MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Helicobacter pylori Shi169 chromosome

Total Repeats: 681

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017740	GAAACC	2	12	5555	5566	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	386751999
2	NC_017740	AGAAAA	2	12	16482	16493	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386752009
3	NC_017740	GATAAA	2	12	20044	20055	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	386752012
4	NC_017740	GAGTCC	2	12	25374	25385	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	386752016
5	NC_017740	TTTTAG	2	12	27033	27044	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386752018
6	NC_017740	CATGAA	2	12	28366	28377	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386752021
7	NC_017740	GCGTGG	2	12	28943	28954	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	386752022
8	NC_017740	TTGGAT	2	12	29053	29064	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386752022
9	NC_017740	TTGAAT	2	12	30136	30147	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	386752022
10	NC_017740	TAAGGA	2	12	30435	30446	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	386752022
11	NC_017740	TAGGGG	2	12	31959	31970	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	386752025
12	NC_017740	TCACTA	2	12	32340	32351	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386752025
13	NC_017740	AAAGAA	2	12	33471	33482	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386752026
14	NC_017740	CAAAAT	2	12	37375	37386	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	386752031
15	NC_017740	CGCAAA	2	12	41199	41210	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	386752034
16	NC_017740	TAAAAA	2	12	52033	52044	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	386752043
17	NC_017740	GAAAAA	2	12	57088	57099	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386752046
18	NC_017740	ACGCCC	2	12	66969	66980	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	386752056
19	NC_017740	TAAGGG	2	12	69687	69698	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	386752059
20	NC_017740	CGCCCA	2	12	70224	70235	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	386752059
21	NC_017740	GGCATG	2	12	73007	73018	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	386752062
22	NC_017740	GGCATG	2	12	73046	73057	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	386752062
23	NC_017740	GCAACG	2	12	74094	74105	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386752062
24	NC_017740	ATATTG	2	12	74883	74894	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	386752064
25	NC_017740	AACAGG	2	12	82821	82832	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	386752071
26	NC_017740	ATTAGA	2	12	86806	86817	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386752075
27	NC_017740	GATTTT	2	12	88562	88573	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386752077
28	NC_017740	AAACTC	2	12	88679	88690	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	386752077
29	NC_017740	TCAAAA	2	12	90162	90173	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	386752078
30	NC_017740	GCGGTG	2	12	90862	90873	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	386752079
31	NC_017740	TTAATT	2	12	91397	91408	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386752079
32	NC_017740	TAATAT	2	12	94080	94091	50 %	50 %	0 %	0 %	386752080
33	NC_017740	AGCGTT	2	12	100683	100694	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386752085
34	NC_017740	GGAGCG	2	12	104750	104761	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	386752090
35	NC_017740	TTTTCT	2	12	106250	106261	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	386752091
36	NC_017740	TGCAAG	2	12	106656	106667	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	386752091
37	NC_017740	CGCTCG	2	12	111267	111278	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	386752096
38	NC_017740	GGGAAG	2	12	112660	112671	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386752097
39	NC_017740	TAGGCA	2	12	113803	113814	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	386752097
40	NC_017740	CTTCTA	2	12	116139	116150	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	386752099
41	NC_017740	GTTCTA	2	12	116271	116282	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386752099
42	NC_017740	CTTCTA	2	12	117382	117393	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	386752100
43	NC_017740	GTTCTA	2	12	117703	117714	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386752100
44	NC_017740	CTAAGG	2	12	119037	119048	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	386752101
45	NC_017740	TGAATT	2	12	119571	119582	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	386752101
46	NC_017740	TTTCAA	2	12	119730	119741	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386752101
47	NC_017740	AGCAAA	2	12	123081	123092	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	386752104
48	NC_017740	TCATGA	2	12	125852	125863	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386752109
49	NC_017740	CTAATG	2	12	127025	127036	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386752110
50	NC_017740	AAAAAT	2	12	132416	132427	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	386752115
51	NC_017740	ATCCTT	2	12	133109	133120	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	386752116
52	NC_017740	ATTCAA	2	12	133501	133512	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386752117
53	NC_017740	TAGCGA	2	12	134557	134568	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	386752118
54	NC_017740	TTAGCG	2	12	137449	137460	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386752120
55	NC_017740	TATCGC	2	12	137661	137672	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386752120
56	NC_017740	ATCGCT	2	12	139369	139380	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386752121
57	NC_017740	CCTAAA	2	12	141592	141603	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	386752123
58	NC_017740	TTCTAT	2	12	142754	142765	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	386752124
59	NC_017740	TTGTTT	2	12	145742	145753	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	386752129
60	NC_017740	CTTGGG	2	12	146403	146414	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	386752131
61	NC_017740	TTGGGT	2	12	151178	151189	0 %	50 %	50 %	0 %	386752136
62	NC_017740	GATTTT	2	12	151690	151701	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386752137
63	NC_017740	GATGGC	2	12	155025	155036	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	386752141
64	NC_017740	CTTTCT	2	12	155169	155180	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386752141
65	NC_017740	CCGCTC	2	12	157159	157170	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386752144
66	NC_017740	GCTCTC	2	12	159586	159597	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	386752146
67	NC_017740	TTCTAA	2	12	161909	161920	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386752149
68	NC_017740	TCAATA	2	12	163591	163602	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386752151
69	NC_017740	ATCGTT	2	12	164013	164024	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386752151
70	NC_017740	AATTTC	2	12	164364	164375	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386752152
71	NC_017740	TAAAAT	2	12	165888	165899	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386752153
72	NC_017740	ATTTTG	2	12	167698	167709	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386752155
73	NC_017740	AAAGAG	2	12	167718	167729	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386752155
74	NC_017740	GTTTAA	2	12	168960	168971	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	386752156
75	NC_017740	CCGCTC	2	12	171613	171624	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386752159
76	NC_017740	GAAAAA	2	12	175256	175267	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386752163
77	NC_017740	AGGCAT	2	12	175345	175356	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	386752163
78	NC_017740	CATTTG	2	12	177059	177070	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386752165
79	NC_017740	TTGAAT	2	12	177524	177535	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	386752166
80	NC_017740	TCAAAC	2	12	177625	177636	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	386752166
81	NC_017740	ATAAAG	2	12	177792	177803	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	386752166
82	NC_017740	GGTATT	2	12	181526	181537	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386752168
83	NC_017740	TCTAAA	2	12	181756	181767	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386752168
84	NC_017740	TGGGCA	2	12	182825	182836	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	386752169
85	NC_017740	TTCTAA	2	12	183304	183315	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386752170
86	NC_017740	ATTTTC	2	12	185249	185260	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	386752170
87	NC_017740	TGGGGC	2	12	192649	192660	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	386752180
88	NC_017740	AAATCC	2	12	194076	194087	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	386752182
89	NC_017740	TAGTAA	2	12	202074	202085	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386752188
90	NC_017740	AGCCTG	2	12	203489	203500	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	386752188
91	NC_017740	CAATCT	2	12	207331	207342	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386752193
92	NC_017740	AAAGCT	2	12	208319	208330	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386752193
93	NC_017740	TTTGAA	2	12	209774	209785	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	386752195
94	NC_017740	ACAAAT	2	12	210640	210651	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	386752196
95	NC_017740	TAAAAT	2	12	212792	212803	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386752198
96	NC_017740	GCTGTG	2	12	216198	216209	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	386752206
97	NC_017740	TTAAAA	2	12	217551	217562	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386752206
98	NC_017740	CTTTCT	2	12	218202	218213	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386752208
99	NC_017740	GAAAAA	2	12	219663	219674	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386752209
100	NC_017740	ACCACT	2	12	235920	235931	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	386752214
101	NC_017740	CGCTCT	2	12	236651	236662	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	386752215
102	NC_017740	ATTCTA	2	12	243779	243790	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386752220
103	NC_017740	GTTTTG	2	12	246025	246036	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386752221
104	NC_017740	TTATTT	2	12	247657	247668	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	386752222
105	NC_017740	TAATTA	2	12	250528	250539	50 %	50 %	0 %	0 %	386752225
106	NC_017740	TAAAGA	2	12	251204	251215	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	386752226
107	NC_017740	AGGCTA	2	12	254038	254049	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	386752230
108	NC_017740	AATGCC	2	12	258552	258563	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	386752234
109	NC_017740	GGATTG	2	12	260838	260849	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	386752236
110	NC_017740	GCTGTA	2	12	261115	261126	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386752236
111	NC_017740	GTGCTA	2	12	262735	262746	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386752237
112	NC_017740	GGTGAT	2	12	262794	262805	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	386752237
113	NC_017740	TCAATA	2	12	263219	263230	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386752238
114	NC_017740	CACGCC	2	12	263699	263710	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	386752238
115	NC_017740	GCTTTG	2	12	264936	264947	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	386752239
116	NC_017740	GCTAGG	2	12	266317	266328	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	386752240
117	NC_017740	TGGAGG	2	12	266865	266876	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	386752241
118	NC_017740	TCTTTA	2	12	272668	272679	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	386752248
119	NC_017740	GTTTTT	2	12	278304	278315	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	386752255
120	NC_017740	ATTGTC	2	12	281464	281475	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386752258
121	NC_017740	TCCCGC	2	12	283620	283631	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386752260
122	NC_017740	TCCCGC	2	12	284433	284444	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386752260
123	NC_017740	CAAAGC	2	12	285895	285906	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	386752262
124	NC_017740	TGAGCG	2	12	292270	292281	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	386752269
125	NC_017740	ACTTCT	2	12	296797	296808	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	386752273
126	NC_017740	AACTTG	2	12	297009	297020	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386752273
127	NC_017740	GGGGCT	2	12	299900	299911	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	386752276
128	NC_017740	TGGAAA	2	12	300312	300323	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	386752276
129	NC_017740	TGAGCG	2	12	304453	304464	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	386752279
130	NC_017740	AGCTTT	2	12	304601	304612	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386752279
131	NC_017740	GATTTT	2	12	309137	309148	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386752286
132	NC_017740	ATTAGA	2	12	309259	309270	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386752286
133	NC_017740	TAAAGA	2	12	310577	310588	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	386752287
134	NC_017740	CCGAAC	2	12	310807	310818	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	386752287
135	NC_017740	TCAAAA	2	12	311371	311382	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	386752288
136	NC_017740	AAATAC	2	12	311680	311691	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	386752289
137	NC_017740	AAATCA	2	12	312041	312052	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	386752290
138	NC_017740	GCGTTA	2	12	313797	313808	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386752291
139	NC_017740	AGCGAG	2	12	323018	323029	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	386752298
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141	NC_017740	TATGGA	2	12	327544	327555	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386752301
142	NC_017740	ATTTGA	2	12	328431	328442	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	386752301
143	NC_017740	TCAATT	2	12	328563	328574	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386752301
144	NC_017740	TAACAT	2	12	330856	330867	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386752301
145	NC_017740	ATTTCA	2	12	336717	336728	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386752305
146	NC_017740	GTAGCG	2	12	338045	338056	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	386752306
147	NC_017740	TTATCG	2	12	340288	340299	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386752307
148	NC_017740	TAGCGA	2	12	340658	340669	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	386752307
149	NC_017740	GGCATG	2	12	342429	342440	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	386752310
150	NC_017740	GAAAAA	2	12	345122	345133	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386752312
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152	NC_017740	GCTATG	2	12	345973	345984	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386752313
153	NC_017740	GTTTGC	2	12	348324	348335	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	386752316
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189	NC_017740	ATCATA	2	12	422907	422918	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386752397
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220	NC_017740	TTCACT	2	12	492190	492201	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	386752465
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223	NC_017740	ACTTTA	2	12	498656	498667	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386752470
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226	NC_017740	TTTGTT	2	12	509790	509801	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	386752479
227	NC_017740	AGGGTT	2	12	510999	511010	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	386752481
228	NC_017740	TTGTTT	2	12	511148	511159	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	386752481
229	NC_017740	TTTTTA	2	12	514271	514282	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	386752485
230	NC_017740	GCTCGC	2	12	515059	515070	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	386752485
231	NC_017740	GCATTT	2	12	523371	523382	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386752492
232	NC_017740	TTGTGA	2	12	523768	523779	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386752493
233	NC_017740	CATTTT	2	12	523809	523820	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	386752493
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342	NC_017740	GAGCCA	2	12	764900	764911	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386752712
343	NC_017740	AGCTTG	2	12	767033	767044	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386752713
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452	NC_017740	CGGATG	2	12	1052502	1052513	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	386752964
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455	NC_017740	CTTTTT	2	12	1064503	1064514	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	386752974
456	NC_017740	CAAATC	2	12	1065050	1065061	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	386752974
457	NC_017740	AAAGCC	2	12	1067166	1067177	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	386752976
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