MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Helicobacter pylori SJM180 chromosome

Total Repeats: 1386

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014560	GATTA	2	10	2248	2257	40 %	40 %	20 %	0 %	308183800
2	NC_014560	CAAAA	2	10	5150	5159	80 %	0 %	0 %	20 %	308183804
3	NC_014560	TTTCT	2	10	8498	8507	0 %	80 %	0 %	20 %	308183808
4	NC_014560	AATTT	2	10	9337	9346	40 %	60 %	0 %	0 %	308183808
5	NC_014560	AAAGG	2	10	10967	10976	60 %	0 %	40 %	0 %	308183810
6	NC_014560	TGCCA	2	10	11967	11976	20 %	20 %	20 %	40 %	308183811
7	NC_014560	TTGAA	2	10	12007	12016	40 %	40 %	20 %	0 %	308183811
8	NC_014560	TTTTG	2	10	12023	12032	0 %	80 %	20 %	0 %	308183811
9	NC_014560	TGGTG	2	10	12859	12868	0 %	40 %	60 %	0 %	308183812
10	NC_014560	GCTTT	2	10	13686	13695	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
11	NC_014560	TGAAA	2	10	21071	21080	60 %	20 %	20 %	0 %	308183819
12	NC_014560	CCATG	2	10	23502	23511	20 %	20 %	20 %	40 %	308183823
13	NC_014560	CTCTT	2	10	23532	23541	0 %	60 %	0 %	40 %	308183823
14	NC_014560	ATGAA	2	10	25478	25487	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_014560	CAAGC	2	10	28254	28263	40 %	0 %	20 %	40 %	308183827
16	NC_014560	TGATT	2	10	28710	28719	20 %	60 %	20 %	0 %	308183827
17	NC_014560	TTTTA	2	10	29180	29189	20 %	80 %	0 %	0 %	308183828
18	NC_014560	GTTTC	2	10	30515	30524	0 %	60 %	20 %	20 %	308183830
19	NC_014560	TCAAA	2	10	31030	31039	60 %	20 %	0 %	20 %	308183830
20	NC_014560	TTTTC	2	10	31200	31209	0 %	80 %	0 %	20 %	308183830
21	NC_014560	TCATA	2	10	31675	31684	40 %	40 %	0 %	20 %	308183830
22	NC_014560	TGATT	2	10	32256	32265	20 %	60 %	20 %	0 %	308183831
23	NC_014560	GTGGG	2	10	34139	34148	0 %	20 %	80 %	0 %	308183833
24	NC_014560	AGCCT	2	10	39565	39574	20 %	20 %	20 %	40 %	308183841
25	NC_014560	AAGCC	2	10	41163	41172	40 %	0 %	20 %	40 %	308183842
26	NC_014560	AGAAA	2	10	42477	42486	80 %	0 %	20 %	0 %	308183843
27	NC_014560	TTACT	2	10	43329	43338	20 %	60 %	0 %	20 %	308183844
28	NC_014560	TAAAA	2	10	45754	45763	80 %	20 %	0 %	0 %	308183847
29	NC_014560	TCCCA	2	10	46766	46775	20 %	20 %	0 %	60 %	308183848
30	NC_014560	GCTCC	2	10	47087	47096	0 %	20 %	20 %	60 %	308183848
31	NC_014560	TCGCA	2	10	47624	47633	20 %	20 %	20 %	40 %	308183848
32	NC_014560	TGATT	2	10	48278	48287	20 %	60 %	20 %	0 %	308183848
33	NC_014560	CAATA	2	10	49192	49201	60 %	20 %	0 %	20 %	308183849
34	NC_014560	AGGCT	2	10	49504	49513	20 %	20 %	40 %	20 %	308183850
35	NC_014560	GATTG	2	10	52143	52152	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_014560	GATAA	2	10	52443	52452	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_014560	AAATA	2	10	53436	53445	80 %	20 %	0 %	0 %	308183852
38	NC_014560	ATATT	2	10	53602	53611	40 %	60 %	0 %	0 %	308183852
39	NC_014560	CCAAA	2	10	53769	53778	60 %	0 %	0 %	40 %	308183853
40	NC_014560	TAAAA	2	10	55820	55829	80 %	20 %	0 %	0 %	308183853
41	NC_014560	ATCAA	2	10	55851	55860	60 %	20 %	0 %	20 %	308183853
42	NC_014560	TGAAA	2	10	56584	56593	60 %	20 %	20 %	0 %	308183854
43	NC_014560	TCAAA	2	10	56838	56847	60 %	20 %	0 %	20 %	308183854
44	NC_014560	CAGCA	2	10	57785	57794	40 %	0 %	20 %	40 %	308183855
45	NC_014560	TCGCC	2	10	59581	59590	0 %	20 %	20 %	60 %	308183855
46	NC_014560	TAAAA	2	10	59877	59886	80 %	20 %	0 %	0 %	308183855
47	NC_014560	TCAAA	2	10	60593	60602	60 %	20 %	0 %	20 %	308183855
48	NC_014560	TTAAA	2	10	61616	61625	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_014560	TATCC	2	10	65501	65510	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
50	NC_014560	TGCGT	2	10	68952	68961	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
51	NC_014560	GACAG	2	10	70765	70774	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
52	NC_014560	GGTGG	2	10	70968	70977	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
53	NC_014560	TCAAT	2	10	74231	74240	40 %	40 %	0 %	20 %	308183867
54	NC_014560	TGCCT	2	10	75151	75160	0 %	40 %	20 %	40 %	308183868
55	NC_014560	TCCAA	2	10	75563	75572	40 %	20 %	0 %	40 %	308183869
56	NC_014560	TTTTA	2	10	78866	78875	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_014560	TTTTG	2	10	78897	78906	0 %	80 %	20 %	0 %	308183872
58	NC_014560	ACGCC	2	10	79203	79212	20 %	0 %	20 %	60 %	308183872
59	NC_014560	AAAGC	2	10	79969	79978	60 %	0 %	20 %	20 %	308183873
60	NC_014560	TTACA	2	10	80751	80760	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_014560	AAAAC	2	10	84456	84465	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_014560	TCTTG	2	10	88144	88153	0 %	60 %	20 %	20 %	308183880
63	NC_014560	TGGCT	2	10	88684	88693	0 %	40 %	40 %	20 %	308183880
64	NC_014560	ATGCC	2	10	89105	89114	20 %	20 %	20 %	40 %	308183881
65	NC_014560	TTGAT	2	10	90190	90199	20 %	60 %	20 %	0 %	308183883
66	NC_014560	GGCGT	2	10	92003	92012	0 %	20 %	60 %	20 %	308183885
67	NC_014560	ATAAA	2	10	95166	95175	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_014560	TAAGA	2	10	95209	95218	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_014560	TAAAA	2	10	95280	95289	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_014560	CTTTC	2	10	95564	95573	0 %	60 %	0 %	40 %	308183887
71	NC_014560	TGATT	2	10	98547	98556	20 %	60 %	20 %	0 %	308183890
72	NC_014560	GGCTT	2	10	99876	99885	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
73	NC_014560	AAATT	2	10	100864	100873	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_014560	ACGAT	2	10	104844	104853	40 %	20 %	20 %	20 %	308183895
75	NC_014560	GAATT	2	10	106685	106694	40 %	40 %	20 %	0 %	308183896
76	NC_014560	TCGTT	2	10	108487	108496	0 %	60 %	20 %	20 %	308183897
77	NC_014560	GTGGG	2	10	108808	108817	0 %	20 %	80 %	0 %	308183898
78	NC_014560	AAAAT	2	10	111058	111067	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_014560	TCTTT	2	10	111775	111784	0 %	80 %	0 %	20 %	308183900
80	NC_014560	AAAGC	2	10	114543	114552	60 %	0 %	20 %	20 %	308183902
81	NC_014560	GAATG	2	10	115775	115784	40 %	20 %	40 %	0 %	308183904
82	NC_014560	CAAAT	2	10	117098	117107	60 %	20 %	0 %	20 %	308183905
83	NC_014560	ACCCT	2	10	118528	118537	20 %	20 %	0 %	60 %	308183906
84	NC_014560	ATGCC	2	10	118660	118669	20 %	20 %	20 %	40 %	308183906
85	NC_014560	ATTTA	2	10	120044	120053	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_014560	TGATT	2	10	120650	120659	20 %	60 %	20 %	0 %	308183908
87	NC_014560	GGATC	2	10	125166	125175	20 %	20 %	40 %	20 %	308183912
88	NC_014560	AAGCC	2	10	127074	127083	40 %	0 %	20 %	40 %	308183913
89	NC_014560	TTGAT	2	10	128982	128991	20 %	60 %	20 %	0 %	308183914
90	NC_014560	TGATC	2	10	129158	129167	20 %	40 %	20 %	20 %	308183914
91	NC_014560	TTTGA	2	10	130226	130235	20 %	60 %	20 %	0 %	308183915
92	NC_014560	GACTT	2	10	130760	130769	20 %	40 %	20 %	20 %	308183915
93	NC_014560	ATCTC	2	10	131511	131520	20 %	40 %	0 %	40 %	308183915
94	NC_014560	TTTGT	2	10	132023	132032	0 %	80 %	20 %	0 %	308183916
95	NC_014560	TGCGT	2	10	134057	134066	0 %	40 %	40 %	20 %	308183918
96	NC_014560	GAAAA	2	10	134218	134227	80 %	0 %	20 %	0 %	308183918
97	NC_014560	GAAAA	2	10	134536	134545	80 %	0 %	20 %	0 %	308183918
98	NC_014560	ATTTT	2	10	137496	137505	20 %	80 %	0 %	0 %	308183924
99	NC_014560	ATGTT	2	10	137578	137587	20 %	60 %	20 %	0 %	308183924
100	NC_014560	AAAAG	2	10	137990	137999	80 %	0 %	20 %	0 %	308183924
101	NC_014560	AAATC	2	10	140269	140278	60 %	20 %	0 %	20 %	308183926
102	NC_014560	AAAAT	2	10	141741	141750	80 %	20 %	0 %	0 %	308183927
103	NC_014560	TTTTC	2	10	144093	144102	0 %	80 %	0 %	20 %	308183932
104	NC_014560	TTCTT	2	10	146049	146058	0 %	80 %	0 %	20 %	308183934
105	NC_014560	TCTTT	2	10	146543	146552	0 %	80 %	0 %	20 %	308183935
106	NC_014560	GTTTT	2	10	147705	147714	0 %	80 %	20 %	0 %	308183936
107	NC_014560	CGTGG	2	10	148224	148233	0 %	20 %	60 %	20 %	308183936
108	NC_014560	GCGAT	2	10	148499	148508	20 %	20 %	40 %	20 %	308183936
109	NC_014560	GCTTG	2	10	148755	148764	0 %	40 %	40 %	20 %	308183936
110	NC_014560	TTTTG	2	10	149414	149423	0 %	80 %	20 %	0 %	308183937
111	NC_014560	TAAAA	2	10	152857	152866	80 %	20 %	0 %	0 %	308183939
112	NC_014560	ACGCC	2	10	154776	154785	20 %	0 %	20 %	60 %	308183940
113	NC_014560	TTATT	2	10	156672	156681	20 %	80 %	0 %	0 %	308183944
114	NC_014560	GCGTT	2	10	157030	157039	0 %	40 %	40 %	20 %	308183946
115	NC_014560	ATTTG	2	10	158007	158016	20 %	60 %	20 %	0 %	308183947
116	NC_014560	GTTTT	2	10	159736	159745	0 %	80 %	20 %	0 %	308183949
117	NC_014560	CAAAT	2	10	159903	159912	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
118	NC_014560	GGGGA	2	10	160728	160737	20 %	0 %	80 %	0 %	308183950
119	NC_014560	AAGCC	2	10	163866	163875	40 %	0 %	20 %	40 %	308183955
120	NC_014560	GTTTT	2	10	165619	165628	0 %	80 %	20 %	0 %	308183956
121	NC_014560	ATTTT	2	10	165904	165913	20 %	80 %	0 %	0 %	308183957
122	NC_014560	GGGTG	2	10	166260	166269	0 %	20 %	80 %	0 %	308183957
123	NC_014560	AAAAT	2	10	167209	167218	80 %	20 %	0 %	0 %	308183958
124	NC_014560	ATTCA	2	10	167416	167425	40 %	40 %	0 %	20 %	308183959
125	NC_014560	CACTT	2	10	167620	167629	20 %	40 %	0 %	40 %	308183959
126	NC_014560	ATCTT	2	10	170814	170823	20 %	60 %	0 %	20 %	308183962
127	NC_014560	TCTTA	2	10	171324	171333	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
128	NC_014560	TAAAA	2	10	171427	171436	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_014560	AAAAC	2	10	171458	171467	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_014560	AGGCT	2	10	176702	176711	20 %	20 %	40 %	20 %	308183969
131	NC_014560	ATATT	2	10	178366	178375	40 %	60 %	0 %	0 %	308183971
132	NC_014560	TTTCC	2	10	178417	178426	0 %	60 %	0 %	40 %	308183971
133	NC_014560	GAATG	2	10	178503	178512	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
134	NC_014560	GCACT	2	10	178895	178904	20 %	20 %	20 %	40 %	308183972
135	NC_014560	ATTTG	2	10	180379	180388	20 %	60 %	20 %	0 %	308183973
136	NC_014560	GGTGA	2	10	181004	181013	20 %	20 %	60 %	0 %	308183974
137	NC_014560	ATGAA	2	10	182135	182144	60 %	20 %	20 %	0 %	308183975
138	NC_014560	TCAAA	2	10	182267	182276	60 %	20 %	0 %	20 %	308183975
139	NC_014560	AAAAG	2	10	182484	182493	80 %	0 %	20 %	0 %	308183975
140	NC_014560	ACCCC	2	10	183109	183118	20 %	0 %	0 %	80 %	308183976
141	NC_014560	TATCT	2	10	183659	183668	20 %	60 %	0 %	20 %	308183977
142	NC_014560	TAAAA	2	10	183755	183764	80 %	20 %	0 %	0 %	308183977
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144	NC_014560	AAATG	2	10	186507	186516	60 %	20 %	20 %	0 %	308183979
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146	NC_014560	AAATA	2	10	188791	188800	80 %	20 %	0 %	0 %	308183981
147	NC_014560	TTTAA	2	10	189156	189165	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_014560	AAAAG	2	10	189937	189946	80 %	0 %	20 %	0 %	308183982
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151	NC_014560	AGAGG	2	10	195670	195679	40 %	0 %	60 %	0 %	308183987
152	NC_014560	TTCAA	2	10	197448	197457	40 %	40 %	0 %	20 %	308183990
153	NC_014560	AATCC	2	10	198124	198133	40 %	20 %	0 %	40 %	308183990
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155	NC_014560	TCATT	2	10	203053	203062	20 %	60 %	0 %	20 %	308183994
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159	NC_014560	TATTT	2	10	208758	208767	20 %	80 %	0 %	0 %	308184002
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162	NC_014560	CTTTT	2	10	210400	210409	0 %	80 %	0 %	20 %	308184005
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164	NC_014560	AAACA	2	10	213872	213881	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
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173	NC_014560	CCACC	2	10	225876	225885	20 %	0 %	0 %	80 %	308184016
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195	NC_014560	AAATT	2	10	257772	257781	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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252	NC_014560	TTATT	2	10	339791	339800	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
253	NC_014560	GCGCT	2	10	341134	341143	0 %	20 %	40 %	40 %	308184127
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260	NC_014560	ATTAA	2	10	347064	347073	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
261	NC_014560	TGAAA	2	10	348791	348800	60 %	20 %	20 %	0 %	308184137
262	NC_014560	AAAAC	2	10	349443	349452	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
263	NC_014560	ATATT	2	10	349728	349737	40 %	60 %	0 %	0 %	308184139
264	NC_014560	TCAAG	2	10	350502	350511	40 %	20 %	20 %	20 %	308184142
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266	NC_014560	AAGTA	2	10	351446	351455	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
267	NC_014560	TGGTG	2	10	351627	351636	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
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402	NC_014560	AAAAC	2	10	502988	502997	80 %	0 %	0 %	20 %	308184287
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441	NC_014560	ATTTG	2	10	555849	555858	20 %	60 %	20 %	0 %	308184334
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443	NC_014560	TGCTA	2	10	556499	556508	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
444	NC_014560	ATTTT	2	10	556533	556542	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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499	NC_014560	ACCAT	2	10	608065	608074	40 %	20 %	0 %	40 %	308184389
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