MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Halobacillus halophilus DSM 2266 plasmid PL16

Total Repeats: 225

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017669	GAG	2	6	43	48	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017669	GTA	2	6	76	81	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017669	GCG	2	6	197	202	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_017669	AGC	2	6	241	246	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_017669	CGT	2	6	256	261	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_017669	TAT	2	6	323	328	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017669	AGG	2	6	355	360	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017669	GAA	2	6	397	402	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716457
9	NC_017669	ACT	2	6	448	453	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386716457
10	NC_017669	AAC	2	6	686	691	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386716457
11	NC_017669	GCA	3	9	728	736	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716457
12	NC_017669	TAA	2	6	805	810	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386716457
13	NC_017669	TCG	2	6	851	856	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386716457
14	NC_017669	GGA	2	6	1266	1271	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017669	TTA	2	6	1325	1330	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017669	TTC	2	6	1382	1387	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_017669	TCC	2	6	1466	1471	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
18	NC_017669	TAA	2	6	1620	1625	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017669	AAC	2	6	1966	1971	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_017669	CGG	2	6	1987	1992	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_017669	GAG	3	9	2206	2214	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017669	ATC	2	6	2236	2241	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_017669	GCA	2	6	2257	2262	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_017669	AGG	2	6	2272	2277	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017669	GGA	2	6	2363	2368	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017669	GAA	2	6	2386	2391	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017669	AGA	2	6	2552	2557	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017669	GAG	2	6	2654	2659	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017669	GAG	2	6	2663	2668	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017669	CGA	2	6	2716	2721	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_017669	TTA	2	6	2734	2739	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017669	TCA	2	6	2762	2767	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_017669	GCA	2	6	2843	2848	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_017669	CAA	2	6	2871	2876	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_017669	GCA	2	6	2974	2979	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_017669	TCG	2	6	3027	3032	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_017669	GAA	2	6	3119	3124	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716458
38	NC_017669	GCA	2	6	3177	3182	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716458
39	NC_017669	CGA	2	6	3320	3325	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716458
40	NC_017669	GCA	2	6	3348	3353	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716458
41	NC_017669	GGC	2	6	3368	3373	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386716458
42	NC_017669	ACA	2	6	3383	3388	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386716458
43	NC_017669	ACC	3	9	3396	3404	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386716458
44	NC_017669	CGG	2	6	3593	3598	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386716458
45	NC_017669	GTA	2	6	3600	3605	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386716458
46	NC_017669	TAT	2	6	3654	3659	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386716458
47	NC_017669	TTA	2	6	3661	3666	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386716458
48	NC_017669	AGG	2	6	3719	3724	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386716458
49	NC_017669	AAT	2	6	3730	3735	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386716458
50	NC_017669	TAA	2	6	3742	3747	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386716459
51	NC_017669	AGC	3	9	3897	3905	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716459
52	NC_017669	ACG	2	6	3971	3976	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_017669	GAC	2	6	4105	4110	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_017669	ACG	2	6	4112	4117	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_017669	AAC	2	6	4118	4123	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_017669	CCG	2	6	4141	4146	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
57	NC_017669	GAC	2	6	4316	4321	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_017669	ACA	2	6	4331	4336	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_017669	ACG	2	6	4358	4363	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_017669	CGT	2	6	4387	4392	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_017669	ATT	2	6	4400	4405	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017669	TTA	2	6	4521	4526	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017669	TTA	2	6	4536	4541	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017669	GCA	2	6	4545	4550	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_017669	CCT	2	6	4644	4649	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
66	NC_017669	TAA	2	6	4705	4710	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017669	TCG	2	6	4830	4835	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_017669	ACG	2	6	5068	5073	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_017669	AAG	4	12	5320	5331	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716460
70	NC_017669	GGC	2	6	5407	5412	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386716460
71	NC_017669	ACG	2	6	5441	5446	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716460
72	NC_017669	GAA	2	6	5521	5526	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716460
73	NC_017669	GAA	2	6	5533	5538	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716460
74	NC_017669	GAA	2	6	5545	5550	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716460
75	NC_017669	GAC	2	6	5830	5835	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716460
76	NC_017669	AGG	2	6	5895	5900	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386716460
77	NC_017669	GAT	2	6	5994	5999	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017669	GGC	2	6	6028	6033	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_017669	ATT	2	6	6112	6117	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386716461
80	NC_017669	AAT	2	6	6145	6150	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386716461
81	NC_017669	ATC	2	6	6181	6186	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386716461
82	NC_017669	AGC	2	6	6255	6260	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716461
83	NC_017669	AGC	2	6	6333	6338	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716461
84	NC_017669	TTA	2	6	6398	6403	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386716461
85	NC_017669	ATC	2	6	6447	6452	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386716461
86	NC_017669	ATT	2	6	6460	6465	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386716461
87	NC_017669	TTC	2	6	6513	6518	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386716461
88	NC_017669	GAA	2	6	6530	6535	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716461
89	NC_017669	TGT	2	6	6889	6894	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386716461
90	NC_017669	AGA	2	6	6939	6944	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716461
91	NC_017669	CTT	2	6	7055	7060	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386716461
92	NC_017669	TCT	2	6	7082	7087	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386716461
93	NC_017669	GAA	2	6	7135	7140	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716461
94	NC_017669	TCC	2	6	7155	7160	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386716461
95	NC_017669	CAA	2	6	7175	7180	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386716461
96	NC_017669	AAT	2	6	7208	7213	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386716461
97	NC_017669	GGA	2	6	7333	7338	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017669	GAA	2	6	7556	7561	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017669	TAT	2	6	7575	7580	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017669	TAG	2	6	7637	7642	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017669	ATC	2	6	7689	7694	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_017669	ATC	2	6	7981	7986	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_017669	GAG	2	6	8065	8070	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017669	GAC	2	6	8154	8159	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_017669	CGG	2	6	8177	8182	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_017669	AAT	2	6	8244	8249	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017669	ACG	2	6	8284	8289	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_017669	TAA	2	6	8359	8364	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017669	CAA	2	6	8382	8387	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_017669	CTA	2	6	8451	8456	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_017669	ACT	2	6	8457	8462	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_017669	AGA	2	6	8623	8628	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716462
113	NC_017669	AAC	2	6	8666	8671	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386716462
114	NC_017669	CAG	2	6	8771	8776	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_017669	AGG	2	6	8844	8849	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017669	TAA	2	6	9063	9068	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017669	AGC	2	6	9171	9176	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_017669	ACT	2	6	9225	9230	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_017669	AAG	2	6	9247	9252	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017669	TAA	2	6	9341	9346	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017669	TAG	2	6	9533	9538	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017669	GAT	2	6	9571	9576	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017669	AAC	2	6	9641	9646	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_017669	TTA	2	6	9675	9680	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017669	TAC	2	6	9707	9712	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_017669	GAT	2	6	9720	9725	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017669	AGA	2	6	10045	10050	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017669	ATT	2	6	10208	10213	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017669	TCG	2	6	10326	10331	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_017669	AAT	2	6	10450	10455	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017669	AAC	3	9	10493	10501	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_017669	ACG	2	6	10522	10527	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_017669	GAC	2	6	10600	10605	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_017669	TCG	2	6	10618	10623	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_017669	CAG	2	6	10627	10632	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_017669	CGA	3	9	10651	10659	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_017669	CAT	2	6	10710	10715	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386716463
138	NC_017669	ATG	2	6	10721	10726	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386716463
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225	NC_017669	AAG	2	6	16015	16020	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.