MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Halopiger xanaduensis SH-6 plasmid pHALXA02

Total Repeats: 435

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015667	GCAT	2	8	133	140	25 %	25 %	25 %	25 %	336251561
2	NC_015667	GGCA	2	8	653	660	25 %	0 %	50 %	25 %	336251562
3	NC_015667	CGTC	2	8	1542	1549	0 %	25 %	25 %	50 %	336251563
4	NC_015667	CGGA	2	8	1582	1589	25 %	0 %	50 %	25 %	336251563
5	NC_015667	CGGA	2	8	1606	1613	25 %	0 %	50 %	25 %	336251563
6	NC_015667	CCAA	2	8	2012	2019	50 %	0 %	0 %	50 %	336251563
7	NC_015667	CGAT	2	8	2357	2364	25 %	25 %	25 %	25 %	336251563
8	NC_015667	TGGC	2	8	2502	2509	0 %	25 %	50 %	25 %	336251563
9	NC_015667	GCTG	2	8	2670	2677	0 %	25 %	50 %	25 %	336251564
10	NC_015667	TTCG	2	8	3288	3295	0 %	50 %	25 %	25 %	336251564
11	NC_015667	AGTG	2	8	3444	3451	25 %	25 %	50 %	0 %	336251564
12	NC_015667	ACGA	2	8	3763	3770	50 %	0 %	25 %	25 %	336251565
13	NC_015667	TCGC	2	8	4682	4689	0 %	25 %	25 %	50 %	336251566
14	NC_015667	CGTT	2	8	4695	4702	0 %	50 %	25 %	25 %	336251566
15	NC_015667	CGTT	2	8	5379	5386	0 %	50 %	25 %	25 %	336251566
16	NC_015667	ATTC	2	8	5473	5480	25 %	50 %	0 %	25 %	336251566
17	NC_015667	TCGT	2	8	5589	5596	0 %	50 %	25 %	25 %	336251566
18	NC_015667	ACGA	2	8	7848	7855	50 %	0 %	25 %	25 %	336251567
19	NC_015667	AACG	2	8	8568	8575	50 %	0 %	25 %	25 %	336251568
20	NC_015667	GATC	2	8	8622	8629	25 %	25 %	25 %	25 %	336251568
21	NC_015667	ACCG	2	8	8649	8656	25 %	0 %	25 %	50 %	336251568
22	NC_015667	TCAC	2	8	9853	9860	25 %	25 %	0 %	50 %	336251568
23	NC_015667	CTCA	2	8	10975	10982	25 %	25 %	0 %	50 %	336251568
24	NC_015667	GAGC	2	8	12087	12094	25 %	0 %	50 %	25 %	336251569
25	NC_015667	ACCA	2	8	12672	12679	50 %	0 %	0 %	50 %	336251570
26	NC_015667	CCGA	2	8	14691	14698	25 %	0 %	25 %	50 %	336251571
27	NC_015667	GTCG	2	8	14711	14718	0 %	25 %	50 %	25 %	336251571
28	NC_015667	CACG	2	8	14750	14757	25 %	0 %	25 %	50 %	336251571
29	NC_015667	CCGA	2	8	14863	14870	25 %	0 %	25 %	50 %	336251571
30	NC_015667	CAGC	2	8	14977	14984	25 %	0 %	25 %	50 %	336251571
31	NC_015667	CGGC	2	8	16093	16100	0 %	0 %	50 %	50 %	336251572
32	NC_015667	TCAC	2	8	16218	16225	25 %	25 %	0 %	50 %	336251573
33	NC_015667	CGCT	2	8	16381	16388	0 %	25 %	25 %	50 %	336251573
34	NC_015667	CTCG	2	8	16613	16620	0 %	25 %	25 %	50 %	336251574
35	NC_015667	GACG	2	8	16849	16856	25 %	0 %	50 %	25 %	336251574
36	NC_015667	TCGC	2	8	17192	17199	0 %	25 %	25 %	50 %	336251575
37	NC_015667	CGAC	2	8	17495	17502	25 %	0 %	25 %	50 %	336251575
38	NC_015667	AGCG	2	8	17535	17542	25 %	0 %	50 %	25 %	336251575
39	NC_015667	CGAG	2	8	18484	18491	25 %	0 %	50 %	25 %	336251576
40	NC_015667	CACT	2	8	18717	18724	25 %	25 %	0 %	50 %	336251576
41	NC_015667	GACA	2	8	19253	19260	50 %	0 %	25 %	25 %	336251577
42	NC_015667	GAAA	2	8	19733	19740	75 %	0 %	25 %	0 %	336251578
43	NC_015667	CGGC	2	8	19748	19755	0 %	0 %	50 %	50 %	336251578
44	NC_015667	TCGA	2	8	19810	19817	25 %	25 %	25 %	25 %	336251578
45	NC_015667	ACGA	2	8	21355	21362	50 %	0 %	25 %	25 %	336251582
46	NC_015667	GAGT	2	8	22531	22538	25 %	25 %	50 %	0 %	336251583
47	NC_015667	CGGA	2	8	22758	22765	25 %	0 %	50 %	25 %	336251583
48	NC_015667	CCGA	2	8	22860	22867	25 %	0 %	25 %	50 %	336251583
49	NC_015667	CCAT	2	8	23115	23122	25 %	25 %	0 %	50 %	336251583
50	NC_015667	ACGA	2	8	23177	23184	50 %	0 %	25 %	25 %	336251583
51	NC_015667	CTGG	2	8	23208	23215	0 %	25 %	50 %	25 %	336251583
52	NC_015667	TGAG	2	8	24212	24219	25 %	25 %	50 %	0 %	336251584
53	NC_015667	CGGA	2	8	24244	24251	25 %	0 %	50 %	25 %	336251584
54	NC_015667	CCGG	2	8	24330	24337	0 %	0 %	50 %	50 %	336251584
55	NC_015667	GCCA	2	8	24370	24377	25 %	0 %	25 %	50 %	336251584
56	NC_015667	TGAG	2	8	24434	24441	25 %	25 %	50 %	0 %	336251584
57	NC_015667	GCAA	2	8	25738	25745	50 %	0 %	25 %	25 %	336251585
58	NC_015667	TCAA	2	8	26001	26008	50 %	25 %	0 %	25 %	336251585
59	NC_015667	CCTG	2	8	26234	26241	0 %	25 %	25 %	50 %	336251585
60	NC_015667	ACCG	2	8	27194	27201	25 %	0 %	25 %	50 %	336251586
61	NC_015667	ATCA	2	8	27340	27347	50 %	25 %	0 %	25 %	336251586
62	NC_015667	GAGC	2	8	27546	27553	25 %	0 %	50 %	25 %	336251586
63	NC_015667	CCGT	2	8	28652	28659	0 %	25 %	25 %	50 %	336251587
64	NC_015667	TCGG	2	8	28686	28693	0 %	25 %	50 %	25 %	336251587
65	NC_015667	CGTC	2	8	29007	29014	0 %	25 %	25 %	50 %	336251587
66	NC_015667	CCGG	2	8	29513	29520	0 %	0 %	50 %	50 %	336251587
67	NC_015667	TCGC	2	8	29871	29878	0 %	25 %	25 %	50 %	336251587
68	NC_015667	CGCT	2	8	30514	30521	0 %	25 %	25 %	50 %	336251588
69	NC_015667	ACTA	2	8	32121	32128	50 %	25 %	0 %	25 %	336251590
70	NC_015667	CTCG	2	8	33113	33120	0 %	25 %	25 %	50 %	336251590
71	NC_015667	GATT	2	8	33697	33704	25 %	50 %	25 %	0 %	336251591
72	NC_015667	TCCA	2	8	34064	34071	25 %	25 %	0 %	50 %	336251591
73	NC_015667	TCGC	2	8	34163	34170	0 %	25 %	25 %	50 %	336251591
74	NC_015667	TGCT	2	8	34344	34351	0 %	50 %	25 %	25 %	336251591
75	NC_015667	CGAA	2	8	34601	34608	50 %	0 %	25 %	25 %	336251592
76	NC_015667	AGCC	2	8	34656	34663	25 %	0 %	25 %	50 %	336251592
77	NC_015667	CAAA	2	8	35139	35146	75 %	0 %	0 %	25 %	336251592
78	NC_015667	GATG	2	8	35483	35490	25 %	25 %	50 %	0 %	336251592
79	NC_015667	TCGA	2	8	35765	35772	25 %	25 %	25 %	25 %	336251592
80	NC_015667	AGTG	2	8	36385	36392	25 %	25 %	50 %	0 %	336251593
81	NC_015667	GGCC	2	8	36456	36463	0 %	0 %	50 %	50 %	336251593
82	NC_015667	TGCC	2	8	36585	36592	0 %	25 %	25 %	50 %	336251593
83	NC_015667	CAAC	2	8	37702	37709	50 %	0 %	0 %	50 %	336251594
84	NC_015667	GGCG	2	8	39098	39105	0 %	0 %	75 %	25 %	336251596
85	NC_015667	GACG	2	8	39153	39160	25 %	0 %	50 %	25 %	336251596
86	NC_015667	AGAA	2	8	40294	40301	75 %	0 %	25 %	0 %	336251598
87	NC_015667	CTCC	2	8	40509	40516	0 %	25 %	0 %	75 %	336251599
88	NC_015667	CGAT	2	8	41220	41227	25 %	25 %	25 %	25 %	336251600
89	NC_015667	GCTG	2	8	42075	42082	0 %	25 %	50 %	25 %	336251601
90	NC_015667	CCAT	2	8	42207	42214	25 %	25 %	0 %	50 %	336251601
91	NC_015667	AAGG	2	8	43321	43328	50 %	0 %	50 %	0 %	336251602
92	NC_015667	GACC	2	8	44631	44638	25 %	0 %	25 %	50 %	336251603
93	NC_015667	TCGA	2	8	44934	44941	25 %	25 %	25 %	25 %	336251603
94	NC_015667	TCCG	2	8	45687	45694	0 %	25 %	25 %	50 %	336251604
95	NC_015667	CGCC	2	8	45748	45755	0 %	0 %	25 %	75 %	336251604
96	NC_015667	GATC	2	8	45874	45881	25 %	25 %	25 %	25 %	336251604
97	NC_015667	GCCG	2	8	46537	46544	0 %	0 %	50 %	50 %	336251605
98	NC_015667	CGGG	2	8	46658	46665	0 %	0 %	75 %	25 %	336251605
99	NC_015667	TCAG	2	8	48595	48602	25 %	25 %	25 %	25 %	336251606
100	NC_015667	GCTC	2	8	49531	49538	0 %	25 %	25 %	50 %	336251607
101	NC_015667	GAAC	2	8	49732	49739	50 %	0 %	25 %	25 %	336251607
102	NC_015667	GAAG	2	8	49761	49768	50 %	0 %	50 %	0 %	336251607
103	NC_015667	ATCG	2	8	49775	49782	25 %	25 %	25 %	25 %	336251607
104	NC_015667	CGAA	2	8	51331	51338	50 %	0 %	25 %	25 %	336251609
105	NC_015667	TCTG	2	8	51347	51354	0 %	50 %	25 %	25 %	336251609
106	NC_015667	CGAT	2	8	51506	51513	25 %	25 %	25 %	25 %	336251609
107	NC_015667	CTGG	2	8	54084	54091	0 %	25 %	50 %	25 %	336251611
108	NC_015667	GCGA	2	8	54721	54728	25 %	0 %	50 %	25 %	336251611
109	NC_015667	ATCA	2	8	56451	56458	50 %	25 %	0 %	25 %	336251612
110	NC_015667	GGAC	2	8	56496	56503	25 %	0 %	50 %	25 %	336251612
111	NC_015667	GCGA	2	8	56560	56567	25 %	0 %	50 %	25 %	336251612
112	NC_015667	GCAA	2	8	59266	59273	50 %	0 %	25 %	25 %	336251614
113	NC_015667	GCTC	2	8	59415	59422	0 %	25 %	25 %	50 %	336251614
114	NC_015667	TCAC	2	8	60657	60664	25 %	25 %	0 %	50 %	336251617
115	NC_015667	CCTG	2	8	60817	60824	0 %	25 %	25 %	50 %	336251617
116	NC_015667	AGTA	2	8	61323	61330	50 %	25 %	25 %	0 %	336251618
117	NC_015667	CGAG	2	8	61562	61569	25 %	0 %	50 %	25 %	336251619
118	NC_015667	GACC	2	8	61647	61654	25 %	0 %	25 %	50 %	336251619
119	NC_015667	CAGC	2	8	61668	61675	25 %	0 %	25 %	50 %	336251619
120	NC_015667	CCGA	2	8	61881	61888	25 %	0 %	25 %	50 %	336251619
121	NC_015667	GCCA	2	8	62050	62057	25 %	0 %	25 %	50 %	336251620
122	NC_015667	GATG	2	8	62303	62310	25 %	25 %	50 %	0 %	336251620
123	NC_015667	TCGA	2	8	62416	62423	25 %	25 %	25 %	25 %	336251620
124	NC_015667	CCGG	2	8	63066	63073	0 %	0 %	50 %	50 %	336251620
125	NC_015667	TCGG	2	8	63249	63256	0 %	25 %	50 %	25 %	336251620
126	NC_015667	ACCG	2	8	63665	63672	25 %	0 %	25 %	50 %	336251621
127	NC_015667	CGAG	2	8	63919	63926	25 %	0 %	50 %	25 %	336251621
128	NC_015667	CGAA	2	8	64144	64151	50 %	0 %	25 %	25 %	336251622
129	NC_015667	CTCG	2	8	64561	64568	0 %	25 %	25 %	50 %	336251622
130	NC_015667	CTGG	2	8	64618	64625	0 %	25 %	50 %	25 %	336251622
131	NC_015667	CGGC	2	8	65234	65241	0 %	0 %	50 %	50 %	336251623
132	NC_015667	ACGA	2	8	65242	65249	50 %	0 %	25 %	25 %	336251623
133	NC_015667	TCGG	2	8	65609	65616	0 %	25 %	50 %	25 %	336251623
134	NC_015667	GTTC	2	8	65672	65679	0 %	50 %	25 %	25 %	336251623
135	NC_015667	GCGA	2	8	65746	65753	25 %	0 %	50 %	25 %	336251623
136	NC_015667	AGTC	2	8	65801	65808	25 %	25 %	25 %	25 %	336251623
137	NC_015667	CCGA	2	8	65944	65951	25 %	0 %	25 %	50 %	336251623
138	NC_015667	CGGG	2	8	66541	66548	0 %	0 %	75 %	25 %	336251624
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.