MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Helicobacter pylori SJM180 chromosome

Total Repeats: 802

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014560	TTGCAA	2	12	867	878	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	308183798
2	NC_014560	ATTATA	2	12	1795	1806	50 %	50 %	0 %	0 %	308183800
3	NC_014560	GCGATA	2	12	3726	3737	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	308183802
4	NC_014560	GCTTGC	2	12	6429	6440	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	308183806
5	NC_014560	TGATTG	2	12	6663	6674	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	308183806
6	NC_014560	GAAACC	2	12	7834	7845	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	308183808
7	NC_014560	ACTATA	2	12	9853	9864	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_014560	AACGAT	2	12	10549	10560	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	308183810
9	NC_014560	AGCTTG	2	12	16075	16086	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	308183815
10	NC_014560	AAACAC	2	12	18412	18423	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_014560	AGAAAA	2	12	18762	18773	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	308183817
12	NC_014560	GTTTGG	2	12	21356	21367	0 %	50 %	50 %	0 %	308183820
13	NC_014560	CAATTC	2	12	27044	27055	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	308183826
14	NC_014560	GAGTCC	2	12	27999	28010	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	308183827
15	NC_014560	TATCAA	2	12	30232	30243	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	308183830
16	NC_014560	TCTTAT	2	12	30946	30957	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	308183830
17	NC_014560	AAGGCT	2	12	32176	32187	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	308183831
18	NC_014560	GCGTGG	2	12	32978	32989	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	308183833
19	NC_014560	TAATGA	2	12	33114	33125	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	308183833
20	NC_014560	TTGAAT	2	12	34177	34188	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	308183833
21	NC_014560	TAAGGA	2	12	34476	34487	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	308183833
22	NC_014560	GCTAGG	2	12	35975	35986	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	308183836
23	NC_014560	AAAGAA	2	12	37495	37506	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	308183837
24	NC_014560	AAAGAA	2	12	39077	39088	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	308183840
25	NC_014560	CAAAAT	2	12	41423	41434	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	308183842
26	NC_014560	TAAACT	2	12	43004	43015	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	308183843
27	NC_014560	CACTAC	2	12	44832	44843	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	308183846
28	NC_014560	GCTTTA	2	12	45028	45039	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	308183847
29	NC_014560	CGCAAA	2	12	45819	45830	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	308183847
30	NC_014560	GGCTAG	2	12	50062	50073	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	308183851
31	NC_014560	TAAAAT	2	12	51800	51811	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_014560	CTTTTT	2	12	53941	53952	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	308183853
33	NC_014560	ATTTGC	2	12	56065	56076	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	308183853
34	NC_014560	TAAAAA	2	12	57665	57676	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	308183854
35	NC_014560	ATTTTT	2	12	61414	61425	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_014560	AATTTT	2	12	62826	62837	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	308183858
37	NC_014560	AGAAAA	2	12	63419	63430	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	308183859
38	NC_014560	AAAAGA	2	12	63521	63532	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	308183859
39	NC_014560	AGAAAA	2	12	63686	63697	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	308183859
40	NC_014560	AAAAGA	2	12	64112	64123	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_014560	AAAAGA	2	12	64217	64228	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_014560	AGCCAA	2	12	64885	64896	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_014560	CCAACA	2	12	66758	66769	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
44	NC_014560	TTTTGT	2	12	67096	67107	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	308183861
45	NC_014560	AAAGAG	2	12	67375	67386	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	308183861
46	NC_014560	GGACAA	2	12	70422	70433	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_014560	AGCGGG	2	12	71047	71058	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_014560	TTTACC	2	12	72334	72345	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_014560	ACGCCC	2	12	78941	78952	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	308183872
50	NC_014560	AAGGGC	2	12	81671	81682	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	308183875
51	NC_014560	CGCTAA	2	12	82033	82044	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	308183875
52	NC_014560	CGCCCA	2	12	82207	82218	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	308183875
53	NC_014560	AGGATA	2	12	83032	83043	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	308183877
54	NC_014560	AGCGTG	2	12	83286	83297	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	308183877
55	NC_014560	CAACGA	2	12	83629	83640	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	308183877
56	NC_014560	GCGCAT	2	12	84837	84848	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	308183878
57	NC_014560	GGCATG	2	12	85149	85160	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	308183878
58	NC_014560	AATATT	2	12	86987	86998	50 %	50 %	0 %	0 %	308183880
59	NC_014560	TACAAA	2	12	97303	97314	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_014560	CAAGAT	2	12	99542	99553	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_014560	GATTTT	2	12	100968	100979	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	308183892
62	NC_014560	AAACTC	2	12	101085	101096	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	308183892
63	NC_014560	TCAAAA	2	12	102408	102419	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	308183893
64	NC_014560	GCGGTG	2	12	103105	103116	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	308183894
65	NC_014560	CAATAT	2	12	106303	106314	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	308183895
66	NC_014560	AAACCC	2	12	107856	107867	50 %	0 %	0 %	50 %	308183897
67	NC_014560	ATAAAA	2	12	111164	111175	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_014560	GGAGCG	2	12	117078	117089	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	308183905
69	NC_014560	TTTTCT	2	12	118579	118590	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	308183906
70	NC_014560	TGCAAG	2	12	118985	118996	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	308183906
71	NC_014560	CGCTCG	2	12	123600	123611	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	308183911
72	NC_014560	GGGAAG	2	12	124994	125005	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	308183912
73	NC_014560	TAGGCA	2	12	126137	126148	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	308183912
74	NC_014560	TTCTAT	2	12	128474	128485	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	308183914
75	NC_014560	CTAAAG	2	12	130207	130218	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	308183915
76	NC_014560	TGAATT	2	12	130741	130752	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	308183915
77	NC_014560	TTTCAA	2	12	130900	130911	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	308183915
78	NC_014560	AGCAAA	2	12	134246	134257	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	308183918
79	NC_014560	GTTTTA	2	12	135258	135269	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_014560	TCATGA	2	12	137021	137032	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	308183923
81	NC_014560	AAAAAT	2	12	143586	143597	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	308183930
82	NC_014560	ATTCAA	2	12	144673	144684	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	308183933
83	NC_014560	TAGCGA	2	12	145729	145740	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	308183934
84	NC_014560	ACGATT	2	12	148252	148263	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	308183936
85	NC_014560	ATCGCT	2	12	150548	150559	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	308183937
86	NC_014560	CCTAAA	2	12	152771	152782	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	308183939
87	NC_014560	TTGTTT	2	12	156919	156930	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	308183945
88	NC_014560	TTGGGT	2	12	162359	162370	0 %	50 %	50 %	0 %	308183952
89	NC_014560	GATTTT	2	12	162872	162883	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	308183953
90	NC_014560	AATTGA	2	12	163131	163142	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	308183953
91	NC_014560	GATGGC	2	12	166084	166095	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	308183957
92	NC_014560	GATGGC	2	12	166192	166203	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	308183957
93	NC_014560	CTTTCT	2	12	166336	166347	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	308183957
94	NC_014560	ACAAAA	2	12	167181	167192	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	308183958
95	NC_014560	CCGCTC	2	12	168108	168119	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	308183960
96	NC_014560	GCTCTC	2	12	170531	170542	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	308183962
97	NC_014560	TAAAAA	2	12	171189	171200	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_014560	TAGTGG	2	12	172466	172477	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	308183965
99	NC_014560	ATCGTT	2	12	175158	175169	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	308183967
100	NC_014560	AATTTC	2	12	175509	175520	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	308183968
101	NC_014560	TAAAAT	2	12	177033	177044	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	308183969
102	NC_014560	TGAGAG	2	12	177972	177983	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	308183970
103	NC_014560	ATTTTG	2	12	178835	178846	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	308183972
104	NC_014560	ACTTAT	2	12	179410	179421	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	308183972
105	NC_014560	GTTTAA	2	12	180097	180108	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	308183973
106	NC_014560	TAAAGA	2	12	183076	183087	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	308183976
107	NC_014560	AATGAA	2	12	185314	185325	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	308183978
108	NC_014560	TGGTTA	2	12	187139	187150	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	308183979
109	NC_014560	CCGCTC	2	12	187721	187732	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	308183980
110	NC_014560	AGGCAT	2	12	191428	191439	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	308183983
111	NC_014560	GCATTT	2	12	193141	193152	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	308183985
112	NC_014560	TCAAAC	2	12	193708	193719	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	308183986
113	NC_014560	ATAAAG	2	12	193875	193886	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	308183986
114	NC_014560	GGTATT	2	12	197650	197661	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	308183990
115	NC_014560	ATCTAA	2	12	197879	197890	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	308183990
116	NC_014560	TGGGCA	2	12	198944	198955	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	308183991
117	NC_014560	ATTTTC	2	12	201368	201379	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	308183992
118	NC_014560	TGGGGC	2	12	208773	208784	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	308184002
119	NC_014560	CTATGG	2	12	209162	209173	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	308184002
120	NC_014560	AAATCC	2	12	210587	210598	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	308184005
121	NC_014560	AATTTT	2	12	213284	213295	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_014560	GAAAAA	2	12	214965	214976	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	308184006
123	NC_014560	AATTTT	2	12	221020	221031	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	308184013
124	NC_014560	CAAAAA	2	12	221055	221066	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	308184013
125	NC_014560	ATTCTA	2	12	221509	221520	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	308184014
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128	NC_014560	TAATTA	2	12	228256	228267	50 %	50 %	0 %	0 %	308184019
129	NC_014560	ATTAAA	2	12	234635	234646	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_014560	CCCTAA	2	12	236025	236036	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
131	NC_014560	GGATTG	2	12	238514	238525	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	308184032
132	NC_014560	TGGTTT	2	12	238657	238668	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	308184032
133	NC_014560	GCTGTA	2	12	238791	238802	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	308184032
134	NC_014560	CAAAAA	2	12	240776	240787	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
135	NC_014560	CACGCC	2	12	241370	241381	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	308184034
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139	NC_014560	ATTTTA	2	12	257732	257743	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_014560	TCCCGC	2	12	261635	261646	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	308184055
141	NC_014560	TCCCGC	2	12	262448	262459	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	308184055
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148	NC_014560	TGAGCG	2	12	278615	278626	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	308184070
149	NC_014560	AGCTTT	2	12	278763	278774	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	308184070
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151	NC_014560	ATTAGA	2	12	283417	283428	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	308184077
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157	NC_014560	ACGCCA	2	12	305829	305840	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	308184092
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177	NC_014560	TAGTGG	2	12	349997	350008	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	308184140
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226	NC_014560	AAATAA	2	12	441365	441376	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
227	NC_014560	GGCTTT	2	12	443299	443310	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	308184236
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232	NC_014560	TAAAAA	2	12	455546	455557	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
233	NC_014560	GGTTTT	2	12	458144	458155	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	308184247
234	NC_014560	TTGGCT	2	12	459160	459171	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	308184249
235	NC_014560	CATTTT	2	12	460240	460251	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	308184250
236	NC_014560	TCAAAA	2	12	463132	463143	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	308184252
237	NC_014560	AAAATC	2	12	463170	463181	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	308184252
238	NC_014560	TATTAG	2	12	464890	464901	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	308184254
239	NC_014560	TAAAGA	2	12	466488	466499	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	308184256
240	NC_014560	CTAAAA	2	12	467534	467545	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	308184257
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263	NC_014560	TCTAAA	2	12	516313	516324	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	308184302
264	NC_014560	TTTAAA	2	12	517502	517513	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
265	NC_014560	AGTTTT	2	12	520505	520516	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	308184306
266	NC_014560	TTTCTA	2	12	520731	520742	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	308184306
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268	NC_014560	AGAAAA	2	12	524161	524172	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	308184309
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282	NC_014560	GAGAAA	2	12	550863	550874	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	308184331
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285	NC_014560	TTTAAA	2	12	556590	556601	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
286	NC_014560	TGGGCA	2	12	559253	559264	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	308184338
287	NC_014560	GGGGCT	2	12	562558	562569	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	308184342
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301	NC_014560	TGGCGA	2	12	591429	591440	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	308184374
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321	NC_014560	CGCTAA	2	12	641596	641607	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	308184413
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323	NC_014560	ATGCAA	2	12	644895	644906	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	308184415
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325	NC_014560	GGTTTC	2	12	651509	651520	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	308184422
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327	NC_014560	CCATAA	2	12	653589	653600	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	308184425
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331	NC_014560	CGCCTA	2	12	660741	660752	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	308184433
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333	NC_014560	GAACAT	2	12	663849	663860	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	308184437
334	NC_014560	GCATTG	2	12	664754	664765	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	308184437
335	NC_014560	CATAGC	2	12	666223	666234	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	308184439
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337	NC_014560	TCAAAA	2	12	667599	667610	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	308184440
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340	NC_014560	ATGGCA	2	12	672268	672279	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	308184443
341	NC_014560	AAAAGA	2	12	672555	672566	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	308184444
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344	NC_014560	TGCTCT	2	12	674798	674809	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	308184446
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348	NC_014560	TAAAGA	2	12	678458	678469	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	308184449
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350	NC_014560	GCAAAA	2	12	679470	679481	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	308184450
351	NC_014560	TTAGAA	2	12	680788	680799	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	308184452
352	NC_014560	ATTTGG	2	12	687480	687491	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	308184456
353	NC_014560	ACCATT	2	12	690652	690663	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	308184459
354	NC_014560	AAATTA	2	12	692547	692558	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	308184461
355	NC_014560	TTTTTG	2	12	693116	693127	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
356	NC_014560	AAATAC	2	12	693647	693658	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	308184463
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414	NC_014560	CAAAAA	2	12	841838	841849	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	308184603
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437	NC_014560	TGCATA	2	12	897135	897146	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	308184660
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446	NC_014560	GCTCAA	2	12	912501	912512	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	308184671
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450	NC_014560	GCGTTA	2	12	933684	933695	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	308184696
451	NC_014560	CAATAT	2	12	937234	937245	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	308184699
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455	NC_014560	ATTATA	2	12	941073	941084	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
456	NC_014560	TAGAGC	2	12	943952	943963	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	308184702
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458	NC_014560	ATTGAA	2	12	948501	948512	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
459	NC_014560	GTAATA	2	12	950355	950366	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	308184706
460	NC_014560	TAAGAT	2	12	953434	953445	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	308184706
461	NC_014560	AATATC	2	12	954734	954745	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	308184706
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463	NC_014560	ATATTA	2	12	956793	956804	50 %	50 %	0 %	0 %	308184706
464	NC_014560	TTGATA	2	12	958252	958263	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	308184708
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466	NC_014560	TTGAAA	2	12	959922	959933	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	308184710
467	NC_014560	GCAAAA	2	12	961505	961516	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	308184712
468	NC_014560	GCGTGC	2	12	964380	964391	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	308184716
469	NC_014560	CTTCCA	2	12	974138	974149	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	308184724
470	NC_014560	AGCGTT	2	12	974346	974357	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	308184724
471	NC_014560	AAATTT	2	12	984394	984405	50 %	50 %	0 %	0 %	308184735
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