MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Haloterrigena turkmenica DSM 5511 plasmid pHTUR02

Total Repeats: 160

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013745	CACATC	2	12	3198	3209	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	284172527
2	NC_013745	CGACAC	2	12	6009	6020	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	284172528
3	NC_013745	GCGACG	2	12	6303	6314	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	284172529
4	NC_013745	CCGCAC	2	12	6692	6703	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	284172529
5	NC_013745	ACGTCC	2	12	7011	7022	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	284172529
6	NC_013745	TCCTCG	2	12	7590	7601	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	284172530
7	NC_013745	GTCTCC	2	12	8364	8375	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	284172530
8	NC_013745	ATGTCG	2	12	11550	11561	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	284172534
9	NC_013745	CGTCGG	2	12	11659	11670	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	284172534
10	NC_013745	TCGACG	2	12	13939	13950	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284172536
11	NC_013745	GATCTT	2	12	14954	14965	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	284172537
12	NC_013745	GTCGAC	2	12	16678	16689	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284172539
13	NC_013745	GCGGCC	2	12	23292	23303	0 %	0 %	50 %	50 %	284172543
14	NC_013745	CGAACG	2	12	29837	29848	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	284172549
15	NC_013745	GCGGTC	2	12	31410	31421	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	284172550
16	NC_013745	CGAACG	2	12	31900	31911	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	284172550
17	NC_013745	GAACGG	2	12	33652	33663	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	284172551
18	NC_013745	TCGGGA	2	12	36672	36683	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	284172554
19	NC_013745	AGCGGC	2	12	37503	37514	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	284172555
20	NC_013745	GAGAAG	2	12	38490	38501	50 %	0 %	50 %	0 %	284172555
21	NC_013745	GACGCC	2	12	40690	40701	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	284172556
22	NC_013745	TCGACG	2	12	42794	42805	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284172559
23	NC_013745	ACCGGA	2	12	45028	45039	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	284172560
24	NC_013745	CCCGGC	2	12	45432	45443	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	284172561
25	NC_013745	CGCCGA	2	12	45797	45808	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	284172561
26	NC_013745	TCGGCG	2	12	45826	45837	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	284172561
27	NC_013745	CAAGGG	2	12	45911	45922	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	284172561
28	NC_013745	AGGCGC	2	12	47561	47572	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	284172562
29	NC_013745	TGGCGA	2	12	49672	49683	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	284172563
30	NC_013745	GTCCTT	2	12	50735	50746	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	284172564
31	NC_013745	CCGCGT	2	12	52084	52095	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	284172566
32	NC_013745	TCGCGC	2	12	56959	56970	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	284172570
33	NC_013745	CGACCG	2	12	56984	56995	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	284172570
34	NC_013745	GACGCG	2	12	59523	59534	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	284172572
35	NC_013745	CCTCGT	2	12	59668	59679	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	284172572
36	NC_013745	TCGTCA	2	12	59725	59736	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	284172572
37	NC_013745	GCCAGC	2	12	62576	62587	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	284172573
38	NC_013745	TCGCGC	2	12	62591	62602	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	284172573
39	NC_013745	TCCTCG	2	12	62768	62779	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	284172573
40	NC_013745	TCGGTT	2	12	63873	63884	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	284172575
41	NC_013745	ACCGTC	2	12	64452	64463	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	284172576
42	NC_013745	CGTCGA	2	12	64519	64530	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284172576
43	NC_013745	CCTCGG	2	12	66831	66842	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	284172577
44	NC_013745	CTCGAC	2	12	72072	72083	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	284172582
45	NC_013745	CGCCGG	2	12	72956	72967	0 %	0 %	50 %	50 %	284172583
46	NC_013745	CCGTGG	2	12	74892	74903	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	284172584
47	NC_013745	TGACGA	2	12	76562	76573	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	284172585
48	NC_013745	CGTTCC	2	12	79174	79185	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	284172587
49	NC_013745	GCGCCG	2	12	79647	79658	0 %	0 %	50 %	50 %	284172588
50	NC_013745	GTTGAA	2	12	80786	80797	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	284172588
51	NC_013745	GAACTC	2	12	81286	81297	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	284172589
52	NC_013745	GAGGTA	2	12	81323	81334	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	284172589
53	NC_013745	ACGTCG	2	12	85914	85925	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284172593
54	NC_013745	AGTCGC	2	12	86550	86561	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284172593
55	NC_013745	CCGACG	2	12	91603	91614	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	284172596
56	NC_013745	GCCGTC	2	12	92702	92713	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	284172597
57	NC_013745	TCTCCG	2	12	93490	93501	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	284172597
58	NC_013745	GACGTC	2	12	94013	94024	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284172597
59	NC_013745	ACGGGA	2	12	94267	94278	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	284172597
60	NC_013745	CGGCGC	2	12	95251	95262	0 %	0 %	50 %	50 %	284172598
61	NC_013745	TCGCCG	2	12	96924	96935	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	284172599
62	NC_013745	TCGACG	2	12	98727	98738	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284172600
63	NC_013745	GCATCG	2	12	102931	102942	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284172604
64	NC_013745	CCAGTC	2	12	103272	103283	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	284172604
65	NC_013745	TCGTAC	2	12	106318	106329	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	284172606
66	NC_013745	TCCGGA	2	12	106897	106908	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284172606
67	NC_013745	CTTTCT	2	12	112092	112103	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	284172611
68	NC_013745	CGATAG	2	12	125614	125625	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	284172621
69	NC_013745	CTGTGA	2	12	136510	136521	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	284172635
70	NC_013745	ATCGAA	2	12	140263	140274	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	284172638
71	NC_013745	ACAAGA	2	12	149161	149172	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	284172646
72	NC_013745	GCTCAT	2	12	153779	153790	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	284172651
73	NC_013745	CACTCG	2	12	158889	158900	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	284172655
74	NC_013745	TCTTCG	2	12	158943	158954	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	284172655
75	NC_013745	TTCGGA	2	12	159497	159508	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	284172655
76	NC_013745	TCGCCG	2	12	174451	174462	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	284172670
77	NC_013745	TCGAAC	2	12	176240	176251	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	284172672
78	NC_013745	TTCGAA	2	12	176365	176376	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	284172672
79	NC_013745	ATCGAC	2	12	176957	176968	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	284172673
80	NC_013745	GCGACG	2	12	177240	177251	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	284172673
81	NC_013745	TCGCCG	2	12	177932	177943	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	284172674
82	NC_013745	CGGACG	2	12	178625	178636	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	284172674
83	NC_013745	TCAACG	2	12	178693	178704	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	284172675
84	NC_013745	ACGAGT	2	12	178918	178929	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	284172675
85	NC_013745	TCCCGG	2	12	192505	192516	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	284172692
86	NC_013745	GAGCTG	2	12	194873	194884	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	284172695
87	NC_013745	TCCGTC	2	12	199366	199377	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	284172697
88	NC_013745	CGTCGA	2	12	200304	200315	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284172698
89	NC_013745	CGGAGT	2	12	201665	201676	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	284172700
90	NC_013745	TCGGAT	2	12	214895	214906	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	284172710
91	NC_013745	GCTTTC	2	12	223312	223323	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	284172719
92	NC_013745	GACCGA	2	12	225019	225030	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	284172720
93	NC_013745	CCCGTG	2	12	227593	227604	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	284172723
94	NC_013745	AGATAT	2	12	230065	230076	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	284172725
95	NC_013745	ATCGTG	2	12	232777	232788	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	284172727
96	NC_013745	ACTTCG	2	12	233108	233119	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	284172727
97	NC_013745	GAGATG	2	12	241638	241649	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	284172733
98	NC_013745	GTGTCG	2	12	246275	246286	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	284172737
99	NC_013745	CGTCGC	2	12	246288	246299	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	284172737
100	NC_013745	GGTCGA	2	12	247490	247501	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	284172738
101	NC_013745	AACATG	2	12	256098	256109	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	284172745
102	NC_013745	GCAGGC	2	12	258166	258177	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	284172746
103	NC_013745	GCGACG	2	12	259456	259467	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	284172747
104	NC_013745	ACGGCG	2	12	260888	260899	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	284172748
105	NC_013745	CCGGTC	2	12	262765	262776	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	284172749
106	NC_013745	TACGCC	2	12	272337	272348	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	284172754
107	NC_013745	CGTCGG	2	12	273006	273017	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	284172755
108	NC_013745	CCGACC	2	12	276351	276362	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	284172758
109	NC_013745	ACGTCG	2	12	280525	280536	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284172760
110	NC_013745	CGTTCG	2	12	280577	280588	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	284172760
111	NC_013745	GCCGAC	2	12	280848	280859	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	284172760
112	NC_013745	CGCCGA	2	12	280871	280882	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	284172760
113	NC_013745	GTAGTT	2	12	282034	282045	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	284172761
114	NC_013745	CGCCGA	2	12	284542	284553	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	284172762
115	NC_013745	GTCGAG	2	12	287709	287720	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	284172764
116	NC_013745	CGGTCG	2	12	296197	296208	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	284172773
117	NC_013745	GACGGT	2	12	298480	298491	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	284172774
118	NC_013745	TCACGA	2	12	298740	298751	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	284172774
119	NC_013745	CGACGT	2	12	298792	298803	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284172774
120	NC_013745	ACGCCG	2	12	301434	301445	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	284172775
121	NC_013745	CTCGTG	2	12	304376	304387	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	284172777
122	NC_013745	CGCTGG	2	12	304422	304433	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	284172777
123	NC_013745	CCCGAG	2	12	304682	304693	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	284172777
124	NC_013745	CTCGTC	2	12	308049	308060	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	284172779
125	NC_013745	GACGTC	2	12	310496	310507	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284172781
126	NC_013745	CGATCG	2	12	311710	311721	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284172781
127	NC_013745	CGATGA	2	12	312738	312749	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	284172782
128	NC_013745	ATCGAA	2	12	315633	315644	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	284172784
129	NC_013745	CGGACG	2	12	321166	321177	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	284172788
130	NC_013745	TCGCCG	2	12	322546	322557	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	284172788
131	NC_013745	CGTCGA	2	12	322670	322681	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284172788
132	NC_013745	AGCCCG	2	12	324244	324255	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	284172789
133	NC_013745	CGTCGC	2	12	331829	331840	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	284172794
134	NC_013745	TGGACG	2	12	336045	336056	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	284172797
135	NC_013745	GCGTCG	2	12	337284	337295	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	284172798
136	NC_013745	GCGCTC	2	12	338831	338842	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	284172799
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138	NC_013745	GATCCC	2	12	350968	350979	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	284172809
139	NC_013745	GCAACG	2	12	352670	352681	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	284172810
140	NC_013745	CGCTTC	2	12	353021	353032	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	284172810
141	NC_013745	CGCTCA	2	12	355088	355099	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	284172810
142	NC_013745	TCGCTG	2	12	357039	357050	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	284172813
143	NC_013745	GTCGAA	2	12	372857	372868	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	284172822
144	NC_013745	ACACCA	2	12	383174	383185	50 %	0 %	0 %	50 %	284172834
145	NC_013745	GCCGCG	2	12	386166	386177	0 %	0 %	50 %	50 %	284172836
146	NC_013745	TCGACG	2	12	389521	389532	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284172837
147	NC_013745	GTAGAG	2	12	393301	393312	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	284172842
148	NC_013745	CGGTTC	2	12	394343	394354	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	284172843
149	NC_013745	GTCTCG	2	12	397457	397468	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	284172844
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152	NC_013745	CGACGT	2	12	399851	399862	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284172846
153	NC_013745	GACGGT	2	12	404460	404471	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	284172849
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155	NC_013745	AGACCG	2	12	407976	407987	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	284172851
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159	NC_013745	CTACGA	2	12	413299	413310	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	284172853
160	NC_013745	TCCGGA	2	12	413364	413375	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284172853

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.