MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Repeats of Haloferax mediterranei ATCC 33500 plasmid pHM100

Total Repeats: 278

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017942	CG	3	6	358	363	0 %	0 %	50 %	50 %	389848446
2	NC_017942	AG	3	6	726	731	50 %	0 %	50 %	0 %	389848446
3	NC_017942	TC	3	6	828	833	0 %	50 %	0 %	50 %	389848446
4	NC_017942	GT	3	6	2469	2474	0 %	50 %	50 %	0 %	389848448
5	NC_017942	AC	3	6	3274	3279	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
6	NC_017942	TG	3	6	4198	4203	0 %	50 %	50 %	0 %	389848450
7	NC_017942	TC	3	6	4588	4593	0 %	50 %	0 %	50 %	389848450
8	NC_017942	TC	3	6	5117	5122	0 %	50 %	0 %	50 %	389848451
9	NC_017942	GC	3	6	6893	6898	0 %	0 %	50 %	50 %	389848452
10	NC_017942	AC	3	6	7080	7085	50 %	0 %	0 %	50 %	389848452
11	NC_017942	AT	3	6	7169	7174	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017942	TA	3	6	7240	7245	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017942	CT	3	6	7609	7614	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
14	NC_017942	TC	3	6	7644	7649	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
15	NC_017942	CA	3	6	8094	8099	50 %	0 %	0 %	50 %	389848453
16	NC_017942	CT	3	6	8920	8925	0 %	50 %	0 %	50 %	389848454
17	NC_017942	CG	3	6	8963	8968	0 %	0 %	50 %	50 %	389848454
18	NC_017942	GC	4	8	10577	10584	0 %	0 %	50 %	50 %	389848457
19	NC_017942	AG	3	6	10805	10810	50 %	0 %	50 %	0 %	389848457
20	NC_017942	CT	3	6	11346	11351	0 %	50 %	0 %	50 %	389848457
21	NC_017942	TC	3	6	11580	11585	0 %	50 %	0 %	50 %	389848459
22	NC_017942	AC	3	6	12185	12190	50 %	0 %	0 %	50 %	389848459
23	NC_017942	CT	3	6	13544	13549	0 %	50 %	0 %	50 %	389848460
24	NC_017942	GC	3	6	14527	14532	0 %	0 %	50 %	50 %	389848460
25	NC_017942	TC	3	6	15716	15721	0 %	50 %	0 %	50 %	389848461
26	NC_017942	GC	3	6	17034	17039	0 %	0 %	50 %	50 %	389848462
27	NC_017942	CG	3	6	18086	18091	0 %	0 %	50 %	50 %	389848464
28	NC_017942	AG	3	6	18843	18848	50 %	0 %	50 %	0 %	389848464
29	NC_017942	AT	3	6	19541	19546	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017942	AT	3	6	21431	21436	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017942	AG	3	6	21583	21588	50 %	0 %	50 %	0 %	389848467
32	NC_017942	CG	3	6	21757	21762	0 %	0 %	50 %	50 %	389848467
33	NC_017942	GC	3	6	21882	21887	0 %	0 %	50 %	50 %	389848467
34	NC_017942	GC	3	6	22837	22842	0 %	0 %	50 %	50 %	389848467
35	NC_017942	CT	3	6	23458	23463	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
36	NC_017942	GC	3	6	24317	24322	0 %	0 %	50 %	50 %	389848468
37	NC_017942	GC	3	6	24602	24607	0 %	0 %	50 %	50 %	389848468
38	NC_017942	CG	3	6	25301	25306	0 %	0 %	50 %	50 %	389848469
39	NC_017942	GC	3	6	25395	25400	0 %	0 %	50 %	50 %	389848469
40	NC_017942	GT	3	6	26021	26026	0 %	50 %	50 %	0 %	389848469
41	NC_017942	GT	3	6	26243	26248	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017942	AT	3	6	26285	26290	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017942	GA	3	6	27756	27761	50 %	0 %	50 %	0 %	389848472
44	NC_017942	TA	3	6	27888	27893	50 %	50 %	0 %	0 %	389848472
45	NC_017942	GA	3	6	28094	28099	50 %	0 %	50 %	0 %	389848473
46	NC_017942	TC	3	6	28424	28429	0 %	50 %	0 %	50 %	389848474
47	NC_017942	TA	3	6	28685	28690	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017942	TC	3	6	28704	28709	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
49	NC_017942	GA	3	6	28808	28813	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017942	TA	3	6	29076	29081	50 %	50 %	0 %	0 %	389848475
51	NC_017942	CA	4	8	29109	29116	50 %	0 %	0 %	50 %	389848475
52	NC_017942	AG	3	6	29813	29818	50 %	0 %	50 %	0 %	389848476
53	NC_017942	CT	3	6	29990	29995	0 %	50 %	0 %	50 %	389848476
54	NC_017942	GA	3	6	30420	30425	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017942	CG	3	6	30581	30586	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
56	NC_017942	GA	3	6	30633	30638	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017942	CG	3	6	31447	31452	0 %	0 %	50 %	50 %	389848478
58	NC_017942	CT	3	6	32026	32031	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
59	NC_017942	GC	3	6	32909	32914	0 %	0 %	50 %	50 %	389848480
60	NC_017942	CG	3	6	33158	33163	0 %	0 %	50 %	50 %	389848480
61	NC_017942	CG	3	6	33342	33347	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
62	NC_017942	AG	3	6	34167	34172	50 %	0 %	50 %	0 %	389848483
63	NC_017942	AG	3	6	34221	34226	50 %	0 %	50 %	0 %	389848483
64	NC_017942	CT	3	6	34734	34739	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
65	NC_017942	TG	3	6	35152	35157	0 %	50 %	50 %	0 %	389848484
66	NC_017942	GA	3	6	35407	35412	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017942	TA	3	6	35582	35587	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017942	TG	3	6	35783	35788	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017942	AG	3	6	35816	35821	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017942	AT	3	6	35957	35962	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017942	AC	3	6	36242	36247	50 %	0 %	0 %	50 %	389848485
72	NC_017942	CG	3	6	36450	36455	0 %	0 %	50 %	50 %	389848485
73	NC_017942	TC	3	6	36657	36662	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_017942	TC	3	6	36664	36669	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
75	NC_017942	AT	3	6	37000	37005	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017942	GC	3	6	37561	37566	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
77	NC_017942	AT	3	6	37800	37805	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017942	AG	3	6	38165	38170	50 %	0 %	50 %	0 %	389848486
79	NC_017942	TC	3	6	38496	38501	0 %	50 %	0 %	50 %	389848486
80	NC_017942	CG	3	6	38942	38947	0 %	0 %	50 %	50 %	389848488
81	NC_017942	GT	3	6	39023	39028	0 %	50 %	50 %	0 %	389848488
82	NC_017942	TG	3	6	39567	39572	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017942	GT	3	6	39574	39579	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017942	CA	3	6	39602	39607	50 %	0 %	0 %	50 %	389848489
85	NC_017942	GC	3	6	40680	40685	0 %	0 %	50 %	50 %	389848489
86	NC_017942	CG	3	6	41428	41433	0 %	0 %	50 %	50 %	389848490
87	NC_017942	GC	3	6	41445	41450	0 %	0 %	50 %	50 %	389848490
88	NC_017942	CT	3	6	43353	43358	0 %	50 %	0 %	50 %	389848492
89	NC_017942	GC	3	6	43692	43697	0 %	0 %	50 %	50 %	389848492
90	NC_017942	GC	4	8	43793	43800	0 %	0 %	50 %	50 %	389848492
91	NC_017942	CG	3	6	44636	44641	0 %	0 %	50 %	50 %	389848493
92	NC_017942	GC	3	6	45610	45615	0 %	0 %	50 %	50 %	389848494
93	NC_017942	TC	3	6	46035	46040	0 %	50 %	0 %	50 %	389848494
94	NC_017942	TC	3	6	47295	47300	0 %	50 %	0 %	50 %	389848495
95	NC_017942	AG	3	6	47659	47664	50 %	0 %	50 %	0 %	389848495
96	NC_017942	GC	3	6	48244	48249	0 %	0 %	50 %	50 %	389848496
97	NC_017942	GA	3	6	48325	48330	50 %	0 %	50 %	0 %	389848496
98	NC_017942	AT	3	6	48753	48758	50 %	50 %	0 %	0 %	389848496
99	NC_017942	AG	3	6	48992	48997	50 %	0 %	50 %	0 %	389848496
100	NC_017942	GC	3	6	49356	49361	0 %	0 %	50 %	50 %	389848497
101	NC_017942	CG	4	8	50008	50015	0 %	0 %	50 %	50 %	389848497
102	NC_017942	AT	3	6	50469	50474	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017942	AC	3	6	50527	50532	50 %	0 %	0 %	50 %	389848498
104	NC_017942	CG	3	6	50583	50588	0 %	0 %	50 %	50 %	389848498
105	NC_017942	AG	3	6	50681	50686	50 %	0 %	50 %	0 %	389848498
106	NC_017942	CA	3	6	51147	51152	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
107	NC_017942	CG	3	6	52292	52297	0 %	0 %	50 %	50 %	389848500
108	NC_017942	CT	4	8	52473	52480	0 %	50 %	0 %	50 %	389848500
109	NC_017942	TG	3	6	53212	53217	0 %	50 %	50 %	0 %	389848501
110	NC_017942	AG	3	6	53549	53554	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017942	AT	3	6	53679	53684	50 %	50 %	0 %	0 %	389848502
112	NC_017942	TC	3	6	53754	53759	0 %	50 %	0 %	50 %	389848502
113	NC_017942	CG	3	6	53947	53952	0 %	0 %	50 %	50 %	389848502
114	NC_017942	AT	3	6	54659	54664	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017942	AT	3	6	54713	54718	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017942	TC	3	6	54850	54855	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
117	NC_017942	GT	4	8	57843	57850	0 %	50 %	50 %	0 %	389848503
118	NC_017942	GA	3	6	58969	58974	50 %	0 %	50 %	0 %	389848504
119	NC_017942	CG	3	6	59019	59024	0 %	0 %	50 %	50 %	389848504
120	NC_017942	GA	3	6	59991	59996	50 %	0 %	50 %	0 %	389848506
121	NC_017942	TC	3	6	60851	60856	0 %	50 %	0 %	50 %	389848507
122	NC_017942	AC	4	8	61690	61697	50 %	0 %	0 %	50 %	389848509
123	NC_017942	GC	3	6	62738	62743	0 %	0 %	50 %	50 %	389848510
124	NC_017942	CA	3	6	63506	63511	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
125	NC_017942	TC	3	6	63600	63605	0 %	50 %	0 %	50 %	389848511
126	NC_017942	CT	3	6	64125	64130	0 %	50 %	0 %	50 %	389848511
127	NC_017942	CT	3	6	64579	64584	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
128	NC_017942	AC	3	6	64779	64784	50 %	0 %	0 %	50 %	389848512
129	NC_017942	TC	3	6	64981	64986	0 %	50 %	0 %	50 %	389848512
130	NC_017942	AC	3	6	65701	65706	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
131	NC_017942	TG	3	6	66036	66041	0 %	50 %	50 %	0 %	389848513
132	NC_017942	GT	3	6	66402	66407	0 %	50 %	50 %	0 %	389848514
133	NC_017942	CG	3	6	66871	66876	0 %	0 %	50 %	50 %	389848514
134	NC_017942	GA	3	6	67002	67007	50 %	0 %	50 %	0 %	389848514
135	NC_017942	AC	3	6	67033	67038	50 %	0 %	0 %	50 %	389848514
136	NC_017942	GC	3	6	67170	67175	0 %	0 %	50 %	50 %	389848514
137	NC_017942	CT	3	6	68136	68141	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
138	NC_017942	GT	3	6	68467	68472	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017942	CT	3	6	68700	68705	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
140	NC_017942	GT	3	6	68768	68773	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017942	GT	3	6	69062	69067	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017942	GC	3	6	69290	69295	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
143	NC_017942	CA	3	6	69615	69620	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
144	NC_017942	AC	3	6	70069	70074	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
145	NC_017942	CT	3	6	70737	70742	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
146	NC_017942	GC	3	6	71208	71213	0 %	0 %	50 %	50 %	389848517
147	NC_017942	GC	3	6	71302	71307	0 %	0 %	50 %	50 %	389848517
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.