MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Haloarcula hispanica ATCC 33960 chromosome II

Total Repeats: 253

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015943	CGAGA	2	10	1403	1412	40 %	0 %	40 %	20 %	344209487
2	NC_015943	TGCAG	2	10	19745	19754	20 %	20 %	40 %	20 %	344209503
3	NC_015943	CTCGG	2	10	21447	21456	0 %	20 %	40 %	40 %	344209507
4	NC_015943	GTTCC	2	10	22797	22806	0 %	40 %	20 %	40 %	344209507
5	NC_015943	CCGAT	2	10	24519	24528	20 %	20 %	20 %	40 %	344209508
6	NC_015943	CGTCC	2	10	28456	28465	0 %	20 %	20 %	60 %	344209513
7	NC_015943	GACTG	2	10	28832	28841	20 %	20 %	40 %	20 %	344209514
8	NC_015943	TCGTG	2	10	29643	29652	0 %	40 %	40 %	20 %	344209515
9	NC_015943	TGCTT	2	10	29890	29899	0 %	60 %	20 %	20 %	344209515
10	NC_015943	TCGGC	2	10	32346	32355	0 %	20 %	40 %	40 %	344209519
11	NC_015943	CAATC	2	10	33511	33520	40 %	20 %	0 %	40 %	344209521
12	NC_015943	ATAGA	2	10	34565	34574	60 %	20 %	20 %	0 %	344209523
13	NC_015943	CGCCT	2	10	39024	39033	0 %	20 %	20 %	60 %	344209526
14	NC_015943	CATCT	2	10	39073	39082	20 %	40 %	0 %	40 %	344209526
15	NC_015943	GTTCG	2	10	39967	39976	0 %	40 %	40 %	20 %	344209527
16	NC_015943	TGAAA	2	10	49401	49410	60 %	20 %	20 %	0 %	344209544
17	NC_015943	ATTTC	2	10	50016	50025	20 %	60 %	0 %	20 %	344209545
18	NC_015943	ACCGA	2	10	52423	52432	40 %	0 %	20 %	40 %	344209546
19	NC_015943	CTGAT	2	10	52526	52535	20 %	40 %	20 %	20 %	344209546
20	NC_015943	TTGAA	2	10	54401	54410	40 %	40 %	20 %	0 %	344209548
21	NC_015943	TCAGT	2	10	55493	55502	20 %	40 %	20 %	20 %	344209550
22	NC_015943	ACGGA	2	10	56066	56075	40 %	0 %	40 %	20 %	344209550
23	NC_015943	GTCAA	2	10	57758	57767	40 %	20 %	20 %	20 %	344209551
24	NC_015943	CGCCA	2	10	62645	62654	20 %	0 %	20 %	60 %	344209554
25	NC_015943	CCGTC	2	10	64412	64421	0 %	20 %	20 %	60 %	344209558
26	NC_015943	GTTCG	2	10	67474	67483	0 %	40 %	40 %	20 %	344209559
27	NC_015943	GCCCG	2	10	72933	72942	0 %	0 %	40 %	60 %	344209564
28	NC_015943	GAATC	2	10	73370	73379	40 %	20 %	20 %	20 %	344209565
29	NC_015943	CTTCT	2	10	76511	76520	0 %	60 %	0 %	40 %	344209568
30	NC_015943	TGTAC	2	10	77321	77330	20 %	40 %	20 %	20 %	344209568
31	NC_015943	ATTCA	2	10	81588	81597	40 %	40 %	0 %	20 %	344209572
32	NC_015943	CATTC	2	10	83601	83610	20 %	40 %	0 %	40 %	344209575
33	NC_015943	TTCAG	2	10	85887	85896	20 %	40 %	20 %	20 %	344209578
34	NC_015943	CTCGG	2	10	88671	88680	0 %	20 %	40 %	40 %	344209581
35	NC_015943	CTTCA	2	10	89209	89218	20 %	40 %	0 %	40 %	344209581
36	NC_015943	GCCAC	2	10	91074	91083	20 %	0 %	20 %	60 %	344209583
37	NC_015943	TACGA	2	10	92519	92528	40 %	20 %	20 %	20 %	344209585
38	NC_015943	AGCAA	2	10	93460	93469	60 %	0 %	20 %	20 %	344209586
39	NC_015943	GACAG	2	10	94122	94131	40 %	0 %	40 %	20 %	344209587
40	NC_015943	GGCGA	2	10	94143	94152	20 %	0 %	60 %	20 %	344209587
41	NC_015943	AAATA	2	10	94347	94356	80 %	20 %	0 %	0 %	344209587
42	NC_015943	AGACG	2	10	96793	96802	40 %	0 %	40 %	20 %	344209592
43	NC_015943	ATTCA	2	10	100517	100526	40 %	40 %	0 %	20 %	344209598
44	NC_015943	GCTGG	2	10	101871	101880	0 %	20 %	60 %	20 %	344209600
45	NC_015943	GGGCT	2	10	102212	102221	0 %	20 %	60 %	20 %	344209601
46	NC_015943	TCGAG	2	10	106420	106429	20 %	20 %	40 %	20 %	344209606
47	NC_015943	AGACG	2	10	107563	107572	40 %	0 %	40 %	20 %	344209607
48	NC_015943	AGCCC	2	10	112349	112358	20 %	0 %	20 %	60 %	344209613
49	NC_015943	CGTCT	2	10	117740	117749	0 %	40 %	20 %	40 %	344209622
50	NC_015943	CCAGC	2	10	118313	118322	20 %	0 %	20 %	60 %	344209624
51	NC_015943	TTTGC	2	10	121594	121603	0 %	60 %	20 %	20 %	344209629
52	NC_015943	TCGTA	2	10	122535	122544	20 %	40 %	20 %	20 %	344209630
53	NC_015943	TATTG	2	10	123850	123859	20 %	60 %	20 %	0 %	344209632
54	NC_015943	GATCA	2	10	124063	124072	40 %	20 %	20 %	20 %	344209632
55	NC_015943	ACGAC	2	10	124996	125005	40 %	0 %	20 %	40 %	344209633
56	NC_015943	GAACA	2	10	125085	125094	60 %	0 %	20 %	20 %	344209633
57	NC_015943	TTGCA	2	10	128922	128931	20 %	40 %	20 %	20 %	344209635
58	NC_015943	CCGAG	2	10	131026	131035	20 %	0 %	40 %	40 %	344209637
59	NC_015943	ACTGA	2	10	134419	134428	40 %	20 %	20 %	20 %	344209641
60	NC_015943	CTCCG	2	10	138259	138268	0 %	20 %	20 %	60 %	344209645
61	NC_015943	CTTTT	2	10	138821	138830	0 %	80 %	0 %	20 %	344209646
62	NC_015943	TCGCT	2	10	139512	139521	0 %	40 %	20 %	40 %	344209646
63	NC_015943	GTTGC	2	10	139891	139900	0 %	40 %	40 %	20 %	344209646
64	NC_015943	AGCCC	2	10	140100	140109	20 %	0 %	20 %	60 %	344209646
65	NC_015943	GAACT	2	10	142740	142749	40 %	20 %	20 %	20 %	344209648
66	NC_015943	ATTTT	2	10	145358	145367	20 %	80 %	0 %	0 %	344209649
67	NC_015943	GACGT	2	10	146185	146194	20 %	20 %	40 %	20 %	344209650
68	NC_015943	GGCGA	2	10	146281	146290	20 %	0 %	60 %	20 %	344209650
69	NC_015943	GAACT	2	10	149873	149882	40 %	20 %	20 %	20 %	344209655
70	NC_015943	TCGGT	2	10	151058	151067	0 %	40 %	40 %	20 %	344209656
71	NC_015943	GACCG	2	10	154490	154499	20 %	0 %	40 %	40 %	344209659
72	NC_015943	ATCGG	2	10	155115	155124	20 %	20 %	40 %	20 %	344209659
73	NC_015943	AAACT	2	10	156413	156422	60 %	20 %	0 %	20 %	344209660
74	NC_015943	TCTCC	2	10	156636	156645	0 %	40 %	0 %	60 %	344209660
75	NC_015943	TCAGC	2	10	157366	157375	20 %	20 %	20 %	40 %	344209661
76	NC_015943	TCCGC	2	10	158097	158106	0 %	20 %	20 %	60 %	344209661
77	NC_015943	CAGCG	2	10	163611	163620	20 %	0 %	40 %	40 %	344209666
78	NC_015943	GTACA	2	10	164736	164745	40 %	20 %	20 %	20 %	344209666
79	NC_015943	CGAAC	2	10	170219	170228	40 %	0 %	20 %	40 %	344209670
80	NC_015943	TCCGG	2	10	172982	172991	0 %	20 %	40 %	40 %	344209671
81	NC_015943	TGTGG	2	10	175841	175850	0 %	40 %	60 %	0 %	344209676
82	NC_015943	CATCC	2	10	178524	178533	20 %	20 %	0 %	60 %	344209679
83	NC_015943	ATAGT	2	10	178828	178837	40 %	40 %	20 %	0 %	344209679
84	NC_015943	CCCCT	2	10	179379	179388	0 %	20 %	0 %	80 %	344209679
85	NC_015943	TCTGG	2	10	180540	180549	0 %	40 %	40 %	20 %	344209680
86	NC_015943	GTCAG	2	10	183002	183011	20 %	20 %	40 %	20 %	344209682
87	NC_015943	ATCCG	2	10	187901	187910	20 %	20 %	20 %	40 %	344209685
88	NC_015943	AGGAG	2	10	188321	188330	40 %	0 %	60 %	0 %	344209685
89	NC_015943	TACAA	2	10	195468	195477	60 %	20 %	0 %	20 %	344209694
90	NC_015943	GGATG	2	10	195534	195543	20 %	20 %	60 %	0 %	344209694
91	NC_015943	AACGA	2	10	195586	195595	60 %	0 %	20 %	20 %	344209694
92	NC_015943	GCCCC	2	10	199150	199159	0 %	0 %	20 %	80 %	344209700
93	NC_015943	ACACA	2	10	204851	204860	60 %	0 %	0 %	40 %	344209706
94	NC_015943	TGGCG	2	10	210874	210883	0 %	20 %	60 %	20 %	344209712
95	NC_015943	CGCGT	2	10	211061	211070	0 %	20 %	40 %	40 %	344209712
96	NC_015943	CGATC	2	10	213663	213672	20 %	20 %	20 %	40 %	344209713
97	NC_015943	TGTGG	2	10	218686	218695	0 %	40 %	60 %	0 %	344209718
98	NC_015943	TGGGA	2	10	223182	223191	20 %	20 %	60 %	0 %	344209721
99	NC_015943	GAGAC	2	10	225737	225746	40 %	0 %	40 %	20 %	344209723
100	NC_015943	GCTGT	2	10	227875	227884	0 %	40 %	40 %	20 %	344209725
101	NC_015943	GAATC	2	10	230148	230157	40 %	20 %	20 %	20 %	344209726
102	NC_015943	CAAGC	2	10	230646	230655	40 %	0 %	20 %	40 %	344209726
103	NC_015943	GAACG	2	10	231993	232002	40 %	0 %	40 %	20 %	344209727
104	NC_015943	AGACG	2	10	233327	233336	40 %	0 %	40 %	20 %	344209729
105	NC_015943	TCAGG	2	10	234267	234276	20 %	20 %	40 %	20 %	344209730
106	NC_015943	CGATA	2	10	234677	234686	40 %	20 %	20 %	20 %	344209730
107	NC_015943	TTCGA	2	10	235058	235067	20 %	40 %	20 %	20 %	344209731
108	NC_015943	GTCAT	2	10	235148	235157	20 %	40 %	20 %	20 %	344209731
109	NC_015943	CATCG	2	10	237583	237592	20 %	20 %	20 %	40 %	344209734
110	NC_015943	TCGAA	2	10	240180	240189	40 %	20 %	20 %	20 %	344209736
111	NC_015943	AAGGG	2	10	244175	244184	40 %	0 %	60 %	0 %	344209740
112	NC_015943	GCTGA	2	10	246014	246023	20 %	20 %	40 %	20 %	344209742
113	NC_015943	GTTCG	2	10	246336	246345	0 %	40 %	40 %	20 %	344209742
114	NC_015943	GAGTT	2	10	248972	248981	20 %	40 %	40 %	0 %	344209742
115	NC_015943	TCGGT	2	10	249701	249710	0 %	40 %	40 %	20 %	344209742
116	NC_015943	GACCG	2	10	250132	250141	20 %	0 %	40 %	40 %	344209742
117	NC_015943	CAGTC	2	10	250536	250545	20 %	20 %	20 %	40 %	344209743
118	NC_015943	GGTTC	2	10	251656	251665	0 %	40 %	40 %	20 %	344209744
119	NC_015943	GCTTG	2	10	253068	253077	0 %	40 %	40 %	20 %	344209745
120	NC_015943	CGATT	2	10	253565	253574	20 %	40 %	20 %	20 %	344209745
121	NC_015943	ACAGC	2	10	255839	255848	40 %	0 %	20 %	40 %	344209746
122	NC_015943	GTTCG	2	10	259498	259507	0 %	40 %	40 %	20 %	344209751
123	NC_015943	AGACG	2	10	259608	259617	40 %	0 %	40 %	20 %	344209751
124	NC_015943	ACGGC	2	10	260438	260447	20 %	0 %	40 %	40 %	344209753
125	NC_015943	GACCA	2	10	260854	260863	40 %	0 %	20 %	40 %	344209753
126	NC_015943	CGTGT	2	10	261393	261402	0 %	40 %	40 %	20 %	344209754
127	NC_015943	ACGAC	2	10	265103	265112	40 %	0 %	20 %	40 %	344209758
128	NC_015943	TCGAT	2	10	265563	265572	20 %	40 %	20 %	20 %	344209759
129	NC_015943	CATCC	2	10	270197	270206	20 %	20 %	0 %	60 %	344209764
130	NC_015943	ACTCG	2	10	280723	280732	20 %	20 %	20 %	40 %	344209772
131	NC_015943	TCCAG	2	10	284203	284212	20 %	20 %	20 %	40 %	344209775
132	NC_015943	CCGTT	2	10	284217	284226	0 %	40 %	20 %	40 %	344209775
133	NC_015943	CTCTT	2	10	286426	286435	0 %	60 %	0 %	40 %	344209776
134	NC_015943	GTCGG	2	10	288275	288284	0 %	20 %	60 %	20 %	344209777
135	NC_015943	ACGTC	2	10	288651	288660	20 %	20 %	20 %	40 %	344209778
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138	NC_015943	CCCGA	2	10	295973	295982	20 %	0 %	20 %	60 %	344209787
139	NC_015943	TTCTG	2	10	304509	304518	0 %	60 %	20 %	20 %	344209794
140	NC_015943	CGGAT	2	10	306465	306474	20 %	20 %	40 %	20 %	344209796
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146	NC_015943	CCGAC	2	10	313056	313065	20 %	0 %	20 %	60 %	344209800
147	NC_015943	GATGG	2	10	313428	313437	20 %	20 %	60 %	0 %	344209800
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149	NC_015943	GGACT	2	10	318135	318144	20 %	20 %	40 %	20 %	344209805
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162	NC_015943	CGGGG	2	10	345455	345464	0 %	0 %	80 %	20 %	344209826
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165	NC_015943	CCGAG	2	10	346840	346849	20 %	0 %	40 %	40 %	344209826
166	NC_015943	GTGCT	2	10	347135	347144	0 %	40 %	40 %	20 %	344209826
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169	NC_015943	CGTCG	2	10	349458	349467	0 %	20 %	40 %	40 %	344209830
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172	NC_015943	TCGCC	2	10	352602	352611	0 %	20 %	20 %	60 %	344209833
173	NC_015943	CAGTG	2	10	352652	352661	20 %	20 %	40 %	20 %	344209833
174	NC_015943	CCGAT	2	10	355510	355519	20 %	20 %	20 %	40 %	344209835
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177	NC_015943	TCAGT	2	10	356447	356456	20 %	40 %	20 %	20 %	344209836
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179	NC_015943	ACCGG	2	10	356880	356889	20 %	0 %	40 %	40 %	344209837
180	NC_015943	GCTGG	2	10	367024	367033	0 %	20 %	60 %	20 %	344209850
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201	NC_015943	CCCGA	2	10	421246	421255	20 %	0 %	20 %	60 %	344209884
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244	NC_015943	AGCGA	2	10	472574	472583	40 %	0 %	40 %	20 %	344209925
245	NC_015943	ACTCC	2	10	476241	476250	20 %	20 %	0 %	60 %	344209929
246	NC_015943	GGACT	2	10	480521	480530	20 %	20 %	40 %	20 %	344209935
247	NC_015943	TGTTC	2	10	480715	480724	0 %	60 %	20 %	20 %	344209935
248	NC_015943	GCCCA	2	10	481576	481585	20 %	0 %	20 %	60 %	344209936
249	NC_015943	AGCCA	2	10	482765	482774	40 %	0 %	20 %	40 %	344209937
250	NC_015943	GATGG	2	10	483266	483275	20 %	20 %	60 %	0 %	344209938
251	NC_015943	TTCGC	2	10	485274	485283	0 %	40 %	20 %	40 %	344209939
252	NC_015943	CGAAC	2	10	486007	486016	40 %	0 %	20 %	40 %	344209939
253	NC_015943	TCGAC	2	10	486915	486924	20 %	20 %	20 %	40 %	344209940

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.