MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Helicobacter cetorum MIT 99-5656 plasmid pHCD

Total Repeats: 122

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017736	AAG	2	6	110	115	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386747021
2	NC_017736	GCG	2	6	144	149	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386747021
3	NC_017736	TGT	2	6	297	302	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386747021
4	NC_017736	GAT	2	6	320	325	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386747021
5	NC_017736	TTA	2	6	354	359	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386747021
6	NC_017736	ACT	2	6	429	434	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386747021
7	NC_017736	CCT	2	6	549	554	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386747021
8	NC_017736	TGA	2	6	882	887	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386747021
9	NC_017736	ATT	2	6	1019	1024	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386747021
10	NC_017736	TTG	2	6	1130	1135	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386747021
11	NC_017736	TTG	2	6	1262	1267	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386747021
12	NC_017736	ATA	2	6	1431	1436	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386747022
13	NC_017736	CAA	2	6	1513	1518	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386747022
14	NC_017736	TAG	2	6	1581	1586	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386747022
15	NC_017736	CCA	2	6	1631	1636	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386747022
16	NC_017736	TAG	2	6	1678	1683	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386747022
17	NC_017736	ACA	2	6	1696	1701	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386747022
18	NC_017736	AAC	2	6	1990	1995	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386747023
19	NC_017736	TTA	2	6	2317	2322	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386747024
20	NC_017736	TAA	2	6	2471	2476	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386747024
21	NC_017736	TAA	2	6	2543	2548	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386747024
22	NC_017736	AAC	2	6	2605	2610	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386747024
23	NC_017736	TGA	2	6	2823	2828	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386747025
24	NC_017736	ACA	2	6	2897	2902	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386747025
25	NC_017736	ACA	3	9	3099	3107	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386747025
26	NC_017736	CAT	2	6	3210	3215	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386747025
27	NC_017736	TAC	2	6	3319	3324	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386747025
28	NC_017736	AAT	2	6	3406	3411	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386747025
29	NC_017736	CTA	2	6	3492	3497	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386747025
30	NC_017736	CAA	2	6	3571	3576	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386747025
31	NC_017736	ACA	2	6	3582	3587	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386747025
32	NC_017736	TCA	2	6	3687	3692	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386747025
33	NC_017736	AAC	2	6	3806	3811	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386747025
34	NC_017736	AAG	2	6	3909	3914	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386747025
35	NC_017736	TAC	2	6	3945	3950	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386747025
36	NC_017736	CAG	2	6	4023	4028	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386747025
37	NC_017736	ACT	2	6	4123	4128	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386747025
38	NC_017736	AAC	2	6	4339	4344	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386747025
39	NC_017736	CTT	2	6	4452	4457	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386747025
40	NC_017736	AAC	2	6	4535	4540	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386747025
41	NC_017736	AGT	2	6	4621	4626	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386747025
42	NC_017736	TAA	2	6	5029	5034	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386747026
43	NC_017736	TTG	2	6	5248	5253	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386747026
44	NC_017736	AAG	2	6	5254	5259	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386747026
45	NC_017736	CAA	2	6	5285	5290	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386747026
46	NC_017736	CAA	2	6	5372	5377	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386747026
47	NC_017736	TTA	2	6	5456	5461	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386747026
48	NC_017736	AAT	2	6	5580	5585	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386747026
49	NC_017736	TAA	2	6	5624	5629	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386747026
50	NC_017736	ATT	2	6	5772	5777	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386747026
51	NC_017736	AGA	2	6	5825	5830	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386747026
52	NC_017736	ATG	2	6	5854	5859	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386747026
53	NC_017736	GAG	2	6	6173	6178	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386747026
54	NC_017736	AAG	2	6	6258	6263	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386747027
55	NC_017736	GCG	2	6	6292	6297	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386747027
56	NC_017736	TGT	2	6	6445	6450	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386747027
57	NC_017736	GAT	2	6	6468	6473	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386747027
58	NC_017736	TTA	2	6	6502	6507	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386747027
59	NC_017736	ACT	2	6	6577	6582	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386747027
60	NC_017736	CCT	2	6	6697	6702	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386747027
61	NC_017736	TGA	2	6	7030	7035	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386747027
62	NC_017736	ATT	2	6	7167	7172	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386747027
63	NC_017736	TTG	2	6	7278	7283	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386747027
64	NC_017736	TTG	2	6	7410	7415	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386747027
65	NC_017736	ATA	2	6	7579	7584	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386747028
66	NC_017736	CAA	2	6	7661	7666	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386747028
67	NC_017736	TAG	2	6	7729	7734	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386747028
68	NC_017736	CCA	2	6	7779	7784	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386747028
69	NC_017736	TAG	2	6	7826	7831	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386747028
70	NC_017736	ACA	2	6	7844	7849	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386747028
71	NC_017736	CAG	2	6	8232	8237	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386747029
72	NC_017736	CAC	2	6	8269	8274	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386747029
73	NC_017736	CTA	3	9	8285	8293	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386747029
74	NC_017736	TGA	2	6	9460	9465	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386747030
75	NC_017736	AGA	2	6	9502	9507	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386747030
76	NC_017736	CTA	2	6	9513	9518	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386747030
77	NC_017736	TAT	2	6	9662	9667	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386747030
78	NC_017736	CAA	2	6	9829	9834	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386747030
79	NC_017736	TAG	2	6	9852	9857	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386747030
80	NC_017736	GTT	2	6	10076	10081	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386747030
81	NC_017736	TGA	2	6	10099	10104	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386747030
82	NC_017736	CAA	2	6	10346	10351	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386747030
83	NC_017736	TTG	2	6	10412	10417	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386747031
84	NC_017736	TAT	2	6	10461	10466	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386747031
85	NC_017736	AAC	2	6	10513	10518	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386747031
86	NC_017736	TTG	2	6	10654	10659	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386747031
87	NC_017736	GTA	2	6	10710	10715	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386747031
88	NC_017736	TTA	2	6	10754	10759	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386747031
89	NC_017736	ATT	2	6	10801	10806	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386747031
90	NC_017736	CAT	2	6	10888	10893	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386747032
91	NC_017736	CAT	2	6	10918	10923	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386747032
92	NC_017736	CAG	2	6	10948	10953	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386747032
93	NC_017736	TTA	2	6	11076	11081	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386747032
94	NC_017736	ATC	2	6	11210	11215	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386747032
95	NC_017736	ATT	2	6	11345	11350	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386747032
96	NC_017736	AAT	2	6	11356	11361	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386747032
97	NC_017736	AGT	2	6	11387	11392	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386747032
98	NC_017736	TTA	2	6	11460	11465	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386747032
99	NC_017736	CAT	2	6	11515	11520	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386747032
100	NC_017736	TCA	3	9	11526	11534	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386747032
101	NC_017736	ACA	2	6	11643	11648	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386747032
102	NC_017736	ATA	2	6	11655	11660	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386747032
103	NC_017736	CTT	2	6	11696	11701	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386747033
104	NC_017736	GTA	2	6	11738	11743	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386747033
105	NC_017736	AAT	2	6	11775	11780	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386747033
106	NC_017736	AGT	2	6	11888	11893	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386747033
107	NC_017736	TAA	2	6	11970	11975	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386747033
108	NC_017736	TCA	2	6	11999	12004	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386747033
109	NC_017736	TTA	2	6	12017	12022	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386747033
110	NC_017736	ACA	2	6	12238	12243	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386747034
111	NC_017736	TAA	2	6	12411	12416	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386747034
112	NC_017736	ATC	2	6	12508	12513	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386747034
113	NC_017736	AAC	2	6	12848	12853	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386747035
114	NC_017736	TGA	2	6	13193	13198	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386747035
115	NC_017736	ATT	2	6	13261	13266	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386747035
116	NC_017736	ATT	2	6	13337	13342	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386747035
117	NC_017736	TAC	2	6	13374	13379	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386747035
118	NC_017736	TAC	2	6	13492	13497	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386747035
119	NC_017736	CAA	2	6	13599	13604	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386747035
120	NC_017736	ACT	2	6	13607	13612	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386747035
121	NC_017736	CTA	2	6	13619	13624	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386747035
122	NC_017736	ATC	2	6	13750	13755	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386747035

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.