MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239 plasmid pHLAC01

Total Repeats: 158

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012030	TCGACG	2	12	4164	4175	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	222481156
2	NC_012030	GAAATC	2	12	6732	6743	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	222481157
3	NC_012030	CTCTGT	2	12	8821	8832	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	222481160
4	NC_012030	CTGCCG	2	12	9222	9233	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	222481161
5	NC_012030	GAGACC	2	12	16191	16202	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222481165
6	NC_012030	ACGGCT	2	12	19618	19629	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	222481169
7	NC_012030	GCCGAA	2	12	21982	21993	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222481172
8	NC_012030	GAGGAT	2	12	25015	25026	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	222481172
9	NC_012030	ACAGAA	2	12	25054	25065	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	222481172
10	NC_012030	ATCGAG	2	12	25695	25706	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	222481173
11	NC_012030	ACGGTC	2	12	26730	26741	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	222481173
12	NC_012030	GGAACG	2	12	28088	28099	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	222481173
13	NC_012030	GGGTTG	2	12	28724	28735	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	222481174
14	NC_012030	GTAGAA	2	12	29580	29591	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	222481175
15	NC_012030	CTTTCT	2	12	36964	36975	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	222481183
16	NC_012030	GTTGTC	2	12	39927	39938	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	222481186
17	NC_012030	CGAAGA	2	12	47245	47256	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	222481190
18	NC_012030	TCGATC	2	12	53056	53067	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	222481197
19	NC_012030	TAGATG	2	12	53102	53113	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	222481197
20	NC_012030	GTTGTC	2	12	57699	57710	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	222481200
21	NC_012030	GGGTCG	2	12	62300	62311	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	222481203
22	NC_012030	TCCCAC	2	12	65392	65403	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	222481205
23	NC_012030	GTTGTC	2	12	66420	66431	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	222481206
24	NC_012030	GAGTGT	2	12	80066	80077	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	222481211
25	NC_012030	CCACAG	2	12	80822	80833	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	222481211
26	NC_012030	TGTCAG	2	12	81945	81956	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	222481213
27	NC_012030	GTGTCT	2	12	83368	83379	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	222481214
28	NC_012030	TATTGA	2	12	91867	91878	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	222481220
29	NC_012030	TCCATC	2	12	93169	93180	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	222481222
30	NC_012030	ATCGAG	2	12	98252	98263	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	222481226
31	NC_012030	TATAAC	2	12	102026	102037	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	222481228
32	NC_012030	ACCGAA	2	12	104659	104670	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	222481230
33	NC_012030	GGACGT	2	12	105741	105752	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	222481231
34	NC_012030	CGACAA	2	12	107105	107116	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	222481232
35	NC_012030	TCCGAA	2	12	108507	108518	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	222481233
36	NC_012030	CTTGGA	2	12	109819	109830	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	222481233
37	NC_012030	TCCGCA	2	12	111006	111017	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	222481235
38	NC_012030	ATACTG	2	12	114898	114909	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	222481241
39	NC_012030	GTTGTC	2	12	116209	116220	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	222481243
40	NC_012030	GGGGGT	2	12	124522	124533	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	222481249
41	NC_012030	CGAGGA	2	12	127933	127944	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	222481252
42	NC_012030	ACTCGA	2	12	130810	130821	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	222481256
43	NC_012030	GCGTCG	2	12	132186	132197	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	222481257
44	NC_012030	ACTCTG	2	12	137442	137453	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	222481264
45	NC_012030	AACTAC	2	12	146212	146223	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	222481272
46	NC_012030	GAGCGG	2	12	147068	147079	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	222481273
47	NC_012030	GTTGTC	2	12	148005	148016	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	222481274
48	NC_012030	GATGAC	2	12	150734	150745	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	222481275
49	NC_012030	TCGACG	2	12	150825	150836	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	222481275
50	NC_012030	CATACG	2	12	151274	151285	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	222481275
51	NC_012030	TCTTGA	2	12	153906	153917	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	222481277
52	NC_012030	ACGGCT	2	12	156195	156206	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	222481279
53	NC_012030	CCAGAT	2	12	164701	164712	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	222481287
54	NC_012030	AGCCGT	2	12	166965	166976	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	222481290
55	NC_012030	TTTCTG	2	12	176754	176765	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	222481303
56	NC_012030	CGACAA	2	12	179361	179372	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	222481307
57	NC_012030	TTTCTA	2	12	186340	186351	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	222481310
58	NC_012030	GATCGC	2	12	193784	193795	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	222481313
59	NC_012030	CGTGTT	2	12	194395	194406	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	222481313
60	NC_012030	TCGGCC	2	12	194677	194688	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	222481314
61	NC_012030	GATCGA	2	12	195621	195632	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	222481316
62	NC_012030	CGTTCG	2	12	196967	196978	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222481316
63	NC_012030	GTCGAA	2	12	199281	199292	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	222481320
64	NC_012030	ACGCAG	2	12	199332	199343	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222481320
65	NC_012030	TCGACG	2	12	199438	199449	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	222481320
66	NC_012030	TCCCGG	2	12	202486	202497	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	222481325
67	NC_012030	TCGGCG	2	12	202602	202613	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	222481325
68	NC_012030	GACGTC	2	12	203536	203547	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	222481326
69	NC_012030	TCGGGA	2	12	203796	203807	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	222481326
70	NC_012030	TCGAGT	2	12	205455	205466	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	222481329
71	NC_012030	ACGGCG	2	12	205518	205529	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	222481329
72	NC_012030	CGCGAG	2	12	207208	207219	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	222481331
73	NC_012030	GTCGAC	2	12	209226	209237	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	222481332
74	NC_012030	GGCGTC	2	12	209259	209270	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	222481332
75	NC_012030	TCGACG	2	12	209587	209598	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	222481332
76	NC_012030	GAGCGC	2	12	210784	210795	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	222481332
77	NC_012030	CGTCGG	2	12	211406	211417	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	222481332
78	NC_012030	GCGTCG	2	12	213235	213246	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	222481333
79	NC_012030	CGTGGT	2	12	213699	213710	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	222481333
80	NC_012030	CGACGC	2	12	214619	214630	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	222481335
81	NC_012030	CGATCA	2	12	215399	215410	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	222481337
82	NC_012030	TCGCCG	2	12	216548	216559	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	222481339
83	NC_012030	CCGCGA	2	12	216837	216848	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	222481339
84	NC_012030	GGTTCG	2	12	216948	216959	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	222481339
85	NC_012030	GTCGGT	2	12	217400	217411	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	222481341
86	NC_012030	GCGGTC	2	12	217444	217455	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	222481341
87	NC_012030	AGATGG	2	12	219877	219888	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	222481344
88	NC_012030	ACGACC	2	12	222123	222134	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	222481346
89	NC_012030	CGGTGA	2	12	223189	223200	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	222481347
90	NC_012030	GTCGCG	2	12	223535	223546	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	222481348
91	NC_012030	GGCGTC	2	12	224544	224555	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	222481349
92	NC_012030	GAGTCG	2	12	227504	227515	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	222481353
93	NC_012030	TCGAGG	2	12	227559	227570	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	222481353
94	NC_012030	GGCGAT	2	12	228760	228771	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	222481353
95	NC_012030	GTCGGT	2	12	229123	229134	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	222481353
96	NC_012030	CGAGGT	2	12	229791	229802	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	222481354
97	NC_012030	CCACGA	2	12	231471	231482	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	222481358
98	NC_012030	CGGAGT	2	12	231663	231674	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	222481358
99	NC_012030	CGTCGA	2	12	233230	233241	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	222481360
100	NC_012030	TGACGT	2	12	234957	234968	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	222481362
101	NC_012030	ACTCAT	2	12	241422	241433	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	222481367
102	NC_012030	ATCCAG	2	12	241657	241668	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	222481367
103	NC_012030	GGGTCG	2	12	245213	245224	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	222481369
104	NC_012030	TCGACG	2	12	246838	246849	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	222481371
105	NC_012030	CTCTTC	2	12	249677	249688	0 %	50 %	0 %	50 %	222481375
106	NC_012030	CGTTTC	2	12	250293	250304	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	222481376
107	NC_012030	GTTGTC	2	12	252030	252041	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	222481379
108	NC_012030	GACGGT	2	12	255557	255568	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	222481381
109	NC_012030	TCTTGT	2	12	258452	258463	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	222481383
110	NC_012030	CTCCGT	2	12	258669	258680	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	222481383
111	NC_012030	GATCGA	2	12	259438	259449	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	222481384
112	NC_012030	CGTTGT	2	12	261366	261377	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	222481385
113	NC_012030	CGATGC	2	12	267011	267022	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	222481389
114	NC_012030	CGTCGA	2	12	269339	269350	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	222481390
115	NC_012030	ATCGAT	2	12	271065	271076	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	222481392
116	NC_012030	CCGAGT	2	12	271882	271893	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	222481394
117	NC_012030	CGCCGT	2	12	274759	274770	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	222481395
118	NC_012030	TCCAAT	2	12	279140	279151	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	222481399
119	NC_012030	ACGCCT	2	12	286356	286367	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	222481406
120	NC_012030	ATCCCG	2	12	289933	289944	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	222481408
121	NC_012030	CCATCG	2	12	292024	292035	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	222481412
122	NC_012030	GAACAC	2	12	292370	292381	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	222481412
123	NC_012030	TCCAGT	2	12	295458	295469	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	222481415
124	NC_012030	GTGTCG	2	12	296959	296970	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	222481417
125	NC_012030	GAACTC	2	12	298323	298334	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	222481419
126	NC_012030	CGACGC	2	12	298836	298847	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	222481419
127	NC_012030	GACAAC	2	12	298906	298917	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	222481419
128	NC_012030	ATCGAC	2	12	304454	304465	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	222481424
129	NC_012030	GATGTC	2	12	305974	305985	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	222481426
130	NC_012030	GATGAA	2	12	308591	308602	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	222481428
131	NC_012030	TCTCGA	2	12	309664	309675	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	222481428
132	NC_012030	CGACAA	2	12	311876	311887	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	222481430
133	NC_012030	GAAACG	2	12	313614	313625	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	222481433
134	NC_012030	GTAGCG	2	12	314423	314434	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	222481435
135	NC_012030	GTAGCG	2	12	316999	317010	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	222481437
136	NC_012030	TTTCTA	2	12	319087	319098	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	222481438
137	NC_012030	GAACTG	2	12	324363	324374	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	222481440
138	NC_012030	TCGTTG	2	12	340975	340986	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	222481456
139	NC_012030	TTAGTG	2	12	341995	342006	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	222481457
140	NC_012030	CGACAA	2	12	343064	343075	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	222481458
141	NC_012030	TGTCGG	2	12	344722	344733	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	222481460
142	NC_012030	GGATCG	2	12	345970	345981	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	222481461
143	NC_012030	CGTACA	2	12	346463	346474	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	222481461
144	NC_012030	CGACAA	2	12	348384	348395	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	222481463
145	NC_012030	CGACAA	2	12	353181	353192	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	222481467
146	NC_012030	GATCAA	2	12	367549	367560	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	222481478
147	NC_012030	TACGAA	2	12	376781	376792	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	222481486
148	NC_012030	GACGTC	2	12	378529	378540	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	222481488
149	NC_012030	ACTCAA	2	12	380444	380455	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	222481489
150	NC_012030	GAGGAC	2	12	384684	384695	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	222481492
151	NC_012030	CGACAA	2	12	387831	387842	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	222481493
152	NC_012030	CTGTGG	3	18	390464	390481	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	222481494
153	NC_012030	ACGATC	2	12	401729	401740	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	222481503
154	NC_012030	CGAAGA	2	12	404634	404645	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	222481505
155	NC_012030	AGTCGG	2	12	410264	410275	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	222481515
156	NC_012030	AACGCC	2	12	412108	412119	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	222481517
157	NC_012030	CCGACG	2	12	426799	426810	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	222481525
158	NC_012030	AGCCGG	2	12	427099	427110	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	222481525

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.