MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Halorhabdus tiamatea SARL4B plasmid pHTIA complete sequence

Total Repeats: 205

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021913	AACCG	2	10	145	154	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
2	NC_021913	AATTG	2	10	193	202	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021913	CTCGC	2	10	922	931	0 %	20 %	20 %	60 %	529043438
4	NC_021913	ATTGG	2	10	2982	2991	20 %	40 %	40 %	0 %	529043441
5	NC_021913	GAACT	2	10	3115	3124	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_021913	TCGTC	2	10	3380	3389	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
7	NC_021913	TGAAG	2	10	3809	3818	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021913	CAAGG	2	10	3960	3969	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
9	NC_021913	GATGG	2	10	4818	4827	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021913	TCGGC	2	10	6389	6398	0 %	20 %	40 %	40 %	529043443
11	NC_021913	GCGCG	2	10	7457	7466	0 %	0 %	60 %	40 %	529043444
12	NC_021913	TTCCG	2	10	9749	9758	0 %	40 %	20 %	40 %	529043444
13	NC_021913	GTCTT	2	10	10275	10284	0 %	60 %	20 %	20 %	529043444
14	NC_021913	CGATC	2	10	10824	10833	20 %	20 %	20 %	40 %	529043445
15	NC_021913	AAGTC	2	10	11858	11867	40 %	20 %	20 %	20 %	529043445
16	NC_021913	GGTAC	2	10	14943	14952	20 %	20 %	40 %	20 %	529043446
17	NC_021913	CATCG	2	10	16029	16038	20 %	20 %	20 %	40 %	529043446
18	NC_021913	CGAAC	2	10	17225	17234	40 %	0 %	20 %	40 %	529043447
19	NC_021913	AATCG	2	10	17666	17675	40 %	20 %	20 %	20 %	529043447
20	NC_021913	CCTCG	2	10	19181	19190	0 %	20 %	20 %	60 %	529043448
21	NC_021913	TTCCA	2	10	19208	19217	20 %	40 %	0 %	40 %	529043448
22	NC_021913	CTTTG	2	10	19461	19470	0 %	60 %	20 %	20 %	529043448
23	NC_021913	GTCTG	2	10	20565	20574	0 %	40 %	40 %	20 %	529043448
24	NC_021913	TGATT	2	10	22611	22620	20 %	60 %	20 %	0 %	529043448
25	NC_021913	ACGGA	2	10	24153	24162	40 %	0 %	40 %	20 %	529043449
26	NC_021913	TCGCC	2	10	25910	25919	0 %	20 %	20 %	60 %	529043451
27	NC_021913	TGACT	2	10	26584	26593	20 %	40 %	20 %	20 %	529043451
28	NC_021913	AGGGC	2	10	28295	28304	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
29	NC_021913	TGGCG	2	10	28717	28726	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
30	NC_021913	GGATG	2	10	31025	31034	20 %	20 %	60 %	0 %	529043457
31	NC_021913	TCGAT	2	10	32116	32125	20 %	40 %	20 %	20 %	529043458
32	NC_021913	TCGGA	2	10	34794	34803	20 %	20 %	40 %	20 %	529043462
33	NC_021913	CACTC	2	10	35003	35012	20 %	20 %	0 %	60 %	529043463
34	NC_021913	CTAAA	2	10	35309	35318	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_021913	CGTCG	2	10	36257	36266	0 %	20 %	40 %	40 %	529043464
36	NC_021913	GAAGA	2	10	47749	47758	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021913	TCGCG	2	10	48408	48417	0 %	20 %	40 %	40 %	529043476
38	NC_021913	GACGG	2	10	49255	49264	20 %	0 %	60 %	20 %	529043476
39	NC_021913	CGAAA	2	10	49540	49549	60 %	0 %	20 %	20 %	529043476
40	NC_021913	GTACG	2	10	53876	53885	20 %	20 %	40 %	20 %	529043482
41	NC_021913	CGACT	2	10	56217	56226	20 %	20 %	20 %	40 %	529043484
42	NC_021913	GAGGG	2	10	57836	57845	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021913	GCCCG	2	10	59104	59113	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
44	NC_021913	TCATT	2	10	59421	59430	20 %	60 %	0 %	20 %	529043488
45	NC_021913	CGCCT	2	10	63158	63167	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
46	NC_021913	TGACG	2	10	63311	63320	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_021913	CCAGG	2	10	65914	65923	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
48	NC_021913	TCCCC	2	10	68143	68152	0 %	20 %	0 %	80 %	529043497
49	NC_021913	TGCGG	2	10	68566	68575	0 %	20 %	60 %	20 %	529043498
50	NC_021913	CGAAC	2	10	70078	70087	40 %	0 %	20 %	40 %	529043499
51	NC_021913	ACCCT	2	10	70374	70383	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
52	NC_021913	GATTC	2	10	73468	73477	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_021913	CGCGG	2	10	73558	73567	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
54	NC_021913	TCATA	2	10	74635	74644	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_021913	TCCAG	2	10	77176	77185	20 %	20 %	20 %	40 %	529043507
56	NC_021913	AAGGA	2	10	78402	78411	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_021913	AACGT	2	10	80623	80632	40 %	20 %	20 %	20 %	529043510
58	NC_021913	ATCTG	2	10	81407	81416	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_021913	CACCG	2	10	81918	81927	20 %	0 %	20 %	60 %	529043512
60	NC_021913	CCGTC	2	10	82073	82082	0 %	20 %	20 %	60 %	529043513
61	NC_021913	TCTCG	2	10	86641	86650	0 %	40 %	20 %	40 %	529043519
62	NC_021913	CGTCT	2	10	87389	87398	0 %	40 %	20 %	40 %	529043519
63	NC_021913	AGCCG	2	10	88559	88568	20 %	0 %	40 %	40 %	529043521
64	NC_021913	CCGAC	2	10	89123	89132	20 %	0 %	20 %	60 %	529043522
65	NC_021913	TTCTA	2	10	91447	91456	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_021913	TACTC	2	10	91463	91472	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
67	NC_021913	ACCAG	2	10	92369	92378	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
68	NC_021913	TGAAT	2	10	92386	92395	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_021913	GTTTC	2	10	92600	92609	0 %	60 %	20 %	20 %	529043527
70	NC_021913	CCGTC	2	10	92886	92895	0 %	20 %	20 %	60 %	529043527
71	NC_021913	TTCTT	2	10	94390	94399	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_021913	GCCTG	2	10	94624	94633	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
73	NC_021913	ACGCC	2	10	96459	96468	20 %	0 %	20 %	60 %	529043530
74	NC_021913	CCAGC	2	10	96522	96531	20 %	0 %	20 %	60 %	529043530
75	NC_021913	TCGAT	2	10	98157	98166	20 %	40 %	20 %	20 %	529043531
76	NC_021913	CGGCC	2	10	98517	98526	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
77	NC_021913	CGGAA	2	10	99043	99052	40 %	0 %	40 %	20 %	529043532
78	NC_021913	CCAGT	2	10	100844	100853	20 %	20 %	20 %	40 %	529043533
79	NC_021913	ATACG	2	10	103731	103740	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_021913	GATCC	2	10	103808	103817	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
81	NC_021913	CCGTC	2	10	106703	106712	0 %	20 %	20 %	60 %	529043537
82	NC_021913	ACCGA	2	10	107238	107247	40 %	0 %	20 %	40 %	529043537
83	NC_021913	GACCG	2	10	108412	108421	20 %	0 %	40 %	40 %	529043537
84	NC_021913	CGCTA	2	10	108536	108545	20 %	20 %	20 %	40 %	529043538
85	NC_021913	GGACT	2	10	110074	110083	20 %	20 %	40 %	20 %	529043539
86	NC_021913	AGGTC	2	10	117024	117033	20 %	20 %	40 %	20 %	529043543
87	NC_021913	GTCGA	2	10	118517	118526	20 %	20 %	40 %	20 %	529043544
88	NC_021913	GTCCC	2	10	120562	120571	0 %	20 %	20 %	60 %	529043546
89	NC_021913	TCTCG	2	10	122379	122388	0 %	40 %	20 %	40 %	529043547
90	NC_021913	TCGAG	2	10	123271	123280	20 %	20 %	40 %	20 %	529043548
91	NC_021913	CGTCG	2	10	124026	124035	0 %	20 %	40 %	40 %	529043549
92	NC_021913	GCGAG	2	10	124256	124265	20 %	0 %	60 %	20 %	529043549
93	NC_021913	GTAGC	2	10	128295	128304	20 %	20 %	40 %	20 %	529043551
94	NC_021913	CGCAG	2	10	129591	129600	20 %	0 %	40 %	40 %	529043552
95	NC_021913	GCGAC	2	10	129758	129767	20 %	0 %	40 %	40 %	529043552
96	NC_021913	GATCG	2	10	130855	130864	20 %	20 %	40 %	20 %	529043552
97	NC_021913	CCGGA	2	10	131258	131267	20 %	0 %	40 %	40 %	529043552
98	NC_021913	CGCGG	2	10	135503	135512	0 %	0 %	60 %	40 %	529043556
99	NC_021913	GAACG	2	10	137994	138003	40 %	0 %	40 %	20 %	529043557
100	NC_021913	AGCGA	2	10	139499	139508	40 %	0 %	40 %	20 %	529043558
101	NC_021913	GCTCG	2	10	141860	141869	0 %	20 %	40 %	40 %	529043560
102	NC_021913	CGTAT	2	10	141950	141959	20 %	40 %	20 %	20 %	529043560
103	NC_021913	GCCAC	2	10	142729	142738	20 %	0 %	20 %	60 %	529043561
104	NC_021913	CGACG	2	10	142800	142809	20 %	0 %	40 %	40 %	529043561
105	NC_021913	ACGTC	2	10	144956	144965	20 %	20 %	20 %	40 %	529043561
106	NC_021913	GACGC	2	10	146617	146626	20 %	0 %	40 %	40 %	529043562
107	NC_021913	ACGTT	2	10	149596	149605	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
108	NC_021913	TCGAG	2	10	150575	150584	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
109	NC_021913	CTGAG	2	10	152563	152572	20 %	20 %	40 %	20 %	529043568
110	NC_021913	TCATT	2	10	157254	157263	20 %	60 %	0 %	20 %	529043571
111	NC_021913	GCAGC	2	10	160467	160476	20 %	0 %	40 %	40 %	529043572
112	NC_021913	TCGAT	2	10	170335	170344	20 %	40 %	20 %	20 %	529043578
113	NC_021913	GCCTT	2	10	171177	171186	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
114	NC_021913	ACTCG	2	10	171904	171913	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
115	NC_021913	TCAGA	2	10	172873	172882	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
116	NC_021913	TGGCG	2	10	173536	173545	0 %	20 %	60 %	20 %	529043582
117	NC_021913	ACCCC	2	10	175061	175070	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
118	NC_021913	TCTTT	2	10	175943	175952	0 %	80 %	0 %	20 %	529043584
119	NC_021913	TCGCT	2	10	176911	176920	0 %	40 %	20 %	40 %	529043584
120	NC_021913	CTGAT	2	10	177628	177637	20 %	40 %	20 %	20 %	529043584
121	NC_021913	GTCCG	2	10	185685	185694	0 %	20 %	40 %	40 %	529043595
122	NC_021913	GCCAT	2	10	185756	185765	20 %	20 %	20 %	40 %	529043595
123	NC_021913	TGTCG	2	10	185909	185918	0 %	40 %	40 %	20 %	529043595
124	NC_021913	ACTCG	2	10	187620	187629	20 %	20 %	20 %	40 %	529043597
125	NC_021913	ACGGC	2	10	189289	189298	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
126	NC_021913	GGACG	2	10	191083	191092	20 %	0 %	60 %	20 %	529043600
127	NC_021913	AGCGT	2	10	193687	193696	20 %	20 %	40 %	20 %	529043601
128	NC_021913	GGTCC	2	10	194335	194344	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
129	NC_021913	GCCGG	2	10	197102	197111	0 %	0 %	60 %	40 %	529043605
130	NC_021913	TGGGA	2	10	198451	198460	20 %	20 %	60 %	0 %	529043605
131	NC_021913	GTACT	2	10	201608	201617	20 %	40 %	20 %	20 %	529043608
132	NC_021913	GCTGT	2	10	202015	202024	0 %	40 %	40 %	20 %	529043608
133	NC_021913	CGACG	2	10	203125	203134	20 %	0 %	40 %	40 %	529043611
134	NC_021913	ACGCC	2	10	203525	203534	20 %	0 %	20 %	60 %	529043611
135	NC_021913	CGGCC	2	10	204150	204159	0 %	0 %	40 %	60 %	529043612
136	NC_021913	CGGTT	2	10	205046	205055	0 %	40 %	40 %	20 %	529043613
137	NC_021913	GTCAG	2	10	206559	206568	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
138	NC_021913	TTCGC	2	10	207511	207520	0 %	40 %	20 %	40 %	529043616
139	NC_021913	GCGGG	2	10	209788	209797	0 %	0 %	80 %	20 %	529043619
140	NC_021913	CTCAT	2	10	210825	210834	20 %	40 %	0 %	40 %	529043620
141	NC_021913	GATGA	2	10	211676	211685	40 %	20 %	40 %	0 %	529043622
142	NC_021913	TCTTG	2	10	212014	212023	0 %	60 %	20 %	20 %	529043623
143	NC_021913	TCGCT	2	10	212076	212085	0 %	40 %	20 %	40 %	529043623
144	NC_021913	CTCCG	2	10	221240	221249	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
145	NC_021913	CGTCC	2	10	221487	221496	0 %	20 %	20 %	60 %	529043635
146	NC_021913	TGGCG	2	10	221629	221638	0 %	20 %	60 %	20 %	529043635
147	NC_021913	TCGCT	2	10	221857	221866	0 %	40 %	20 %	40 %	529043635
148	NC_021913	CGGAA	2	10	222512	222521	40 %	0 %	40 %	20 %	529043635
149	NC_021913	CCAGA	2	10	224411	224420	40 %	0 %	20 %	40 %	529043637
150	NC_021913	CATCG	2	10	225712	225721	20 %	20 %	20 %	40 %	529043639
151	NC_021913	CGGTC	2	10	228195	228204	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
152	NC_021913	GTGAG	2	10	232455	232464	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
153	NC_021913	TCGGG	2	10	232653	232662	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
154	NC_021913	TTGGA	2	10	237032	237041	20 %	40 %	40 %	0 %	529043649
155	NC_021913	GACGC	2	10	240224	240233	20 %	0 %	40 %	40 %	529043652
156	NC_021913	TCGAC	2	10	240533	240542	20 %	20 %	20 %	40 %	529043652
157	NC_021913	CGAGG	2	10	241171	241180	20 %	0 %	60 %	20 %	529043653
158	NC_021913	AGCCG	2	10	243415	243424	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
159	NC_021913	GTCGA	2	10	248386	248395	20 %	20 %	40 %	20 %	529043656
160	NC_021913	CATTT	2	10	248695	248704	20 %	60 %	0 %	20 %	529043656
161	NC_021913	GTCCG	2	10	249043	249052	0 %	20 %	40 %	40 %	529043656
162	NC_021913	CGGAG	2	10	255904	255913	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
163	NC_021913	GCGGG	2	10	257217	257226	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
164	NC_021913	TCGCC	2	10	259048	259057	0 %	20 %	20 %	60 %	529043665
165	NC_021913	CGAGA	2	10	259246	259255	40 %	0 %	40 %	20 %	529043666
166	NC_021913	ATCGA	2	10	259630	259639	40 %	20 %	20 %	20 %	529043667
167	NC_021913	GCCGG	2	10	260903	260912	0 %	0 %	60 %	40 %	529043668
168	NC_021913	CTCCG	2	10	262545	262554	0 %	20 %	20 %	60 %	529043670
169	NC_021913	ACTCG	2	10	264136	264145	20 %	20 %	20 %	40 %	529043672
170	NC_021913	GGCGG	2	10	265897	265906	0 %	0 %	80 %	20 %	529043675
171	NC_021913	ACGGT	2	10	266951	266960	20 %	20 %	40 %	20 %	529043676
172	NC_021913	GAACG	2	10	267373	267382	40 %	0 %	40 %	20 %	529043676
173	NC_021913	TTCGG	2	10	269500	269509	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
174	NC_021913	ACGTG	2	10	269606	269615	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
175	NC_021913	GTGAC	2	10	270442	270451	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
176	NC_021913	ATATG	2	10	272738	272747	40 %	40 %	20 %	0 %	529043678
177	NC_021913	CTGAC	2	10	273352	273361	20 %	20 %	20 %	40 %	529043679
178	NC_021913	GCTCG	2	10	274586	274595	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
179	NC_021913	ACCCC	2	10	275886	275895	20 %	0 %	0 %	80 %	529043682
180	NC_021913	GATCG	2	10	278321	278330	20 %	20 %	40 %	20 %	529043684
181	NC_021913	CCATA	2	10	280056	280065	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
182	NC_021913	GGACA	2	10	281969	281978	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
183	NC_021913	ACCGA	2	10	282599	282608	40 %	0 %	20 %	40 %	529043688
184	NC_021913	CGGCT	2	10	285943	285952	0 %	20 %	40 %	40 %	529043691
185	NC_021913	AATAG	2	10	287055	287064	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
186	NC_021913	GATCG	2	10	299661	299670	20 %	20 %	40 %	20 %	529043701
187	NC_021913	GACGC	2	10	299762	299771	20 %	0 %	40 %	40 %	529043701
188	NC_021913	GGACG	2	10	300125	300134	20 %	0 %	60 %	20 %	529043701
189	NC_021913	GACCG	2	10	300606	300615	20 %	0 %	40 %	40 %	529043701
190	NC_021913	GGTAC	2	10	304491	304500	20 %	20 %	40 %	20 %	529043703
191	NC_021913	GCGAG	2	10	306599	306608	20 %	0 %	60 %	20 %	529043704
192	NC_021913	CCATT	2	10	308208	308217	20 %	40 %	0 %	40 %	529043705
193	NC_021913	TCATT	2	10	308783	308792	20 %	60 %	0 %	20 %	529043705
194	NC_021913	AGAGG	2	10	309427	309436	40 %	0 %	60 %	0 %	529043705
195	NC_021913	CGTTC	2	10	311089	311098	0 %	40 %	20 %	40 %	529043706
196	NC_021913	AGCAC	2	10	312480	312489	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
197	NC_021913	TCGCG	2	10	318129	318138	0 %	20 %	40 %	40 %	529043710
198	NC_021913	GAATA	2	10	320067	320076	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
199	NC_021913	TCGCT	2	10	321843	321852	0 %	40 %	20 %	40 %	529043714
200	NC_021913	GTCGA	2	10	321865	321874	20 %	20 %	40 %	20 %	529043714
201	NC_021913	GGACT	2	10	323001	323010	20 %	20 %	40 %	20 %	529043714
202	NC_021913	CGACT	2	10	324084	324093	20 %	20 %	20 %	40 %	529043714
203	NC_021913	GTCGA	2	10	326777	326786	20 %	20 %	40 %	20 %	529043716
204	NC_021913	AATCC	2	10	329897	329906	40 %	20 %	0 %	40 %	529043717
205	NC_021913	AGTAC	2	10	329987	329996	40 %	20 %	20 %	20 %	529043717

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.