MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Haloferax mediterranei ATCC 33500 plasmid pHM100

Total Repeats: 2063

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017942	CGC	2	6	42	47	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	389848446
2	NC_017942	TGA	2	6	87	92	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	389848446
3	NC_017942	CCT	2	6	141	146	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	389848446
4	NC_017942	TCG	2	6	213	218	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	389848446
5	NC_017942	TGG	2	6	237	242	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	389848446
6	NC_017942	ACC	2	6	428	433	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	389848446
7	NC_017942	ATC	2	6	505	510	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	389848446
8	NC_017942	GTT	2	6	535	540	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	389848446
9	NC_017942	CGA	2	6	543	548	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	389848446
10	NC_017942	GAC	2	6	571	576	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	389848446
11	NC_017942	TGA	2	6	744	749	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	389848446
12	NC_017942	AGA	2	6	834	839	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	389848446
13	NC_017942	ATT	2	6	841	846	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	389848446
14	NC_017942	GAT	3	9	934	942	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	389848446
15	NC_017942	GAT	2	6	982	987	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	389848446
16	NC_017942	CGC	2	6	1050	1055	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	389848446
17	NC_017942	AAT	2	6	1206	1211	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	389848446
18	NC_017942	CTT	2	6	1267	1272	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	389848446
19	NC_017942	GAC	2	6	1273	1278	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	389848446
20	NC_017942	CAA	2	6	1554	1559	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_017942	CTC	2	6	1640	1645	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
22	NC_017942	CAG	2	6	1651	1656	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_017942	AGG	2	6	1709	1714	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017942	CCA	2	6	1723	1728	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
25	NC_017942	TCG	2	6	1857	1862	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	389848447
26	NC_017942	TTC	2	6	1919	1924	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	389848447
27	NC_017942	CGG	2	6	2025	2030	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	389848447
28	NC_017942	TGC	2	6	2052	2057	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	389848447
29	NC_017942	TGT	2	6	2082	2087	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	389848447
30	NC_017942	TTC	2	6	2190	2195	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	389848447
31	NC_017942	ACG	2	6	2329	2334	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	389848448
32	NC_017942	GGT	2	6	2343	2348	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	389848448
33	NC_017942	GTT	2	6	2523	2528	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	389848448
34	NC_017942	CTG	2	6	2565	2570	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	389848448
35	NC_017942	GTT	2	6	2916	2921	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	389848448
36	NC_017942	CCT	2	6	3044	3049	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	389848448
37	NC_017942	TCT	2	6	3109	3114	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	389848448
38	NC_017942	TGT	2	6	3128	3133	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017942	TCT	2	6	3253	3258	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_017942	CAG	2	6	3292	3297	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_017942	GTT	2	6	3313	3318	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017942	ACT	2	6	3418	3423	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_017942	CGA	2	6	3553	3558	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	389848449
44	NC_017942	ACT	2	6	3636	3641	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	389848449
45	NC_017942	CGA	2	6	3668	3673	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	389848449
46	NC_017942	GTT	2	6	3675	3680	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	389848449
47	NC_017942	GAA	2	6	3741	3746	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017942	GTC	2	6	3866	3871	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_017942	CGA	2	6	3887	3892	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_017942	GTA	2	6	4109	4114	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	389848450
51	NC_017942	GCC	2	6	4140	4145	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	389848450
52	NC_017942	TCG	2	6	4293	4298	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	389848450
53	NC_017942	GGC	2	6	4344	4349	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	389848450
54	NC_017942	GAT	2	6	4382	4387	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	389848450
55	NC_017942	GAC	2	6	4421	4426	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	389848450
56	NC_017942	GAA	2	6	4456	4461	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	389848450
57	NC_017942	TCG	2	6	4482	4487	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	389848450
58	NC_017942	AGG	2	6	4488	4493	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	389848450
59	NC_017942	GAA	2	6	4720	4725	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017942	CTG	2	6	4788	4793	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	389848451
61	NC_017942	CGA	2	6	4823	4828	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	389848451
62	NC_017942	ACG	2	6	4864	4869	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	389848451
63	NC_017942	GAG	2	6	4920	4925	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	389848451
64	NC_017942	CGC	2	6	4958	4963	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	389848451
65	NC_017942	GCG	2	6	5055	5060	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	389848451
66	NC_017942	ACG	2	6	5206	5211	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	389848451
67	NC_017942	TCG	2	6	5218	5223	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	389848451
68	NC_017942	CCT	2	6	5296	5301	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	389848451
69	NC_017942	GAG	2	6	5436	5441	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	389848451
70	NC_017942	CGC	2	6	5540	5545	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	389848451
71	NC_017942	CCT	2	6	5561	5566	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	389848451
72	NC_017942	GAC	2	6	5586	5591	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	389848451
73	NC_017942	TCC	2	6	5599	5604	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	389848451
74	NC_017942	CGA	2	6	5792	5797	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	389848451
75	NC_017942	CAA	2	6	5822	5827	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	389848451
76	NC_017942	TTG	2	6	5913	5918	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	389848452
77	NC_017942	CGT	2	6	5957	5962	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	389848452
78	NC_017942	GTG	2	6	6076	6081	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	389848452
79	NC_017942	AGC	2	6	6259	6264	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	389848452
80	NC_017942	CGA	2	6	6284	6289	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	389848452
81	NC_017942	GCG	2	6	6304	6309	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	389848452
82	NC_017942	CAT	2	6	6335	6340	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	389848452
83	NC_017942	CGC	2	6	6341	6346	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	389848452
84	NC_017942	CGT	4	12	6386	6397	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	389848452
85	NC_017942	GAC	2	6	6462	6467	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	389848452
86	NC_017942	ACC	2	6	6472	6477	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	389848452
87	NC_017942	ACG	2	6	6478	6483	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	389848452
88	NC_017942	TCG	2	6	6574	6579	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	389848452
89	NC_017942	GCA	2	6	6636	6641	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	389848452
90	NC_017942	TCG	3	9	6649	6657	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	389848452
91	NC_017942	TCC	2	6	6679	6684	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	389848452
92	NC_017942	CGG	2	6	6695	6700	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	389848452
93	NC_017942	TCG	2	6	6781	6786	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	389848452
94	NC_017942	CGC	2	6	6875	6880	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	389848452
95	NC_017942	GCC	2	6	7011	7016	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	389848452
96	NC_017942	ACC	2	6	7088	7093	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	389848452
97	NC_017942	GAG	2	6	7251	7256	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017942	GTT	2	6	7265	7270	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017942	AGA	2	6	7345	7350	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017942	ACT	2	6	7354	7359	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_017942	CGA	2	6	7510	7515	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_017942	ATC	2	6	7564	7569	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_017942	CGC	2	6	7600	7605	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
104	NC_017942	ACG	2	6	7634	7639	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_017942	CCG	2	6	7730	7735	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
106	NC_017942	CAA	2	6	7748	7753	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_017942	CGA	2	6	7818	7823	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	389848453
108	NC_017942	TCG	2	6	7901	7906	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	389848453
109	NC_017942	CGA	2	6	7943	7948	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	389848453
110	NC_017942	CGA	2	6	8022	8027	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	389848453
111	NC_017942	GAG	2	6	8074	8079	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	389848453
112	NC_017942	GAT	2	6	8195	8200	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	389848453
113	NC_017942	ACT	2	6	8222	8227	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_017942	GGA	2	6	8299	8304	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017942	ACG	2	6	8375	8380	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	389848454
116	NC_017942	CGG	2	6	8381	8386	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	389848454
117	NC_017942	GGT	2	6	8424	8429	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	389848454
118	NC_017942	GTC	2	6	8463	8468	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	389848454
119	NC_017942	TGT	2	6	8499	8504	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	389848454
120	NC_017942	CGT	2	6	8540	8545	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	389848454
121	NC_017942	TGA	2	6	8582	8587	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	389848454
122	NC_017942	CGC	2	6	8598	8603	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	389848454
123	NC_017942	TGA	2	6	8657	8662	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	389848454
124	NC_017942	ACC	2	6	8823	8828	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	389848454
125	NC_017942	CTC	2	6	8832	8837	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	389848454
126	NC_017942	ACC	2	6	8974	8979	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	389848454
127	NC_017942	GTC	2	6	9082	9087	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	389848454
128	NC_017942	TAA	2	6	9158	9163	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017942	CGA	2	6	9301	9306	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	389848455
130	NC_017942	ACC	2	6	9334	9339	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	389848455
131	NC_017942	GAC	2	6	9406	9411	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	389848455
132	NC_017942	GGC	2	6	9706	9711	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	389848456
133	NC_017942	CGA	2	6	9727	9732	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	389848456
134	NC_017942	GAG	2	6	9828	9833	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	389848456
135	NC_017942	CGG	2	6	9921	9926	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	389848456
136	NC_017942	CGG	2	6	10018	10023	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	389848456
137	NC_017942	GAC	2	6	10031	10036	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	389848456
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139	NC_017942	CGA	2	6	10082	10087	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	389848456
140	NC_017942	CGC	2	6	10166	10171	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	389848457
141	NC_017942	GAT	2	6	10263	10268	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	389848457
142	NC_017942	CCA	2	6	10330	10335	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	389848457
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145	NC_017942	CGC	2	6	10543	10548	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	389848457
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151	NC_017942	CTT	2	6	10929	10934	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	389848457
152	NC_017942	GTC	2	6	10939	10944	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	389848457
153	NC_017942	ATC	2	6	10948	10953	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	389848457
154	NC_017942	GAG	2	6	11124	11129	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	389848457
155	NC_017942	CTC	2	6	11193	11198	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	389848457
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157	NC_017942	GAG	2	6	11283	11288	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	389848457
158	NC_017942	CCT	3	9	11309	11317	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	389848457
159	NC_017942	GTC	2	6	11364	11369	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	389848457
160	NC_017942	TTA	2	6	11421	11426	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	389848458
161	NC_017942	CCG	2	6	11496	11501	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
162	NC_017942	ACT	2	6	11537	11542	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	389848459
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239	NC_017942	CTC	2	6	15669	15674	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	389848461
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241	NC_017942	GTC	2	6	16084	16089	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
242	NC_017942	GCT	2	6	16094	16099	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
243	NC_017942	GAT	2	6	16148	16153	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	389848462
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249	NC_017942	GTC	2	6	16340	16345	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	389848462
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255	NC_017942	CCG	2	6	16593	16598	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	389848462
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257	NC_017942	TAT	2	6	16672	16677	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	389848462
258	NC_017942	TCT	2	6	16681	16686	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	389848462
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500	NC_017942	TCT	2	6	30776	30781	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

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