MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Halalkalicoccus jeotgali B3 plasmid 2

Total Repeats: 101

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014299	CAATCT	2	12	9747	9758	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	300712779
2	NC_014299	ATCGAG	2	12	10640	10651	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	300712780
3	NC_014299	GCGTCG	2	12	11905	11916	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	300712780
4	NC_014299	GTTACT	2	12	14511	14522	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	300712781
5	NC_014299	ATGCTC	2	12	15244	15255	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	300712782
6	NC_014299	GACGGG	2	12	17415	17426	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	300712787
7	NC_014299	CGGTGG	2	12	17959	17970	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	300712788
8	NC_014299	CCGTAG	2	12	20106	20117	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	300712790
9	NC_014299	CGGCGA	2	12	20791	20802	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	300712790
10	NC_014299	TCGCGT	2	12	22952	22963	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300712793
11	NC_014299	CGAGGA	2	12	26618	26629	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	300712794
12	NC_014299	ACGCCA	2	12	29250	29261	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	300712796
13	NC_014299	CTACGC	2	12	29924	29935	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	300712797
14	NC_014299	CAGGAA	2	12	30102	30113	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	300712797
15	NC_014299	ACGCCG	2	12	37063	37074	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	300712803
16	NC_014299	CTTCAC	2	12	37902	37913	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	300712804
17	NC_014299	ACAGTG	2	12	39736	39747	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	300712806
18	NC_014299	CCAGAA	2	12	41232	41243	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	300712807
19	NC_014299	TTGCTC	2	12	50349	50360	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	300712816
20	NC_014299	TCGACG	2	12	51739	51750	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	300712816
21	NC_014299	ACTGTC	2	12	66185	66196	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	300712829
22	NC_014299	CTCCGT	2	12	71089	71100	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	300712834
23	NC_014299	AACGTC	2	12	72860	72871	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	300712835
24	NC_014299	TCGCAG	2	12	75981	75992	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	300712837
25	NC_014299	GCGTCT	2	12	76846	76857	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300712838
26	NC_014299	TATGAG	2	12	79958	79969	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	300712842
27	NC_014299	CGAACG	2	12	80846	80857	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300712842
28	NC_014299	ATGGAC	2	12	82052	82063	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	300712845
29	NC_014299	GCCACC	2	12	87309	87320	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	300712849
30	NC_014299	CGAGTG	2	12	88382	88393	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	300712850
31	NC_014299	TCGACT	2	12	89818	89829	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	300712852
32	NC_014299	TCTTCG	2	12	104968	104979	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	300712866
33	NC_014299	GTTATT	2	12	105342	105353	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	300712866
34	NC_014299	CGCGCT	2	12	106370	106381	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	300712867
35	NC_014299	ACGTCA	2	12	109148	109159	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	300712870
36	NC_014299	GGCGTT	2	12	112389	112400	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	300712873
37	NC_014299	TATGAG	2	12	122176	122187	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	300712879
38	NC_014299	TACCAA	2	12	122736	122747	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	300712879
39	NC_014299	CTTCGA	2	12	127515	127526	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	300712884
40	NC_014299	CATCGA	2	12	137906	137917	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	300712899
41	NC_014299	GCACAG	2	12	138817	138828	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300712900
42	NC_014299	TCGCGT	2	12	140432	140443	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300712900
43	NC_014299	CACTCG	2	12	152284	152295	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	300712916
44	NC_014299	TACGAA	2	12	154102	154113	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	300712918
45	NC_014299	GGACAC	2	12	161097	161108	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300712926
46	NC_014299	CATACC	2	12	165124	165135	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	300712932
47	NC_014299	AATCAT	2	12	165540	165551	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	300712933
48	NC_014299	GGGCGA	2	12	165669	165680	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	300712933
49	NC_014299	AGGACC	2	12	166660	166671	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300712935
50	NC_014299	CAATTG	2	12	167841	167852	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	300712940
51	NC_014299	ATTACG	2	12	167861	167872	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	300712940
52	NC_014299	TCTCGA	2	12	168050	168061	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	300712941
53	NC_014299	ATCAGA	2	12	169188	169199	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	300712942
54	NC_014299	ATGCTG	2	12	172907	172918	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	300712948
55	NC_014299	ACGGCG	2	12	174429	174440	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	300712951
56	NC_014299	GGACAC	2	12	179864	179875	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300712957
57	NC_014299	CATACC	2	12	183891	183902	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	300712963
58	NC_014299	AATCAT	2	12	184307	184318	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	300712964
59	NC_014299	GGGCGA	2	12	184436	184447	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	300712964
60	NC_014299	AGGACC	2	12	185427	185438	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300712966
61	NC_014299	CAATTG	2	12	186608	186619	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	300712971
62	NC_014299	ATTACG	2	12	186628	186639	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	300712971
63	NC_014299	TCTCGA	2	12	186817	186828	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	300712972
64	NC_014299	ATCAGA	2	12	187955	187966	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	300712973
65	NC_014299	ATGCTG	2	12	191674	191685	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	300712979
66	NC_014299	ACGGCG	2	12	193196	193207	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	300712982
67	NC_014299	CAGTAT	2	12	197263	197274	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	300712984
68	NC_014299	ACTGAG	2	12	197940	197951	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	300712984
69	NC_014299	CTCGCT	2	12	204114	204125	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	300712993
70	NC_014299	GTTCGC	2	12	212525	212536	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300713001
71	NC_014299	TCGGGA	2	12	216907	216918	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	300713006
72	NC_014299	TGTCAC	2	12	226359	226370	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	300713015
73	NC_014299	GTAACT	2	12	228168	228179	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	300713017
74	NC_014299	CCCCGA	2	12	229104	229115	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	300713018
75	NC_014299	AATCTC	2	12	231354	231365	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	300713019
76	NC_014299	AACGTG	2	12	232711	232722	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	300713020
77	NC_014299	TCACCA	2	12	238108	238119	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	300713024
78	NC_014299	TCATCG	2	12	238624	238635	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	300713024
79	NC_014299	CATCGA	2	12	246249	246260	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	300713028
80	NC_014299	ACCCAG	2	12	249163	249174	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	300713030
81	NC_014299	GAAATC	2	12	253020	253031	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	300713033
82	NC_014299	CTCGAT	2	12	253041	253052	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	300713033
83	NC_014299	GGAAAC	2	12	253553	253564	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	300713033
84	NC_014299	CGTCGA	2	12	267644	267655	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	300713043
85	NC_014299	GACCAC	2	12	273136	273147	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	300713047
86	NC_014299	CGGATC	2	12	283348	283359	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	300713056
87	NC_014299	AGCGGT	2	12	302290	302301	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	300713078
88	NC_014299	GAGAAA	2	12	303078	303089	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	300713078
89	NC_014299	CGAAGA	2	12	304251	304262	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	300713079
90	NC_014299	TGATGC	2	12	310895	310906	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	300713084
91	NC_014299	TCGACG	2	12	313656	313667	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	300713087
92	NC_014299	CGCGGA	2	12	318394	318405	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	300713093
93	NC_014299	TGCTTC	2	12	319088	319099	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	300713094
94	NC_014299	TACGCC	2	12	323672	323683	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	300713098
95	NC_014299	TCAGTA	2	12	335845	335856	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	300713110
96	NC_014299	CGCCGG	2	12	337205	337216	0 %	0 %	50 %	50 %	300713113
97	NC_014299	CGGTGG	2	12	337653	337664	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	300713114
98	NC_014299	TGCTCG	2	12	347428	347439	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300713116
99	NC_014299	TGGACG	2	12	355444	355455	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	300713124
100	NC_014299	GTCGCG	2	12	356445	356456	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	300713125
101	NC_014299	CGTTCA	2	12	358483	358494	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	300713127

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.