MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Haliscomenobacter hydrossis DSM 1100 plasmid pHALHY02

Total Repeats: 118

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015512	GCAGA	2	10	2714	2723	40 %	0 %	40 %	20 %	332661893
2	NC_015512	GGGGA	2	10	3493	3502	20 %	0 %	80 %	0 %	332661894
3	NC_015512	CCTAT	2	10	3884	3893	20 %	40 %	0 %	40 %	332661894
4	NC_015512	GGAAG	2	10	5789	5798	40 %	0 %	60 %	0 %	332661894
5	NC_015512	GATAA	2	10	6117	6126	60 %	20 %	20 %	0 %	332661895
6	NC_015512	TAAAT	2	10	8169	8178	60 %	40 %	0 %	0 %	332661896
7	NC_015512	TAATT	2	10	8185	8194	40 %	60 %	0 %	0 %	332661896
8	NC_015512	AGCAA	2	10	13576	13585	60 %	0 %	20 %	20 %	332661900
9	NC_015512	AAATT	2	10	15835	15844	60 %	40 %	0 %	0 %	332661902
10	NC_015512	GGGTT	2	10	16832	16841	0 %	40 %	60 %	0 %	332661903
11	NC_015512	CAATT	2	10	17701	17710	40 %	40 %	0 %	20 %	332661903
12	NC_015512	TAGGG	2	10	19417	19426	20 %	20 %	60 %	0 %	332661904
13	NC_015512	CAAAC	2	10	19454	19463	60 %	0 %	0 %	40 %	332661904
14	NC_015512	TAGGG	2	10	22267	22276	20 %	20 %	60 %	0 %	332661906
15	NC_015512	GTAGG	2	10	25104	25113	20 %	20 %	60 %	0 %	332661907
16	NC_015512	ACCAG	2	10	25491	25500	40 %	0 %	20 %	40 %	332661907
17	NC_015512	CCCAG	2	10	26948	26957	20 %	0 %	20 %	60 %	332661907
18	NC_015512	GCTGG	2	10	27926	27935	0 %	20 %	60 %	20 %	332661908
19	NC_015512	GGGCG	2	10	28206	28215	0 %	0 %	80 %	20 %	332661908
20	NC_015512	GGTTT	2	10	29588	29597	0 %	60 %	40 %	0 %	332661908
21	NC_015512	TTTCA	2	10	30257	30266	20 %	60 %	0 %	20 %	332661908
22	NC_015512	GGGAA	2	10	30496	30505	40 %	0 %	60 %	0 %	332661908
23	NC_015512	AAACC	2	10	31383	31392	60 %	0 %	0 %	40 %	332661909
24	NC_015512	TGCTT	2	10	32387	32396	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_015512	GTTGG	2	10	34122	34131	0 %	40 %	60 %	0 %	332661912
26	NC_015512	TTGGT	2	10	34585	34594	0 %	60 %	40 %	0 %	332661912
27	NC_015512	GCAAG	2	10	36423	36432	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
28	NC_015512	AGCCG	2	10	38323	38332	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
29	NC_015512	GCTGC	2	10	41255	41264	0 %	20 %	40 %	40 %	332661919
30	NC_015512	TGCCA	2	10	41760	41769	20 %	20 %	20 %	40 %	332661919
31	NC_015512	TGGGG	2	10	44358	44367	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015512	GTGGG	2	10	44395	44404	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015512	TGGGG	2	10	46140	46149	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015512	GTTAG	2	10	46211	46220	20 %	40 %	40 %	0 %	332661923
35	NC_015512	GTTGA	2	10	47366	47375	20 %	40 %	40 %	0 %	332661923
36	NC_015512	GCGCA	2	10	47717	47726	20 %	0 %	40 %	40 %	332661923
37	NC_015512	ATTTT	2	10	48328	48337	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015512	GCTGC	2	10	49561	49570	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
39	NC_015512	GCTCC	2	10	49610	49619	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
40	NC_015512	TGCGG	2	10	49699	49708	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
41	NC_015512	TTTCT	2	10	50297	50306	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_015512	AGTCA	2	10	51854	51863	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_015512	CATTT	2	10	52044	52053	20 %	60 %	0 %	20 %	332661928
44	NC_015512	GGCCA	2	10	52095	52104	20 %	0 %	40 %	40 %	332661928
45	NC_015512	AAATA	2	10	52815	52824	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_015512	TTGAA	2	10	53040	53049	40 %	40 %	20 %	0 %	332661929
47	NC_015512	GGGAA	2	10	55518	55527	40 %	0 %	60 %	0 %	332661932
48	NC_015512	TGGGT	2	10	56209	56218	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015512	GACCA	2	10	56490	56499	40 %	0 %	20 %	40 %	332661934
50	NC_015512	TGTTA	2	10	57656	57665	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015512	CAATC	2	10	57726	57735	40 %	20 %	0 %	40 %	332661936
52	NC_015512	TCTTG	2	10	57749	57758	0 %	60 %	20 %	20 %	332661936
53	NC_015512	GATTG	2	10	58111	58120	20 %	40 %	40 %	0 %	332661936
54	NC_015512	TGGTT	2	10	61245	61254	0 %	60 %	40 %	0 %	332661937
55	NC_015512	AATTC	2	10	61767	61776	40 %	40 %	0 %	20 %	332661937
56	NC_015512	CTATT	2	10	61915	61924	20 %	60 %	0 %	20 %	332661937
57	NC_015512	ATTGA	2	10	63161	63170	40 %	40 %	20 %	0 %	332661937
58	NC_015512	CTCCC	2	10	63747	63756	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
59	NC_015512	TCCCC	2	10	64004	64013	0 %	20 %	0 %	80 %	332661938
60	NC_015512	AGCGG	2	10	65696	65705	20 %	0 %	60 %	20 %	332661939
61	NC_015512	CCAAG	2	10	69864	69873	40 %	0 %	20 %	40 %	332661943
62	NC_015512	CCCAC	2	10	71675	71684	20 %	0 %	0 %	80 %	332661944
63	NC_015512	AGCGG	2	10	71778	71787	20 %	0 %	60 %	20 %	332661944
64	NC_015512	GCCCA	2	10	71894	71903	20 %	0 %	20 %	60 %	332661944
65	NC_015512	CAAAC	2	10	72522	72531	60 %	0 %	0 %	40 %	332661946
66	NC_015512	GCGAA	2	10	76468	76477	40 %	0 %	40 %	20 %	332661949
67	NC_015512	TAAAA	2	10	77658	77667	80 %	20 %	0 %	0 %	332661950
68	NC_015512	TTCCT	2	10	82824	82833	0 %	60 %	0 %	40 %	332661952
69	NC_015512	GAAAA	2	10	84412	84421	80 %	0 %	20 %	0 %	332661953
70	NC_015512	AGCCA	2	10	85302	85311	40 %	0 %	20 %	40 %	332661955
71	NC_015512	ATTTT	2	10	85882	85891	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015512	GAATG	2	10	89543	89552	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
73	NC_015512	CTTTT	2	10	90367	90376	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_015512	ACAAA	2	10	90502	90511	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_015512	ATTGG	2	10	92445	92454	20 %	40 %	40 %	0 %	332661962
76	NC_015512	TGTAG	2	10	96622	96631	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
77	NC_015512	CCGAC	2	10	97074	97083	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
78	NC_015512	TGCAC	2	10	97726	97735	20 %	20 %	20 %	40 %	332661967
79	NC_015512	GGCCA	2	10	98814	98823	20 %	0 %	40 %	40 %	332661967
80	NC_015512	CGATC	2	10	98947	98956	20 %	20 %	20 %	40 %	332661967
81	NC_015512	ACCGT	2	10	99006	99015	20 %	20 %	20 %	40 %	332661967
82	NC_015512	CAAAG	2	10	99040	99049	60 %	0 %	20 %	20 %	332661967
83	NC_015512	CCACA	2	10	99492	99501	40 %	0 %	0 %	60 %	332661967
84	NC_015512	AACAA	2	10	99888	99897	80 %	0 %	0 %	20 %	332661967
85	NC_015512	GTTAG	2	10	102752	102761	20 %	40 %	40 %	0 %	332661969
86	NC_015512	AAATG	2	10	103005	103014	60 %	20 %	20 %	0 %	332661969
87	NC_015512	TTTAC	2	10	103426	103435	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_015512	AAGTT	2	10	104803	104812	40 %	40 %	20 %	0 %	332661970
89	NC_015512	ACAAA	2	10	104925	104934	80 %	0 %	0 %	20 %	332661970
90	NC_015512	TCAAA	2	10	105100	105109	60 %	20 %	0 %	20 %	332661970
91	NC_015512	CAAAA	2	10	106701	106710	80 %	0 %	0 %	20 %	332661971
92	NC_015512	GCTAT	2	10	106964	106973	20 %	40 %	20 %	20 %	332661971
93	NC_015512	CAAAA	2	10	107209	107218	80 %	0 %	0 %	20 %	332661971
94	NC_015512	AAAAC	2	10	107262	107271	80 %	0 %	0 %	20 %	332661971
95	NC_015512	TCGAA	2	10	108852	108861	40 %	20 %	20 %	20 %	332661971
96	NC_015512	GTCGA	2	10	109071	109080	20 %	20 %	40 %	20 %	332661971
97	NC_015512	AAAGG	2	10	110511	110520	60 %	0 %	40 %	0 %	332661972
98	NC_015512	TCCAA	2	10	111520	111529	40 %	20 %	0 %	40 %	332661973
99	NC_015512	GAAAG	2	10	113738	113747	60 %	0 %	40 %	0 %	332661974
100	NC_015512	GTTTT	2	10	115673	115682	0 %	80 %	20 %	0 %	332661975
101	NC_015512	ACCCC	2	10	116932	116941	20 %	0 %	0 %	80 %	332661977
102	NC_015512	AATTC	2	10	117968	117977	40 %	40 %	0 %	20 %	332661978
103	NC_015512	GTTCC	2	10	117997	118006	0 %	40 %	20 %	40 %	332661978
104	NC_015512	GGGTT	2	10	120476	120485	0 %	40 %	60 %	0 %	332661979
105	NC_015512	ACGTG	2	10	121798	121807	20 %	20 %	40 %	20 %	332661979
106	NC_015512	TCTGC	2	10	123346	123355	0 %	40 %	20 %	40 %	332661980
107	NC_015512	AGGTA	2	10	124890	124899	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
108	NC_015512	ATCTA	2	10	127041	127050	40 %	40 %	0 %	20 %	332661984
109	NC_015512	AACAA	2	10	127374	127383	80 %	0 %	0 %	20 %	332661984
110	NC_015512	GATTT	2	10	127628	127637	20 %	60 %	20 %	0 %	332661984
111	NC_015512	ATTTG	2	10	129604	129613	20 %	60 %	20 %	0 %	332661986
112	NC_015512	AAGGA	2	10	131287	131296	60 %	0 %	40 %	0 %	332661987
113	NC_015512	CTTTT	2	10	132275	132284	0 %	80 %	0 %	20 %	332661988
114	NC_015512	ACAAA	2	10	132768	132777	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_015512	GAAAC	2	10	132970	132979	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
116	NC_015512	CAATC	2	10	133923	133932	40 %	20 %	0 %	40 %	332661990
117	NC_015512	TAAAT	2	10	137137	137146	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_015512	GCTGC	2	10	143689	143698	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.