MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Haloferax volcanii DS2 plasmid pHV4

Total Repeats: 428

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013966	AGACG	2	10	1084	1093	40 %	0 %	40 %	20 %	292653567
2	NC_013966	CGACT	2	10	2134	2143	20 %	20 %	20 %	40 %	292653568
3	NC_013966	TCGCC	2	10	2547	2556	0 %	20 %	20 %	60 %	292653568
4	NC_013966	CGTCC	2	10	5064	5073	0 %	20 %	20 %	60 %	292653570
5	NC_013966	CGAAG	2	10	6045	6054	40 %	0 %	40 %	20 %	292653571
6	NC_013966	TCACC	2	10	7012	7021	20 %	20 %	0 %	60 %	292653572
7	NC_013966	GTTGT	2	10	11008	11017	0 %	60 %	40 %	0 %	292653575
8	NC_013966	CGGCG	2	10	12194	12203	0 %	0 %	60 %	40 %	292653576
9	NC_013966	AGCGT	2	10	17965	17974	20 %	20 %	40 %	20 %	292653581
10	NC_013966	CAACG	2	10	18878	18887	40 %	0 %	20 %	40 %	292653583
11	NC_013966	GATCG	2	10	22500	22509	20 %	20 %	40 %	20 %	292653585
12	NC_013966	CACTT	2	10	25152	25161	20 %	40 %	0 %	40 %	292653589
13	NC_013966	CCAGA	2	10	28005	28014	40 %	0 %	20 %	40 %	292653593
14	NC_013966	GGCTC	2	10	28794	28803	0 %	20 %	40 %	40 %	292653593
15	NC_013966	CGAGT	2	10	31909	31918	20 %	20 %	40 %	20 %	292653600
16	NC_013966	AGAAC	2	10	32049	32058	60 %	0 %	20 %	20 %	292653600
17	NC_013966	ATATG	2	10	34217	34226	40 %	40 %	20 %	0 %	292653601
18	NC_013966	CGGAG	2	10	36043	36052	20 %	0 %	60 %	20 %	292653604
19	NC_013966	AACGG	2	10	36515	36524	40 %	0 %	40 %	20 %	292653604
20	NC_013966	CAAAC	2	10	36567	36576	60 %	0 %	0 %	40 %	292653604
21	NC_013966	ATCGC	2	10	37834	37843	20 %	20 %	20 %	40 %	292653607
22	NC_013966	GCTTC	2	10	38032	38041	0 %	40 %	20 %	40 %	292653607
23	NC_013966	GTCTC	2	10	38453	38462	0 %	40 %	20 %	40 %	292653607
24	NC_013966	CGCGG	2	10	40411	40420	0 %	0 %	60 %	40 %	292653609
25	NC_013966	TCGCG	2	10	40601	40610	0 %	20 %	40 %	40 %	292653610
26	NC_013966	TGCCC	2	10	40910	40919	0 %	20 %	20 %	60 %	292653610
27	NC_013966	CACAG	2	10	41600	41609	40 %	0 %	20 %	40 %	292653611
28	NC_013966	AGCCA	2	10	41761	41770	40 %	0 %	20 %	40 %	292653611
29	NC_013966	CGGAT	2	10	43208	43217	20 %	20 %	40 %	20 %	292653612
30	NC_013966	CGGTC	2	10	43244	43253	0 %	20 %	40 %	40 %	292653612
31	NC_013966	GAGTA	2	10	43283	43292	40 %	20 %	40 %	0 %	292653612
32	NC_013966	AGCGA	2	10	46367	46376	40 %	0 %	40 %	20 %	292653617
33	NC_013966	GCAAA	2	10	50678	50687	60 %	0 %	20 %	20 %	292653623
34	NC_013966	CTCTG	2	10	55600	55609	0 %	40 %	20 %	40 %	292653629
35	NC_013966	ACGAT	2	10	56599	56608	40 %	20 %	20 %	20 %	292653629
36	NC_013966	CTCGT	2	10	59709	59718	0 %	40 %	20 %	40 %	292653630
37	NC_013966	CTGTG	2	10	60660	60669	0 %	40 %	40 %	20 %	292653631
38	NC_013966	GCGTG	2	10	60870	60879	0 %	20 %	60 %	20 %	292653631
39	NC_013966	TTCGT	2	10	62036	62045	0 %	60 %	20 %	20 %	292653633
40	NC_013966	AGAGG	2	10	63427	63436	40 %	0 %	60 %	0 %	292653634
41	NC_013966	GCGGT	2	10	63984	63993	0 %	20 %	60 %	20 %	292653635
42	NC_013966	AGTTC	2	10	65229	65238	20 %	40 %	20 %	20 %	292653636
43	NC_013966	CAAAA	2	10	69056	69065	80 %	0 %	0 %	20 %	292653639
44	NC_013966	GGTGA	2	10	72835	72844	20 %	20 %	60 %	0 %	292653640
45	NC_013966	AATCA	2	10	74625	74634	60 %	20 %	0 %	20 %	292653641
46	NC_013966	CGATT	2	10	75918	75927	20 %	40 %	20 %	20 %	292653642
47	NC_013966	CTTCT	2	10	76321	76330	0 %	60 %	0 %	40 %	292653642
48	NC_013966	CGCCA	2	10	81397	81406	20 %	0 %	20 %	60 %	292653644
49	NC_013966	CGCTT	2	10	81803	81812	0 %	40 %	20 %	40 %	292653644
50	NC_013966	GCGGA	2	10	86548	86557	20 %	0 %	60 %	20 %	292653648
51	NC_013966	TCGAC	2	10	88003	88012	20 %	20 %	20 %	40 %	292653650
52	NC_013966	GTTCC	2	10	88567	88576	0 %	40 %	20 %	40 %	292653651
53	NC_013966	CCGTC	2	10	90985	90994	0 %	20 %	20 %	60 %	292653651
54	NC_013966	CGAAC	2	10	91441	91450	40 %	0 %	20 %	40 %	292653651
55	NC_013966	ACTCC	2	10	92009	92018	20 %	20 %	0 %	60 %	292653653
56	NC_013966	AATCC	2	10	95614	95623	40 %	20 %	0 %	40 %	292653655
57	NC_013966	AAAGC	2	10	97517	97526	60 %	0 %	20 %	20 %	292653657
58	NC_013966	CTGAC	2	10	99517	99526	20 %	20 %	20 %	40 %	292653658
59	NC_013966	CGCGA	2	10	101011	101020	20 %	0 %	40 %	40 %	292653659
60	NC_013966	TGGAG	2	10	101366	101375	20 %	20 %	60 %	0 %	292653660
61	NC_013966	AAATG	2	10	105811	105820	60 %	20 %	20 %	0 %	292653662
62	NC_013966	TTGGT	2	10	105990	105999	0 %	60 %	40 %	0 %	292653662
63	NC_013966	GCAGG	2	10	107125	107134	20 %	0 %	60 %	20 %	292653665
64	NC_013966	CGCCA	2	10	111274	111283	20 %	0 %	20 %	60 %	292653673
65	NC_013966	CGCTT	2	10	111680	111689	0 %	40 %	20 %	40 %	292653673
66	NC_013966	ATGAC	2	10	119916	119925	40 %	20 %	20 %	20 %	292653686
67	NC_013966	AAGCG	2	10	121901	121910	40 %	0 %	40 %	20 %	292653687
68	NC_013966	TGGCG	2	10	122307	122316	0 %	20 %	60 %	20 %	292653687
69	NC_013966	AGCGT	2	10	127163	127172	20 %	20 %	40 %	20 %	292653690
70	NC_013966	CGAGT	2	10	127835	127844	20 %	20 %	40 %	20 %	292653691
71	NC_013966	CGACT	2	10	134688	134697	20 %	20 %	20 %	40 %	292653697
72	NC_013966	GTCGG	2	10	134818	134827	0 %	20 %	60 %	20 %	292653697
73	NC_013966	CTGAA	2	10	139849	139858	40 %	20 %	20 %	20 %	292653704
74	NC_013966	CTGGA	2	10	144342	144351	20 %	20 %	40 %	20 %	292653708
75	NC_013966	TCGGT	2	10	145180	145189	0 %	40 %	40 %	20 %	292653708
76	NC_013966	GTTGG	2	10	147836	147845	0 %	40 %	60 %	0 %	292653709
77	NC_013966	GCTCA	2	10	148377	148386	20 %	20 %	20 %	40 %	292653710
78	NC_013966	AAGCG	2	10	149691	149700	40 %	0 %	40 %	20 %	292653711
79	NC_013966	CGAGG	2	10	151736	151745	20 %	0 %	60 %	20 %	292653713
80	NC_013966	GCGCC	2	10	152002	152011	0 %	0 %	40 %	60 %	292653714
81	NC_013966	CCGAC	2	10	157279	157288	20 %	0 %	20 %	60 %	292653717
82	NC_013966	GTCGC	2	10	159477	159486	0 %	20 %	40 %	40 %	292653718
83	NC_013966	CGAGC	2	10	162625	162634	20 %	0 %	40 %	40 %	292653720
84	NC_013966	GCGGG	2	10	164654	164663	0 %	0 %	80 %	20 %	292653722
85	NC_013966	GTCGA	2	10	166336	166345	20 %	20 %	40 %	20 %	292653723
86	NC_013966	AGCAC	2	10	167468	167477	40 %	0 %	20 %	40 %	292653725
87	NC_013966	AGCGG	2	10	173557	173566	20 %	0 %	60 %	20 %	292653731
88	NC_013966	CTCGT	2	10	174608	174617	0 %	40 %	20 %	40 %	292653733
89	NC_013966	GGGCC	2	10	174870	174879	0 %	0 %	60 %	40 %	292653733
90	NC_013966	CGACC	2	10	174962	174971	20 %	0 %	20 %	60 %	292653733
91	NC_013966	CGGCG	2	10	175002	175011	0 %	0 %	60 %	40 %	292653733
92	NC_013966	TCCGC	2	10	175197	175206	0 %	20 %	20 %	60 %	292653733
93	NC_013966	GATTC	2	10	179043	179052	20 %	40 %	20 %	20 %	292653735
94	NC_013966	GAGCC	2	10	179794	179803	20 %	0 %	40 %	40 %	292653736
95	NC_013966	GGTCA	2	10	180524	180533	20 %	20 %	40 %	20 %	292653737
96	NC_013966	GCGTC	2	10	180592	180601	0 %	20 %	40 %	40 %	292653737
97	NC_013966	GCGCC	2	10	180886	180895	0 %	0 %	40 %	60 %	292653737
98	NC_013966	CGAAC	2	10	181128	181137	40 %	0 %	20 %	40 %	292653737
99	NC_013966	CGGCG	2	10	181785	181794	0 %	0 %	60 %	40 %	292653738
100	NC_013966	AGACG	2	10	183634	183643	40 %	0 %	40 %	20 %	292653740
101	NC_013966	GACCG	2	10	183896	183905	20 %	0 %	40 %	40 %	292653740
102	NC_013966	CGAAT	2	10	186909	186918	40 %	20 %	20 %	20 %	292653744
103	NC_013966	CCGGC	2	10	187646	187655	0 %	0 %	40 %	60 %	292653746
104	NC_013966	CCGGG	2	10	188003	188012	0 %	0 %	60 %	40 %	292653746
105	NC_013966	TCGTC	2	10	189791	189800	0 %	40 %	20 %	40 %	292653749
106	NC_013966	GCGCC	2	10	190776	190785	0 %	0 %	40 %	60 %	292653750
107	NC_013966	TCGCC	2	10	192207	192216	0 %	20 %	20 %	60 %	292653752
108	NC_013966	CGGGA	2	10	192556	192565	20 %	0 %	60 %	20 %	292653752
109	NC_013966	GCGCG	2	10	193657	193666	0 %	0 %	60 %	40 %	292653754
110	NC_013966	CGTCG	2	10	194260	194269	0 %	20 %	40 %	40 %	292653754
111	NC_013966	CGAGC	2	10	194413	194422	20 %	0 %	40 %	40 %	292653754
112	NC_013966	GAGAC	2	10	197495	197504	40 %	0 %	40 %	20 %	292653756
113	NC_013966	CGACG	2	10	198432	198441	20 %	0 %	40 %	40 %	292653756
114	NC_013966	GCGAG	2	10	200166	200175	20 %	0 %	60 %	20 %	292653757
115	NC_013966	CGGCG	2	10	200179	200188	0 %	0 %	60 %	40 %	292653757
116	NC_013966	CGACG	2	10	201284	201293	20 %	0 %	40 %	40 %	292653758
117	NC_013966	CCACC	2	10	202444	202453	20 %	0 %	0 %	80 %	292653758
118	NC_013966	GTTCG	2	10	202831	202840	0 %	40 %	40 %	20 %	292653759
119	NC_013966	GGCCG	2	10	204007	204016	0 %	0 %	60 %	40 %	292653760
120	NC_013966	CGAGA	2	10	208650	208659	40 %	0 %	40 %	20 %	292653765
121	NC_013966	ACTCG	2	10	210685	210694	20 %	20 %	20 %	40 %	292653766
122	NC_013966	GGGAA	2	10	211454	211463	40 %	0 %	60 %	0 %	292653767
123	NC_013966	GATCG	2	10	211813	211822	20 %	20 %	40 %	20 %	292653767
124	NC_013966	GACCG	2	10	212753	212762	20 %	0 %	40 %	40 %	292653768
125	NC_013966	CCGAC	2	10	213885	213894	20 %	0 %	20 %	60 %	292653769
126	NC_013966	GACGG	2	10	214022	214031	20 %	0 %	60 %	20 %	292653769
127	NC_013966	ATCAC	2	10	215161	215170	40 %	20 %	0 %	40 %	292653769
128	NC_013966	GAACG	2	10	215489	215498	40 %	0 %	40 %	20 %	292653769
129	NC_013966	TTCGA	2	10	216863	216872	20 %	40 %	20 %	20 %	292653771
130	NC_013966	AACGA	2	10	216923	216932	60 %	0 %	20 %	20 %	292653771
131	NC_013966	TCTCG	2	10	221467	221476	0 %	40 %	20 %	40 %	292653775
132	NC_013966	CGGCG	2	10	222656	222665	0 %	0 %	60 %	40 %	292653777
133	NC_013966	GGCGT	2	10	225319	225328	0 %	20 %	60 %	20 %	292653779
134	NC_013966	GCGAC	2	10	225476	225485	20 %	0 %	40 %	40 %	292653779
135	NC_013966	GCCCG	2	10	225639	225648	0 %	0 %	40 %	60 %	292653779
136	NC_013966	GGGCC	2	10	226213	226222	0 %	0 %	60 %	40 %	292653779
137	NC_013966	GAGCC	2	10	227590	227599	20 %	0 %	40 %	40 %	292653781
138	NC_013966	CCGAA	2	10	227775	227784	40 %	0 %	20 %	40 %	292653781
139	NC_013966	CCAGG	2	10	228848	228857	20 %	0 %	40 %	40 %	292653782
140	NC_013966	CGTCC	2	10	229565	229574	0 %	20 %	20 %	60 %	292653782
141	NC_013966	CGACC	2	10	229871	229880	20 %	0 %	20 %	60 %	292653783
142	NC_013966	CTTCG	2	10	233043	233052	0 %	40 %	20 %	40 %	292653788
143	NC_013966	TCCCG	2	10	233459	233468	0 %	20 %	20 %	60 %	292653788
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168	NC_013966	GCGGT	2	10	275986	275995	0 %	20 %	60 %	20 %	292653828
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172	NC_013966	TCGAC	2	10	282857	282866	20 %	20 %	20 %	40 %	292653834
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249	NC_013966	CATTT	2	10	411148	411157	20 %	60 %	0 %	20 %	292653951
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257	NC_013966	TGGCG	2	10	427044	427053	0 %	20 %	60 %	20 %	292653966
258	NC_013966	GCCAC	2	10	428324	428333	20 %	0 %	20 %	60 %	292653968
259	NC_013966	CTCAT	2	10	429503	429512	20 %	40 %	0 %	40 %	292653969
260	NC_013966	AGCCG	2	10	431657	431666	20 %	0 %	40 %	40 %	292653972
261	NC_013966	GTCGC	2	10	436043	436052	0 %	20 %	40 %	40 %	292653975
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392	NC_013966	GCTTC	2	10	601348	601357	0 %	40 %	20 %	40 %	292654137
393	NC_013966	CGTTC	2	10	602077	602086	0 %	40 %	20 %	40 %	292654138
394	NC_013966	ACGAG	2	10	602152	602161	40 %	0 %	40 %	20 %	292654138
395	NC_013966	CCGTT	2	10	602425	602434	0 %	40 %	20 %	40 %	292654138
396	NC_013966	TCGCC	2	10	602476	602485	0 %	20 %	20 %	60 %	292654138
397	NC_013966	CCGAC	2	10	603453	603462	20 %	0 %	20 %	60 %	292654140
398	NC_013966	GCTCG	2	10	603943	603952	0 %	20 %	40 %	40 %	292654141
399	NC_013966	CGGCG	2	10	604845	604854	0 %	0 %	60 %	40 %	292654142
400	NC_013966	GAGAC	2	10	607122	607131	40 %	0 %	40 %	20 %	292654145
401	NC_013966	CGGAA	2	10	607452	607461	40 %	0 %	40 %	20 %	292654145
402	NC_013966	ACCGA	2	10	607481	607490	40 %	0 %	20 %	40 %	292654145
403	NC_013966	CGACT	2	10	607553	607562	20 %	20 %	20 %	40 %	292654145
404	NC_013966	GCGAC	2	10	607883	607892	20 %	0 %	40 %	40 %	292654146
405	NC_013966	GGGTC	2	10	607904	607913	0 %	20 %	60 %	20 %	292654146
406	NC_013966	GCGTC	2	10	610489	610498	0 %	20 %	40 %	40 %	292654149
407	NC_013966	GGGCG	2	10	611405	611414	0 %	0 %	80 %	20 %	292654150
408	NC_013966	CCTCG	2	10	611429	611438	0 %	20 %	20 %	60 %	292654150
409	NC_013966	GCGCG	2	10	611758	611767	0 %	0 %	60 %	40 %	292654151
410	NC_013966	CCGGG	2	10	612355	612364	0 %	0 %	60 %	40 %	292654151
411	NC_013966	GCGTC	2	10	613433	613442	0 %	20 %	40 %	40 %	292654152
412	NC_013966	CGCTC	2	10	615677	615686	0 %	20 %	20 %	60 %	292654156
413	NC_013966	CGTCC	2	10	617037	617046	0 %	20 %	20 %	60 %	292654157
414	NC_013966	CGTCG	2	10	618784	618793	0 %	20 %	40 %	40 %	292654158
415	NC_013966	ACTCG	2	10	618876	618885	20 %	20 %	20 %	40 %	292654159
416	NC_013966	CGCCA	2	10	619715	619724	20 %	0 %	20 %	60 %	292654160
417	NC_013966	CCGTC	2	10	620052	620061	0 %	20 %	20 %	60 %	292654160
418	NC_013966	CCGTC	2	10	622733	622742	0 %	20 %	20 %	60 %	292654163
419	NC_013966	CCGCG	2	10	626234	626243	0 %	0 %	40 %	60 %	292654166
420	NC_013966	TCGGT	2	10	627302	627311	0 %	40 %	40 %	20 %	292654168
421	NC_013966	CGGCG	2	10	628375	628384	0 %	0 %	60 %	40 %	292654168
422	NC_013966	CCGAA	2	10	628447	628456	40 %	0 %	20 %	40 %	292654168
423	NC_013966	GCGCG	2	10	631788	631797	0 %	0 %	60 %	40 %	292654173
424	NC_013966	ATCGA	2	10	632134	632143	40 %	20 %	20 %	20 %	292654173
425	NC_013966	CGCGG	2	10	632316	632325	0 %	0 %	60 %	40 %	292654173
426	NC_013966	CGCAC	2	10	633606	633615	20 %	0 %	20 %	60 %	292654174
427	NC_013966	ACCGA	2	10	633662	633671	40 %	0 %	20 %	40 %	292654174
428	NC_013966	CCGCG	2	10	634435	634444	0 %	0 %	40 %	60 %	292654175

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.