MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Halobacterium salinarum R1 plasmid PHS1

Total Repeats: 2689

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_010366	GAC	2	6	26846	26851	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237188
502	NC_010366	ACG	2	6	26893	26898	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237188
503	NC_010366	TCG	2	6	26905	26910	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237188
504	NC_010366	GAACG	2	10	26927	26936	40 %	0 %	40 %	20 %	169237188
505	NC_010366	CAG	2	6	27015	27020	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237188
506	NC_010366	GAG	2	6	27045	27050	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	169237188
507	NC_010366	CTCCC	2	10	27060	27069	0 %	20 %	0 %	80 %	169237188
508	NC_010366	ATGG	2	8	27131	27138	25 %	25 %	50 %	0 %	169237188
509	NC_010366	CGACTA	2	12	27158	27169	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	169237188
510	NC_010366	CAT	3	9	27170	27178	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	169237188
511	NC_010366	C	6	6	27186	27191	0 %	0 %	0 %	100 %	169237188
512	NC_010366	GCT	2	6	27200	27205	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237188
513	NC_010366	CTC	2	6	27219	27224	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	169237188
514	NC_010366	CGATC	2	10	27335	27344	20 %	20 %	20 %	40 %	169237188
515	NC_010366	AATCG	2	10	27357	27366	40 %	20 %	20 %	20 %	169237188
516	NC_010366	CGA	2	6	27404	27409	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237188
517	NC_010366	ACG	2	6	27504	27509	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237188
518	NC_010366	CGAA	2	8	27548	27555	50 %	0 %	25 %	25 %	169237188
519	NC_010366	CG	3	6	28111	28116	0 %	0 %	50 %	50 %	169237189
520	NC_010366	GCT	2	6	28125	28130	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237189
521	NC_010366	CCCA	2	8	28148	28155	25 %	0 %	0 %	75 %	169237189
522	NC_010366	TCC	2	6	28249	28254	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	169237189
523	NC_010366	TGCCC	2	10	28259	28268	0 %	20 %	20 %	60 %	169237189
524	NC_010366	GTC	2	6	28269	28274	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237189
525	NC_010366	TCC	2	6	28321	28326	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	169237189
526	NC_010366	CCG	2	6	28327	28332	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	169237189
527	NC_010366	GCA	2	6	28349	28354	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237189
528	NC_010366	CGA	3	9	28412	28420	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237189
529	NC_010366	CCG	2	6	28424	28429	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	169237189
530	NC_010366	CGA	2	6	28460	28465	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237189
531	NC_010366	CCCGG	2	10	28506	28515	0 %	0 %	40 %	60 %	169237189
532	NC_010366	GTG	2	6	28578	28583	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	169237189
533	NC_010366	ACG	2	6	28660	28665	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237189
534	NC_010366	TCG	2	6	28675	28680	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237189
535	NC_010366	CCG	2	6	28816	28821	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	169237189
536	NC_010366	AGA	2	6	28863	28868	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	169237189
537	NC_010366	GAG	2	6	28869	28874	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	169237189
538	NC_010366	GTT	2	6	28886	28891	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	169237189
539	NC_010366	TCC	3	9	28909	28917	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	169237189
540	NC_010366	GGT	2	6	28965	28970	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	169237189
541	NC_010366	CGT	2	6	28982	28987	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237189
542	NC_010366	ATCGG	2	10	29026	29035	20 %	20 %	40 %	20 %	169237189
543	NC_010366	CGA	2	6	29045	29050	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237189
544	NC_010366	CGG	2	6	29189	29194	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	169237189
545	NC_010366	CGA	2	6	29306	29311	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237189
546	NC_010366	ATCCCC	2	12	29313	29324	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	169237189
547	NC_010366	GCG	2	6	29428	29433	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	169237189
548	NC_010366	CCT	2	6	29456	29461	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	169237189
549	NC_010366	ATG	2	6	29619	29624	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	169237189
550	NC_010366	TCC	2	6	29638	29643	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	169237189
551	NC_010366	GC	3	6	29672	29677	0 %	0 %	50 %	50 %	169237189
552	NC_010366	GAG	2	6	29679	29684	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	169237189
553	NC_010366	CGA	2	6	29780	29785	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237189
554	NC_010366	CTG	2	6	29796	29801	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237189
555	NC_010366	CTT	2	6	29807	29812	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	169237189
556	NC_010366	TGCT	2	8	29823	29830	0 %	50 %	25 %	25 %	169237189
557	NC_010366	GTC	2	6	29916	29921	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237189
558	NC_010366	GGT	2	6	29934	29939	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	169237189
559	NC_010366	TTC	2	6	29961	29966	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	169237189
560	NC_010366	CCT	2	6	29981	29986	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	169237189
561	NC_010366	CCT	2	6	30002	30007	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	169237189
562	NC_010366	AT	3	6	30015	30020	50 %	50 %	0 %	0 %	169237189
563	NC_010366	ATC	2	6	30040	30045	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	169237189
564	NC_010366	CTT	2	6	30128	30133	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	169237189
565	NC_010366	GCT	2	6	30161	30166	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237189
566	NC_010366	TGCGC	2	10	30170	30179	0 %	20 %	40 %	40 %	169237189
567	NC_010366	CAG	2	6	30216	30221	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237189
568	NC_010366	CGG	2	6	30269	30274	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	169237189
569	NC_010366	AGTCGT	2	12	30410	30421	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	169237189
570	NC_010366	TCG	2	6	30424	30429	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237189
571	NC_010366	GTC	2	6	30480	30485	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237189
572	NC_010366	C	11	11	30559	30569	0 %	0 %	0 %	100 %	169237189
573	NC_010366	CGT	2	6	31165	31170	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237190
574	NC_010366	ACCATC	2	12	31456	31467	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	169237191
575	NC_010366	TC	3	6	31509	31514	0 %	50 %	0 %	50 %	169237191
576	NC_010366	CGA	2	6	31584	31589	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237191
577	NC_010366	GTCG	2	8	31593	31600	0 %	25 %	50 %	25 %	169237191
578	NC_010366	GCT	2	6	31605	31610	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237191
579	NC_010366	TCA	2	6	31631	31636	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	169237191
580	NC_010366	CGG	2	6	31638	31643	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	169237191
581	NC_010366	GGA	2	6	31695	31700	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	169237191
582	NC_010366	AGCG	2	8	32046	32053	25 %	0 %	50 %	25 %	169237192
583	NC_010366	GCG	2	6	32117	32122	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	169237192
584	NC_010366	GTG	2	6	32123	32128	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	169237192
585	NC_010366	CGC	2	6	32187	32192	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	169237192
586	NC_010366	TCA	2	6	32218	32223	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	169237192
587	NC_010366	AGC	2	6	32266	32271	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237192
588	NC_010366	CAG	2	6	32274	32279	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237192
589	NC_010366	CAC	2	6	32301	32306	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	169237192
590	NC_010366	CAACT	2	10	32367	32376	40 %	20 %	0 %	40 %	169237192
591	NC_010366	CCG	2	6	32408	32413	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	169237192
592	NC_010366	GGT	2	6	32450	32455	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	169237192
593	NC_010366	GTC	2	6	32457	32462	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237192
594	NC_010366	TCG	2	6	32470	32475	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237192
595	NC_010366	CGA	2	6	32483	32488	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237192
596	NC_010366	TTCGAC	2	12	32544	32555	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	169237192
597	NC_010366	ATC	2	6	32583	32588	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	169237192
598	NC_010366	GCT	2	6	32603	32608	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237192
599	NC_010366	TCG	2	6	32710	32715	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237192
600	NC_010366	CGG	2	6	32728	32733	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	169237192
601	NC_010366	CTC	2	6	32892	32897	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	169237192
602	NC_010366	GA	3	6	32920	32925	50 %	0 %	50 %	0 %	169237192
603	NC_010366	ATC	2	6	32959	32964	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	169237192
604	NC_010366	TCG	2	6	33016	33021	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237192
605	NC_010366	CGA	2	6	33032	33037	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237192
606	NC_010366	GCG	2	6	33160	33165	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	169237192
607	NC_010366	GT	3	6	33482	33487	0 %	50 %	50 %	0 %	169237193
608	NC_010366	AGCA	2	8	33497	33504	50 %	0 %	25 %	25 %	169237193
609	NC_010366	TC	3	6	33568	33573	0 %	50 %	0 %	50 %	169237193
610	NC_010366	CAA	2	6	33582	33587	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	169237193
611	NC_010366	TCG	2	6	33623	33628	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237193
612	NC_010366	CCG	2	6	33635	33640	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	169237193
613	NC_010366	ATC	2	6	33707	33712	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	169237193
614	NC_010366	CTT	2	6	33760	33765	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	169237193
615	NC_010366	TCG	2	6	33776	33781	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237193
616	NC_010366	CTA	2	6	33831	33836	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	169237193
617	NC_010366	TGA	2	6	33840	33845	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	169237193
618	NC_010366	GAC	2	6	33847	33852	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237193
619	NC_010366	ACC	2	6	33889	33894	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	169237193
620	NC_010366	CG	3	6	33921	33926	0 %	0 %	50 %	50 %	169237193
621	NC_010366	GAA	2	6	33930	33935	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	169237193
622	NC_010366	CAG	2	6	33984	33989	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237193
623	NC_010366	ATC	2	6	34123	34128	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	169237193
624	NC_010366	CAG	2	6	34147	34152	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237193
625	NC_010366	GTAC	2	8	34250	34257	25 %	25 %	25 %	25 %	169237193
626	NC_010366	ACGG	2	8	34262	34269	25 %	0 %	50 %	25 %	169237193
627	NC_010366	ACG	2	6	34271	34276	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237193
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631	NC_010366	CGA	2	6	34406	34411	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237193
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747	NC_010366	CTC	2	6	43537	43542	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	169237204
748	NC_010366	TCG	2	6	43548	43553	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237204
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750	NC_010366	ATG	2	6	43718	43723	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	169237204
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754	NC_010366	CGGC	2	8	43882	43889	0 %	0 %	50 %	50 %	169237204
755	NC_010366	CGC	2	6	43918	43923	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	169237204
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999	NC_010366	CGCGGG	2	12	52924	52935	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	169237214
1000	NC_010366	TCG	2	6	52953	52958	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237214

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