MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239 chromosome 2

Total Repeats: 267

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012028	TCCAC	2	10	489	498	20 %	20 %	0 %	60 %	222475683
2	NC_012028	TCAAG	2	10	1418	1427	40 %	20 %	20 %	20 %	222475683
3	NC_012028	GATGG	2	10	5156	5165	20 %	20 %	60 %	0 %	222475686
4	NC_012028	TTCCG	2	10	6336	6345	0 %	40 %	20 %	40 %	222475687
5	NC_012028	GACGG	2	10	6620	6629	20 %	0 %	60 %	20 %	222475687
6	NC_012028	CATCG	2	10	10349	10358	20 %	20 %	20 %	40 %	222475692
7	NC_012028	GTCCG	2	10	11169	11178	0 %	20 %	40 %	40 %	222475692
8	NC_012028	CGTCG	2	10	17439	17448	0 %	20 %	40 %	40 %	222475697
9	NC_012028	TCAAC	2	10	23905	23914	40 %	20 %	0 %	40 %	222475702
10	NC_012028	CGAGA	2	10	24611	24620	40 %	0 %	40 %	20 %	222475702
11	NC_012028	CGCGT	2	10	29243	29252	0 %	20 %	40 %	40 %	222475704
12	NC_012028	GGAAT	2	10	30399	30408	40 %	20 %	40 %	0 %	222475705
13	NC_012028	CGTCG	2	10	30536	30545	0 %	20 %	40 %	40 %	222475705
14	NC_012028	ATCGA	2	10	30922	30931	40 %	20 %	20 %	20 %	222475706
15	NC_012028	GACTT	2	10	31825	31834	20 %	40 %	20 %	20 %	222475708
16	NC_012028	TGTAT	2	10	32250	32259	20 %	60 %	20 %	0 %	222475709
17	NC_012028	CTATC	2	10	38736	38745	20 %	40 %	0 %	40 %	222475716
18	NC_012028	CGAGA	2	10	40928	40937	40 %	0 %	40 %	20 %	222475719
19	NC_012028	AACGT	2	10	41365	41374	40 %	20 %	20 %	20 %	222475719
20	NC_012028	TGGTG	2	10	44855	44864	0 %	40 %	60 %	0 %	222475721
21	NC_012028	TGAGT	2	10	46327	46336	20 %	40 %	40 %	0 %	222475721
22	NC_012028	TCGCG	2	10	49116	49125	0 %	20 %	40 %	40 %	222475723
23	NC_012028	AGGAA	2	10	51716	51725	60 %	0 %	40 %	0 %	222475724
24	NC_012028	AATCG	2	10	54280	54289	40 %	20 %	20 %	20 %	222475725
25	NC_012028	CCGTG	2	10	54633	54642	0 %	20 %	40 %	40 %	222475725
26	NC_012028	ACAGT	2	10	57562	57571	40 %	20 %	20 %	20 %	222475728
27	NC_012028	CGCGT	2	10	57673	57682	0 %	20 %	40 %	40 %	222475728
28	NC_012028	ACGCT	2	10	57744	57753	20 %	20 %	20 %	40 %	222475728
29	NC_012028	GCTCC	2	10	58127	58136	0 %	20 %	20 %	60 %	222475728
30	NC_012028	GGCAT	2	10	59941	59950	20 %	20 %	40 %	20 %	222475731
31	NC_012028	TCCGT	2	10	60828	60837	0 %	40 %	20 %	40 %	222475732
32	NC_012028	CTCGA	2	10	61527	61536	20 %	20 %	20 %	40 %	222475733
33	NC_012028	CACTC	2	10	64265	64274	20 %	20 %	0 %	60 %	222475734
34	NC_012028	GACAG	2	10	64984	64993	40 %	0 %	40 %	20 %	222475735
35	NC_012028	GCGAG	2	10	65633	65642	20 %	0 %	60 %	20 %	222475736
36	NC_012028	TGCTC	2	10	65817	65826	0 %	40 %	20 %	40 %	222475736
37	NC_012028	GTGAC	2	10	70258	70267	20 %	20 %	40 %	20 %	222475741
38	NC_012028	TTGCA	2	10	71062	71071	20 %	40 %	20 %	20 %	222475742
39	NC_012028	GCTGC	2	10	74064	74073	0 %	20 %	40 %	40 %	222475745
40	NC_012028	GAATG	2	10	81909	81918	40 %	20 %	40 %	0 %	222475754
41	NC_012028	TCAAC	2	10	85613	85622	40 %	20 %	0 %	40 %	222475755
42	NC_012028	CCCGA	2	10	89508	89517	20 %	0 %	20 %	60 %	222475758
43	NC_012028	GTACA	2	10	89930	89939	40 %	20 %	20 %	20 %	222475758
44	NC_012028	GTAGA	2	10	93765	93774	40 %	20 %	40 %	0 %	222475761
45	NC_012028	GGACC	2	10	94240	94249	20 %	0 %	40 %	40 %	222475761
46	NC_012028	AGTCC	2	10	95539	95548	20 %	20 %	20 %	40 %	222475762
47	NC_012028	TGCTC	2	10	95921	95930	0 %	40 %	20 %	40 %	222475762
48	NC_012028	ATTTC	2	10	99252	99261	20 %	60 %	0 %	20 %	222475765
49	NC_012028	CGCGC	2	10	105463	105472	0 %	0 %	40 %	60 %	222475774
50	NC_012028	GTCGT	2	10	108356	108365	0 %	40 %	40 %	20 %	222475776
51	NC_012028	GAACG	2	10	111330	111339	40 %	0 %	40 %	20 %	222475778
52	NC_012028	AGTCG	2	10	111910	111919	20 %	20 %	40 %	20 %	222475779
53	NC_012028	TCCGC	2	10	112614	112623	0 %	20 %	20 %	60 %	222475779
54	NC_012028	GGGCT	2	10	112639	112648	0 %	20 %	60 %	20 %	222475779
55	NC_012028	CGGTT	2	10	112691	112700	0 %	40 %	40 %	20 %	222475779
56	NC_012028	CCACG	2	10	113705	113714	20 %	0 %	20 %	60 %	222475780
57	NC_012028	CCGAT	2	10	120412	120421	20 %	20 %	20 %	40 %	222475786
58	NC_012028	ATCCG	2	10	120545	120554	20 %	20 %	20 %	40 %	222475786
59	NC_012028	GCGAC	2	10	121924	121933	20 %	0 %	40 %	40 %	222475787
60	NC_012028	CTGGA	2	10	123944	123953	20 %	20 %	40 %	20 %	222475789
61	NC_012028	AACGA	2	10	126460	126469	60 %	0 %	20 %	20 %	222475791
62	NC_012028	CCGAC	2	10	126491	126500	20 %	0 %	20 %	60 %	222475791
63	NC_012028	GACGA	2	10	126899	126908	40 %	0 %	40 %	20 %	222475792
64	NC_012028	CGGGC	2	10	128185	128194	0 %	0 %	60 %	40 %	222475793
65	NC_012028	AGCCG	2	10	134983	134992	20 %	0 %	40 %	40 %	222475797
66	NC_012028	ACGAA	2	10	137583	137592	60 %	0 %	20 %	20 %	222475799
67	NC_012028	CGCTT	2	10	139337	139346	0 %	40 %	20 %	40 %	222475801
68	NC_012028	CGGCA	2	10	142591	142600	20 %	0 %	40 %	40 %	222475803
69	NC_012028	CGCCT	2	10	143049	143058	0 %	20 %	20 %	60 %	222475803
70	NC_012028	TCACG	2	10	145325	145334	20 %	20 %	20 %	40 %	222475807
71	NC_012028	CGACG	2	10	145559	145568	20 %	0 %	40 %	40 %	222475807
72	NC_012028	CGCGT	2	10	146499	146508	0 %	20 %	40 %	40 %	222475808
73	NC_012028	CGAAC	2	10	147431	147440	40 %	0 %	20 %	40 %	222475810
74	NC_012028	TTCTG	2	10	148703	148712	0 %	60 %	20 %	20 %	222475812
75	NC_012028	AGCGA	2	10	157061	157070	40 %	0 %	40 %	20 %	222475823
76	NC_012028	CAAGA	2	10	157123	157132	60 %	0 %	20 %	20 %	222475823
77	NC_012028	CGGAC	2	10	158645	158654	20 %	0 %	40 %	40 %	222475826
78	NC_012028	GAAAT	2	10	158658	158667	60 %	20 %	20 %	0 %	222475826
79	NC_012028	CGTGA	2	10	168414	168423	20 %	20 %	40 %	20 %	222475832
80	NC_012028	ACGTA	2	10	168442	168451	40 %	20 %	20 %	20 %	222475832
81	NC_012028	GATCG	2	10	171898	171907	20 %	20 %	40 %	20 %	222475835
82	NC_012028	CCGGG	2	10	172875	172884	0 %	0 %	60 %	40 %	222475835
83	NC_012028	GAGAC	2	10	173941	173950	40 %	0 %	40 %	20 %	222475836
84	NC_012028	ACGGT	2	10	174152	174161	20 %	20 %	40 %	20 %	222475837
85	NC_012028	CGAGC	2	10	174465	174474	20 %	0 %	40 %	40 %	222475837
86	NC_012028	CCGAA	2	10	175324	175333	40 %	0 %	20 %	40 %	222475838
87	NC_012028	TCCGG	2	10	175651	175660	0 %	20 %	40 %	40 %	222475839
88	NC_012028	AATCG	2	10	176755	176764	40 %	20 %	20 %	20 %	222475840
89	NC_012028	GTATC	2	10	183193	183202	20 %	40 %	20 %	20 %	222475846
90	NC_012028	GGTCA	2	10	184335	184344	20 %	20 %	40 %	20 %	222475847
91	NC_012028	ACGCC	2	10	185991	186000	20 %	0 %	20 %	60 %	222475849
92	NC_012028	TCGGC	2	10	187162	187171	0 %	20 %	40 %	40 %	222475850
93	NC_012028	TGTCG	2	10	195572	195581	0 %	40 %	40 %	20 %	222475857
94	NC_012028	TGCGT	2	10	197331	197340	0 %	40 %	40 %	20 %	222475858
95	NC_012028	CGCTG	2	10	200302	200311	0 %	20 %	40 %	40 %	222475860
96	NC_012028	GTCCA	2	10	201543	201552	20 %	20 %	20 %	40 %	222475860
97	NC_012028	TCCTT	2	10	201671	201680	0 %	60 %	0 %	40 %	222475860
98	NC_012028	TTCTC	2	10	202137	202146	0 %	60 %	0 %	40 %	222475861
99	NC_012028	AGACG	2	10	203152	203161	40 %	0 %	40 %	20 %	222475862
100	NC_012028	GAACG	2	10	209312	209321	40 %	0 %	40 %	20 %	222475873
101	NC_012028	CGACA	2	10	209522	209531	40 %	0 %	20 %	40 %	222475873
102	NC_012028	ACCGA	2	10	212528	212537	40 %	0 %	20 %	40 %	222475874
103	NC_012028	CCGTG	2	10	212538	212547	0 %	20 %	40 %	40 %	222475874
104	NC_012028	GATGC	2	10	213455	213464	20 %	20 %	40 %	20 %	222475875
105	NC_012028	GCGCC	2	10	215355	215364	0 %	0 %	40 %	60 %	222475876
106	NC_012028	AGTGG	2	10	215626	215635	20 %	20 %	60 %	0 %	222475877
107	NC_012028	CACCG	2	10	215845	215854	20 %	0 %	20 %	60 %	222475877
108	NC_012028	CGCCA	2	10	217061	217070	20 %	0 %	20 %	60 %	222475877
109	NC_012028	ACTCG	2	10	218736	218745	20 %	20 %	20 %	40 %	222475878
110	NC_012028	GGGGT	2	10	220696	220705	0 %	20 %	80 %	0 %	222475879
111	NC_012028	CATCG	2	10	222042	222051	20 %	20 %	20 %	40 %	222475879
112	NC_012028	GATCG	2	10	222192	222201	20 %	20 %	40 %	20 %	222475879
113	NC_012028	ACCGT	2	10	222520	222529	20 %	20 %	20 %	40 %	222475879
114	NC_012028	CGATG	2	10	228079	228088	20 %	20 %	40 %	20 %	222475883
115	NC_012028	GGCGC	2	10	230713	230722	0 %	0 %	60 %	40 %	222475885
116	NC_012028	CGGTT	2	10	232309	232318	0 %	40 %	40 %	20 %	222475886
117	NC_012028	GTAAC	2	10	234540	234549	40 %	20 %	20 %	20 %	222475887
118	NC_012028	AGGCG	2	10	241431	241440	20 %	0 %	60 %	20 %	222475891
119	NC_012028	CGGAA	2	10	243453	243462	40 %	0 %	40 %	20 %	222475893
120	NC_012028	TTCGT	2	10	246237	246246	0 %	60 %	20 %	20 %	222475896
121	NC_012028	TTCGC	2	10	246534	246543	0 %	40 %	20 %	40 %	222475897
122	NC_012028	CCGTC	2	10	246971	246980	0 %	20 %	20 %	60 %	222475897
123	NC_012028	CACAG	2	10	247973	247982	40 %	0 %	20 %	40 %	222475899
124	NC_012028	TCGGT	2	10	248898	248907	0 %	40 %	40 %	20 %	222475899
125	NC_012028	ACCCG	2	10	249128	249137	20 %	0 %	20 %	60 %	222475899
126	NC_012028	CAGCG	2	10	250672	250681	20 %	0 %	40 %	40 %	222475901
127	NC_012028	CGCGC	2	10	250684	250693	0 %	0 %	40 %	60 %	222475901
128	NC_012028	CTCCA	2	10	254951	254960	20 %	20 %	0 %	60 %	222475905
129	NC_012028	CGATG	2	10	255250	255259	20 %	20 %	40 %	20 %	222475905
130	NC_012028	GTCGT	2	10	255474	255483	0 %	40 %	40 %	20 %	222475905
131	NC_012028	GAAAC	2	10	258922	258931	60 %	0 %	20 %	20 %	222475908
132	NC_012028	TCGCC	2	10	267155	267164	0 %	20 %	20 %	60 %	222475919
133	NC_012028	CGTCT	2	10	270051	270060	0 %	40 %	20 %	40 %	222475924
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251	NC_012028	ATCAA	2	10	474473	474482	60 %	20 %	0 %	20 %	222476122
252	NC_012028	CTCGT	2	10	476243	476252	0 %	40 %	20 %	40 %	222476122
253	NC_012028	GTCGA	2	10	476620	476629	20 %	20 %	40 %	20 %	222476122
254	NC_012028	GACTG	2	10	479180	479189	20 %	20 %	40 %	20 %	222476122
255	NC_012028	GCAAT	2	10	490000	490009	40 %	20 %	20 %	20 %	222476126
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257	NC_012028	GTAGC	2	10	491547	491556	20 %	20 %	40 %	20 %	222476127
258	NC_012028	CGTCG	2	10	491946	491955	0 %	20 %	40 %	40 %	222476127
259	NC_012028	CAACT	2	10	496062	496071	40 %	20 %	0 %	40 %	222476130
260	NC_012028	CGAAT	2	10	498914	498923	40 %	20 %	20 %	20 %	222476132
261	NC_012028	TCGCA	2	10	500617	500626	20 %	20 %	20 %	40 %	222476133
262	NC_012028	GCGCC	2	10	500840	500849	0 %	0 %	40 %	60 %	222476133
263	NC_012028	CACGC	2	10	507644	507653	20 %	0 %	20 %	60 %	222476138
264	NC_012028	TTCGA	2	10	517223	517232	20 %	40 %	20 %	20 %	222476147
265	NC_012028	TTCCA	2	10	520299	520308	20 %	40 %	0 %	40 %	222476151
266	NC_012028	GTCAA	2	10	522931	522940	40 %	20 %	20 %	20 %	222476154
267	NC_012028	GCCTT	2	10	523075	523084	0 %	40 %	20 %	40 %	222476154

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.