MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Helicobacter pylori Shi112 chromosome

Total Repeats: 735

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017741	ATTATA	2	12	1795	1806	50 %	50 %	0 %	0 %	386753523
2	NC_017741	GCGATA	2	12	3726	3737	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	386753525
3	NC_017741	GAAACC	2	12	7460	7471	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	386753526
4	NC_017741	AGAAAA	2	12	18390	18401	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386753535
5	NC_017741	GATAAA	2	12	21952	21963	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	386753538
6	NC_017741	TTTCTT	2	12	22663	22674	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	386753539
7	NC_017741	GAGTCC	2	12	27305	27316	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	386753543
8	NC_017741	TTTTAG	2	12	28964	28975	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386753545
9	NC_017741	GCGTGG	2	12	30881	30892	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	386753549
10	NC_017741	TTGGAT	2	12	30991	31002	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386753549
11	NC_017741	TTGAAT	2	12	32074	32085	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	386753549
12	NC_017741	TAAGGA	2	12	32373	32384	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	386753549
13	NC_017741	TAGGGG	2	12	33876	33887	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	386753552
14	NC_017741	TCACTA	2	12	34257	34268	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386753552
15	NC_017741	AAAGAA	2	12	35386	35397	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386753553
16	NC_017741	GCCTTA	2	12	42300	42311	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386753561
17	NC_017741	CGCAAA	2	12	43091	43102	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	386753561
18	NC_017741	GGCTAG	2	12	47334	47345	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	386753565
19	NC_017741	TAAAAA	2	12	49632	49643	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	386753566
20	NC_017741	AAAATC	2	12	54649	54660	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	386753570
21	NC_017741	AATTTT	2	12	54861	54872	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386753570
22	NC_017741	AGACAA	2	12	55413	55424	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	386753571
23	NC_017741	TTTTGT	2	12	58646	58657	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	386753572
24	NC_017741	AAAGAG	2	12	58925	58936	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386753572
25	NC_017741	AGCGGG	2	12	62914	62925	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	386753577
26	NC_017741	ACGCCC	2	12	70701	70712	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	386753585
27	NC_017741	TAAGGG	2	12	73418	73429	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	386753588
28	NC_017741	CGCCCA	2	12	73955	73966	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	386753588
29	NC_017741	GCGCAT	2	12	75618	75629	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	386753590
30	NC_017741	CTAACA	2	12	76729	76740	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	386753590
31	NC_017741	ATACCG	2	12	76918	76929	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	386753590
32	NC_017741	ATATTG	2	12	77748	77759	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	386753592
33	NC_017741	AACAGG	2	12	85569	85580	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	386753598
34	NC_017741	AAACAT	2	12	89285	89296	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	386753602
35	NC_017741	GATTTT	2	12	91337	91348	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386753605
36	NC_017741	AAACTC	2	12	91454	91465	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	386753605
37	NC_017741	TCAAAA	2	12	92935	92946	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	386753606
38	NC_017741	GCGGTG	2	12	93635	93646	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	386753607
39	NC_017741	TTAATT	2	12	94170	94181	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386753607
40	NC_017741	TAATAT	2	12	96850	96861	50 %	50 %	0 %	0 %	386753608
41	NC_017741	AGCGTT	2	12	103451	103462	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386753613
42	NC_017741	TTTTCT	2	12	108998	109009	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	386753618
43	NC_017741	GCAAGC	2	12	109405	109416	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386753618
44	NC_017741	AGGGAG	2	12	115684	115695	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386753624
45	NC_017741	TAGGCA	2	12	116549	116560	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	386753624
46	NC_017741	CTTCTA	2	12	118884	118895	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	386753626
47	NC_017741	GTTCTA	2	12	119205	119216	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386753626
48	NC_017741	CTAAGG	2	12	120501	120512	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	386753627
49	NC_017741	TGAATT	2	12	121035	121046	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	386753627
50	NC_017741	TTTCAA	2	12	121194	121205	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386753627
51	NC_017741	TCACTA	2	12	122801	122812	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386753629
52	NC_017741	TGCTTT	2	12	124050	124061	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	386753629
53	NC_017741	AGCAAA	2	12	124543	124554	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	386753630
54	NC_017741	TCATGA	2	12	127324	127335	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386753635
55	NC_017741	AAAAAT	2	12	133612	133623	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	386753641
56	NC_017741	ATCCTT	2	12	134306	134317	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	386753643
57	NC_017741	ATTCAA	2	12	134698	134709	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386753644
58	NC_017741	TAGCGA	2	12	135754	135765	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	386753645
59	NC_017741	TTAGCG	2	12	138646	138657	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386753647
60	NC_017741	TATCGC	2	12	138858	138869	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386753647
61	NC_017741	ATCGCT	2	12	140566	140577	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386753648
62	NC_017741	ATTGAG	2	12	141213	141224	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386753649
63	NC_017741	CCTAAA	2	12	142789	142800	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	386753650
64	NC_017741	TTCTAT	2	12	143949	143960	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	386753651
65	NC_017741	TTGTTT	2	12	146937	146948	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	386753656
66	NC_017741	CTTGGG	2	12	147598	147609	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	386753658
67	NC_017741	TTGGGT	2	12	152373	152384	0 %	50 %	50 %	0 %	386753663
68	NC_017741	GATTTT	2	12	152885	152896	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386753664
69	NC_017741	GATGGC	2	12	156113	156124	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	386753668
70	NC_017741	GATGGC	2	12	156221	156232	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	386753668
71	NC_017741	CTTTCT	2	12	156365	156376	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386753668
72	NC_017741	CCGCTC	2	12	158350	158361	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386753671
73	NC_017741	GCTCTC	2	12	160777	160788	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	386753673
74	NC_017741	TTCTAA	2	12	163097	163108	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386753676
75	NC_017741	TCAATA	2	12	164779	164790	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386753678
76	NC_017741	CATTTT	2	12	164888	164899	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	386753678
77	NC_017741	ATCGTT	2	12	165201	165212	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386753678
78	NC_017741	AATTTC	2	12	165552	165563	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386753679
79	NC_017741	TAAAAT	2	12	167076	167087	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386753680
80	NC_017741	ATTTTG	2	12	168887	168898	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386753682
81	NC_017741	AAAGAG	2	12	168907	168918	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386753682
82	NC_017741	CGCTTT	2	12	169365	169376	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	386753682
83	NC_017741	GTTTAA	2	12	170149	170160	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	386753683
84	NC_017741	CCGCTC	2	12	173212	173223	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386753686
85	NC_017741	AAAGCA	2	12	174408	174419	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	386753687
86	NC_017741	GAAAAA	2	12	176855	176866	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386753690
87	NC_017741	AGGCAT	2	12	176944	176955	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	386753690
88	NC_017741	GCATTT	2	12	178657	178668	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386753692
89	NC_017741	TCAAAC	2	12	179224	179235	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	386753693
90	NC_017741	ATAAAG	2	12	179385	179396	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	386753693
91	NC_017741	GGTATT	2	12	183145	183156	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386753695
92	NC_017741	TCTAAA	2	12	183375	183386	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386753695
93	NC_017741	TGGGCA	2	12	184444	184455	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	386753696
94	NC_017741	TTCTAA	2	12	184923	184934	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386753697
95	NC_017741	ATTTTC	2	12	186868	186879	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	386753697
96	NC_017741	CAAGTT	2	12	191245	191256	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386753702
97	NC_017741	AGAAGT	2	12	191457	191468	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	386753702
98	NC_017741	CTTTTT	2	12	194177	194188	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	386753704
99	NC_017741	CATTAT	2	12	194258	194269	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386753704
100	NC_017741	GCTCTT	2	12	195346	195357	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	386753705
101	NC_017741	TTCTAA	2	12	195950	195961	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386753705
102	NC_017741	TCTTGT	2	12	195975	195986	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	386753705
103	NC_017741	CGTTAT	2	12	197107	197118	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386753706
104	NC_017741	TCAAAT	2	12	198945	198956	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386753707
105	NC_017741	TTTATT	2	12	200152	200163	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	386753709
106	NC_017741	ATCGCT	2	12	200516	200527	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386753709
107	NC_017741	TTCAAG	2	12	201308	201319	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386753712
108	NC_017741	TGGGGC	2	12	206756	206767	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	386753720
109	NC_017741	ATTCTA	2	12	218560	218571	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386753729
110	NC_017741	GTTTTG	2	12	220836	220847	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386753730
111	NC_017741	TTATTT	2	12	222468	222479	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	386753731
112	NC_017741	TAATTA	2	12	225339	225350	50 %	50 %	0 %	0 %	386753734
113	NC_017741	TAAAGA	2	12	226013	226024	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	386753735
114	NC_017741	AGGCTA	2	12	228848	228859	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	386753739
115	NC_017741	ACTTCT	2	12	240112	240123	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	386753753
116	NC_017741	AACTTG	2	12	240324	240335	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386753753
117	NC_017741	ATAAAG	2	12	240758	240769	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	386753754
118	NC_017741	TCCCTT	2	12	246434	246445	0 %	50 %	0 %	50 %	386753757
119	NC_017741	TGGGAG	2	12	246870	246881	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	386753757
120	NC_017741	AAAGAA	2	12	249286	249297	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386753760
121	NC_017741	AATGAG	2	12	249822	249833	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	386753760
122	NC_017741	GCAAGA	2	12	254804	254815	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	386753763
123	NC_017741	CAAGCT	2	12	256710	256721	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	386753763
124	NC_017741	AAAGAG	2	12	259137	259148	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386753763
125	NC_017741	TATGGA	2	12	260987	260998	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386753764
126	NC_017741	TGTAAT	2	12	261059	261070	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	386753764
127	NC_017741	TTAGGT	2	12	261998	262009	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386753765
128	NC_017741	ACTTAG	2	12	264260	264271	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386753767
129	NC_017741	TATGAA	2	12	267318	267329	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386753771
130	NC_017741	TATGGT	2	12	272225	272236	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386753773
131	NC_017741	ATTTTA	2	12	274934	274945	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386753775
132	NC_017741	ATGGCA	2	12	275873	275884	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	386753777
133	NC_017741	GAATAA	2	12	276069	276080	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	386753777
134	NC_017741	TACCTT	2	12	276854	276865	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	386753778
135	NC_017741	CAAAGT	2	12	277103	277114	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386753778
136	NC_017741	AATGCC	2	12	281892	281903	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	386753780
137	NC_017741	GGATTG	2	12	284179	284190	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	386753782
138	NC_017741	GCTGTA	2	12	284456	284467	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386753782
139	NC_017741	GTGCTA	2	12	286077	286088	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386753783
140	NC_017741	GGTGAT	2	12	286136	286147	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	386753783
141	NC_017741	TCAATA	2	12	286562	286573	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386753784
142	NC_017741	CACGCC	2	12	287042	287053	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	386753784
143	NC_017741	GCTTTG	2	12	288279	288290	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	386753785
144	NC_017741	GCTAGG	2	12	289660	289671	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	386753786
145	NC_017741	TGGAGG	2	12	290208	290219	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	386753787
146	NC_017741	TCTTTA	2	12	296011	296022	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	386753794
147	NC_017741	ATTGTC	2	12	304807	304818	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386753804
148	NC_017741	TCCCGC	2	12	306990	307001	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386753806
149	NC_017741	CCGCTC	2	12	307805	307816	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386753806
150	NC_017741	CAAAGC	2	12	309292	309303	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	386753808
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152	NC_017741	TGAGCG	2	12	315661	315672	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	386753815
153	NC_017741	TGGAAA	2	12	321672	321683	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	386753820
154	NC_017741	GATTTT	2	12	322552	322563	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386753820
155	NC_017741	TGAGCG	2	12	325813	325824	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	386753823
156	NC_017741	AGCTTT	2	12	325961	325972	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386753823
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455	NC_017741	GGTTAA	2	12	973992	974003	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386754429
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