MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Haloferax mediterranei ATCC 33500 plasmid pHM300

Total Repeats: 122

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017943	GGACCG	2	12	5657	5668	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	389848592
2	NC_017943	ACTCAA	2	12	8632	8643	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	389848596
3	NC_017943	TTCGAG	2	12	12585	12596	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_017943	TCTGGG	2	12	15624	15635	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_017943	GAACCG	2	12	17737	17748	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	389848603
6	NC_017943	TTTAAA	2	12	22118	22129	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017943	GACCAC	2	12	22857	22868	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	389848608
8	NC_017943	CACGAC	2	12	27748	27759	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	389848613
9	NC_017943	GTAGCC	2	12	29782	29793	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	389848616
10	NC_017943	GTCGCG	2	12	30139	30150	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	389848616
11	NC_017943	GGTCTG	2	12	31495	31506	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	389848617
12	NC_017943	CGTCTT	2	12	32256	32267	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	389848617
13	NC_017943	GTTGCC	2	12	34666	34677	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	389848619
14	NC_017943	GACGGT	2	12	39186	39197	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	389848623
15	NC_017943	CGTCGG	2	12	40718	40729	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	389848624
16	NC_017943	CCCCGT	2	12	40788	40799	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	389848624
17	NC_017943	GTCGAT	2	12	42029	42040	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	389848625
18	NC_017943	TCGGTT	2	12	45904	45915	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	389848627
19	NC_017943	TGGTAC	2	12	46526	46537	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	389848627
20	NC_017943	TCCTCG	2	12	47707	47718	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	389848628
21	NC_017943	GGTCGC	2	12	48128	48139	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	389848628
22	NC_017943	GTCGGC	2	12	48357	48368	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	389848628
23	NC_017943	TTTCGG	2	12	48457	48468	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	389848628
24	NC_017943	CGGTCG	2	12	49034	49045	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	389848629
25	NC_017943	AGCGCG	2	12	52041	52052	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	389848631
26	NC_017943	CCACGA	2	12	53213	53224	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	389848632
27	NC_017943	CAACGC	2	12	55208	55219	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	389848633
28	NC_017943	CCACGA	2	12	55843	55854	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	389848633
29	NC_017943	GCGAGT	2	12	56697	56708	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	389848634
30	NC_017943	CGAGAC	2	12	59049	59060	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	389848637
31	NC_017943	CTGCAG	2	12	59727	59738	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	389848637
32	NC_017943	GTCGCC	2	12	61152	61163	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	389848638
33	NC_017943	TTTGGG	2	12	62850	62861	0 %	50 %	50 %	0 %	389848641
34	NC_017943	CGAGGT	2	12	64740	64751	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	389848641
35	NC_017943	GGCGTC	2	12	65083	65094	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	389848641
36	NC_017943	GCGCTC	2	12	67645	67656	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	389848642
37	NC_017943	CGGACT	2	12	68039	68050	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	389848642
38	NC_017943	TTCGGC	2	12	70459	70470	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	389848644
39	NC_017943	TCGATT	2	12	72665	72676	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	389848647
40	NC_017943	TTCGTC	2	12	77949	77960	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	389848654
41	NC_017943	CGACGG	2	12	79966	79977	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	389848657
42	NC_017943	CGGTCG	2	12	86948	86959	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	389848665
43	NC_017943	CCGGGT	2	12	96537	96548	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	389848675
44	NC_017943	TCGATG	2	12	97622	97633	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	389848676
45	NC_017943	CATCAC	2	12	100366	100377	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	389848679
46	NC_017943	CGGCGA	2	12	102280	102291	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_017943	GGTCGC	2	12	103148	103159	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	389848683
48	NC_017943	ACGTCG	2	12	107015	107026	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	389848687
49	NC_017943	GCAGCG	2	12	108149	108160	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	389848688
50	NC_017943	CCTTCG	2	12	108283	108294	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	389848688
51	NC_017943	GCTGTC	2	12	109100	109111	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	389848689
52	NC_017943	AGTCCC	2	12	111580	111591	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	389848689
53	NC_017943	AGTGCC	2	12	111917	111928	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	389848690
54	NC_017943	CGTCGC	2	12	113021	113032	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	389848691
55	NC_017943	TGTTGC	2	12	117902	117913	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	389848696
56	NC_017943	ACGGGT	2	12	119040	119051	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	389848697
57	NC_017943	GAATCG	2	12	120903	120914	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	389848697
58	NC_017943	CTTCGT	2	12	122715	122726	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	389848698
59	NC_017943	TCACGC	2	12	122900	122911	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	389848698
60	NC_017943	ATTCGA	2	12	125111	125122	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	389848701
61	NC_017943	CCGACA	2	12	145990	146001	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	389848715
62	NC_017943	TCGACG	2	12	148742	148753	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	389848718
63	NC_017943	TGCCCG	2	12	150469	150480	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	389848720
64	NC_017943	CGGTGA	2	12	151507	151518	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	389848722
65	NC_017943	CACTCA	2	12	152233	152244	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	389848722
66	NC_017943	CTTTGC	2	12	153100	153111	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	389848722
67	NC_017943	ACAACG	2	12	154265	154276	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	389848723
68	NC_017943	ATTCGT	2	12	157473	157484	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	389848726
69	NC_017943	CGACGC	2	12	159720	159731	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	389848728
70	NC_017943	CCGATG	2	12	163142	163153	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	389848731
71	NC_017943	TTCGAA	2	12	168131	168142	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	389848736
72	NC_017943	CACCGA	2	12	173033	173044	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	389848743
73	NC_017943	CGTCAG	2	12	175050	175061	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	389848744
74	NC_017943	CATCGG	2	12	177151	177162	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	389848746
75	NC_017943	TCGGTA	2	12	177171	177182	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	389848746
76	NC_017943	GCGTTG	2	12	179523	179534	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_017943	AAGCCG	2	12	181574	181585	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	389848750
78	NC_017943	GGTCGA	2	12	185038	185049	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	389848752
79	NC_017943	TCGTAC	2	12	188623	188634	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	389848755
80	NC_017943	ACCAGT	2	12	192311	192322	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	389848759
81	NC_017943	CGAACT	2	12	192678	192689	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	389848759
82	NC_017943	GTCTCG	2	12	196228	196239	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	389848763
83	NC_017943	ACGGTG	2	12	197631	197642	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	389848763
84	NC_017943	GCGACG	2	12	205063	205074	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	389848771
85	NC_017943	CGACGG	2	12	208692	208703	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	389848774
86	NC_017943	TGAGGT	2	12	211046	211057	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	389848775
87	NC_017943	TCTACA	2	12	214404	214415	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	389848777
88	NC_017943	CACGTA	2	12	214651	214662	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	389848777
89	NC_017943	GACAGA	2	12	216170	216181	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	389848779
90	NC_017943	AGTCGA	2	12	219204	219215	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	389848781
91	NC_017943	TCGATG	2	12	220527	220538	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	389848782
92	NC_017943	GTGACG	2	12	224547	224558	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	389848786
93	NC_017943	TCCAGG	2	12	225209	225220	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	389848787
94	NC_017943	AGTGAA	2	12	226446	226457	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017943	GAACCG	2	12	227376	227387	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	389848789
96	NC_017943	AGTGGA	2	12	227848	227859	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	389848790
97	NC_017943	ATCCGT	2	12	229375	229386	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	389848793
98	NC_017943	ACCCCA	2	12	229716	229727	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	389848793
99	NC_017943	TCGCAA	2	12	230435	230446	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	389848794
100	NC_017943	AGCGCG	2	12	230498	230509	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	389848794
101	NC_017943	CGACTT	2	12	236661	236672	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	389848800
102	NC_017943	GTGAGA	2	12	249274	249285	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	389848815
103	NC_017943	CACAGT	2	12	258661	258672	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	389848826
104	NC_017943	CGTTCT	2	12	261323	261334	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	389848830
105	NC_017943	GCGCTC	2	12	266074	266085	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	389848832
106	NC_017943	ATTCGG	2	12	266331	266342	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	389848832
107	NC_017943	GTGAAA	2	12	267823	267834	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	389848832
108	NC_017943	GCGGTC	2	12	269853	269864	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	389848833
109	NC_017943	CGGTGA	2	12	270074	270085	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	389848833
110	NC_017943	CTCGAA	2	12	271515	271526	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	389848833
111	NC_017943	CGGACA	2	12	272404	272415	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	389848833
112	NC_017943	CCCGGA	2	12	272480	272491	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	389848833
113	NC_017943	CGGAGT	2	12	275751	275762	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	389848834
114	NC_017943	TCGACG	2	12	276288	276299	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	389848834
115	NC_017943	GAGTCG	2	12	278661	278672	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	389848838
116	NC_017943	CGACAC	2	12	281041	281052	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	389848839
117	NC_017943	AAATAT	2	12	286038	286049	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017943	GCGTAG	2	12	287969	287980	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_017943	TCGCAA	2	12	289912	289923	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	389848849
120	NC_017943	CTCGCG	2	12	298211	298222	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	389848857
121	NC_017943	CAGCAC	2	12	305619	305630	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
122	NC_017943	GGGCGT	2	12	318529	318540	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	389848875

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.