MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Haloarcula marismortui ATCC 43049 chromosome II

Total Repeats: 141

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006397	GAATC	2	10	11064	11073	40 %	20 %	20 %	20 %	55380078
2	NC_006397	CGGGC	2	10	16333	16342	0 %	0 %	60 %	40 %	55380084
3	NC_006397	GCTAC	2	10	20826	20835	20 %	20 %	20 %	40 %	55380091
4	NC_006397	ATACG	2	10	22853	22862	40 %	20 %	20 %	20 %	55380094
5	NC_006397	GAAAA	2	10	26136	26145	80 %	0 %	20 %	0 %	55380098
6	NC_006397	TGCCT	2	10	28934	28943	0 %	40 %	20 %	40 %	55380101
7	NC_006397	TGGCG	2	10	31356	31365	0 %	20 %	60 %	20 %	55380104
8	NC_006397	CGTCC	2	10	33635	33644	0 %	20 %	20 %	60 %	55380106
9	NC_006397	CGTCT	2	10	35253	35262	0 %	40 %	20 %	40 %	55380108
10	NC_006397	GGATG	2	10	36320	36329	20 %	20 %	60 %	0 %	55380109
11	NC_006397	AAACG	2	10	38114	38123	60 %	0 %	20 %	20 %	55380111
12	NC_006397	GGTGA	2	10	38241	38250	20 %	20 %	60 %	0 %	55380111
13	NC_006397	CCGTT	2	10	41236	41245	0 %	40 %	20 %	40 %	55380114
14	NC_006397	TCCCG	2	10	42269	42278	0 %	20 %	20 %	60 %	55380115
15	NC_006397	GATGA	2	10	42761	42770	40 %	20 %	40 %	0 %	55380116
16	NC_006397	GACCG	2	10	42854	42863	20 %	0 %	40 %	40 %	55380116
17	NC_006397	CTGAC	2	10	44157	44166	20 %	20 %	20 %	40 %	55380118
18	NC_006397	TCAGT	2	10	44481	44490	20 %	40 %	20 %	20 %	55380119
19	NC_006397	CCCGT	2	10	51420	51429	0 %	20 %	20 %	60 %	55380128
20	NC_006397	GAGGT	2	10	55984	55993	20 %	20 %	60 %	0 %	55380131
21	NC_006397	GGGGC	2	10	63596	63605	0 %	0 %	80 %	20 %	55380136
22	NC_006397	GCCAC	2	10	68674	68683	20 %	0 %	20 %	60 %	55380146
23	NC_006397	ACTGC	2	10	70159	70168	20 %	20 %	20 %	40 %	55380149
24	NC_006397	CACCG	2	10	70520	70529	20 %	0 %	20 %	60 %	55380150
25	NC_006397	CTCGC	2	10	70711	70720	0 %	20 %	20 %	60 %	55380150
26	NC_006397	GTCAC	2	10	72780	72789	20 %	20 %	20 %	40 %	55380152
27	NC_006397	ATATT	2	10	74179	74188	40 %	60 %	0 %	0 %	55380152
28	NC_006397	CAGAG	2	10	74820	74829	40 %	0 %	40 %	20 %	55380153
29	NC_006397	GGCGT	2	10	74833	74842	0 %	20 %	60 %	20 %	55380153
30	NC_006397	CGTTT	2	10	78710	78719	0 %	60 %	20 %	20 %	55380156
31	NC_006397	ATGAC	2	10	79820	79829	40 %	20 %	20 %	20 %	55380156
32	NC_006397	ATCGG	2	10	81163	81172	20 %	20 %	40 %	20 %	55380158
33	NC_006397	TCGGC	2	10	83467	83476	0 %	20 %	40 %	40 %	55380161
34	NC_006397	CGACA	2	10	84954	84963	40 %	0 %	20 %	40 %	55380162
35	NC_006397	ATCGA	2	10	85149	85158	40 %	20 %	20 %	20 %	55380162
36	NC_006397	CGGTC	2	10	85667	85676	0 %	20 %	40 %	40 %	55380163
37	NC_006397	CGAAA	2	10	87596	87605	60 %	0 %	20 %	20 %	55380165
38	NC_006397	CCAGA	2	10	88591	88600	40 %	0 %	20 %	40 %	55380166
39	NC_006397	GACTG	2	10	89462	89471	20 %	20 %	40 %	20 %	55380166
40	NC_006397	TCGTG	2	10	90377	90386	0 %	40 %	40 %	20 %	55380167
41	NC_006397	CGCCT	2	10	96094	96103	0 %	20 %	20 %	60 %	55380173
42	NC_006397	GTTCG	2	10	98948	98957	0 %	40 %	40 %	20 %	55380175
43	NC_006397	AGATG	2	10	107774	107783	40 %	20 %	40 %	0 %	55380187
44	NC_006397	TGCCC	2	10	108261	108270	0 %	20 %	20 %	60 %	55380188
45	NC_006397	GCCCT	2	10	110066	110075	0 %	20 %	20 %	60 %	55380191
46	NC_006397	GCTGG	2	10	117061	117070	0 %	20 %	60 %	20 %	55380200
47	NC_006397	TGAGT	2	10	118983	118992	20 %	40 %	40 %	0 %	55380202
48	NC_006397	GTCTT	2	10	119437	119446	0 %	60 %	20 %	20 %	55380202
49	NC_006397	TCAAT	2	10	119622	119631	40 %	40 %	0 %	20 %	55380202
50	NC_006397	CTTCG	2	10	123213	123222	0 %	40 %	20 %	40 %	55380207
51	NC_006397	AGCAC	2	10	123840	123849	40 %	0 %	20 %	40 %	55380208
52	NC_006397	TCGAA	2	10	128078	128087	40 %	20 %	20 %	20 %	55380211
53	NC_006397	ACTGA	2	10	129324	129333	40 %	20 %	20 %	20 %	55380211
54	NC_006397	AATCG	2	10	129414	129423	40 %	20 %	20 %	20 %	55380211
55	NC_006397	CATCC	2	10	129546	129555	20 %	20 %	0 %	60 %	55380211
56	NC_006397	GAGTT	2	10	130663	130672	20 %	40 %	40 %	0 %	55380211
57	NC_006397	TCGGT	2	10	131392	131401	0 %	40 %	40 %	20 %	55380211
58	NC_006397	GACCG	2	10	131823	131832	20 %	0 %	40 %	40 %	55380211
59	NC_006397	CAGTC	2	10	132227	132236	20 %	20 %	20 %	40 %	55380212
60	NC_006397	GACAA	2	10	134171	134180	60 %	0 %	20 %	20 %	55380215
61	NC_006397	CGTTT	2	10	134514	134523	0 %	60 %	20 %	20 %	55380215
62	NC_006397	TCTCG	2	10	141906	141915	0 %	40 %	20 %	40 %	55380223
63	NC_006397	TTCGA	2	10	143011	143020	20 %	40 %	20 %	20 %	55380223
64	NC_006397	GTTCG	2	10	144121	144130	0 %	40 %	40 %	20 %	55380223
65	NC_006397	CGTCC	2	10	144375	144384	0 %	20 %	20 %	60 %	55380223
66	NC_006397	GTGAC	2	10	144396	144405	20 %	20 %	40 %	20 %	55380223
67	NC_006397	CGTTG	2	10	144720	144729	0 %	40 %	40 %	20 %	55380223
68	NC_006397	CCGTT	2	10	145677	145686	0 %	40 %	20 %	40 %	55380223
69	NC_006397	CGTCC	2	10	145729	145738	0 %	20 %	20 %	60 %	55380223
70	NC_006397	GTCGG	2	10	145931	145940	0 %	20 %	60 %	20 %	55380223
71	NC_006397	CCGTC	2	10	146448	146457	0 %	20 %	20 %	60 %	55380223
72	NC_006397	CCGGT	2	10	147177	147186	0 %	20 %	40 %	40 %	55380223
73	NC_006397	AGACG	2	10	148740	148749	40 %	0 %	40 %	20 %	55380224
74	NC_006397	TCACG	2	10	149328	149337	20 %	20 %	20 %	40 %	55380225
75	NC_006397	CGTGG	2	10	154482	154491	0 %	20 %	60 %	20 %	55380232
76	NC_006397	AGCCG	2	10	157171	157180	20 %	0 %	40 %	40 %	55380236
77	NC_006397	ATCAC	2	10	161771	161780	40 %	20 %	0 %	40 %	55380239
78	NC_006397	TCAGC	2	10	169078	169087	20 %	20 %	20 %	40 %	55380246
79	NC_006397	AGCCG	2	10	169438	169447	20 %	0 %	40 %	40 %	55380246
80	NC_006397	TGCAC	2	10	169632	169641	20 %	20 %	20 %	40 %	55380246
81	NC_006397	GATCC	2	10	173328	173337	20 %	20 %	20 %	40 %	55380249
82	NC_006397	CGCAG	2	10	173870	173879	20 %	0 %	40 %	40 %	55380249
83	NC_006397	GATGG	2	10	174074	174083	20 %	20 %	60 %	0 %	55380249
84	NC_006397	GCCAG	2	10	176263	176272	20 %	0 %	40 %	40 %	55380251
85	NC_006397	GGTAC	2	10	178625	178634	20 %	20 %	40 %	20 %	55380254
86	NC_006397	GGACT	2	10	178758	178767	20 %	20 %	40 %	20 %	55380254
87	NC_006397	CGGCC	2	10	180245	180254	0 %	0 %	40 %	60 %	55380254
88	NC_006397	CCGGT	2	10	181868	181877	0 %	20 %	40 %	40 %	55380256
89	NC_006397	ACGGC	2	10	182240	182249	20 %	0 %	40 %	40 %	55380256
90	NC_006397	CGATA	2	10	188191	188200	40 %	20 %	20 %	20 %	55380262
91	NC_006397	CCAGG	2	10	188854	188863	20 %	0 %	40 %	40 %	55380262
92	NC_006397	TACGT	2	10	193030	193039	20 %	40 %	20 %	20 %	55380264
93	NC_006397	GTGCT	2	10	194343	194352	0 %	40 %	40 %	20 %	55380265
94	NC_006397	GTATC	2	10	194964	194973	20 %	40 %	20 %	20 %	55380266
95	NC_006397	ACACG	2	10	197111	197120	40 %	0 %	20 %	40 %	55380268
96	NC_006397	ACCGG	2	10	199830	199839	20 %	0 %	40 %	40 %	55380272
97	NC_006397	GCGTC	2	10	200921	200930	0 %	20 %	40 %	40 %	55380273
98	NC_006397	TCGCC	2	10	201324	201333	0 %	20 %	20 %	60 %	55380273
99	NC_006397	CGAAG	2	10	204336	204345	40 %	0 %	40 %	20 %	55380275
100	NC_006397	TCAGT	2	10	205170	205179	20 %	40 %	20 %	20 %	55380276
101	NC_006397	ACCGG	2	10	205603	205612	20 %	0 %	40 %	40 %	55380277
102	NC_006397	GGCTG	2	10	206294	206303	0 %	20 %	60 %	20 %	55380278
103	NC_006397	GACCA	2	10	207791	207800	40 %	0 %	20 %	40 %	55380280
104	NC_006397	TCTAT	2	10	210448	210457	20 %	60 %	0 %	20 %	55380284
105	NC_006397	CGGGA	2	10	210847	210856	20 %	0 %	60 %	20 %	55380283
106	NC_006397	CGGTC	2	10	214803	214812	0 %	20 %	40 %	40 %	55380289
107	NC_006397	GCTGG	2	10	215802	215811	0 %	20 %	60 %	20 %	55380290
108	NC_006397	TGGTG	2	10	224267	224276	0 %	40 %	60 %	0 %	55380295
109	NC_006397	GGAGC	2	10	228091	228100	20 %	0 %	60 %	20 %	55380298
110	NC_006397	GTACG	2	10	228464	228473	20 %	20 %	40 %	20 %	55380298
111	NC_006397	TTCAG	2	10	231554	231563	20 %	40 %	20 %	20 %	55380300
112	NC_006397	GCTCG	2	10	231846	231855	0 %	20 %	40 %	40 %	55380300
113	NC_006397	AACCA	2	10	233598	233607	60 %	0 %	0 %	40 %	55380303
114	NC_006397	AGACA	2	10	233878	233887	60 %	0 %	20 %	20 %	55380303
115	NC_006397	GCCGA	2	10	237960	237969	20 %	0 %	40 %	40 %	55380309
116	NC_006397	CCTCG	2	10	238091	238100	0 %	20 %	20 %	60 %	55380309
117	NC_006397	CGGCG	2	10	240908	240917	0 %	0 %	60 %	40 %	55380313
118	NC_006397	GGTCG	2	10	242666	242675	0 %	20 %	60 %	20 %	55380315
119	NC_006397	CACTG	2	10	246577	246586	20 %	20 %	20 %	40 %	55380319
120	NC_006397	ACACC	2	10	247217	247226	40 %	0 %	0 %	60 %	55380319
121	NC_006397	CCGTC	2	10	247776	247785	0 %	20 %	20 %	60 %	55380320
122	NC_006397	CCTCT	2	10	251859	251868	0 %	40 %	0 %	60 %	55380322
123	NC_006397	CCGTG	2	10	252423	252432	0 %	20 %	40 %	40 %	55380322
124	NC_006397	AGTTG	2	10	254399	254408	20 %	40 %	40 %	0 %	55380322
125	NC_006397	TTTCC	2	10	255574	255583	0 %	60 %	0 %	40 %	55380323
126	NC_006397	CGGTC	2	10	255799	255808	0 %	20 %	40 %	40 %	55380323
127	NC_006397	ACTGA	2	10	260421	260430	40 %	20 %	20 %	20 %	55380328
128	NC_006397	TGGGG	2	10	261407	261416	0 %	20 %	80 %	0 %	55380329
129	NC_006397	GGCCA	2	10	268054	268063	20 %	0 %	40 %	40 %	55380335
130	NC_006397	GCTGC	2	10	270258	270267	0 %	20 %	40 %	40 %	55380337
131	NC_006397	GTCCG	2	10	270981	270990	0 %	20 %	40 %	40 %	55380338
132	NC_006397	CCAGC	2	10	271120	271129	20 %	0 %	20 %	60 %	55380338
133	NC_006397	TACCG	2	10	271394	271403	20 %	20 %	20 %	40 %	55380338
134	NC_006397	CTGTC	2	10	271734	271743	0 %	40 %	20 %	40 %	55380339
135	NC_006397	GCCCG	2	10	272128	272137	0 %	0 %	40 %	60 %	55380339
136	NC_006397	ATCTT	2	10	272857	272866	20 %	60 %	0 %	20 %	55380339
137	NC_006397	CGGCA	2	10	276225	276234	20 %	0 %	40 %	40 %	55380343
138	NC_006397	GGTCC	2	10	279280	279289	0 %	20 %	40 %	40 %	55380345
139	NC_006397	GGCGT	2	10	281510	281519	0 %	20 %	60 %	20 %	55380347
140	NC_006397	TCCAT	2	10	284223	284232	20 %	40 %	0 %	40 %	55380350
141	NC_006397	ACCTC	2	10	286645	286654	20 %	20 %	0 %	60 %	55380354

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.