 %	20 %	60 %	410023379
102	NC_018937	TTATT	2	10	159665	159674	20 %	80 %	0 %	0 %	410023383
103	NC_018937	GCGTT	2	10	160023	160032	0 %	40 %	40 %	20 %	410023385
104	NC_018937	ATTTG	2	10	160999	161008	20 %	60 %	20 %	0 %	410023386
105	NC_018937	AGATT	2	10	165517	165526	40 %	40 %	20 %	0 %	410023391
106	NC_018937	AAGCC	2	10	166856	166865	40 %	0 %	20 %	40 %	410023394
107	NC_018937	TGGCG	2	10	167530	167539	0 %	20 %	60 %	20 %	410023394
108	NC_018937	GGCAT	2	10	168671	168680	20 %	20 %	40 %	20 %	410023395
109	NC_018937	ATTTT	2	10	168907	168916	20 %	80 %	0 %	0 %	410023396
110	NC_018937	GGGTG	2	10	169263	169272	0 %	20 %	80 %	0 %	410023396
111	NC_018937	ATTCA	2	10	170783	170792	40 %	40 %	0 %	20 %	410023397
112	NC_018937	ATCTT	2	10	174185	174194	20 %	60 %	0 %	20 %	410023400
113	NC_018937	ATATT	2	10	181586	181595	40 %	60 %	0 %	0 %	410023409
114	NC_018937	TGGGG	2	10	182823	182832	0 %	20 %	80 %	0 %	410023411
115	NC_018937	ATTTG	2	10	183600	183609	20 %	60 %	20 %	0 %	410023411
116	NC_018937	AATTG	2	10	183756	183765	40 %	40 %	20 %	0 %	410023412
117	NC_018937	AAATG	2	10	185131	185140	60 %	20 %	20 %	0 %	410023413
118	NC_018937	TGTAA	2	10	185921	185930	40 %	40 %	20 %	0 %	410023414
119	NC_018937	ATAAA	2	10	187417	187426	80 %	20 %	0 %	0 %	410023415
120	NC_018937	AAAAG	2	10	188567	188576	80 %	0 %	20 %	0 %	410023416
121	NC_018937	ACCCC	2	10	188632	188641	20 %	0 %	0 %	80 %	410023416
122	NC_018937	TGAAT	2	10	188948	188957	40 %	40 %	20 %	0 %	410023417
123	NC_018937	AGAGG	2	10	194284	194293	40 %	0 %	60 %	0 %	410023421
124	NC_018937	TTCAA	2	10	196060	196069	40 %	40 %	0 %	20 %	410023425
125	NC_018937	AATCC	2	10	196736	196745	40 %	20 %	0 %	40 %	410023425
126	NC_018937	TATTG	2	10	201341	201350	20 %	60 %	20 %	0 %	410023429
127	NC_018937	TCATT	2	10	201672	201681	20 %	60 %	0 %	20 %	410023429
128	NC_018937	GCTAC	2	10	202490	202499	20 %	20 %	20 %	40 %	410023430
129	NC_018937	CTATT	2	10	202561	202570	20 %	60 %	0 %	20 %	410023431
130	NC_018937	TTTTC	2	10	203621	203630	0 %	80 %	0 %	20 %	410023432
131	NC_018937	TATTT	2	10	207377	207386	20 %	80 %	0 %	0 %	410023437
132	NC_018937	TTTCA	2	10	208038	208047	20 %	60 %	0 %	20 %	410023438
133	NC_018937	TGAAT	2	10	210941	210950	40 %	40 %	20 %	0 %	410023441
134	NC_018937	CTTCA	2	10	211295	211304	20 %	40 %	0 %	40 %	410023441
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262	NC_018937	TTTTC	2	10	394662	394671	0 %	80 %	0 %	20 %	410023620
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