MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Haloarcula hispanica ATCC 33960 chromosome I

Total Repeats: 1794

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015948	AATCG	2	10	657	666	40 %	20 %	20 %	20 %	344210306
2	NC_015948	CGTCT	2	10	1705	1714	0 %	40 %	20 %	40 %	344210307
3	NC_015948	GAAAC	2	10	3458	3467	60 %	0 %	20 %	20 %	344210309
4	NC_015948	CGCTG	2	10	3762	3771	0 %	20 %	40 %	40 %	344210309
5	NC_015948	CCGCG	2	10	5513	5522	0 %	0 %	40 %	60 %	344210310
6	NC_015948	CATCG	2	10	6931	6940	20 %	20 %	20 %	40 %	344210311
7	NC_015948	ACCAG	2	10	7645	7654	40 %	0 %	20 %	40 %	344210312
8	NC_015948	GTCGT	2	10	8642	8651	0 %	40 %	40 %	20 %	344210313
9	NC_015948	GCGAG	2	10	10359	10368	20 %	0 %	60 %	20 %	344210313
10	NC_015948	TCGGT	2	10	10895	10904	0 %	40 %	40 %	20 %	344210314
11	NC_015948	GACCG	2	10	11233	11242	20 %	0 %	40 %	40 %	344210314
12	NC_015948	GCGAC	2	10	15290	15299	20 %	0 %	40 %	40 %	344210320
13	NC_015948	CCGTC	2	10	17445	17454	0 %	20 %	20 %	60 %	344210324
14	NC_015948	GGGAC	2	10	18465	18474	20 %	0 %	60 %	20 %	344210325
15	NC_015948	CTCGT	2	10	19279	19288	0 %	40 %	20 %	40 %	344210325
16	NC_015948	TGGTC	2	10	22004	22013	0 %	40 %	40 %	20 %	344210327
17	NC_015948	GTCAG	2	10	24144	24153	20 %	20 %	40 %	20 %	344210330
18	NC_015948	GACTC	2	10	25027	25036	20 %	20 %	20 %	40 %	344210330
19	NC_015948	GCCGG	2	10	27324	27333	0 %	0 %	60 %	40 %	344210333
20	NC_015948	TCGCC	2	10	29923	29932	0 %	20 %	20 %	60 %	344210337
21	NC_015948	CGGTT	2	10	32272	32281	0 %	40 %	40 %	20 %	344210340
22	NC_015948	CACGT	2	10	36718	36727	20 %	20 %	20 %	40 %	344210345
23	NC_015948	CGGTT	2	10	37887	37896	0 %	40 %	40 %	20 %	344210346
24	NC_015948	CCTCG	2	10	40664	40673	0 %	20 %	20 %	60 %	344210348
25	NC_015948	AACGA	2	10	43762	43771	60 %	0 %	20 %	20 %	344210349
26	NC_015948	TCGCG	2	10	43937	43946	0 %	20 %	40 %	40 %	344210349
27	NC_015948	ACGGA	2	10	47570	47579	40 %	0 %	40 %	20 %	344210351
28	NC_015948	ATCGA	2	10	48308	48317	40 %	20 %	20 %	20 %	344210351
29	NC_015948	AGGTG	2	10	49468	49477	20 %	20 %	60 %	0 %	344210351
30	NC_015948	TCCCG	2	10	50606	50615	0 %	20 %	20 %	60 %	344210354
31	NC_015948	ACCGA	2	10	51203	51212	40 %	0 %	20 %	40 %	344210355
32	NC_015948	CGACT	2	10	51425	51434	20 %	20 %	20 %	40 %	344210355
33	NC_015948	TCGGC	2	10	52552	52561	0 %	20 %	40 %	40 %	344210356
34	NC_015948	TCCGG	2	10	53329	53338	0 %	20 %	40 %	40 %	344210357
35	NC_015948	GCCGC	2	10	53817	53826	0 %	0 %	40 %	60 %	344210358
36	NC_015948	CTGTT	2	10	55997	56006	0 %	60 %	20 %	20 %	344210360
37	NC_015948	ACTCG	2	10	57378	57387	20 %	20 %	20 %	40 %	344210362
38	NC_015948	CCGGG	2	10	57523	57532	0 %	0 %	60 %	40 %	344210362
39	NC_015948	GAAGA	2	10	60611	60620	60 %	0 %	40 %	0 %	344210366
40	NC_015948	GTGGC	2	10	62457	62466	0 %	20 %	60 %	20 %	344210367
41	NC_015948	TCGCC	2	10	64569	64578	0 %	20 %	20 %	60 %	344210369
42	NC_015948	CCGGA	2	10	64837	64846	20 %	0 %	40 %	40 %	344210369
43	NC_015948	CCGCG	2	10	66327	66336	0 %	0 %	40 %	60 %	344210371
44	NC_015948	CGTCG	2	10	67048	67057	0 %	20 %	40 %	40 %	344210371
45	NC_015948	CAAGG	2	10	68833	68842	40 %	0 %	40 %	20 %	344210372
46	NC_015948	AGTCG	2	10	71083	71092	20 %	20 %	40 %	20 %	344210375
47	NC_015948	GTCGC	2	10	74329	74338	0 %	20 %	40 %	40 %	344210380
48	NC_015948	GACGA	2	10	76262	76271	40 %	0 %	40 %	20 %	344210383
49	NC_015948	GACGT	2	10	76849	76858	20 %	20 %	40 %	20 %	344210385
50	NC_015948	GTTCA	2	10	78035	78044	20 %	40 %	20 %	20 %	344210386
51	NC_015948	CGCGG	2	10	80803	80812	0 %	0 %	60 %	40 %	344210389
52	NC_015948	CCAGA	2	10	81693	81702	40 %	0 %	20 %	40 %	344210390
53	NC_015948	CGGCG	2	10	81762	81771	0 %	0 %	60 %	40 %	344210390
54	NC_015948	CGCGC	2	10	82435	82444	0 %	0 %	40 %	60 %	344210390
55	NC_015948	CGGCC	2	10	84234	84243	0 %	0 %	40 %	60 %	344210392
56	NC_015948	TGAAC	2	10	85649	85658	40 %	20 %	20 %	20 %	344210393
57	NC_015948	CGCGG	2	10	87740	87749	0 %	0 %	60 %	40 %	344210396
58	NC_015948	GGTCG	2	10	88307	88316	0 %	20 %	60 %	20 %	344210397
59	NC_015948	CGTCG	2	10	88583	88592	0 %	20 %	40 %	40 %	344210397
60	NC_015948	TCGAC	2	10	88765	88774	20 %	20 %	20 %	40 %	344210397
61	NC_015948	CGTCG	2	10	90471	90480	0 %	20 %	40 %	40 %	344210399
62	NC_015948	TGGAC	2	10	90569	90578	20 %	20 %	40 %	20 %	344210399
63	NC_015948	GCCCG	3	15	95250	95264	0 %	0 %	40 %	60 %	344210404
64	NC_015948	CGACG	2	10	97228	97237	20 %	0 %	40 %	40 %	344210407
65	NC_015948	TCGGT	2	10	98163	98172	0 %	40 %	40 %	20 %	344210407
66	NC_015948	AAGCG	2	10	101930	101939	40 %	0 %	40 %	20 %	344210414
67	NC_015948	GACAG	2	10	102037	102046	40 %	0 %	40 %	20 %	344210414
68	NC_015948	GTCCC	2	10	103927	103936	0 %	20 %	20 %	60 %	344210416
69	NC_015948	ACCGG	2	10	106336	106345	20 %	0 %	40 %	40 %	344210418
70	NC_015948	AGACG	2	10	106745	106754	40 %	0 %	40 %	20 %	344210418
71	NC_015948	AACGA	2	10	113269	113278	60 %	0 %	20 %	20 %	344210426
72	NC_015948	CGGCG	2	10	114665	114674	0 %	0 %	60 %	40 %	344210428
73	NC_015948	TCGGT	2	10	118222	118231	0 %	40 %	40 %	20 %	344210432
74	NC_015948	GCTTC	2	10	118745	118754	0 %	40 %	20 %	40 %	344210433
75	NC_015948	CACGC	2	10	121629	121638	20 %	0 %	20 %	60 %	344210435
76	NC_015948	ACGCC	2	10	122764	122773	20 %	0 %	20 %	60 %	344210435
77	NC_015948	CCCGA	2	10	122925	122934	20 %	0 %	20 %	60 %	344210435
78	NC_015948	CGCGG	2	10	125673	125682	0 %	0 %	60 %	40 %	344210438
79	NC_015948	CGACG	2	10	125963	125972	20 %	0 %	40 %	40 %	344210438
80	NC_015948	GACGA	2	10	126376	126385	40 %	0 %	40 %	20 %	344210438
81	NC_015948	GCCGG	2	10	127634	127643	0 %	0 %	60 %	40 %	344210439
82	NC_015948	CGGCG	2	10	130770	130779	0 %	0 %	60 %	40 %	344210443
83	NC_015948	CTCGC	2	10	131160	131169	0 %	20 %	20 %	60 %	344210444
84	NC_015948	CCGGT	2	10	133017	133026	0 %	20 %	40 %	40 %	344210446
85	NC_015948	ACGGC	2	10	134749	134758	20 %	0 %	40 %	40 %	344210448
86	NC_015948	CGCGA	2	10	135773	135782	20 %	0 %	40 %	40 %	344210449
87	NC_015948	ACCGG	2	10	136466	136475	20 %	0 %	40 %	40 %	344210450
88	NC_015948	GCAGC	2	10	137001	137010	20 %	0 %	40 %	40 %	344210450
89	NC_015948	TCTGC	2	10	137511	137520	0 %	40 %	20 %	40 %	344210451
90	NC_015948	GGCGC	2	10	142769	142778	0 %	0 %	60 %	40 %	344210458
91	NC_015948	GGAAC	2	10	145009	145018	40 %	0 %	40 %	20 %	344210460
92	NC_015948	AGTTC	2	10	145315	145324	20 %	40 %	20 %	20 %	344210460
93	NC_015948	GAACG	2	10	146410	146419	40 %	0 %	40 %	20 %	344210462
94	NC_015948	GCCCA	2	10	149887	149896	20 %	0 %	20 %	60 %	344210466
95	NC_015948	CCGAC	2	10	150522	150531	20 %	0 %	20 %	60 %	344210467
96	NC_015948	GCACA	2	10	152895	152904	40 %	0 %	20 %	40 %	344210471
97	NC_015948	CGACC	2	10	160058	160067	20 %	0 %	20 %	60 %	344210477
98	NC_015948	ACGTC	2	10	161560	161569	20 %	20 %	20 %	40 %	344210478
99	NC_015948	GCCCC	2	10	162412	162421	0 %	0 %	20 %	80 %	344210479
100	NC_015948	CGACG	2	10	163195	163204	20 %	0 %	40 %	40 %	344210480
101	NC_015948	TCGAC	2	10	164995	165004	20 %	20 %	20 %	40 %	344210482
102	NC_015948	CGAAG	2	10	165502	165511	40 %	0 %	40 %	20 %	344210483
103	NC_015948	CGACC	2	10	166504	166513	20 %	0 %	20 %	60 %	344210485
104	NC_015948	GCGCG	2	10	166561	166570	0 %	0 %	60 %	40 %	344210485
105	NC_015948	CCAGT	2	10	171370	171379	20 %	20 %	20 %	40 %	344210493
106	NC_015948	TCGCG	2	10	173429	173438	0 %	20 %	40 %	40 %	344210496
107	NC_015948	GCGTG	2	10	176781	176790	0 %	20 %	60 %	20 %	344210499
108	NC_015948	CCGCC	2	10	177648	177657	0 %	0 %	20 %	80 %	344210499
109	NC_015948	TCCGT	2	10	180846	180855	0 %	40 %	20 %	40 %	344210502
110	NC_015948	GACGG	2	10	180941	180950	20 %	0 %	60 %	20 %	344210502
111	NC_015948	TGGTG	2	10	181357	181366	0 %	40 %	60 %	0 %	344210502
112	NC_015948	TGGTC	2	10	182087	182096	0 %	40 %	40 %	20 %	344210503
113	NC_015948	GCTGG	2	10	188138	188147	0 %	20 %	60 %	20 %	344210509
114	NC_015948	GGGGA	2	10	188332	188341	20 %	0 %	80 %	0 %	344210510
115	NC_015948	CGACG	2	10	189134	189143	20 %	0 %	40 %	40 %	344210511
116	NC_015948	GGCGA	2	10	190519	190528	20 %	0 %	60 %	20 %	344210513
117	NC_015948	CCGTC	2	10	191936	191945	0 %	20 %	20 %	60 %	344210514
118	NC_015948	ACGGT	2	10	193477	193486	20 %	20 %	40 %	20 %	344210516
119	NC_015948	GCCCG	2	10	193978	193987	0 %	0 %	40 %	60 %	344210516
120	NC_015948	GGCGA	2	10	194045	194054	20 %	0 %	60 %	20 %	344210516
121	NC_015948	TCGCC	2	10	194838	194847	0 %	20 %	20 %	60 %	344210517
122	NC_015948	CGTTC	2	10	195363	195372	0 %	40 %	20 %	40 %	344210517
123	NC_015948	ACTGC	2	10	195776	195785	20 %	20 %	20 %	40 %	344210518
124	NC_015948	GCGTC	2	10	198296	198305	0 %	20 %	40 %	40 %	344210520
125	NC_015948	CGACG	2	10	204058	204067	20 %	0 %	40 %	40 %	344210525
126	NC_015948	GGTCC	2	10	207040	207049	0 %	20 %	40 %	40 %	344210527
127	NC_015948	CGACC	2	10	207891	207900	20 %	0 %	20 %	60 %	344210527
128	NC_015948	GGGCT	2	10	209469	209478	0 %	20 %	60 %	20 %	344210528
129	NC_015948	TGCCG	2	10	210255	210264	0 %	20 %	40 %	40 %	344210529
130	NC_015948	TCGCG	2	10	211061	211070	0 %	20 %	40 %	40 %	344210530
131	NC_015948	GTTCG	2	10	220586	220595	0 %	40 %	40 %	20 %	344210534
132	NC_015948	GATTC	2	10	223327	223336	20 %	40 %	20 %	20 %	344210537
133	NC_015948	AGTTT	2	10	224065	224074	20 %	60 %	20 %	0 %	344210538
134	NC_015948	GCCCG	2	10	225368	225377	0 %	0 %	40 %	60 %	344210539
135	NC_015948	CGGCG	2	10	226137	226146	0 %	0 %	60 %	40 %	344210540
136	NC_015948	ACGGA	2	10	227758	227767	40 %	0 %	40 %	20 %	344210544
137	NC_015948	GGGCC	2	10	235647	235656	0 %	0 %	60 %	40 %	344210551
138	NC_015948	GCCGG	2	10	236384	236393	0 %	0 %	60 %	40 %	344210552
139	NC_015948	AAGAC	2	10	240037	240046	60 %	0 %	20 %	20 %	344210556
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141	NC_015948	CGGCG	2	10	241509	241518	0 %	0 %	60 %	40 %	344210557
142	NC_015948	AGCGT	2	10	245806	245815	20 %	20 %	40 %	20 %	344210563
143	NC_015948	GAAGA	2	10	247145	247154	60 %	0 %	40 %	0 %	344210564
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146	NC_015948	GGGCG	2	10	251183	251192	0 %	0 %	80 %	20 %	344210568
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148	NC_015948	CTCGA	2	10	254382	254391	20 %	20 %	20 %	40 %	344210568
149	NC_015948	CTGGG	2	10	254448	254457	0 %	20 %	60 %	20 %	344210568
150	NC_015948	GACCG	2	10	255662	255671	20 %	0 %	40 %	40 %	344210570
151	NC_015948	CCAGA	2	10	259613	259622	40 %	0 %	20 %	40 %	344210575
152	NC_015948	CGTTG	2	10	262835	262844	0 %	40 %	40 %	20 %	344210578
153	NC_015948	CCGAC	2	10	263584	263593	20 %	0 %	20 %	60 %	344210578
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155	NC_015948	GCACG	2	10	266620	266629	20 %	0 %	40 %	40 %	344210579
156	NC_015948	GCGGG	2	10	270299	270308	0 %	0 %	80 %	20 %	344210582
157	NC_015948	CCGTC	2	10	270967	270976	0 %	20 %	20 %	60 %	344210582
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160	NC_015948	GCGTC	2	10	274646	274655	0 %	20 %	40 %	40 %	344210585
161	NC_015948	AGCGG	2	10	283482	283491	20 %	0 %	60 %	20 %	344210592
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163	NC_015948	GCGAT	2	10	290525	290534	20 %	20 %	40 %	20 %	344210599
164	NC_015948	CGCGC	2	10	293234	293243	0 %	0 %	40 %	60 %	344210602
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167	NC_015948	AGCCG	2	10	299227	299236	20 %	0 %	40 %	40 %	344210607
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169	NC_015948	CGGCG	2	10	302076	302085	0 %	0 %	60 %	40 %	344210608
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202	NC_015948	CCATT	2	10	350536	350545	20 %	40 %	0 %	40 %	344210663
203	NC_015948	AGTCC	2	10	352053	352062	20 %	20 %	20 %	40 %	344210664
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250	NC_015948	CCCAT	2	10	418757	418766	20 %	20 %	0 %	60 %	344210740
251	NC_015948	TTCGA	2	10	419848	419857	20 %	40 %	20 %	20 %	344210741
252	NC_015948	GCCAC	2	10	419957	419966	20 %	0 %	20 %	60 %	344210741
253	NC_015948	CAACG	2	10	420610	420619	40 %	0 %	20 %	40 %	344210742
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255	NC_015948	CGACG	2	10	425239	425248	20 %	0 %	40 %	40 %	344210747
256	NC_015948	GTCGG	2	10	426151	426160	0 %	20 %	60 %	20 %	344210748
257	NC_015948	CGGGC	2	10	427617	427626	0 %	0 %	60 %	40 %	344210749
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259	NC_015948	GCCAT	2	10	432022	432031	20 %	20 %	20 %	40 %	344210756
260	NC_015948	TTCGG	2	10	436550	436559	0 %	40 %	40 %	20 %	344210762
261	NC_015948	TGCGA	2	10	436913	436922	20 %	20 %	40 %	20 %	344210762
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