MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Halanaerobium hydrogeniformans chromosome

Total Repeats: 42864

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014654	AGG	2	6	65	70	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_014654	AGA	2	6	126	131	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312142409
3	NC_014654	TAA	2	6	229	234	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312142409
4	NC_014654	TAA	2	6	394	399	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312142409
5	NC_014654	TGA	2	6	421	426	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312142409
6	NC_014654	GAT	2	6	431	436	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312142409
7	NC_014654	AGG	2	6	447	452	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	312142409
8	NC_014654	GAA	2	6	455	460	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312142409
9	NC_014654	TAA	2	6	466	471	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312142409
10	NC_014654	GTA	2	6	506	511	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312142409
11	NC_014654	TGC	2	6	535	540	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	312142409
12	NC_014654	GAT	2	6	728	733	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312142409
13	NC_014654	TGA	2	6	784	789	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312142409
14	NC_014654	GAA	2	6	824	829	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312142409
15	NC_014654	TAA	2	6	873	878	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312142409
16	NC_014654	CCA	2	6	893	898	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	312142409
17	NC_014654	TAA	2	6	951	956	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312142409
18	NC_014654	TTC	2	6	1120	1125	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312142409
19	NC_014654	TTG	2	6	1128	1133	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312142409
20	NC_014654	TAA	2	6	1183	1188	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312142409
21	NC_014654	TTA	2	6	1236	1241	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312142409
22	NC_014654	TGG	2	6	1378	1383	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	312142409
23	NC_014654	ATA	2	6	1413	1418	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312142409
24	NC_014654	GAA	2	6	1442	1447	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312142409
25	NC_014654	TTA	2	6	1524	1529	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_014654	TAA	2	6	1551	1556	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_014654	TAT	2	6	1603	1608	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_014654	ACT	2	6	1624	1629	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_014654	CTA	3	9	1668	1676	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_014654	TAC	2	6	1678	1683	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_014654	TAA	2	6	1693	1698	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_014654	TAA	2	6	1730	1735	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_014654	AGA	2	6	1811	1816	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312142410
34	NC_014654	AGA	3	9	1942	1950	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312142410
35	NC_014654	ATT	2	6	1988	1993	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312142410
36	NC_014654	ATT	2	6	2071	2076	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312142410
37	NC_014654	TGA	2	6	2098	2103	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312142410
38	NC_014654	CTG	2	6	2151	2156	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	312142410
39	NC_014654	TGT	2	6	2239	2244	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312142410
40	NC_014654	AGA	2	6	2251	2256	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312142410
41	NC_014654	ATA	2	6	2330	2335	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312142410
42	NC_014654	GTA	2	6	2352	2357	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312142410
43	NC_014654	AAT	2	6	2372	2377	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312142410
44	NC_014654	GTA	2	6	2394	2399	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312142410
45	NC_014654	CAT	2	6	2568	2573	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312142410
46	NC_014654	AGA	2	6	2584	2589	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312142410
47	NC_014654	TGA	2	6	2614	2619	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312142410
48	NC_014654	AAT	2	6	2623	2628	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312142410
49	NC_014654	GAA	2	6	2759	2764	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312142410
50	NC_014654	GGA	2	6	2825	2830	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	312142410
51	NC_014654	CTT	2	6	2868	2873	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312142410
52	NC_014654	AGG	2	6	2876	2881	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_014654	GTG	2	6	2962	2967	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	312142411
54	NC_014654	AAG	2	6	2989	2994	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312142411
55	NC_014654	TGT	2	6	3056	3061	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312142411
56	NC_014654	ATA	2	6	3104	3109	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312142411
57	NC_014654	ATA	2	6	3159	3164	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312142412
58	NC_014654	TTA	2	6	3225	3230	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312142412
59	NC_014654	AGT	2	6	3270	3275	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312142412
60	NC_014654	TAA	2	6	3289	3294	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312142412
61	NC_014654	GAA	2	6	3306	3311	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312142412
62	NC_014654	TGG	2	6	3430	3435	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	312142412
63	NC_014654	TTA	2	6	3511	3516	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312142412
64	NC_014654	ATC	2	6	3550	3555	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312142412
65	NC_014654	AAT	2	6	3591	3596	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312142412
66	NC_014654	CTA	2	6	3667	3672	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312142412
67	NC_014654	ATT	2	6	3684	3689	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312142412
68	NC_014654	AGT	2	6	3704	3709	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312142412
69	NC_014654	AGA	2	6	3764	3769	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312142412
70	NC_014654	TAA	2	6	3845	3850	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312142412
71	NC_014654	GAT	2	6	3915	3920	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312142412
72	NC_014654	CTG	2	6	3982	3987	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	312142412
73	NC_014654	AAG	2	6	4088	4093	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312142412
74	NC_014654	TGG	2	6	4255	4260	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	312142413
75	NC_014654	AGT	2	6	4285	4290	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312142413
76	NC_014654	TAC	2	6	4312	4317	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312142413
77	NC_014654	TGA	2	6	4354	4359	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312142413
78	NC_014654	TAG	2	6	4371	4376	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312142413
79	NC_014654	CGG	2	6	4383	4388	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	312142413
80	NC_014654	GAA	2	6	4481	4486	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312142413
81	NC_014654	ATA	2	6	4643	4648	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312142414
82	NC_014654	TTG	2	6	4688	4693	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312142414
83	NC_014654	CTG	2	6	4775	4780	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	312142414
84	NC_014654	GGT	2	6	4810	4815	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	312142414
85	NC_014654	GGA	2	6	4822	4827	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	312142414
86	NC_014654	TGT	2	6	4872	4877	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312142414
87	NC_014654	TAC	2	6	5010	5015	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312142414
88	NC_014654	TAG	2	6	5136	5141	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312142414
89	NC_014654	TGA	2	6	5145	5150	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312142414
90	NC_014654	AGA	2	6	5157	5162	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312142414
91	NC_014654	ATG	2	6	5174	5179	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312142414
92	NC_014654	ATC	2	6	5294	5299	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312142414
93	NC_014654	TAA	2	6	5331	5336	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312142414
94	NC_014654	TGA	2	6	5439	5444	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312142414
95	NC_014654	AAT	2	6	5484	5489	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312142414
96	NC_014654	TTG	2	6	5564	5569	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312142414
97	NC_014654	AGA	2	6	5604	5609	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312142414
98	NC_014654	TTG	2	6	5633	5638	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312142414
99	NC_014654	TGC	2	6	5652	5657	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	312142414
100	NC_014654	AGC	2	6	5670	5675	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312142414
101	NC_014654	AGA	2	6	5698	5703	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312142414
102	NC_014654	TTG	2	6	5786	5791	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312142414
103	NC_014654	GGT	2	6	5806	5811	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	312142414
104	NC_014654	GAA	2	6	5825	5830	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312142414
105	NC_014654	ATG	2	6	5912	5917	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312142414
106	NC_014654	AGA	2	6	5958	5963	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312142414
107	NC_014654	AAT	3	9	5994	6002	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312142414
108	NC_014654	TTC	2	6	6055	6060	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312142414
109	NC_014654	TTA	2	6	6079	6084	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312142414
110	NC_014654	ACC	2	6	6111	6116	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	312142414
111	NC_014654	GAA	2	6	6137	6142	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312142414
112	NC_014654	AAG	2	6	6143	6148	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312142414
113	NC_014654	TAC	2	6	6264	6269	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312142414
114	NC_014654	ATA	2	6	6281	6286	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312142414
115	NC_014654	TGA	2	6	6327	6332	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312142414
116	NC_014654	TTA	3	9	6427	6435	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_014654	AAT	2	6	6450	6455	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_014654	AGC	2	6	6467	6472	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312142415
119	NC_014654	TAA	2	6	6632	6637	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312142415
120	NC_014654	TTG	2	6	6661	6666	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312142415
121	NC_014654	CAG	3	9	6802	6810	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312142415
122	NC_014654	ATT	2	6	6854	6859	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312142415
123	NC_014654	TGA	2	6	6902	6907	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312142415
124	NC_014654	AGA	2	6	6914	6919	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312142415
125	NC_014654	CAA	2	6	6991	6996	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312142415
126	NC_014654	TCC	2	6	7001	7006	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	312142415
127	NC_014654	AAC	2	6	7064	7069	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312142415
128	NC_014654	ATT	2	6	7086	7091	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312142415
129	NC_014654	TAG	2	6	7231	7236	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312142415
130	NC_014654	GTT	2	6	7395	7400	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312142415
131	NC_014654	CAG	2	6	7421	7426	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312142415
132	NC_014654	AAT	2	6	7448	7453	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312142415
133	NC_014654	AAT	2	6	7467	7472	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312142415
134	NC_014654	TAT	2	6	7483	7488	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312142415
135	NC_014654	ATT	2	6	7510	7515	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312142415
136	NC_014654	GAA	2	6	7543	7548	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312142415
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144	NC_014654	TAC	3	9	8096	8104	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312142415
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154	NC_014654	CTG	2	6	8563	8568	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	312142415
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158	NC_014654	ATT	3	9	8754	8762	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312142415
159	NC_014654	AGA	2	6	8774	8779	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312142415
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169	NC_014654	CAG	2	6	9154	9159	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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172	NC_014654	ATC	2	6	9292	9297	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
173	NC_014654	TTA	2	6	9298	9303	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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175	NC_014654	ATC	2	6	9354	9359	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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235	NC_014654	ATA	3	9	14773	14781	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
236	NC_014654	TAA	2	6	14788	14793	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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240	NC_014654	ATT	2	6	15028	15033	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
241	NC_014654	ATT	2	6	15040	15045	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
242	NC_014654	ATA	2	6	15145	15150	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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245	NC_014654	TAT	2	6	15288	15293	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
246	NC_014654	TAT	2	6	15297	15302	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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266	NC_014654	ACA	2	6	16501	16506	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312142417
267	NC_014654	ATC	2	6	16558	16563	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312142417
268	NC_014654	ACA	2	6	16591	16596	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312142417
269	NC_014654	GTT	2	6	16597	16602	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312142417
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290	NC_014654	ATT	2	6	17864	17869	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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392	NC_014654	AAG	2	6	23008	23013	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312142423
393	NC_014654	AAG	2	6	23081	23086	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312142423
394	NC_014654	TAA	2	6	23106	23111	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312142423
395	NC_014654	CTG	2	6	23273	23278	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	312142423
396	NC_014654	CTG	2	6	23345	23350	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	312142423
397	NC_014654	TGA	2	6	23382	23387	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312142423
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399	NC_014654	AGA	2	6	23424	23429	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312142423
400	NC_014654	AGT	2	6	23547	23552	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312142423
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412	NC_014654	CAA	2	6	24267	24272	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312142425
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