MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Herpetosiphon aurantiacus DSM 785 plasmid pHAU01

Total Repeats: 204

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009973	CGACA	2	10	3687	3696	40 %	0 %	20 %	40 %	159901513
2	NC_009973	TGCCC	2	10	6182	6191	0 %	20 %	20 %	60 %	159901515
3	NC_009973	GCGGT	2	10	8441	8450	0 %	20 %	60 %	20 %	159901515
4	NC_009973	GCCCG	2	10	9671	9680	0 %	0 %	40 %	60 %	159901516
5	NC_009973	ATCCG	2	10	11063	11072	20 %	20 %	20 %	40 %	159901517
6	NC_009973	TGCAT	2	10	14575	14584	20 %	40 %	20 %	20 %	159901519
7	NC_009973	CGTGC	2	10	22691	22700	0 %	20 %	40 %	40 %	159901525
8	NC_009973	CAGAT	2	10	22926	22935	40 %	20 %	20 %	20 %	159901526
9	NC_009973	CACAA	2	10	28398	28407	60 %	0 %	0 %	40 %	159901533
10	NC_009973	GCGCC	2	10	32259	32268	0 %	0 %	40 %	60 %	159901536
11	NC_009973	TTGGC	2	10	33118	33127	0 %	40 %	40 %	20 %	159901536
12	NC_009973	TGGGG	2	10	33696	33705	0 %	20 %	80 %	0 %	159901537
13	NC_009973	GGGTT	2	10	37453	37462	0 %	40 %	60 %	0 %	159901540
14	NC_009973	CTGAT	2	10	38966	38975	20 %	40 %	20 %	20 %	159901541
15	NC_009973	CAGTC	2	10	40768	40777	20 %	20 %	20 %	40 %	159901542
16	NC_009973	CTTGA	2	10	44975	44984	20 %	40 %	20 %	20 %	159901544
17	NC_009973	CCGCG	2	10	46721	46730	0 %	0 %	40 %	60 %	159901545
18	NC_009973	GCGGT	2	10	48829	48838	0 %	20 %	60 %	20 %	159901547
19	NC_009973	CTCTA	2	10	49931	49940	20 %	40 %	0 %	40 %	159901548
20	NC_009973	GGACA	2	10	50928	50937	40 %	0 %	40 %	20 %	159901548
21	NC_009973	CTGCA	2	10	52556	52565	20 %	20 %	20 %	40 %	159901549
22	NC_009973	CGCTG	2	10	58139	58148	0 %	20 %	40 %	40 %	159901555
23	NC_009973	GCCTT	2	10	59292	59301	0 %	40 %	20 %	40 %	159901556
24	NC_009973	GGCAG	2	10	60870	60879	20 %	0 %	60 %	20 %	159901557
25	NC_009973	TTGCA	2	10	62911	62920	20 %	40 %	20 %	20 %	159901557
26	NC_009973	GCGCA	2	10	63604	63613	20 %	0 %	40 %	40 %	159901558
27	NC_009973	GGCTG	2	10	63828	63837	0 %	20 %	60 %	20 %	159901558
28	NC_009973	GCAAG	2	10	67703	67712	40 %	0 %	40 %	20 %	159901560
29	NC_009973	GCAGG	2	10	67755	67764	20 %	0 %	60 %	20 %	159901560
30	NC_009973	ACCAA	2	10	68399	68408	60 %	0 %	0 %	40 %	159901561
31	NC_009973	AACCA	2	10	74266	74275	60 %	0 %	0 %	40 %	159901569
32	NC_009973	CATGG	2	10	74855	74864	20 %	20 %	40 %	20 %	159901570
33	NC_009973	GATCG	2	10	74977	74986	20 %	20 %	40 %	20 %	159901570
34	NC_009973	CCCGC	2	10	75442	75451	0 %	0 %	20 %	80 %	159901570
35	NC_009973	CGTGG	2	10	75568	75577	0 %	20 %	60 %	20 %	159901570
36	NC_009973	CGCTG	2	10	76038	76047	0 %	20 %	40 %	40 %	159901571
37	NC_009973	ACCCA	2	10	77138	77147	40 %	0 %	0 %	60 %	159901572
38	NC_009973	GCCCA	2	10	77472	77481	20 %	0 %	20 %	60 %	159901573
39	NC_009973	AGCGC	2	10	77940	77949	20 %	0 %	40 %	40 %	159901574
40	NC_009973	CGCCA	2	10	78092	78101	20 %	0 %	20 %	60 %	159901574
41	NC_009973	GCGGT	2	10	79218	79227	0 %	20 %	60 %	20 %	159901576
42	NC_009973	GGTCG	2	10	79435	79444	0 %	20 %	60 %	20 %	159901576
43	NC_009973	ATCGC	2	10	79664	79673	20 %	20 %	20 %	40 %	159901576
44	NC_009973	CCTGC	2	10	81393	81402	0 %	20 %	20 %	60 %	159901576
45	NC_009973	CGGCC	2	10	81844	81853	0 %	0 %	40 %	60 %	159901577
46	NC_009973	TATGC	2	10	82791	82800	20 %	40 %	20 %	20 %	159901578
47	NC_009973	GATTT	2	10	85681	85690	20 %	60 %	20 %	0 %	159901580
48	NC_009973	TAATA	2	10	86941	86950	60 %	40 %	0 %	0 %	159901580
49	NC_009973	ATTCA	2	10	87759	87768	40 %	40 %	0 %	20 %	159901581
50	NC_009973	ATATT	2	10	88222	88231	40 %	60 %	0 %	0 %	159901581
51	NC_009973	ATAAC	2	10	89179	89188	60 %	20 %	0 %	20 %	159901582
52	NC_009973	GGCGG	2	10	91485	91494	0 %	0 %	80 %	20 %	159901584
53	NC_009973	AGTGG	2	10	93026	93035	20 %	20 %	60 %	0 %	159901585
54	NC_009973	AAATC	2	10	94020	94029	60 %	20 %	0 %	20 %	159901586
55	NC_009973	CGATG	2	10	94547	94556	20 %	20 %	40 %	20 %	159901586
56	NC_009973	CAATT	2	10	95616	95625	40 %	40 %	0 %	20 %	159901587
57	NC_009973	GATTG	2	10	95847	95856	20 %	40 %	40 %	0 %	159901588
58	NC_009973	GATTG	2	10	96739	96748	20 %	40 %	40 %	0 %	159901589
59	NC_009973	AGCGA	2	10	97209	97218	40 %	0 %	40 %	20 %	159901589
60	NC_009973	CGCGG	2	10	100340	100349	0 %	0 %	60 %	40 %	159901591
61	NC_009973	TTGGT	2	10	100357	100366	0 %	60 %	40 %	0 %	159901591
62	NC_009973	GCGCA	2	10	109628	109637	20 %	0 %	40 %	40 %	159901594
63	NC_009973	CAACT	2	10	112134	112143	40 %	20 %	0 %	40 %	159901597
64	NC_009973	CAAAC	2	10	112890	112899	60 %	0 %	0 %	40 %	159901597
65	NC_009973	TGAGG	2	10	115621	115630	20 %	20 %	60 %	0 %	159901599
66	NC_009973	AATGG	2	10	122100	122109	40 %	20 %	40 %	0 %	159901604
67	NC_009973	GTGCC	2	10	122757	122766	0 %	20 %	40 %	40 %	159901605
68	NC_009973	CCCTG	2	10	123513	123522	0 %	20 %	20 %	60 %	159901607
69	NC_009973	CGATT	2	10	124946	124955	20 %	40 %	20 %	20 %	159901608
70	NC_009973	CAGCG	2	10	126743	126752	20 %	0 %	40 %	40 %	159901609
71	NC_009973	TTTGG	2	10	128169	128178	0 %	60 %	40 %	0 %	159901609
72	NC_009973	CGGGG	2	10	132475	132484	0 %	0 %	80 %	20 %	159901612
73	NC_009973	GGGGA	2	10	133605	133614	20 %	0 %	80 %	0 %	159901612
74	NC_009973	GCGCC	2	10	136007	136016	0 %	0 %	40 %	60 %	159901613
75	NC_009973	ATGGC	2	10	136788	136797	20 %	20 %	40 %	20 %	159901613
76	NC_009973	TGGGG	2	10	137035	137044	0 %	20 %	80 %	0 %	159901613
77	NC_009973	GACCT	2	10	137584	137593	20 %	20 %	20 %	40 %	159901614
78	NC_009973	GCACG	2	10	139835	139844	20 %	0 %	40 %	40 %	159901616
79	NC_009973	TCCGA	2	10	140458	140467	20 %	20 %	20 %	40 %	159901616
80	NC_009973	CGCGC	2	10	140904	140913	0 %	0 %	40 %	60 %	159901616
81	NC_009973	GGCAG	2	10	142403	142412	20 %	0 %	60 %	20 %	159901617
82	NC_009973	GCGCA	2	10	143986	143995	20 %	0 %	40 %	40 %	159901617
83	NC_009973	CATCG	2	10	144220	144229	20 %	20 %	20 %	40 %	159901617
84	NC_009973	CCACC	2	10	145214	145223	20 %	0 %	0 %	80 %	159901618
85	NC_009973	CGGTC	2	10	145320	145329	0 %	20 %	40 %	40 %	159901618
86	NC_009973	GCCAC	2	10	145469	145478	20 %	0 %	20 %	60 %	159901618
87	NC_009973	CCACC	2	10	146420	146429	20 %	0 %	0 %	80 %	159901618
88	NC_009973	TCGCC	2	10	149158	149167	0 %	20 %	20 %	60 %	159901620
89	NC_009973	GTCCA	2	10	150324	150333	20 %	20 %	20 %	40 %	159901622
90	NC_009973	CCCAC	2	10	150632	150641	20 %	0 %	0 %	80 %	159901622
91	NC_009973	GCGGG	2	10	151980	151989	0 %	0 %	80 %	20 %	159901623
92	NC_009973	GGCGG	2	10	152084	152093	0 %	0 %	80 %	20 %	159901623
93	NC_009973	ATGGG	2	10	152255	152264	20 %	20 %	60 %	0 %	159901623
94	NC_009973	GCTGG	2	10	152533	152542	0 %	20 %	60 %	20 %	159901623
95	NC_009973	GTCCT	2	10	153104	153113	0 %	40 %	20 %	40 %	159901624
96	NC_009973	ATTCC	2	10	153339	153348	20 %	40 %	0 %	40 %	159901624
97	NC_009973	ACCGC	2	10	155255	155264	20 %	0 %	20 %	60 %	159901625
98	NC_009973	GCGCC	2	10	155334	155343	0 %	0 %	40 %	60 %	159901625
99	NC_009973	GCACG	2	10	155394	155403	20 %	0 %	40 %	40 %	159901625
100	NC_009973	GCGCC	2	10	155811	155820	0 %	0 %	40 %	60 %	159901625
101	NC_009973	GCAGG	2	10	155876	155885	20 %	0 %	60 %	20 %	159901625
102	NC_009973	CCACG	2	10	156488	156497	20 %	0 %	20 %	60 %	159901626
103	NC_009973	TGGCA	2	10	157970	157979	20 %	20 %	40 %	20 %	159901627
104	NC_009973	GCCGC	2	10	158483	158492	0 %	0 %	40 %	60 %	159901628
105	NC_009973	CCCAT	2	10	159404	159413	20 %	20 %	0 %	60 %	159901629
106	NC_009973	TTCCC	2	10	159962	159971	0 %	40 %	0 %	60 %	159901629
107	NC_009973	GCAAG	2	10	161870	161879	40 %	0 %	40 %	20 %	159901631
108	NC_009973	CGCGC	2	10	162783	162792	0 %	0 %	40 %	60 %	159901632
109	NC_009973	CGCGC	2	10	165815	165824	0 %	0 %	40 %	60 %	159901633
110	NC_009973	AATAC	2	10	166150	166159	60 %	20 %	0 %	20 %	159901633
111	NC_009973	AGATC	2	10	166809	166818	40 %	20 %	20 %	20 %	159901633
112	NC_009973	TCCAG	2	10	167828	167837	20 %	20 %	20 %	40 %	159901633
113	NC_009973	CAGCC	2	10	168009	168018	20 %	0 %	20 %	60 %	159901633
114	NC_009973	GCACC	2	10	168803	168812	20 %	0 %	20 %	60 %	159901634
115	NC_009973	ATACC	2	10	169051	169060	40 %	20 %	0 %	40 %	159901634
116	NC_009973	TGGCA	2	10	170829	170838	20 %	20 %	40 %	20 %	159901634
117	NC_009973	TGTCC	2	10	172361	172370	0 %	40 %	20 %	40 %	159901635
118	NC_009973	GATCG	2	10	172845	172854	20 %	20 %	40 %	20 %	159901635
119	NC_009973	AATCA	2	10	173989	173998	60 %	20 %	0 %	20 %	159901636
120	NC_009973	CAGTC	2	10	174459	174468	20 %	20 %	20 %	40 %	159901636
121	NC_009973	GATAC	2	10	174545	174554	40 %	20 %	20 %	20 %	159901636
122	NC_009973	GTGAC	2	10	178466	178475	20 %	20 %	40 %	20 %	159901637
123	NC_009973	CGCGA	2	10	179218	179227	20 %	0 %	40 %	40 %	159901638
124	NC_009973	TAATA	2	10	187215	187224	60 %	40 %	0 %	0 %	159901645
125	NC_009973	ATCAT	2	10	187234	187243	40 %	40 %	0 %	20 %	159901645
126	NC_009973	TTTTG	2	10	188165	188174	0 %	80 %	20 %	0 %	159901646
127	NC_009973	GAATG	2	10	190919	190928	40 %	20 %	40 %	0 %	159901649
128	NC_009973	CGGGG	2	10	196047	196056	0 %	0 %	80 %	20 %	159901653
129	NC_009973	TCGCC	2	10	198457	198466	0 %	20 %	20 %	60 %	159901655
130	NC_009973	CCACC	2	10	204191	204200	20 %	0 %	0 %	80 %	159901656
131	NC_009973	TTAAC	2	10	204215	204224	40 %	40 %	0 %	20 %	159901656
132	NC_009973	AATCA	2	10	204874	204883	60 %	20 %	0 %	20 %	159901656
133	NC_009973	ACGGC	2	10	207280	207289	20 %	0 %	40 %	40 %	159901656
134	NC_009973	TCGCG	2	10	208251	208260	0 %	20 %	40 %	40 %	159901656
135	NC_009973	TGGGA	2	10	209491	209500	20 %	20 %	60 %	0 %	159901656
136	NC_009973	TGGTA	2	10	218622	218631	20 %	40 %	40 %	0 %	159901660
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203	NC_009973	GCGCA	2	10	336454	336463	20 %	0 %	40 %	40 %	159901738
204	NC_009973	CGCCA	2	10	337619	337628	20 %	0 %	20 %	60 %	159901740

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.