MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Haemophilus parasuis SH0165 chromosome

Total Repeats: 1200

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011852	TCGTA	2	10	43	52	20 %	40 %	20 %	20 %	219870280
2	NC_011852	GTGAT	2	10	2178	2187	20 %	40 %	40 %	0 %	219870281
3	NC_011852	GCTTA	2	10	2547	2556	20 %	40 %	20 %	20 %	219870281
4	NC_011852	TTAAC	2	10	4239	4248	40 %	40 %	0 %	20 %	219870281
5	NC_011852	TTATG	2	10	11915	11924	20 %	60 %	20 %	0 %	219870284
6	NC_011852	GTGAA	2	10	12243	12252	40 %	20 %	40 %	0 %	219870285
7	NC_011852	TGTGG	2	10	12820	12829	0 %	40 %	60 %	0 %	219870286
8	NC_011852	TTCTT	2	10	14149	14158	0 %	80 %	0 %	20 %	219870288
9	NC_011852	TAAAT	2	10	21977	21986	60 %	40 %	0 %	0 %	219870295
10	NC_011852	TTTGG	2	10	23262	23271	0 %	60 %	40 %	0 %	219870296
11	NC_011852	GGGTT	2	10	29707	29716	0 %	40 %	60 %	0 %	219870300
12	NC_011852	TTGGC	2	10	31317	31326	0 %	40 %	40 %	20 %	219870303
13	NC_011852	TGCAA	2	10	32376	32385	40 %	20 %	20 %	20 %	219870304
14	NC_011852	ATCAC	2	10	35351	35360	40 %	20 %	0 %	40 %	219870307
15	NC_011852	TGCAT	2	10	35651	35660	20 %	40 %	20 %	20 %	219870307
16	NC_011852	TGGAA	2	10	36178	36187	40 %	20 %	40 %	0 %	219870307
17	NC_011852	TAAAT	2	10	36880	36889	60 %	40 %	0 %	0 %	219870308
18	NC_011852	TGAAG	2	10	37423	37432	40 %	20 %	40 %	0 %	219870308
19	NC_011852	TTGCT	2	10	37499	37508	0 %	60 %	20 %	20 %	219870308
20	NC_011852	GCAAT	2	10	39964	39973	40 %	20 %	20 %	20 %	219870309
21	NC_011852	AGGTA	2	10	41827	41836	40 %	20 %	40 %	0 %	219870310
22	NC_011852	AAATA	2	10	42623	42632	80 %	20 %	0 %	0 %	219870311
23	NC_011852	TCCAA	2	10	43454	43463	40 %	20 %	0 %	40 %	219870312
24	NC_011852	CACAA	2	10	43711	43720	60 %	0 %	0 %	40 %	219870312
25	NC_011852	CCAAA	2	10	43777	43786	60 %	0 %	0 %	40 %	219870312
26	NC_011852	AGTTG	2	10	46279	46288	20 %	40 %	40 %	0 %	219870313
27	NC_011852	TGTTT	2	10	46796	46805	0 %	80 %	20 %	0 %	219870314
28	NC_011852	TGAAG	2	10	50629	50638	40 %	20 %	40 %	0 %	219870318
29	NC_011852	CTTTT	2	10	50779	50788	0 %	80 %	0 %	20 %	219870319
30	NC_011852	AAAAC	2	10	51750	51759	80 %	0 %	0 %	20 %	219870319
31	NC_011852	GATTA	2	10	52211	52220	40 %	40 %	20 %	0 %	219870320
32	NC_011852	GAAAT	2	10	52810	52819	60 %	20 %	20 %	0 %	219870320
33	NC_011852	AAATA	2	10	54566	54575	80 %	20 %	0 %	0 %	219870322
34	NC_011852	GTATG	2	10	55876	55885	20 %	40 %	40 %	0 %	219870323
35	NC_011852	AAAAC	2	10	56079	56088	80 %	0 %	0 %	20 %	219870324
36	NC_011852	CAAAA	2	10	56342	56351	80 %	0 %	0 %	20 %	219870324
37	NC_011852	TTTTC	2	10	57167	57176	0 %	80 %	0 %	20 %	219870325
38	NC_011852	ATATT	2	10	57651	57660	40 %	60 %	0 %	0 %	219870325
39	NC_011852	TTATT	2	10	58159	58168	20 %	80 %	0 %	0 %	219870326
40	NC_011852	GTGGA	2	10	61644	61653	20 %	20 %	60 %	0 %	219870328
41	NC_011852	TTCAA	2	10	62080	62089	40 %	40 %	0 %	20 %	219870329
42	NC_011852	GTGAT	2	10	63624	63633	20 %	40 %	40 %	0 %	219870329
43	NC_011852	AAATC	2	10	64591	64600	60 %	20 %	0 %	20 %	219870330
44	NC_011852	ACCAA	2	10	64996	65005	60 %	0 %	0 %	40 %	219870331
45	NC_011852	ACGTA	2	10	66155	66164	40 %	20 %	20 %	20 %	219870332
46	NC_011852	GGAAA	2	10	68662	68671	60 %	0 %	40 %	0 %	219870335
47	NC_011852	ACAAA	2	10	69523	69532	80 %	0 %	0 %	20 %	219870336
48	NC_011852	CTTGT	2	10	71978	71987	0 %	60 %	20 %	20 %	219870338
49	NC_011852	TATGA	2	10	72107	72116	40 %	40 %	20 %	0 %	219870339
50	NC_011852	TTACT	2	10	75245	75254	20 %	60 %	0 %	20 %	219870341
51	NC_011852	AATTA	2	10	75988	75997	60 %	40 %	0 %	0 %	219870342
52	NC_011852	TGAAA	2	10	77999	78008	60 %	20 %	20 %	0 %	219870344
53	NC_011852	AATTT	2	10	80883	80892	40 %	60 %	0 %	0 %	219870348
54	NC_011852	AGCAG	2	10	82669	82678	40 %	0 %	40 %	20 %	219870350
55	NC_011852	ATGTG	2	10	83185	83194	20 %	40 %	40 %	0 %	219870350
56	NC_011852	CTTTA	2	10	85620	85629	20 %	60 %	0 %	20 %	219870353
57	NC_011852	CTGGG	2	10	87243	87252	0 %	20 %	60 %	20 %	219870355
58	NC_011852	GTTAT	2	10	89410	89419	20 %	60 %	20 %	0 %	219870357
59	NC_011852	TATAT	2	10	89619	89628	40 %	60 %	0 %	0 %	219870357
60	NC_011852	ACATT	2	10	90306	90315	40 %	40 %	0 %	20 %	219870358
61	NC_011852	CTTTA	2	10	90561	90570	20 %	60 %	0 %	20 %	219870358
62	NC_011852	AATGT	2	10	95159	95168	40 %	40 %	20 %	0 %	219870363
63	NC_011852	ATTAT	2	10	95558	95567	40 %	60 %	0 %	0 %	219870364
64	NC_011852	CTATT	2	10	96957	96966	20 %	60 %	0 %	20 %	219870365
65	NC_011852	GCAAC	2	10	98241	98250	40 %	0 %	20 %	40 %	219870367
66	NC_011852	GAAGA	2	10	98691	98700	60 %	0 %	40 %	0 %	219870367
67	NC_011852	CATTT	2	10	114909	114918	20 %	60 %	0 %	20 %	219870379
68	NC_011852	GGAAA	2	10	118247	118256	60 %	0 %	40 %	0 %	219870381
69	NC_011852	GATGT	2	10	121769	121778	20 %	40 %	40 %	0 %	219870385
70	NC_011852	CACAA	2	10	123485	123494	60 %	0 %	0 %	40 %	219870386
71	NC_011852	ACCGC	2	10	123833	123842	20 %	0 %	20 %	60 %	219870386
72	NC_011852	TGGAT	2	10	125994	126003	20 %	40 %	40 %	0 %	219870388
73	NC_011852	ATTGG	2	10	126933	126942	20 %	40 %	40 %	0 %	219870388
74	NC_011852	AAATC	2	10	130737	130746	60 %	20 %	0 %	20 %	219870392
75	NC_011852	ACCGC	2	10	131805	131814	20 %	0 %	20 %	60 %	219870392
76	NC_011852	ATAAA	2	10	133702	133711	80 %	20 %	0 %	0 %	219870394
77	NC_011852	GATAT	2	10	134193	134202	40 %	40 %	20 %	0 %	219870395
78	NC_011852	CGATG	2	10	139609	139618	20 %	20 %	40 %	20 %	219870399
79	NC_011852	GGAAA	2	10	141918	141927	60 %	0 %	40 %	0 %	219870400
80	NC_011852	ACAGC	2	10	147525	147534	40 %	0 %	20 %	40 %	219870406
81	NC_011852	TGTAC	2	10	154832	154841	20 %	40 %	20 %	20 %	219870412
82	NC_011852	GCTAA	2	10	155204	155213	40 %	20 %	20 %	20 %	219870413
83	NC_011852	CGCAC	2	10	157998	158007	20 %	0 %	20 %	60 %	219870415
84	NC_011852	CGCAA	2	10	158237	158246	40 %	0 %	20 %	40 %	219870415
85	NC_011852	GATTT	2	10	168433	168442	20 %	60 %	20 %	0 %	219870421
86	NC_011852	TTTCA	2	10	169248	169257	20 %	60 %	0 %	20 %	219870423
87	NC_011852	AAAAC	2	10	170282	170291	80 %	0 %	0 %	20 %	219870424
88	NC_011852	AGCCA	2	10	182408	182417	40 %	0 %	20 %	40 %	219870434
89	NC_011852	GGAAG	2	10	184004	184013	40 %	0 %	60 %	0 %	219870435
90	NC_011852	TAAGG	2	10	189492	189501	40 %	20 %	40 %	0 %	219870443
91	NC_011852	CATTA	2	10	190393	190402	40 %	40 %	0 %	20 %	219870444
92	NC_011852	AAAAG	2	10	192320	192329	80 %	0 %	20 %	0 %	219870448
93	NC_011852	GAAGC	2	10	192384	192393	40 %	0 %	40 %	20 %	219870448
94	NC_011852	AGCCA	2	10	193092	193101	40 %	0 %	20 %	40 %	219870449
95	NC_011852	ATGCA	2	10	194031	194040	40 %	20 %	20 %	20 %	219870449
96	NC_011852	TTGGC	2	10	195324	195333	0 %	40 %	40 %	20 %	219870449
97	NC_011852	TTTCA	2	10	197004	197013	20 %	60 %	0 %	20 %	219870451
98	NC_011852	CGGTT	2	10	199042	199051	0 %	40 %	40 %	20 %	219870451
99	NC_011852	GTACC	2	10	200152	200161	20 %	20 %	20 %	40 %	219870452
100	NC_011852	GCATT	2	10	203246	203255	20 %	40 %	20 %	20 %	219870455
101	NC_011852	TAAGA	2	10	208071	208080	60 %	20 %	20 %	0 %	219870460
102	NC_011852	TTTTG	2	10	208796	208805	0 %	80 %	20 %	0 %	219870461
103	NC_011852	CTACG	2	10	208827	208836	20 %	20 %	20 %	40 %	219870461
104	NC_011852	CAAGC	2	10	209964	209973	40 %	0 %	20 %	40 %	219870462
105	NC_011852	ACAGC	2	10	211006	211015	40 %	0 %	20 %	40 %	219870463
106	NC_011852	TTGGC	2	10	211405	211414	0 %	40 %	40 %	20 %	219870464
107	NC_011852	CAAGT	2	10	214080	214089	40 %	20 %	20 %	20 %	219870466
108	NC_011852	CAACG	2	10	215852	215861	40 %	0 %	20 %	40 %	219870467
109	NC_011852	TTGTC	2	10	216455	216464	0 %	60 %	20 %	20 %	219870467
110	NC_011852	CGGAA	2	10	217931	217940	40 %	0 %	40 %	20 %	219870469
111	NC_011852	AATTT	2	10	227894	227903	40 %	60 %	0 %	0 %	219870473
112	NC_011852	TGATG	2	10	229793	229802	20 %	40 %	40 %	0 %	219870474
113	NC_011852	CCGCA	2	10	230504	230513	20 %	0 %	20 %	60 %	219870474
114	NC_011852	GGCAA	2	10	231207	231216	40 %	0 %	40 %	20 %	219870474
115	NC_011852	ATTAC	2	10	237159	237168	40 %	40 %	0 %	20 %	219870479
116	NC_011852	AAGAG	2	10	238462	238471	60 %	0 %	40 %	0 %	219870480
117	NC_011852	ATTTC	2	10	239039	239048	20 %	60 %	0 %	20 %	219870480
118	NC_011852	TGCGT	2	10	239911	239920	0 %	40 %	40 %	20 %	219870482
119	NC_011852	CACAA	2	10	245273	245282	60 %	0 %	0 %	40 %	219870486
120	NC_011852	TAAAC	2	10	249634	249643	60 %	20 %	0 %	20 %	219870487
121	NC_011852	TAATT	2	10	249896	249905	40 %	60 %	0 %	0 %	219870487
122	NC_011852	TCTTA	2	10	251135	251144	20 %	60 %	0 %	20 %	219870488
123	NC_011852	TTGGG	2	10	255053	255062	0 %	40 %	60 %	0 %	219870491
124	NC_011852	AAGGT	2	10	256300	256309	40 %	20 %	40 %	0 %	219870491
125	NC_011852	TAAAT	2	10	257826	257835	60 %	40 %	0 %	0 %	219870494
126	NC_011852	TTTAA	2	10	260707	260716	40 %	60 %	0 %	0 %	219870498
127	NC_011852	ACGGC	2	10	260988	260997	20 %	0 %	40 %	40 %	219870498
128	NC_011852	TAACC	2	10	264143	264152	40 %	20 %	0 %	40 %	219870500
129	NC_011852	ATTTT	2	10	265295	265304	20 %	80 %	0 %	0 %	219870500
130	NC_011852	TGAAA	2	10	266750	266759	60 %	20 %	20 %	0 %	219870501
131	NC_011852	GAAAC	2	10	268016	268025	60 %	0 %	20 %	20 %	219870502
132	NC_011852	ATTTC	2	10	269464	269473	20 %	60 %	0 %	20 %	219870503
133	NC_011852	TATTT	2	10	272805	272814	20 %	80 %	0 %	0 %	219870506
134	NC_011852	GCTTT	2	10	276004	276013	0 %	60 %	20 %	20 %	219870512
135	NC_011852	GCAAT	2	10	276060	276069	40 %	20 %	20 %	20 %	219870512
136	NC_011852	AAAGG	2	10	276105	276114	60 %	0 %	40 %	0 %	219870512
137	NC_011852	TTTGG	2	10	281333	281342	0 %	60 %	40 %	0 %	219870518
138	NC_011852	CCTAA	2	10	281832	281841	40 %	20 %	0 %	40 %	219870519
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142	NC_011852	CAATA	2	10	285451	285460	60 %	20 %	0 %	20 %	219870523
143	NC_011852	CGCCA	2	10	289306	289315	20 %	0 %	20 %	60 %	219870525
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146	NC_011852	TTGTT	2	10	298192	298201	0 %	80 %	20 %	0 %	219870533
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149	NC_011852	ATTTA	2	10	302680	302689	40 %	60 %	0 %	0 %	219870536
150	NC_011852	TCAAG	2	10	303256	303265	40 %	20 %	20 %	20 %	219870537
151	NC_011852	AAGAT	2	10	304358	304367	60 %	20 %	20 %	0 %	219870538
152	NC_011852	CAAGG	2	10	313252	313261	40 %	0 %	40 %	20 %	219870546
153	NC_011852	AATGG	2	10	314015	314024	40 %	20 %	40 %	0 %	219870546
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167	NC_011852	TATTT	2	10	352414	352423	20 %	80 %	0 %	0 %	219870581
168	NC_011852	TTTTA	2	10	352843	352852	20 %	80 %	0 %	0 %	219870581
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172	NC_011852	CATTG	2	10	358272	358281	20 %	40 %	20 %	20 %	219870586
173	NC_011852	AACTC	2	10	359780	359789	40 %	20 %	0 %	40 %	219870587
174	NC_011852	TTATT	2	10	360025	360034	20 %	80 %	0 %	0 %	219870588
175	NC_011852	TTATT	2	10	367141	367150	20 %	80 %	0 %	0 %	219870595
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247	NC_011852	CATTT	2	10	507613	507622	20 %	60 %	0 %	20 %	219870715
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252	NC_011852	ATCAC	2	10	520633	520642	40 %	20 %	0 %	40 %	219870722
253	NC_011852	ATCAA	2	10	521122	521131	60 %	20 %	0 %	20 %	219870722
254	NC_011852	CGTTA	2	10	525777	525786	20 %	40 %	20 %	20 %	219870727
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256	NC_011852	GCCGT	2	10	526594	526603	0 %	20 %	40 %	40 %	219870727
257	NC_011852	CTTGC	2	10	527517	527526	0 %	40 %	20 %	40 %	219870727
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259	NC_011852	AATTG	2	10	528866	528875	40 %	40 %	20 %	0 %	219870728
260	NC_011852	ATTAC	2	10	529439	529448	40 %	40 %	0 %	20 %	219870729
261	NC_011852	TTTGA	2	10	532795	532804	20 %	60 %	20 %	0 %	219870730
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