MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Halobacillus halophilus DSM 2266 plasmid PL16

Total Repeats: 108

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017669	GAA	2	6	397	402	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716457
2	NC_017669	ACT	2	6	448	453	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386716457
3	NC_017669	AAC	2	6	686	691	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386716457
4	NC_017669	GCA	3	9	728	736	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716457
5	NC_017669	TAA	2	6	805	810	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386716457
6	NC_017669	TCG	2	6	851	856	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386716457
7	NC_017669	GAA	2	6	3119	3124	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716458
8	NC_017669	GCA	2	6	3177	3182	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716458
9	NC_017669	CGA	2	6	3320	3325	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716458
10	NC_017669	GCA	2	6	3348	3353	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716458
11	NC_017669	GGC	2	6	3368	3373	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386716458
12	NC_017669	ACA	2	6	3383	3388	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386716458
13	NC_017669	ACC	3	9	3396	3404	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386716458
14	NC_017669	CGG	2	6	3593	3598	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386716458
15	NC_017669	GTA	2	6	3600	3605	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386716458
16	NC_017669	TAT	2	6	3654	3659	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386716458
17	NC_017669	TTA	2	6	3661	3666	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386716458
18	NC_017669	AGG	2	6	3719	3724	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386716458
19	NC_017669	AAT	2	6	3730	3735	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386716458
20	NC_017669	TAA	2	6	3742	3747	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386716459
21	NC_017669	AGC	3	9	3897	3905	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716459
22	NC_017669	AAG	4	12	5320	5331	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716460
23	NC_017669	GGC	2	6	5407	5412	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386716460
24	NC_017669	ACG	2	6	5441	5446	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716460
25	NC_017669	GAA	2	6	5521	5526	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716460
26	NC_017669	GAA	2	6	5533	5538	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716460
27	NC_017669	GAA	2	6	5545	5550	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716460
28	NC_017669	GAC	2	6	5830	5835	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716460
29	NC_017669	AGG	2	6	5895	5900	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386716460
30	NC_017669	ATT	2	6	6112	6117	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386716461
31	NC_017669	AAT	2	6	6145	6150	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386716461
32	NC_017669	ATC	2	6	6181	6186	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386716461
33	NC_017669	AGC	2	6	6255	6260	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716461
34	NC_017669	AGC	2	6	6333	6338	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716461
35	NC_017669	TTA	2	6	6398	6403	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386716461
36	NC_017669	ATC	2	6	6447	6452	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386716461
37	NC_017669	ATT	2	6	6460	6465	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386716461
38	NC_017669	TTC	2	6	6513	6518	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386716461
39	NC_017669	GAA	2	6	6530	6535	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716461
40	NC_017669	TGT	2	6	6889	6894	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386716461
41	NC_017669	AGA	2	6	6939	6944	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716461
42	NC_017669	CTT	2	6	7055	7060	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386716461
43	NC_017669	TCT	2	6	7082	7087	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386716461
44	NC_017669	GAA	2	6	7135	7140	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716461
45	NC_017669	TCC	2	6	7155	7160	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386716461
46	NC_017669	CAA	2	6	7175	7180	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386716461
47	NC_017669	AAT	2	6	7208	7213	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386716461
48	NC_017669	AGA	2	6	8623	8628	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716462
49	NC_017669	AAC	2	6	8666	8671	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386716462
50	NC_017669	CAT	2	6	10710	10715	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386716463
51	NC_017669	ATG	2	6	10721	10726	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386716463
52	NC_017669	GGA	2	6	10763	10768	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386716463
53	NC_017669	CGA	2	6	10811	10816	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716463
54	NC_017669	GCA	2	6	10833	10838	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716463
55	NC_017669	ACA	2	6	10896	10901	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386716463
56	NC_017669	ACG	2	6	11003	11008	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716463
57	NC_017669	GAG	3	9	11020	11028	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386716463
58	NC_017669	CGA	2	6	11109	11114	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716463
59	NC_017669	GCA	2	6	11133	11138	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716463
60	NC_017669	GAA	2	6	11152	11157	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716463
61	NC_017669	CTC	2	6	11179	11184	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386716463
62	NC_017669	AAC	2	6	11204	11209	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386716463
63	NC_017669	AAC	3	9	11219	11227	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386716463
64	NC_017669	GCA	2	6	11229	11234	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716463
65	NC_017669	CTC	2	6	11254	11259	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386716463
66	NC_017669	AAG	4	12	11273	11284	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716463
67	NC_017669	GAA	2	6	11308	11313	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716463
68	NC_017669	AGC	3	9	11322	11330	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716463
69	NC_017669	GCA	2	6	11338	11343	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716463
70	NC_017669	GAA	2	6	11347	11352	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716463
71	NC_017669	GCA	2	6	11356	11361	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716463
72	NC_017669	ACA	2	6	11378	11383	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386716463
73	NC_017669	GAC	2	6	11392	11397	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716463
74	NC_017669	ACG	2	6	11414	11419	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716463
75	NC_017669	ACA	2	6	11424	11429	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386716463
76	NC_017669	AGC	2	6	11441	11446	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716463
77	NC_017669	GGA	2	6	11517	11522	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386716464
78	NC_017669	AGT	2	6	11524	11529	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386716464
79	NC_017669	AGC	2	6	11558	11563	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716464
80	NC_017669	GGC	2	6	11586	11591	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386716464
81	NC_017669	CAA	2	6	11674	11679	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386716464
82	NC_017669	GAC	2	6	12122	12127	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716465
83	NC_017669	CGA	2	6	12166	12171	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716465
84	NC_017669	AAG	2	6	12182	12187	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716465
85	NC_017669	AAT	2	6	12331	12336	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386716465
86	NC_017669	AAC	2	6	12549	12554	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386716465
87	NC_017669	GAC	2	6	12562	12567	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716465
88	NC_017669	GGA	2	6	12637	12642	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386716465
89	NC_017669	AGC	2	6	12673	12678	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716465
90	NC_017669	AGG	2	6	12784	12789	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386716465
91	NC_017669	TCG	2	6	12795	12800	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386716465
92	NC_017669	ATT	2	6	12882	12887	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386716465
93	NC_017669	GCA	2	6	15069	15074	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716466
94	NC_017669	AAC	2	6	15159	15164	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386716466
95	NC_017669	ACG	2	6	15200	15205	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716466
96	NC_017669	TAC	2	6	15224	15229	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386716466
97	NC_017669	GAG	2	6	15275	15280	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386716466
98	NC_017669	TTA	2	6	15326	15331	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386716466
99	NC_017669	AGG	2	6	15342	15347	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386716466
100	NC_017669	GAA	2	6	15449	15454	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716466
101	NC_017669	ACC	2	6	15513	15518	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386716466
102	NC_017669	TTA	2	6	15555	15560	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386716466
103	NC_017669	ACT	2	6	15586	15591	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386716466
104	NC_017669	GAG	2	6	15683	15688	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386716466
105	NC_017669	GAG	2	6	15704	15709	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386716466
106	NC_017669	AAT	2	6	15766	15771	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386716466
107	NC_017669	GCA	2	6	15947	15952	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716466
108	NC_017669	ATA	2	6	15976	15981	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386716466

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.