MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Halophilic archaeon DL31 plasmid phalar01

Total Repeats: 366

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015955	CCTTT	2	10	1588	1597	0 %	60 %	0 %	40 %	345006829
2	NC_015955	CCCAT	2	10	4795	4804	20 %	20 %	0 %	60 %	345006833
3	NC_015955	GCCAC	2	10	5944	5953	20 %	0 %	20 %	60 %	345006834
4	NC_015955	TTTCC	2	10	9296	9305	0 %	60 %	0 %	40 %	345006837
5	NC_015955	TCGTG	2	10	12306	12315	0 %	40 %	40 %	20 %	345006839
6	NC_015955	CTGTT	2	10	16891	16900	0 %	60 %	20 %	20 %	345006841
7	NC_015955	GCAAA	2	10	19040	19049	60 %	0 %	20 %	20 %	345006842
8	NC_015955	GAGCA	2	10	22468	22477	40 %	0 %	40 %	20 %	345006844
9	NC_015955	AGAGA	2	10	23441	23450	60 %	0 %	40 %	0 %	345006844
10	NC_015955	TCGTA	2	10	24945	24954	20 %	40 %	20 %	20 %	345006845
11	NC_015955	CTTCT	2	10	25072	25081	0 %	60 %	0 %	40 %	345006845
12	NC_015955	GGTGA	2	10	25147	25156	20 %	20 %	60 %	0 %	345006845
13	NC_015955	GATAG	2	10	26932	26941	40 %	20 %	40 %	0 %	345006845
14	NC_015955	TTCGA	2	10	30591	30600	20 %	40 %	20 %	20 %	345006847
15	NC_015955	TTGAT	2	10	30890	30899	20 %	60 %	20 %	0 %	345006847
16	NC_015955	GAGGG	2	10	37605	37614	20 %	0 %	80 %	0 %	345006854
17	NC_015955	GCGAA	2	10	38448	38457	40 %	0 %	40 %	20 %	345006856
18	NC_015955	CCGCT	2	10	40441	40450	0 %	20 %	20 %	60 %	345006860
19	NC_015955	GATCA	2	10	42181	42190	40 %	20 %	20 %	20 %	345006861
20	NC_015955	TACTC	2	10	43516	43525	20 %	40 %	0 %	40 %	345006862
21	NC_015955	ACTCG	2	10	44429	44438	20 %	20 %	20 %	40 %	345006863
22	NC_015955	GAGCA	2	10	45985	45994	40 %	0 %	40 %	20 %	345006864
23	NC_015955	CGGCG	2	10	47956	47965	0 %	0 %	60 %	40 %	345006865
24	NC_015955	GATCG	2	10	50894	50903	20 %	20 %	40 %	20 %	345006865
25	NC_015955	CAAGA	2	10	54709	54718	60 %	0 %	20 %	20 %	345006868
26	NC_015955	TGTCG	2	10	55065	55074	0 %	40 %	40 %	20 %	345006868
27	NC_015955	AGGAG	2	10	55929	55938	40 %	0 %	60 %	0 %	345006868
28	NC_015955	CAGAC	2	10	56690	56699	40 %	0 %	20 %	40 %	345006868
29	NC_015955	GGCTG	2	10	58755	58764	0 %	20 %	60 %	20 %	345006869
30	NC_015955	CGCCC	2	10	60048	60057	0 %	0 %	20 %	80 %	345006872
31	NC_015955	GGTAC	2	10	60736	60745	20 %	20 %	40 %	20 %	345006873
32	NC_015955	GCAGC	2	10	63464	63473	20 %	0 %	40 %	40 %	345006878
33	NC_015955	AGGGA	2	10	64405	64414	40 %	0 %	60 %	0 %	345006879
34	NC_015955	GTGTC	2	10	65271	65280	0 %	40 %	40 %	20 %	345006881
35	NC_015955	GCGCC	2	10	66196	66205	0 %	0 %	40 %	60 %	345006882
36	NC_015955	GACGC	2	10	66266	66275	20 %	0 %	40 %	40 %	345006882
37	NC_015955	GGACG	2	10	66577	66586	20 %	0 %	60 %	20 %	345006883
38	NC_015955	CGATC	2	10	67106	67115	20 %	20 %	20 %	40 %	345006883
39	NC_015955	CTTTC	2	10	68316	68325	0 %	60 %	0 %	40 %	345006884
40	NC_015955	CCGAA	2	10	70246	70255	40 %	0 %	20 %	40 %	345006887
41	NC_015955	TCATC	2	10	74207	74216	20 %	40 %	0 %	40 %	345006892
42	NC_015955	CTATA	2	10	79428	79437	40 %	40 %	0 %	20 %	345006896
43	NC_015955	GAGTA	2	10	79860	79869	40 %	20 %	40 %	0 %	345006896
44	NC_015955	GCACG	2	10	79913	79922	20 %	0 %	40 %	40 %	345006896
45	NC_015955	TTCAC	2	10	84496	84505	20 %	40 %	0 %	40 %	345006898
46	NC_015955	TCACC	2	10	87337	87346	20 %	20 %	0 %	60 %	345006899
47	NC_015955	TCGGA	2	10	91006	91015	20 %	20 %	40 %	20 %	345006901
48	NC_015955	ATTCA	2	10	93262	93271	40 %	40 %	0 %	20 %	345006903
49	NC_015955	ACGAA	2	10	97329	97338	60 %	0 %	20 %	20 %	345006906
50	NC_015955	GTACT	2	10	102329	102338	20 %	40 %	20 %	20 %	345006908
51	NC_015955	GCAGA	2	10	102499	102508	40 %	0 %	40 %	20 %	345006908
52	NC_015955	TCGAA	2	10	107153	107162	40 %	20 %	20 %	20 %	345006911
53	NC_015955	CGTGT	2	10	109202	109211	0 %	40 %	40 %	20 %	345006913
54	NC_015955	CACGA	2	10	109976	109985	40 %	0 %	20 %	40 %	345006915
55	NC_015955	GCACG	2	10	110243	110252	20 %	0 %	40 %	40 %	345006916
56	NC_015955	ATACA	2	10	116341	116350	60 %	20 %	0 %	20 %	345006923
57	NC_015955	AAGTC	2	10	116766	116775	40 %	20 %	20 %	20 %	345006924
58	NC_015955	TCGAT	2	10	117669	117678	20 %	40 %	20 %	20 %	345006926
59	NC_015955	CGACG	2	10	118055	118064	20 %	0 %	40 %	40 %	345006927
60	NC_015955	ATTCC	2	10	118192	118201	20 %	40 %	0 %	40 %	345006927
61	NC_015955	GACGC	2	10	119347	119356	20 %	0 %	40 %	40 %	345006928
62	NC_015955	TCTCG	2	10	123980	123989	0 %	40 %	20 %	40 %	345006931
63	NC_015955	ATAGA	2	10	124423	124432	60 %	20 %	20 %	0 %	345006931
64	NC_015955	GTTGA	2	10	124686	124695	20 %	40 %	40 %	0 %	345006931
65	NC_015955	CAGTC	2	10	130272	130281	20 %	20 %	20 %	40 %	345006936
66	NC_015955	CGACG	2	10	131152	131161	20 %	0 %	40 %	40 %	345006936
67	NC_015955	CGGAC	2	10	137422	137431	20 %	0 %	40 %	40 %	345006941
68	NC_015955	CGATG	2	10	138242	138251	20 %	20 %	40 %	20 %	345006941
69	NC_015955	CCGTC	2	10	141971	141980	0 %	20 %	20 %	60 %	345006945
70	NC_015955	CGGAA	2	10	142255	142264	40 %	0 %	40 %	20 %	345006945
71	NC_015955	GAACT	2	10	148346	148355	40 %	20 %	20 %	20 %	345006948
72	NC_015955	CGATA	2	10	149639	149648	40 %	20 %	20 %	20 %	345006949
73	NC_015955	ACAGT	2	10	151779	151788	40 %	20 %	20 %	20 %	345006951
74	NC_015955	GTCGG	2	10	152792	152801	0 %	20 %	60 %	20 %	345006952
75	NC_015955	GTCGT	2	10	157429	157438	0 %	40 %	40 %	20 %	345006956
76	NC_015955	CGATC	2	10	157589	157598	20 %	20 %	20 %	40 %	345006956
77	NC_015955	TGGAT	2	10	158025	158034	20 %	40 %	40 %	0 %	345006956
78	NC_015955	GGATC	2	10	158591	158600	20 %	20 %	40 %	20 %	345006957
79	NC_015955	TAGAT	2	10	159912	159921	40 %	40 %	20 %	0 %	345006958
80	NC_015955	GTCGC	2	10	160136	160145	0 %	20 %	40 %	40 %	345006959
81	NC_015955	GACGC	2	10	161470	161479	20 %	0 %	40 %	40 %	345006961
82	NC_015955	GCTTC	2	10	163751	163760	0 %	40 %	20 %	40 %	345006962
83	NC_015955	GCAAT	2	10	167462	167471	40 %	20 %	20 %	20 %	345006963
84	NC_015955	CGCGC	2	10	167787	167796	0 %	0 %	40 %	60 %	345006963
85	NC_015955	GTGAC	2	10	167855	167864	20 %	20 %	40 %	20 %	345006963
86	NC_015955	ATCCG	2	10	168802	168811	20 %	20 %	20 %	40 %	345006963
87	NC_015955	GAACG	2	10	170299	170308	40 %	0 %	40 %	20 %	345006965
88	NC_015955	GATCT	2	10	175913	175922	20 %	40 %	20 %	20 %	345006970
89	NC_015955	CACCT	2	10	176369	176378	20 %	20 %	0 %	60 %	345006970
90	NC_015955	CCGTC	2	10	177381	177390	0 %	20 %	20 %	60 %	345006971
91	NC_015955	CCGTG	2	10	178145	178154	0 %	20 %	40 %	40 %	345006971
92	NC_015955	TAGTT	2	10	178881	178890	20 %	60 %	20 %	0 %	345006972
93	NC_015955	GCGTA	2	10	179751	179760	20 %	20 %	40 %	20 %	345006972
94	NC_015955	TTGTC	2	10	180124	180133	0 %	60 %	20 %	20 %	345006972
95	NC_015955	GCTTT	2	10	180571	180580	0 %	60 %	20 %	20 %	345006972
96	NC_015955	GATCG	2	10	182261	182270	20 %	20 %	40 %	20 %	345006973
97	NC_015955	AACTC	2	10	184328	184337	40 %	20 %	0 %	40 %	345006974
98	NC_015955	TTTCG	2	10	184517	184526	0 %	60 %	20 %	20 %	345006974
99	NC_015955	ACGAT	2	10	187631	187640	40 %	20 %	20 %	20 %	345006979
100	NC_015955	ACAGT	2	10	196847	196856	40 %	20 %	20 %	20 %	345006993
101	NC_015955	CGCGT	2	10	196958	196967	0 %	20 %	40 %	40 %	345006993
102	NC_015955	ACGCT	2	10	197029	197038	20 %	20 %	20 %	40 %	345006993
103	NC_015955	GCTCC	2	10	197412	197421	0 %	20 %	20 %	60 %	345006993
104	NC_015955	GGCAT	2	10	199226	199235	20 %	20 %	40 %	20 %	345006997
105	NC_015955	CGTCG	2	10	200696	200705	0 %	20 %	40 %	40 %	345006999
106	NC_015955	CGCGA	2	10	202160	202169	20 %	0 %	40 %	40 %	345007000
107	NC_015955	CGACG	2	10	203727	203736	20 %	0 %	40 %	40 %	345007002
108	NC_015955	GGTGA	2	10	204847	204856	20 %	20 %	60 %	0 %	345007002
109	NC_015955	CGTCG	2	10	205680	205689	0 %	20 %	40 %	40 %	345007004
110	NC_015955	CACTC	2	10	208605	208614	20 %	20 %	0 %	60 %	345007005
111	NC_015955	GACAG	2	10	209324	209333	40 %	0 %	40 %	20 %	345007007
112	NC_015955	GCGAG	2	10	209973	209982	20 %	0 %	60 %	20 %	345007008
113	NC_015955	TGCTC	2	10	210157	210166	0 %	40 %	20 %	40 %	345007008
114	NC_015955	GTGAC	2	10	214598	214607	20 %	20 %	40 %	20 %	345007013
115	NC_015955	TCACC	2	10	224001	224010	20 %	20 %	0 %	60 %	345007016
116	NC_015955	TCGGA	2	10	227670	227679	20 %	20 %	40 %	20 %	345007018
117	NC_015955	GACAC	2	10	231934	231943	40 %	0 %	20 %	40 %	345007021
118	NC_015955	CCCGG	2	10	235948	235957	0 %	0 %	40 %	60 %	345007025
119	NC_015955	TCTGG	2	10	239745	239754	0 %	40 %	40 %	20 %	345007031
120	NC_015955	GACTG	2	10	239970	239979	20 %	20 %	40 %	20 %	345007031
121	NC_015955	CCTCG	2	10	240922	240931	0 %	20 %	20 %	60 %	345007032
122	NC_015955	TCATC	2	10	242413	242422	20 %	40 %	0 %	40 %	345007032
123	NC_015955	CGGGG	2	10	242676	242685	0 %	0 %	80 %	20 %	345007033
124	NC_015955	TCGAG	2	10	248363	248372	20 %	20 %	40 %	20 %	345007036
125	NC_015955	GACCA	2	10	248704	248713	40 %	0 %	20 %	40 %	345007036
126	NC_015955	GGTTC	2	10	253608	253617	0 %	40 %	40 %	20 %	345007038
127	NC_015955	GCTCG	2	10	254478	254487	0 %	20 %	40 %	40 %	345007038
128	NC_015955	TGACG	2	10	254637	254646	20 %	20 %	40 %	20 %	345007038
129	NC_015955	TTCGA	2	10	255136	255145	20 %	40 %	20 %	20 %	345007039
130	NC_015955	GATTT	2	10	258406	258415	20 %	60 %	20 %	0 %	345007041
131	NC_015955	CTCGC	2	10	258940	258949	0 %	20 %	20 %	60 %	345007041
132	NC_015955	GACTG	2	10	259881	259890	20 %	20 %	40 %	20 %	345007041
133	NC_015955	AACCG	2	10	260761	260770	40 %	0 %	20 %	40 %	345007043
134	NC_015955	ATCCA	2	10	262709	262718	40 %	20 %	0 %	40 %	345007043
135	NC_015955	GGACG	2	10	265236	265245	20 %	0 %	60 %	20 %	345007044
136	NC_015955	CGTCG	2	10	266830	266839	0 %	20 %	40 %	40 %	345007045
137	NC_015955	TCGTC	2	10	267500	267509	0 %	40 %	20 %	40 %	345007046
138	NC_015955	GCGTG	2	10	268421	268430	0 %	20 %	60 %	20 %	345007046
139	NC_015955	CGGCC	2	10	271115	271124	0 %	0 %	40 %	60 %	345007051
140	NC_015955	GAACG	2	10	272014	272023	40 %	0 %	40 %	20 %	345007052
141	NC_015955	CGTCA	2	10	272273	272282	20 %	20 %	20 %	40 %	345007052
142	NC_015955	ACGAC	2	10	273314	273323	40 %	0 %	20 %	40 %	345007053
143	NC_015955	GATGG	2	10	274196	274205	20 %	20 %	60 %	0 %	345007053
144	NC_015955	TCCGG	2	10	274465	274474	0 %	20 %	40 %	40 %	345007054
145	NC_015955	CGGCT	2	10	275667	275676	0 %	20 %	40 %	40 %	345007055
146	NC_015955	ACGGC	2	10	278575	278584	20 %	0 %	40 %	40 %	345007055
147	NC_015955	GAACA	2	10	279923	279932	60 %	0 %	20 %	20 %	345007057
148	NC_015955	GCGAC	2	10	281900	281909	20 %	0 %	40 %	40 %	345007057
149	NC_015955	CGACT	2	10	283481	283490	20 %	20 %	20 %	40 %	345007058
150	NC_015955	CGGAG	2	10	284151	284160	20 %	0 %	60 %	20 %	345007058
151	NC_015955	CGCCC	2	10	285467	285476	0 %	0 %	20 %	80 %	345007061
152	NC_015955	GTCGC	2	10	286413	286422	0 %	20 %	40 %	40 %	345007063
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154	NC_015955	GCAGC	2	10	290632	290641	20 %	0 %	40 %	40 %	345007069
155	NC_015955	TGCGA	2	10	293113	293122	20 %	20 %	40 %	20 %	345007072
156	NC_015955	ATCTG	2	10	293742	293751	20 %	40 %	20 %	20 %	345007072
157	NC_015955	ACGAG	2	10	298964	298973	40 %	0 %	40 %	20 %	345007077
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159	NC_015955	CTTCC	2	10	301221	301230	0 %	40 %	0 %	60 %	345007079
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161	NC_015955	AGAGG	3	15	304447	304461	40 %	0 %	60 %	0 %	345007080
162	NC_015955	GCTCG	2	10	304523	304532	0 %	20 %	40 %	40 %	345007081
163	NC_015955	CCAGT	2	10	305031	305040	20 %	20 %	20 %	40 %	345007081
164	NC_015955	CCGGA	2	10	305206	305215	20 %	0 %	40 %	40 %	345007081
165	NC_015955	GAGCG	2	10	305506	305515	20 %	0 %	60 %	20 %	345007081
166	NC_015955	GAATC	2	10	307249	307258	40 %	20 %	20 %	20 %	345007083
167	NC_015955	CCGAG	2	10	308087	308096	20 %	0 %	40 %	40 %	345007083
168	NC_015955	CGTGG	2	10	308198	308207	0 %	20 %	60 %	20 %	345007083
169	NC_015955	GACCG	2	10	308664	308673	20 %	0 %	40 %	40 %	345007083
170	NC_015955	CCACG	2	10	309194	309203	20 %	0 %	20 %	60 %	345007084
171	NC_015955	AACTA	2	10	309753	309762	60 %	20 %	0 %	20 %	345007085
172	NC_015955	GTCGA	2	10	310165	310174	20 %	20 %	40 %	20 %	345007085
173	NC_015955	TGCTC	2	10	316890	316899	0 %	40 %	20 %	40 %	345007091
174	NC_015955	GCTCG	2	10	318202	318211	0 %	20 %	40 %	40 %	345007092
175	NC_015955	GCGAC	2	10	319347	319356	20 %	0 %	40 %	40 %	345007093
176	NC_015955	CGTCC	2	10	319822	319831	0 %	20 %	20 %	60 %	345007093
177	NC_015955	GATCG	2	10	321875	321884	20 %	20 %	40 %	20 %	345007095
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187	NC_015955	CTCGA	2	10	336202	336211	20 %	20 %	20 %	40 %	345007107
188	NC_015955	CGAGC	2	10	337814	337823	20 %	0 %	40 %	40 %	345007108
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191	NC_015955	GTCGT	2	10	342005	342014	0 %	40 %	40 %	20 %	345007111
192	NC_015955	CCACG	2	10	343479	343488	20 %	0 %	20 %	60 %	345007111
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198	NC_015955	GATGA	2	10	351082	351091	40 %	20 %	40 %	0 %	345007121
199	NC_015955	GTTGA	2	10	351733	351742	20 %	40 %	40 %	0 %	345007123
200	NC_015955	GACGC	2	10	357807	357816	20 %	0 %	40 %	40 %	345007130
201	NC_015955	GGCTC	2	10	358989	358998	0 %	20 %	40 %	40 %	345007131
202	NC_015955	TTCAG	2	10	361311	361320	20 %	40 %	20 %	20 %	345007135
203	NC_015955	TCCCG	2	10	362539	362548	0 %	20 %	20 %	60 %	345007137
204	NC_015955	TCGGA	2	10	373847	373856	20 %	20 %	40 %	20 %	345007149
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209	NC_015955	CGGGT	2	10	388677	388686	0 %	20 %	60 %	20 %	345007161
210	NC_015955	GAACT	2	10	398288	398297	40 %	20 %	20 %	20 %	345007169
211	NC_015955	TCGTC	2	10	398553	398562	0 %	40 %	20 %	40 %	345007169
212	NC_015955	GTTGA	2	10	399433	399442	20 %	40 %	40 %	0 %	345007170
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219	NC_015955	GATGG	2	10	409855	409864	20 %	20 %	60 %	0 %	345007179
220	NC_015955	CGACG	2	10	413078	413087	20 %	0 %	40 %	40 %	345007185
221	NC_015955	GGCCA	2	10	417094	417103	20 %	0 %	40 %	40 %	345007190
222	NC_015955	TCTTG	2	10	417965	417974	0 %	60 %	20 %	20 %	345007192
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229	NC_015955	GACGC	2	10	426902	426911	20 %	0 %	40 %	40 %	345007205
230	NC_015955	TCGAC	2	10	427211	427220	20 %	20 %	20 %	40 %	345007205
231	NC_015955	GGACG	2	10	428161	428170	20 %	0 %	60 %	20 %	345007206
232	NC_015955	CTGAA	2	10	428801	428810	40 %	20 %	20 %	20 %	345007207
233	NC_015955	ATTTC	2	10	436905	436914	20 %	60 %	0 %	20 %	345007214
234	NC_015955	CGCGC	2	10	443116	443125	0 %	0 %	40 %	60 %	345007223
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238	NC_015955	TCCGC	2	10	450267	450276	0 %	20 %	20 %	60 %	345007229
239	NC_015955	GGGCT	2	10	450292	450301	0 %	20 %	60 %	20 %	345007229
240	NC_015955	CGGTT	2	10	450344	450353	0 %	40 %	40 %	20 %	345007229
241	NC_015955	CCACG	2	10	451358	451367	20 %	0 %	20 %	60 %	345007230
242	NC_015955	GCATC	2	10	452010	452019	20 %	20 %	20 %	40 %	345007231
243	NC_015955	CCGGA	2	10	452843	452852	20 %	0 %	40 %	40 %	345007232
244	NC_015955	GTGAA	2	10	453175	453184	40 %	20 %	40 %	0 %	345007232
245	NC_015955	AGTTG	2	10	456324	456333	20 %	40 %	40 %	0 %	345007234
246	NC_015955	CACAC	2	10	457812	457821	40 %	0 %	0 %	60 %	345007235
247	NC_015955	CACGT	2	10	460215	460224	20 %	20 %	20 %	40 %	345007238
248	NC_015955	CGAGG	2	10	463880	463889	20 %	0 %	60 %	20 %	345007241
249	NC_015955	CTCAT	2	10	464088	464097	20 %	40 %	0 %	40 %	345007241
250	NC_015955	TCGAT	2	10	465169	465178	20 %	40 %	20 %	20 %	345007241
251	NC_015955	TTTCG	2	10	465681	465690	0 %	60 %	20 %	20 %	345007241
252	NC_015955	TCCGT	2	10	467382	467391	0 %	40 %	20 %	40 %	345007242
253	NC_015955	ACGTC	2	10	467778	467787	20 %	20 %	20 %	40 %	345007242
254	NC_015955	CGACG	2	10	469827	469836	20 %	0 %	40 %	40 %	345007243
255	NC_015955	ACCAG	2	10	471533	471542	40 %	0 %	20 %	40 %	345007245
256	NC_015955	GGACG	2	10	472284	472293	20 %	0 %	60 %	20 %	345007245
257	NC_015955	AGCCC	2	10	475870	475879	20 %	0 %	20 %	60 %	345007249
258	NC_015955	AGTTG	2	10	478455	478464	20 %	40 %	40 %	0 %	345007251
259	NC_015955	ACGGG	2	10	479439	479448	20 %	0 %	60 %	20 %	345007252
260	NC_015955	CGGCA	2	10	481921	481930	20 %	0 %	40 %	40 %	345007256
261	NC_015955	GAGAT	2	10	483053	483062	40 %	20 %	40 %	0 %	345007258
262	NC_015955	CATCC	2	10	488607	488616	20 %	20 %	0 %	60 %	345007263
263	NC_015955	CGTCC	2	10	488753	488762	0 %	20 %	20 %	60 %	345007263
264	NC_015955	CGCGA	2	10	489186	489195	20 %	0 %	40 %	40 %	345007263
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332	NC_015955	CCCTG	2	10	635261	635270	0 %	20 %	20 %	60 %	345007386
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.