MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Halothece sp. PCC 7418 chromosome

Total Repeats: 2845

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019779	TATGG	2	10	294	303	20 %	40 %	40 %	0 %	428774687
2	NC_019779	AATTA	2	10	1345	1354	60 %	40 %	0 %	0 %	428774689
3	NC_019779	AAAAC	2	10	1685	1694	80 %	0 %	0 %	20 %	428774689
4	NC_019779	CCGAG	2	10	1869	1878	20 %	0 %	40 %	40 %	428774689
5	NC_019779	ATTAA	2	10	4646	4655	60 %	40 %	0 %	0 %	428774691
6	NC_019779	AATGT	2	10	8884	8893	40 %	40 %	20 %	0 %	428774693
7	NC_019779	GCTTA	2	10	9234	9243	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_019779	GGTGG	2	10	9802	9811	0 %	20 %	80 %	0 %	428774694
9	NC_019779	TTTCA	2	10	10998	11007	20 %	60 %	0 %	20 %	428774695
10	NC_019779	GAATT	2	10	12868	12877	40 %	40 %	20 %	0 %	428774697
11	NC_019779	TAAAA	3	15	13449	13463	80 %	20 %	0 %	0 %	428774697
12	NC_019779	ATTTT	2	10	15849	15858	20 %	80 %	0 %	0 %	428774699
13	NC_019779	AAATT	2	10	16008	16017	60 %	40 %	0 %	0 %	428774699
14	NC_019779	TAACT	2	10	16244	16253	40 %	40 %	0 %	20 %	428774699
15	NC_019779	CAAAA	2	10	17772	17781	80 %	0 %	0 %	20 %	428774701
16	NC_019779	GAAGA	2	10	21583	21592	60 %	0 %	40 %	0 %	428774703
17	NC_019779	CAAAT	2	10	22123	22132	60 %	20 %	0 %	20 %	428774703
18	NC_019779	AATGT	2	10	22545	22554	40 %	40 %	20 %	0 %	428774703
19	NC_019779	TTGAC	2	10	22768	22777	20 %	40 %	20 %	20 %	428774703
20	NC_019779	ATCAA	2	10	22789	22798	60 %	20 %	0 %	20 %	428774703
21	NC_019779	CAATT	2	10	23182	23191	40 %	40 %	0 %	20 %	428774703
22	NC_019779	ACAGG	2	10	24540	24549	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_019779	AAGGT	2	10	26834	26843	40 %	20 %	40 %	0 %	428774709
24	NC_019779	AATTC	2	10	29036	29045	40 %	40 %	0 %	20 %	428774710
25	NC_019779	TTTCT	2	10	29197	29206	0 %	80 %	0 %	20 %	428774710
26	NC_019779	AGAAA	2	10	31575	31584	80 %	0 %	20 %	0 %	428774711
27	NC_019779	AAAAG	2	10	32480	32489	80 %	0 %	20 %	0 %	428774712
28	NC_019779	AAAAT	2	10	33410	33419	80 %	20 %	0 %	0 %	428774713
29	NC_019779	AACTT	2	10	34055	34064	40 %	40 %	0 %	20 %	428774713
30	NC_019779	TTTAA	2	10	34309	34318	40 %	60 %	0 %	0 %	428774713
31	NC_019779	ATGAA	2	10	34937	34946	60 %	20 %	20 %	0 %	428774713
32	NC_019779	AACAA	2	10	35658	35667	80 %	0 %	0 %	20 %	428774714
33	NC_019779	ATCTT	2	10	36196	36205	20 %	60 %	0 %	20 %	428774714
34	NC_019779	GGTTG	2	10	38250	38259	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
35	NC_019779	TTATT	2	10	40660	40669	20 %	80 %	0 %	0 %	428774716
36	NC_019779	CGCAC	2	10	40910	40919	20 %	0 %	20 %	60 %	428774716
37	NC_019779	AGGTT	2	10	42657	42666	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
38	NC_019779	TTTTA	2	10	43031	43040	20 %	80 %	0 %	0 %	428774719
39	NC_019779	TTTGG	2	10	43202	43211	0 %	60 %	40 %	0 %	428774719
40	NC_019779	GAAAG	2	10	43276	43285	60 %	0 %	40 %	0 %	428774719
41	NC_019779	AAGAG	2	10	45446	45455	60 %	0 %	40 %	0 %	428774720
42	NC_019779	TGAAA	2	10	46228	46237	60 %	20 %	20 %	0 %	428774721
43	NC_019779	CCAAA	2	10	51216	51225	60 %	0 %	0 %	40 %	428774725
44	NC_019779	TTATT	2	10	53121	53130	20 %	80 %	0 %	0 %	428774727
45	NC_019779	AACGT	2	10	53393	53402	40 %	20 %	20 %	20 %	428774727
46	NC_019779	GAATT	2	10	58306	58315	40 %	40 %	20 %	0 %	428774731
47	NC_019779	GCTGC	2	10	58684	58693	0 %	20 %	40 %	40 %	428774731
48	NC_019779	ACTGA	2	10	58798	58807	40 %	20 %	20 %	20 %	428774731
49	NC_019779	GGAGA	2	10	59900	59909	40 %	0 %	60 %	0 %	428774733
50	NC_019779	TGCAG	2	10	60739	60748	20 %	20 %	40 %	20 %	428774733
51	NC_019779	GGGGT	2	10	63263	63272	0 %	20 %	80 %	0 %	428774736
52	NC_019779	AACGC	2	10	73038	73047	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
53	NC_019779	TGACT	2	10	76044	76053	20 %	40 %	20 %	20 %	428774745
54	NC_019779	AGGAG	2	10	77641	77650	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
55	NC_019779	AAAGT	2	10	77684	77693	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_019779	TGGAC	2	10	78301	78310	20 %	20 %	40 %	20 %	428774747
57	NC_019779	AGCCA	2	10	84477	84486	40 %	0 %	20 %	40 %	428774748
58	NC_019779	GGAAA	2	10	85772	85781	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
59	NC_019779	TTTGC	2	10	85883	85892	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_019779	TTTCC	2	10	86400	86409	0 %	60 %	0 %	40 %	428774750
61	NC_019779	TTAAG	2	10	87490	87499	40 %	40 %	20 %	0 %	428774750
62	NC_019779	TCAAC	2	10	87697	87706	40 %	20 %	0 %	40 %	428774751
63	NC_019779	ATTTC	2	10	87877	87886	20 %	60 %	0 %	20 %	428774751
64	NC_019779	TGGGA	2	10	88799	88808	20 %	20 %	60 %	0 %	428774752
65	NC_019779	ATGTG	2	10	90258	90267	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
66	NC_019779	CTTTA	2	10	95300	95309	20 %	60 %	0 %	20 %	428774753
67	NC_019779	GAATC	2	10	96405	96414	40 %	20 %	20 %	20 %	428774753
68	NC_019779	GAATC	2	10	103448	103457	40 %	20 %	20 %	20 %	428774757
69	NC_019779	ATTTT	2	10	103787	103796	20 %	80 %	0 %	0 %	428774758
70	NC_019779	GATTC	2	10	106851	106860	20 %	40 %	20 %	20 %	428774761
71	NC_019779	TCAAT	2	10	107557	107566	40 %	40 %	0 %	20 %	428774762
72	NC_019779	ATTAG	2	10	107874	107883	40 %	40 %	20 %	0 %	428774762
73	NC_019779	TCTGG	2	10	109168	109177	0 %	40 %	40 %	20 %	428774764
74	NC_019779	GCGTA	2	10	111517	111526	20 %	20 %	40 %	20 %	428774766
75	NC_019779	ATGGC	2	10	111793	111802	20 %	20 %	40 %	20 %	428774767
76	NC_019779	AAATC	2	10	112996	113005	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_019779	AAAGT	2	10	113116	113125	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_019779	TTTTA	2	10	117277	117286	20 %	80 %	0 %	0 %	428774771
79	NC_019779	CGATC	2	10	118956	118965	20 %	20 %	20 %	40 %	428774773
80	NC_019779	GTGAT	2	10	119432	119441	20 %	40 %	40 %	0 %	428774773
81	NC_019779	TGCTG	2	10	120201	120210	0 %	40 %	40 %	20 %	428774774
82	NC_019779	ATTTA	2	10	120722	120731	40 %	60 %	0 %	0 %	428774774
83	NC_019779	AAGGA	2	10	121854	121863	60 %	0 %	40 %	0 %	428774776
84	NC_019779	AACAA	2	10	125731	125740	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_019779	AAACT	2	10	128424	128433	60 %	20 %	0 %	20 %	428774781
86	NC_019779	CGAAA	2	10	129079	129088	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
87	NC_019779	ATTGT	2	10	129776	129785	20 %	60 %	20 %	0 %	428774782
88	NC_019779	ATCAC	2	10	130103	130112	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
89	NC_019779	GAAAA	2	10	130856	130865	80 %	0 %	20 %	0 %	428774783
90	NC_019779	ACTTT	2	10	131319	131328	20 %	60 %	0 %	20 %	428774783
91	NC_019779	TTTCT	2	10	135247	135256	0 %	80 %	0 %	20 %	428774788
92	NC_019779	CAATA	2	10	138749	138758	60 %	20 %	0 %	20 %	428774792
93	NC_019779	TCTCT	2	10	143829	143838	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
94	NC_019779	GGTTG	2	10	144282	144291	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
95	NC_019779	GCACT	2	10	148993	149002	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
96	NC_019779	AAAAC	2	10	150575	150584	80 %	0 %	0 %	20 %	428774798
97	NC_019779	AACCA	2	10	154288	154297	60 %	0 %	0 %	40 %	428774803
98	NC_019779	CAAAG	2	10	154320	154329	60 %	0 %	20 %	20 %	428774803
99	NC_019779	TTGGA	2	10	154602	154611	20 %	40 %	40 %	0 %	428774803
100	NC_019779	AGTCG	2	10	155001	155010	20 %	20 %	40 %	20 %	428774803
101	NC_019779	CCAAA	2	10	156360	156369	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
102	NC_019779	CTTTC	2	10	158036	158045	0 %	60 %	0 %	40 %	428774805
103	NC_019779	GGTGA	2	10	159431	159440	20 %	20 %	60 %	0 %	428774807
104	NC_019779	GAAGT	2	10	160980	160989	40 %	20 %	40 %	0 %	428774807
105	NC_019779	GAGTT	2	10	161822	161831	20 %	40 %	40 %	0 %	428774808
106	NC_019779	ATTTT	2	10	162182	162191	20 %	80 %	0 %	0 %	428774810
107	NC_019779	TCAAA	2	10	165159	165168	60 %	20 %	0 %	20 %	428774814
108	NC_019779	ATGGC	2	10	168185	168194	20 %	20 %	40 %	20 %	428774819
109	NC_019779	TCTGT	2	10	170496	170505	0 %	60 %	20 %	20 %	428774820
110	NC_019779	CCCGT	2	10	171243	171252	0 %	20 %	20 %	60 %	428774820
111	NC_019779	CGCCA	2	10	172809	172818	20 %	0 %	20 %	60 %	428774821
112	NC_019779	TCCTC	2	10	172882	172891	0 %	40 %	0 %	60 %	428774821
113	NC_019779	CGCCT	2	10	173198	173207	0 %	20 %	20 %	60 %	428774822
114	NC_019779	GAGTC	2	10	173302	173311	20 %	20 %	40 %	20 %	428774822
115	NC_019779	CGATC	2	10	173410	173419	20 %	20 %	20 %	40 %	428774822
116	NC_019779	AATTT	2	10	174032	174041	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_019779	AAAGA	2	10	177390	177399	80 %	0 %	20 %	0 %	428774828
118	NC_019779	TTTTC	2	10	181569	181578	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_019779	TCTGG	2	10	181822	181831	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
120	NC_019779	CCAGC	2	10	182233	182242	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
121	NC_019779	CACGA	2	10	182634	182643	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
122	NC_019779	TAAAG	2	10	187620	187629	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_019779	TCCAT	2	10	189545	189554	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
124	NC_019779	TTTGG	2	10	190242	190251	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
125	NC_019779	TTTTA	2	10	192524	192533	20 %	80 %	0 %	0 %	428774833
126	NC_019779	ATATC	2	10	192836	192845	40 %	40 %	0 %	20 %	428774833
127	NC_019779	TGAAG	2	10	193822	193831	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
128	NC_019779	CCAAG	2	10	196610	196619	40 %	0 %	20 %	40 %	428774836
129	NC_019779	CGAGA	2	10	199995	200004	40 %	0 %	40 %	20 %	428774839
130	NC_019779	CCCGA	2	10	203508	203517	20 %	0 %	20 %	60 %	428774841
131	NC_019779	TTTAA	2	10	203888	203897	40 %	60 %	0 %	0 %	428774841
132	NC_019779	TCACC	2	10	206005	206014	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
133	NC_019779	TGAAT	2	10	207232	207241	40 %	40 %	20 %	0 %	428774844
134	NC_019779	ATCAA	2	10	213268	213277	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_019779	CACTA	2	10	213305	213314	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
136	NC_019779	GCTTT	2	10	214052	214061	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
137	NC_019779	GATTT	2	10	215785	215794	20 %	60 %	20 %	0 %	428774851
138	NC_019779	GGAAA	2	10	218060	218069	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
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