MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Halomicrobium mukohataei DSM 12286 plasmid pHmuk01

Total Repeats: 115

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013201	GCGACG	2	12	546	557	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	257372909
2	NC_013201	CGACAA	2	12	799	810	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	257372909
3	NC_013201	GGCGAT	2	12	3891	3902	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	257372912
4	NC_013201	ACCGTC	2	12	4171	4182	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	257372912
5	NC_013201	CAAGAC	2	12	4347	4358	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	257372912
6	NC_013201	GTTCGT	2	12	4833	4844	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	257372913
7	NC_013201	TCTCGA	2	12	5187	5198	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	257372913
8	NC_013201	GACGTC	2	12	7135	7146	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	257372913
9	NC_013201	GCGAGC	2	12	8304	8315	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	257372914
10	NC_013201	ATGGCC	2	12	8355	8366	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	257372914
11	NC_013201	CGTACG	2	12	9979	9990	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	257372914
12	NC_013201	CGTCGA	2	12	19853	19864	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	257372917
13	NC_013201	GAAGTC	2	12	20046	20057	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	257372917
14	NC_013201	TTCGAG	2	12	22425	22436	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	257372919
15	NC_013201	CACGCC	2	12	23130	23141	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	257372919
16	NC_013201	GTCGCG	2	12	23559	23570	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	257372919
17	NC_013201	TACGAC	2	12	23980	23991	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	257372920
18	NC_013201	GTGACG	2	12	25391	25402	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	257372921
19	NC_013201	GGTCCG	2	12	25420	25431	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	257372921
20	NC_013201	GTGCGA	2	12	26862	26873	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	257372923
21	NC_013201	ATCGAG	2	12	28426	28437	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	257372925
22	NC_013201	GTCGGC	2	12	45634	45645	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	257372935
23	NC_013201	GCCGTC	2	12	50044	50055	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	257372937
24	NC_013201	CGCGAG	2	12	52447	52458	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	257372938
25	NC_013201	TCGGAC	2	12	54589	54600	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	257372938
26	NC_013201	CGATCA	2	12	55446	55457	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	257372939
27	NC_013201	CGTTCA	2	12	55491	55502	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	257372939
28	NC_013201	TCGAGG	2	12	55734	55745	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	257372939
29	NC_013201	GTCGAG	2	12	58711	58722	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	257372941
30	NC_013201	GCCGTC	2	12	62286	62297	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	257372945
31	NC_013201	CGGGGC	2	12	62342	62353	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257372945
32	NC_013201	ACGCCC	2	12	63753	63764	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	257372946
33	NC_013201	ACGACC	2	12	74145	74156	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	257372957
34	NC_013201	CCGACG	2	12	74268	74279	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	257372957
35	NC_013201	ACGACC	2	12	74682	74693	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	257372957
36	NC_013201	GTCGAA	2	12	75340	75351	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	257372958
37	NC_013201	ACGCCG	2	12	75973	75984	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	257372960
38	NC_013201	ACTGTC	2	12	76571	76582	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	257372961
39	NC_013201	CCGTCG	2	12	81682	81693	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	257372967
40	NC_013201	CCCCTT	2	12	82522	82533	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	257372967
41	NC_013201	TCCCCG	2	12	84611	84622	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	257372968
42	NC_013201	GTCGCT	2	12	84932	84943	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257372968
43	NC_013201	GACGTG	2	12	85575	85586	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	257372968
44	NC_013201	CGCTGG	2	12	87449	87460	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	257372970
45	NC_013201	GAACGG	2	12	94794	94805	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	257372974
46	NC_013201	CCGTCG	2	12	96253	96264	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	257372975
47	NC_013201	TCGCCG	2	12	103496	103507	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	257372983
48	NC_013201	GGATCC	2	12	104978	104989	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	257372985
49	NC_013201	GGGCTG	2	12	105484	105495	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	257372985
50	NC_013201	AGTTCG	2	12	107496	107507	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	257372986
51	NC_013201	GACACA	2	12	107609	107620	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	257372986
52	NC_013201	GTCCAC	2	12	108183	108194	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	257372987
53	NC_013201	CCGGCT	2	12	108410	108421	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	257372987
54	NC_013201	GCGGCC	2	12	109239	109250	0 %	0 %	50 %	50 %	257372987
55	NC_013201	CGCTCG	2	12	112452	112463	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	257372988
56	NC_013201	CGCCGT	2	12	114824	114835	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	257372989
57	NC_013201	CCGAAC	2	12	114871	114882	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	257372989
58	NC_013201	ATCTCG	2	12	115253	115264	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	257372990
59	NC_013201	TCGGTC	2	12	115649	115660	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257372990
60	NC_013201	GTTCTC	2	12	118371	118382	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	257372990
61	NC_013201	TGCTCG	2	12	121514	121525	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257372993
62	NC_013201	AGCTTC	2	12	126836	126847	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	257372996
63	NC_013201	ACGATC	2	12	128195	128206	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	257372997
64	NC_013201	CGACGG	2	12	128866	128877	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	257372997
65	NC_013201	CAGATG	2	12	129297	129308	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	257372997
66	NC_013201	TTCGAC	2	12	129938	129949	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	257372997
67	NC_013201	TGACGG	2	12	130021	130032	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	257372997
68	NC_013201	CGACGC	2	12	135777	135788	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	257373003
69	NC_013201	AGTGGC	2	12	136112	136123	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	257373003
70	NC_013201	TACCAG	2	12	136471	136482	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	257373003
71	NC_013201	CGCCGA	2	12	139445	139456	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	257373005
72	NC_013201	AGAGCG	2	12	141420	141431	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	257373006
73	NC_013201	TTCTAC	2	12	143060	143071	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	257373008
74	NC_013201	TCTGGG	2	12	143980	143991	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	257373008
75	NC_013201	CTCGAA	2	12	145456	145467	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	257373009
76	NC_013201	GTGCGC	2	12	147870	147881	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	257373012
77	NC_013201	CGAACG	2	12	151028	151039	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257373016
78	NC_013201	CGCCGA	2	12	160869	160880	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	257373025
79	NC_013201	TTTTTA	2	12	164129	164140	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	257373031
80	NC_013201	CCCGTC	2	12	165524	165535	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	257373032
81	NC_013201	GAAGTC	2	12	166298	166309	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	257373033
82	NC_013201	ACCGTC	2	12	166703	166714	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	257373033
83	NC_013201	CAGTCG	2	12	167433	167444	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	257373034
84	NC_013201	TCGCTG	2	12	173525	173536	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257373041
85	NC_013201	TCGCCA	2	12	176540	176551	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	257373045
86	NC_013201	CCATCA	2	12	178349	178360	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	257373045
87	NC_013201	CGTCGA	2	12	178610	178621	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	257373045
88	NC_013201	TCGGCG	2	12	178684	178695	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	257373045
89	NC_013201	ACGTCG	2	12	183335	183346	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	257373049
90	NC_013201	GTTCGA	2	12	186568	186579	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	257373051
91	NC_013201	GTCGGC	2	12	188980	188991	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	257373053
92	NC_013201	CCGACG	2	12	190055	190066	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	257373055
93	NC_013201	CTCGTG	2	12	193068	193079	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257373058
94	NC_013201	CGAAGC	2	12	194942	194953	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257373060
95	NC_013201	GTCGAC	2	12	195132	195143	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	257373060
96	NC_013201	GATCTC	2	12	195604	195615	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	257373061
97	NC_013201	CGACGC	2	12	196071	196082	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	257373061
98	NC_013201	GAGACC	2	12	196397	196408	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257373062
99	NC_013201	TACGGC	2	12	199359	199370	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	257373064
100	NC_013201	AGTACC	2	12	202261	202272	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	257373067
101	NC_013201	TTGCGC	2	12	202320	202331	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257373067
102	NC_013201	ACGGCG	2	12	203555	203566	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	257373068
103	NC_013201	CGCCGA	2	12	204084	204095	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	257373068
104	NC_013201	GTCTCG	2	12	205567	205578	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257373070
105	NC_013201	GACGGT	2	12	207265	207276	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	257373072
106	NC_013201	TCGCCG	2	12	207453	207464	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	257373072
107	NC_013201	CGACGC	2	12	207831	207842	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	257373073
108	NC_013201	TACGTG	2	12	209723	209734	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	257373075
109	NC_013201	CGAACT	2	12	211375	211386	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	257373076
110	NC_013201	GCTACC	2	12	213769	213780	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	257373078
111	NC_013201	CGGTCC	2	12	214486	214497	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	257373078
112	NC_013201	CGGCGA	2	12	214625	214636	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	257373078
113	NC_013201	TCGGCG	2	12	218028	218039	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	257373081
114	NC_013201	CACACG	2	12	218569	218580	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	257373082
115	NC_013201	GGCGAT	2	12	218835	218846	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	257373082

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.