MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Halobacterium salinarum R1 plasmid PHS3

Total Repeats: 106

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010368	GGACGA	2	12	3405	3416	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	169237355
2	NC_010368	CCTCGA	2	12	3780	3791	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	169237355
3	NC_010368	ACGTCG	2	12	4415	4426	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	169237355
4	NC_010368	CGTCCA	2	12	7794	7805	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	169237357
5	NC_010368	CCGAAC	2	12	7846	7857	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	169237357
6	NC_010368	GTTGAC	2	12	8821	8832	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	169237358
7	NC_010368	GAAGTC	2	12	9259	9270	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	169237358
8	NC_010368	ATCAGG	2	12	12337	12348	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	169237360
9	NC_010368	GACTAC	2	12	16179	16190	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	169237363
10	NC_010368	CGTCGA	2	12	16766	16777	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	169237364
11	NC_010368	TGATCG	2	12	24651	24662	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	169237371
12	NC_010368	GTTCGC	2	12	31976	31987	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237379
13	NC_010368	CGGTGG	2	12	34647	34658	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	169237380
14	NC_010368	TTCATC	2	12	34672	34683	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	169237380
15	NC_010368	TGATCG	2	12	43669	43680	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	169237391
16	NC_010368	ACCAGC	2	12	46316	46327	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	169237397
17	NC_010368	GATCGG	2	12	46537	46548	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	169237397
18	NC_010368	AGTTCG	2	12	48167	48178	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	169237400
19	NC_010368	CGATCT	2	12	49247	49258	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	169237400
20	NC_010368	GAAGCG	2	12	49934	49945	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	169237401
21	NC_010368	GAGTCG	2	12	52405	52416	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	169237405
22	NC_010368	CGCTCG	2	12	54273	54284	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	169237408
23	NC_010368	CGCTCG	2	12	56657	56668	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	169237409
24	NC_010368	TTCTAC	2	12	59815	59826	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	169237412
25	NC_010368	GTCGGG	2	12	60052	60063	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	169237412
26	NC_010368	GCCGAC	2	12	61280	61291	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	169237413
27	NC_010368	AACCGG	2	12	62720	62731	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237413
28	NC_010368	CGACGG	2	12	64136	64147	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	169237415
29	NC_010368	TCACCG	2	12	65978	65989	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	169237416
30	NC_010368	TCGTGG	2	12	66381	66392	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	169237416
31	NC_010368	CAGCCT	2	12	68580	68591	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	169237419
32	NC_010368	CCCAAC	2	12	69158	69169	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	169237420
33	NC_010368	CCGAGA	2	12	77127	77138	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237433
34	NC_010368	TCACCG	2	12	78974	78985	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	169237436
35	NC_010368	ACGAGG	2	12	81158	81169	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	169237440
36	NC_010368	TCCAGG	2	12	82195	82206	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	169237441
37	NC_010368	GTCGTT	2	12	82296	82307	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	169237441
38	NC_010368	TGTCGT	2	12	87502	87513	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	169237446
39	NC_010368	GCGTCG	2	12	88011	88022	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	169237446
40	NC_010368	GCCGTG	2	12	88058	88069	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	169237446
41	NC_010368	CCGACT	2	12	89065	89076	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	169237447
42	NC_010368	GACCGC	2	12	91839	91850	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	169237449
43	NC_010368	CGATGA	2	12	95903	95914	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	169237452
44	NC_010368	CGCGCT	2	12	99183	99194	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	169237456
45	NC_010368	GCCGTA	2	12	101401	101412	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	169237458
46	NC_010368	GAACGG	2	12	104807	104818	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	169237464
47	NC_010368	CGCGTT	2	12	107565	107576	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237467
48	NC_010368	ACGTCG	2	12	108887	108898	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	169237468
49	NC_010368	TGTCGC	2	12	109116	109127	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237468
50	NC_010368	CGACGC	2	12	109135	109146	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	169237468
51	NC_010368	CGAGGT	2	12	110373	110384	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	169237468
52	NC_010368	GCTGGC	2	12	113932	113943	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	169237471
53	NC_010368	ACGTCA	2	12	114468	114479	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	169237471
54	NC_010368	GGTCGC	2	12	114583	114594	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	169237471
55	NC_010368	GCTCGG	2	12	117830	117841	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	169237474
56	NC_010368	CGCGGT	2	12	117857	117868	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	169237474
57	NC_010368	TCGCCA	2	12	119333	119344	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	169237475
58	NC_010368	CGTCGC	2	12	120700	120711	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	169237477
59	NC_010368	GAGCGT	2	12	121414	121425	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	169237478
60	NC_010368	CGCGGC	2	12	124414	124425	0 %	0 %	50 %	50 %	169237481
61	NC_010368	ACGCGA	2	12	125740	125751	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237481
62	NC_010368	CGGCCT	2	12	126112	126123	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	169237481
63	NC_010368	GCCGTC	2	12	129593	129604	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	169237484
64	NC_010368	GGAGTG	2	12	131292	131303	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	169237485
65	NC_010368	TGCCGT	2	12	131462	131473	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237485
66	NC_010368	CAGATG	2	12	149351	149362	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	169237499
67	NC_010368	GTCACG	2	12	157415	157426	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	169237503
68	NC_010368	ACGATC	2	12	157541	157552	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	169237503
69	NC_010368	CTCGGT	2	12	157893	157904	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237504
70	NC_010368	CGGCGA	2	12	159691	159702	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	169237504
71	NC_010368	GATCGG	2	12	159944	159955	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	169237504
72	NC_010368	GAACTC	2	12	164615	164626	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	169237508
73	NC_010368	AGTAGA	2	12	172402	172413	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	169237515
74	NC_010368	ACGGAG	2	12	173744	173755	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	169237517
75	NC_010368	CGGAAT	2	12	176950	176961	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	169237520
76	NC_010368	GCCTTT	2	12	177803	177814	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	169237521
77	NC_010368	CGAAGT	2	12	177912	177923	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	169237521
78	NC_010368	GACGTG	2	12	180449	180460	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	169237522
79	NC_010368	TCGAAT	2	12	186534	186545	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	169237530
80	NC_010368	CGGCGC	2	12	189111	189122	0 %	0 %	50 %	50 %	169237532
81	NC_010368	GGATCG	2	12	189513	189524	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	169237532
82	NC_010368	CGCCGA	2	12	192234	192245	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	169237534
83	NC_010368	TCGATA	2	12	194492	194503	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	169237537
84	NC_010368	GAGTTC	2	12	194677	194688	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	169237537
85	NC_010368	GGATCG	2	12	199319	199330	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	169237540
86	NC_010368	GCCTCG	2	12	205621	205632	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	169237545
87	NC_010368	CATCGT	2	12	206873	206884	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	169237545
88	NC_010368	CTGGAG	2	12	217681	217692	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	169237549
89	NC_010368	TTGTAG	2	12	222924	222935	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	169237551
90	NC_010368	TCTGCT	2	12	230237	230248	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	169237554
91	NC_010368	CGTCTC	2	12	232232	232243	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	169237555
92	NC_010368	GTCGCC	2	12	237654	237665	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	169237557
93	NC_010368	GACATC	2	12	244760	244771	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	169237561
94	NC_010368	GACGGC	2	12	253660	253671	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	169237571
95	NC_010368	AACATC	2	12	253963	253974	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	169237571
96	NC_010368	GATTCG	2	12	254758	254769	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	169237572
97	NC_010368	GTAGCG	2	12	256170	256181	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	169237573
98	NC_010368	TCGACT	2	12	256677	256688	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	169237573
99	NC_010368	GTCAAC	2	12	257117	257128	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	169237573
100	NC_010368	GTCGAA	2	12	259212	259223	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	169237574
101	NC_010368	TCGCCG	2	12	261651	261662	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	169237576
102	NC_010368	GTTCGA	2	12	262073	262084	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	169237578
103	NC_010368	TTCGAC	2	12	262281	262292	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	169237578
104	NC_010368	GCGTCG	2	12	272227	272238	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	169237590
105	NC_010368	CACAGA	2	12	276397	276408	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	169237594
106	NC_010368	GCGTCT	2	12	280121	280132	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237598

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.