MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Halobacterium salinarum R1 plasmid PHS2

Total Repeats: 82

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010369	ATCGG	2	10	7610	7619	20 %	20 %	40 %	20 %	169237611
2	NC_010369	ACTTC	2	10	9436	9445	20 %	40 %	0 %	40 %	169237613
3	NC_010369	CGTCT	2	10	9860	9869	0 %	40 %	20 %	40 %	169237613
4	NC_010369	TCCGC	2	10	10965	10974	0 %	20 %	20 %	60 %	169237615
5	NC_010369	ATGAG	2	10	13559	13568	40 %	20 %	40 %	0 %	169237617
6	NC_010369	GTTTC	2	10	14509	14518	0 %	60 %	20 %	20 %	169237618
7	NC_010369	GCGTT	2	10	18644	18653	0 %	40 %	40 %	20 %	169237623
8	NC_010369	CACTC	2	10	21112	21121	20 %	20 %	0 %	60 %	169237626
9	NC_010369	CCAGG	2	10	22769	22778	20 %	0 %	40 %	40 %	169237626
10	NC_010369	AGTCC	2	10	23155	23164	20 %	20 %	20 %	40 %	169237627
11	NC_010369	GATGC	2	10	24316	24325	20 %	20 %	40 %	20 %	169237627
12	NC_010369	ACTCC	2	10	29771	29780	20 %	20 %	0 %	60 %	169237634
13	NC_010369	CCACG	2	10	30272	30281	20 %	0 %	20 %	60 %	169237634
14	NC_010369	TGAAC	2	10	31048	31057	40 %	20 %	20 %	20 %	169237635
15	NC_010369	GACTC	2	10	37251	37260	20 %	20 %	20 %	40 %	169237641
16	NC_010369	ACTGA	2	10	40645	40654	40 %	20 %	20 %	20 %	169237647
17	NC_010369	CGTGA	2	10	43274	43283	20 %	20 %	40 %	20 %	169237650
18	NC_010369	TCGCC	2	10	47595	47604	0 %	20 %	20 %	60 %	169237656
19	NC_010369	ACCGG	2	10	47892	47901	20 %	0 %	40 %	40 %	169237656
20	NC_010369	CCCAG	2	10	49110	49119	20 %	0 %	20 %	60 %	169237658
21	NC_010369	GATTC	2	10	49474	49483	20 %	40 %	20 %	20 %	169237658
22	NC_010369	CGAGG	2	10	51528	51537	20 %	0 %	60 %	20 %	169237662
23	NC_010369	GCTCG	2	10	53379	53388	0 %	20 %	40 %	40 %	169237665
24	NC_010369	CGGGC	2	10	58066	58075	0 %	0 %	60 %	40 %	169237672
25	NC_010369	AGTTC	2	10	61598	61607	20 %	40 %	20 %	20 %	169237679
26	NC_010369	ACTGC	2	10	63166	63175	20 %	20 %	20 %	40 %	169237680
27	NC_010369	CAATA	2	10	63785	63794	60 %	20 %	0 %	20 %	169237681
28	NC_010369	TCACC	2	10	72826	72835	20 %	20 %	0 %	60 %	169237689
29	NC_010369	TCGCC	2	10	73138	73147	0 %	20 %	20 %	60 %	169237689
30	NC_010369	CGGCG	2	10	80807	80816	0 %	0 %	60 %	40 %	169237695
31	NC_010369	CTCGA	2	10	80945	80954	20 %	20 %	20 %	40 %	169237695
32	NC_010369	AAGCG	2	10	83913	83922	40 %	0 %	40 %	20 %	169237697
33	NC_010369	CGGCG	2	10	85165	85174	0 %	0 %	60 %	40 %	169237698
34	NC_010369	TCGAT	2	10	85304	85313	20 %	40 %	20 %	20 %	169237698
35	NC_010369	CTGAA	2	10	87073	87082	40 %	20 %	20 %	20 %	169237699
36	NC_010369	AGTTC	2	10	90405	90414	20 %	40 %	20 %	20 %	169237704
37	NC_010369	ACGTC	2	10	96321	96330	20 %	20 %	20 %	40 %	169237712
38	NC_010369	CGCTA	2	10	97432	97441	20 %	20 %	20 %	40 %	169237713
39	NC_010369	GTTCG	2	10	99538	99547	0 %	40 %	40 %	20 %	169237716
40	NC_010369	GAACG	2	10	101278	101287	40 %	0 %	40 %	20 %	169237717
41	NC_010369	TCGTC	2	10	114120	114129	0 %	40 %	20 %	40 %	169237732
42	NC_010369	CGCGA	2	10	116608	116617	20 %	0 %	40 %	40 %	169237735
43	NC_010369	CGTCA	2	10	117288	117297	20 %	20 %	20 %	40 %	169237736
44	NC_010369	CTGTG	2	10	117366	117375	0 %	40 %	40 %	20 %	169237736
45	NC_010369	GTTCG	2	10	120911	120920	0 %	40 %	40 %	20 %	169237739
46	NC_010369	CTCCG	2	10	121301	121310	0 %	20 %	20 %	60 %	169237739
47	NC_010369	AGTTC	2	10	123319	123328	20 %	40 %	20 %	20 %	169237740
48	NC_010369	TGGGA	2	10	127738	127747	20 %	20 %	60 %	0 %	169237743
49	NC_010369	AACCA	2	10	128970	128979	60 %	0 %	0 %	40 %	169237744
50	NC_010369	ATCGA	2	10	130564	130573	40 %	20 %	20 %	20 %	169237746
51	NC_010369	AGCCG	2	10	133550	133559	20 %	0 %	40 %	40 %	169237749
52	NC_010369	GTTGA	2	10	139716	139725	20 %	40 %	40 %	0 %	169237761
53	NC_010369	TCCCA	2	10	145451	145460	20 %	20 %	0 %	60 %	169237767
54	NC_010369	CCCGA	2	10	145910	145919	20 %	0 %	20 %	60 %	169237767
55	NC_010369	ATCGT	2	10	147444	147453	20 %	40 %	20 %	20 %	169237769
56	NC_010369	GAGGT	2	10	151540	151549	20 %	20 %	60 %	0 %	169237773
57	NC_010369	GTGGA	2	10	153916	153925	20 %	20 %	60 %	0 %	169237776
58	NC_010369	CGTCG	2	10	158767	158776	0 %	20 %	40 %	40 %	169237779
59	NC_010369	AGTTC	2	10	161648	161657	20 %	40 %	20 %	20 %	169237781
60	NC_010369	AGTTG	2	10	163360	163369	20 %	40 %	40 %	0 %	169237782
61	NC_010369	GCTAC	2	10	164196	164205	20 %	20 %	20 %	40 %	169237783
62	NC_010369	AGTGG	2	10	164950	164959	20 %	20 %	60 %	0 %	169237783
63	NC_010369	CCGGA	2	10	169274	169283	20 %	0 %	40 %	40 %	169237787
64	NC_010369	CGGAT	2	10	172547	172556	20 %	20 %	40 %	20 %	169237788
65	NC_010369	GCTGC	2	10	173227	173236	0 %	20 %	40 %	40 %	169237789
66	NC_010369	GTCGT	2	10	173475	173484	0 %	40 %	40 %	20 %	169237789
67	NC_010369	GACGT	2	10	174093	174102	20 %	20 %	40 %	20 %	169237789
68	NC_010369	TCACC	2	10	174355	174364	20 %	20 %	0 %	60 %	169237789
69	NC_010369	CGTCG	2	10	174626	174635	0 %	20 %	40 %	40 %	169237789
70	NC_010369	TCGAT	2	10	176356	176365	20 %	40 %	20 %	20 %	169237791
71	NC_010369	CGTCG	2	10	176735	176744	0 %	20 %	40 %	40 %	169237791
72	NC_010369	CGTCG	2	10	176939	176948	0 %	20 %	40 %	40 %	169237791
73	NC_010369	CAGTC	2	10	177236	177245	20 %	20 %	20 %	40 %	169237791
74	NC_010369	CACGA	2	10	183734	183743	40 %	0 %	20 %	40 %	169237795
75	NC_010369	AGCCG	2	10	184215	184224	20 %	0 %	40 %	40 %	169237795
76	NC_010369	TCGTC	2	10	184545	184554	0 %	40 %	20 %	40 %	169237795
77	NC_010369	GCGCC	2	10	185512	185521	0 %	0 %	40 %	60 %	169237796
78	NC_010369	GACGC	2	10	187177	187186	20 %	0 %	40 %	40 %	169237797
79	NC_010369	GTCGA	2	10	188512	188521	20 %	20 %	40 %	20 %	169237798
80	NC_010369	GTCGC	2	10	189159	189168	0 %	20 %	40 %	40 %	169237798
81	NC_010369	GAACT	2	10	191837	191846	40 %	20 %	20 %	20 %	169237799
82	NC_010369	CTGGG	2	10	193088	193097	0 %	20 %	60 %	20 %	169237800

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.