MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Halothiobacillus neapolitanus c2 chromosome

Total Repeats: 45067

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_013422	GGT	2	6	27132	27137	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	261854654
502	NC_013422	CGC	2	6	27215	27220	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	261854654
503	NC_013422	GTG	2	6	27229	27234	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	261854654
504	NC_013422	AGCCCA	2	12	27257	27268	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	261854654
505	NC_013422	GT	3	6	27278	27283	0 %	50 %	50 %	0 %	261854654
506	NC_013422	GGGC	2	8	27299	27306	0 %	0 %	75 %	25 %	261854654
507	NC_013422	GCG	2	6	27325	27330	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	261854654
508	NC_013422	GCAA	2	8	27426	27433	50 %	0 %	25 %	25 %	261854654
509	NC_013422	TGA	2	6	27467	27472	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	261854654
510	NC_013422	AAC	2	6	27571	27576	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	261854654
511	NC_013422	TGC	2	6	27617	27622	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	261854654
512	NC_013422	GAG	2	6	27807	27812	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	261854654
513	NC_013422	CGA	2	6	27839	27844	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	261854654
514	NC_013422	CG	3	6	27856	27861	0 %	0 %	50 %	50 %	261854654
515	NC_013422	T	7	7	27917	27923	0 %	100 %	0 %	0 %	261854654
516	NC_013422	GGC	2	6	27963	27968	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	261854654
517	NC_013422	GCC	2	6	28048	28053	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	261854654
518	NC_013422	CGA	2	6	28190	28195	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	261854654
519	NC_013422	CGC	2	6	28238	28243	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	261854654
520	NC_013422	GA	3	6	28273	28278	50 %	0 %	50 %	0 %	261854654
521	NC_013422	CG	3	6	28312	28317	0 %	0 %	50 %	50 %	261854654
522	NC_013422	CG	4	8	28352	28359	0 %	0 %	50 %	50 %	261854654
523	NC_013422	A	6	6	28380	28385	100 %	0 %	0 %	0 %	261854654
524	NC_013422	GTTTTC	2	12	28428	28439	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	261854654
525	NC_013422	CGC	2	6	28455	28460	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	261854654
526	NC_013422	GCC	2	6	28476	28481	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	261854654
527	NC_013422	AT	3	6	28507	28512	50 %	50 %	0 %	0 %	261854654
528	NC_013422	GCA	2	6	28574	28579	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	261854654
529	NC_013422	AGGT	2	8	28627	28634	25 %	25 %	50 %	0 %	261854654
530	NC_013422	GTA	2	6	28755	28760	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	261854654
531	NC_013422	CGG	2	6	28796	28801	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	261854654
532	NC_013422	GGCA	2	8	28877	28884	25 %	0 %	50 %	25 %	261854654
533	NC_013422	GTT	2	6	28893	28898	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	261854654
534	NC_013422	GC	3	6	28976	28981	0 %	0 %	50 %	50 %	261854654
535	NC_013422	TCA	2	6	28984	28989	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	261854654
536	NC_013422	GAC	2	6	28998	29003	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	261854654
537	NC_013422	AGC	2	6	29251	29256	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	261854654
538	NC_013422	GGT	2	6	29433	29438	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	261854654
539	NC_013422	T	6	6	29438	29443	0 %	100 %	0 %	0 %	261854654
540	NC_013422	GGCG	2	8	29457	29464	0 %	0 %	75 %	25 %	261854654
541	NC_013422	CAT	2	6	29499	29504	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	261854654
542	NC_013422	CG	3	6	29518	29523	0 %	0 %	50 %	50 %	261854654
543	NC_013422	CG	3	6	29633	29638	0 %	0 %	50 %	50 %	261854654
544	NC_013422	TG	4	8	29666	29673	0 %	50 %	50 %	0 %	261854654
545	NC_013422	CAA	2	6	29841	29846	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	261854655
546	NC_013422	GCG	2	6	29900	29905	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	261854655
547	NC_013422	AGAA	2	8	29969	29976	75 %	0 %	25 %	0 %	261854655
548	NC_013422	A	6	6	30040	30045	100 %	0 %	0 %	0 %	261854655
549	NC_013422	GGC	2	6	30046	30051	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	261854655
550	NC_013422	ACC	2	6	30118	30123	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	261854655
551	NC_013422	TCG	2	6	30128	30133	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	261854655
552	NC_013422	GTG	2	6	30161	30166	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	261854655
553	NC_013422	CGG	3	9	30180	30188	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	261854655
554	NC_013422	AC	3	6	30230	30235	50 %	0 %	0 %	50 %	261854655
555	NC_013422	GCC	2	6	30259	30264	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	261854655
556	NC_013422	GC	3	6	30274	30279	0 %	0 %	50 %	50 %	261854655
557	NC_013422	CCA	3	9	30316	30324	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	261854655
558	NC_013422	CGG	2	6	30600	30605	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	261854656
559	NC_013422	CCGG	2	8	30611	30618	0 %	0 %	50 %	50 %	261854656
560	NC_013422	CGG	2	6	30623	30628	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	261854656
561	NC_013422	GGT	2	6	30730	30735	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	261854656
562	NC_013422	TGA	2	6	30791	30796	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	261854656
563	NC_013422	GTG	2	6	30804	30809	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	261854656
564	NC_013422	TGC	2	6	30821	30826	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	261854656
565	NC_013422	GTG	2	6	30869	30874	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	261854656
566	NC_013422	ATG	2	6	30878	30883	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	261854656
567	NC_013422	GTT	2	6	31054	31059	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	261854656
568	NC_013422	CGA	2	6	31149	31154	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	261854656
569	NC_013422	GC	3	6	31244	31249	0 %	0 %	50 %	50 %	261854656
570	NC_013422	T	6	6	31292	31297	0 %	100 %	0 %	0 %	261854656
571	NC_013422	GCG	2	6	31342	31347	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	261854656
572	NC_013422	T	7	7	31396	31402	0 %	100 %	0 %	0 %	261854656
573	NC_013422	TGG	2	6	31440	31445	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	261854656
574	NC_013422	GCC	2	6	31447	31452	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	261854656
575	NC_013422	GGC	2	6	31463	31468	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	261854656
576	NC_013422	CAG	2	6	31552	31557	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	261854656
577	NC_013422	CCG	2	6	31559	31564	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	261854656
578	NC_013422	ACC	2	6	31583	31588	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	261854656
579	NC_013422	TCT	2	6	31745	31750	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	261854656
580	NC_013422	GT	3	6	31755	31760	0 %	50 %	50 %	0 %	261854656
581	NC_013422	CG	3	6	31800	31805	0 %	0 %	50 %	50 %	261854656
582	NC_013422	TGC	2	6	31845	31850	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	261854656
583	NC_013422	TGC	2	6	31920	31925	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	261854656
584	NC_013422	GAC	2	6	31933	31938	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	261854656
585	NC_013422	GCA	2	6	32031	32036	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	261854656
586	NC_013422	GCC	4	12	32044	32055	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	261854656
587	NC_013422	GCA	2	6	32065	32070	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	261854656
588	NC_013422	CAC	2	6	32077	32082	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	261854656
589	NC_013422	CACGGC	2	12	32098	32109	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	261854656
590	NC_013422	CTTG	2	8	32130	32137	0 %	50 %	25 %	25 %	261854656
591	NC_013422	GGT	2	6	32233	32238	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	261854656
592	NC_013422	CGGTG	2	10	32242	32251	0 %	20 %	60 %	20 %	261854656
593	NC_013422	GTT	2	6	32294	32299	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	261854656
594	NC_013422	GCG	2	6	32301	32306	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	261854656
595	NC_013422	ATG	2	6	32355	32360	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	261854656
596	NC_013422	GCG	2	6	32445	32450	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	261854657
597	NC_013422	CGT	2	6	32467	32472	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	261854657
598	NC_013422	CGG	2	6	32516	32521	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	261854657
599	NC_013422	GGC	3	9	32717	32725	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	261854657
600	NC_013422	TCG	2	6	32730	32735	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	261854657
601	NC_013422	CGC	2	6	32781	32786	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	261854657
602	NC_013422	GGC	2	6	32793	32798	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	261854657
603	NC_013422	CGG	2	6	33067	33072	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	261854657
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605	NC_013422	CGGT	2	8	33190	33197	0 %	25 %	50 %	25 %	261854657
606	NC_013422	TGC	2	6	33201	33206	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	261854657
607	NC_013422	AGC	2	6	33225	33230	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	261854657
608	NC_013422	GAT	2	6	33332	33337	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	261854657
609	NC_013422	TCA	2	6	33340	33345	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	261854657
610	NC_013422	ATT	2	6	33773	33778	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	261854658
611	NC_013422	GCA	2	6	33823	33828	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	261854658
612	NC_013422	AAC	2	6	33923	33928	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	261854658
613	NC_013422	GCTG	2	8	34015	34022	0 %	25 %	50 %	25 %	261854658
614	NC_013422	GC	3	6	34072	34077	0 %	0 %	50 %	50 %	261854658
615	NC_013422	CCA	2	6	34117	34122	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	261854658
616	NC_013422	GC	3	6	34140	34145	0 %	0 %	50 %	50 %	261854658
617	NC_013422	CGGC	2	8	34170	34177	0 %	0 %	50 %	50 %	261854658
618	NC_013422	GGC	2	6	34193	34198	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	261854658
619	NC_013422	CTG	3	9	34208	34216	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	261854658
620	NC_013422	TGG	2	6	34235	34240	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	261854658
621	NC_013422	GAA	2	6	34244	34249	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	261854658
622	NC_013422	A	6	6	34248	34253	100 %	0 %	0 %	0 %	261854658
623	NC_013422	GC	3	6	34267	34272	0 %	0 %	50 %	50 %	261854658
624	NC_013422	GTATTG	2	12	34372	34383	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	261854659
625	NC_013422	CAT	2	6	34394	34399	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	261854659
626	NC_013422	GCAACG	2	12	34451	34462	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	261854659
627	NC_013422	GGC	2	6	34467	34472	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	261854659
628	NC_013422	TGC	2	6	34495	34500	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	261854659
629	NC_013422	GC	3	6	34519	34524	0 %	0 %	50 %	50 %	261854659
630	NC_013422	GTC	2	6	34555	34560	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	261854659
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633	NC_013422	GCG	2	6	34812	34817	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	261854659
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642	NC_013422	TG	3	6	35369	35374	0 %	50 %	50 %	0 %	261854659
643	NC_013422	GGC	2	6	35511	35516	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	261854659
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659	NC_013422	GC	3	6	36608	36613	0 %	0 %	50 %	50 %	261854660
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692	NC_013422	CTG	2	6	38307	38312	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	261854661
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712	NC_013422	GC	3	6	39407	39412	0 %	0 %	50 %	50 %	261854662
713	NC_013422	CG	3	6	39625	39630	0 %	0 %	50 %	50 %	261854663
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720	NC_013422	TGA	2	6	40149	40154	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	261854663
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722	NC_013422	TCGC	2	8	40297	40304	0 %	25 %	25 %	50 %	261854663
723	NC_013422	GAC	2	6	40316	40321	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	261854663
724	NC_013422	CTG	2	6	40357	40362	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	261854663
725	NC_013422	TGA	2	6	40363	40368	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	261854663
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727	NC_013422	CGAT	2	8	40419	40426	25 %	25 %	25 %	25 %	261854663
728	NC_013422	CGA	2	6	40480	40485	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	261854663
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737	NC_013422	TGT	2	6	41272	41277	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	261854663
738	NC_013422	TGA	2	6	41296	41301	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	261854663
739	NC_013422	CAT	3	9	41330	41338	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	261854663
740	NC_013422	GGC	2	6	41351	41356	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	261854663
741	NC_013422	CG	3	6	41418	41423	0 %	0 %	50 %	50 %	261854663
742	NC_013422	CCT	2	6	41425	41430	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	261854663
743	NC_013422	AGCG	2	8	41437	41444	25 %	0 %	50 %	25 %	261854663
744	NC_013422	CGG	2	6	41464	41469	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	261854663
745	NC_013422	CGT	2	6	41482	41487	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	261854663
746	NC_013422	GGC	2	6	41495	41500	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	261854663
747	NC_013422	GCG	2	6	41683	41688	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	261854663
748	NC_013422	AAAT	2	8	41691	41698	75 %	25 %	0 %	0 %	261854663
749	NC_013422	TCTGCC	2	12	41700	41711	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	261854663
750	NC_013422	AACCAG	2	12	41720	41731	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	261854663
751	NC_013422	CGGTTG	2	12	41738	41749	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	261854663
752	NC_013422	TCG	2	6	41779	41784	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	261854664
753	NC_013422	TGG	3	9	41786	41794	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	261854664
754	NC_013422	TCG	2	6	41821	41826	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	261854664
755	NC_013422	GCA	2	6	41876	41881	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	261854664
756	NC_013422	TCG	2	6	41902	41907	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	261854664
757	NC_013422	CGG	2	6	42019	42024	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	261854664
758	NC_013422	TCT	2	6	42073	42078	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	261854664
759	NC_013422	ATG	2	6	42094	42099	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	261854664
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761	NC_013422	ATC	2	6	42269	42274	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	261854665
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768	NC_013422	CGG	2	6	42517	42522	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	261854665
769	NC_013422	ATC	2	6	42585	42590	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	261854665
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772	NC_013422	TC	4	8	42786	42793	0 %	50 %	0 %	50 %	261854666
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774	NC_013422	CG	4	8	42821	42828	0 %	0 %	50 %	50 %	261854666
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778	NC_013422	TCG	2	6	42979	42984	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	261854666
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786	NC_013422	GCAG	2	8	43327	43334	25 %	0 %	50 %	25 %	261854666
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