MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Halogeometricum borinquense DSM 11551 plasmid pHBOR04

Total Repeats: 79

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014732	CACCGT	2	12	1491	1502	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	313122371
2	NC_014732	GACGGC	2	12	4938	4949	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	313122374
3	NC_014732	GACGGC	2	12	5226	5237	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	313122374
4	NC_014732	ATGCTG	2	12	9734	9745	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	313122379
5	NC_014732	AAAGAC	2	12	10871	10882	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	313122379
6	NC_014732	ACGGTC	2	12	17993	18004	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	313122383
7	NC_014732	TCGTGT	2	12	18922	18933	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	313122384
8	NC_014732	ACATGT	2	12	19585	19596	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	313122385
9	NC_014732	TTCGTC	2	12	25144	25155	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	313122389
10	NC_014732	GAAACG	2	12	26841	26852	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	313122391
11	NC_014732	TCGCCC	2	12	28213	28224	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	313122392
12	NC_014732	TCGCCG	2	12	29004	29015	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	313122393
13	NC_014732	CGAACA	2	12	30383	30394	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	313122395
14	NC_014732	ACGTTC	2	12	32108	32119	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	313122399
15	NC_014732	ACCGTA	2	12	35005	35016	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	313122401
16	NC_014732	AACGAG	2	12	37480	37491	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	313122404
17	NC_014732	TCTCCA	2	12	39131	39142	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	313122405
18	NC_014732	GAGTGC	2	12	39819	39830	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	313122405
19	NC_014732	CCGTAG	2	12	42445	42456	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	313122408
20	NC_014732	CGAACT	2	12	49241	49252	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	313122418
21	NC_014732	AGTTGG	2	12	50824	50835	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	313122420
22	NC_014732	GCGTTC	2	12	59122	59133	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122427
23	NC_014732	GCGGTC	2	12	60199	60210	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	313122429
24	NC_014732	CGGCGT	2	12	65918	65929	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	313122434
25	NC_014732	CGACGC	2	12	72044	72055	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	313122437
26	NC_014732	CGGAAA	2	12	73094	73105	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	313122437
27	NC_014732	ACGGAG	2	12	76213	76224	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	313122438
28	NC_014732	AGTGCG	2	12	81448	81459	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	313122442
29	NC_014732	GCCGAG	2	12	82346	82357	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	313122443
30	NC_014732	GTTTCG	2	12	84491	84502	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	313122444
31	NC_014732	CGTCGC	2	12	85956	85967	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	313122444
32	NC_014732	GCTGTT	2	12	86536	86547	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	313122444
33	NC_014732	GCCCCG	2	12	91041	91052	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	313122451
34	NC_014732	CGACGC	2	12	93557	93568	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	313122452
35	NC_014732	GAGACG	2	12	96371	96382	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	313122454
36	NC_014732	GAAGCG	2	12	96944	96955	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	313122454
37	NC_014732	CGCGGG	2	12	98649	98660	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	313122455
38	NC_014732	AGCGGT	2	12	103700	103711	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	313122462
39	NC_014732	TTCGAT	2	12	104641	104652	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	313122464
40	NC_014732	CGACCG	2	12	108584	108595	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	313122467
41	NC_014732	CGCTGT	2	12	110241	110252	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122470
42	NC_014732	CGTGAG	2	12	110869	110880	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	313122471
43	NC_014732	CCGAGT	2	12	110898	110909	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	313122471
44	NC_014732	TAGATG	2	12	113013	113024	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	313122471
45	NC_014732	GAACTC	2	12	113778	113789	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	313122472
46	NC_014732	CCGTCG	2	12	115123	115134	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	313122473
47	NC_014732	CGTCGG	2	12	122743	122754	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	313122479
48	NC_014732	CCGACG	2	12	128063	128074	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	313122484
49	NC_014732	TTCGAT	2	12	132387	132398	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	313122488
50	NC_014732	GACTGG	2	12	135784	135795	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	313122490
51	NC_014732	ACGGTT	2	12	138531	138542	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	313122494
52	NC_014732	ACGCGT	2	12	138802	138813	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	313122495
53	NC_014732	GGCGAT	2	12	143048	143059	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	313122499
54	NC_014732	CGATTT	2	12	145841	145852	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	313122503
55	NC_014732	ACCATC	2	12	148057	148068	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	313122505
56	NC_014732	AACGAG	2	12	148555	148566	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	313122505
57	NC_014732	ATGGCT	2	12	150860	150871	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	313122508
58	NC_014732	GTCTCG	2	12	152169	152180	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122511
59	NC_014732	GAGCGG	2	12	156412	156423	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	313122515
60	NC_014732	CGAACG	2	12	158980	158991	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122517
61	NC_014732	TCGTGG	2	12	159640	159651	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	313122518
62	NC_014732	AACAGT	2	12	160416	160427	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	313122519
63	NC_014732	TCGGCA	2	12	160428	160439	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	313122519
64	NC_014732	ATGTCG	2	12	162539	162550	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	313122521
65	NC_014732	CTGTGT	2	12	163814	163825	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	313122522
66	NC_014732	GACGTT	2	12	167867	167878	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	313122526
67	NC_014732	TTCTGC	2	12	168920	168931	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	313122527
68	NC_014732	GCGCTC	2	12	176523	176534	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	313122535
69	NC_014732	CATCGA	2	12	177623	177634	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	313122535
70	NC_014732	GTTCGA	2	12	178504	178515	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	313122536
71	NC_014732	GGAGAG	2	12	178736	178747	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	313122536
72	NC_014732	CGACCT	2	12	180179	180190	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	313122537
73	NC_014732	ACGGAG	2	12	185876	185887	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	313122543
74	NC_014732	TCGCGT	2	12	186885	186896	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122543
75	NC_014732	TCCGGA	2	12	188649	188660	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	313122545
76	NC_014732	CGGCAT	2	12	189271	189282	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	313122545
77	NC_014732	GTCATC	2	12	189332	189343	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	313122545
78	NC_014732	CGGGAC	2	12	190324	190335	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	313122545
79	NC_014732	GTGTAG	2	12	192733	192744	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	313122546

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.