MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Herbaspirillum seropedicae SmR1 chromosome

Total Repeats: 139543

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
5501	NC_014323	GCC	2	6	216653	216658	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300309546
5502	NC_014323	CCG	3	9	216663	216671	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300309546
5503	NC_014323	CAC	2	6	216706	216711	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	300309546
5504	NC_014323	ACC	2	6	216728	216733	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	300309546
5505	NC_014323	CCGA	2	8	216785	216792	25 %	0 %	25 %	50 %	300309546
5506	NC_014323	TCG	2	6	216845	216850	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300309546
5507	NC_014323	TTC	2	6	216853	216858	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	300309546
5508	NC_014323	GGCG	2	8	216922	216929	0 %	0 %	75 %	25 %	300309546
5509	NC_014323	GCT	3	9	217012	217020	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300309546
5510	NC_014323	GCCG	2	8	217021	217028	0 %	0 %	50 %	50 %	300309546
5511	NC_014323	GCA	2	6	217092	217097	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300309546
5512	NC_014323	GGCG	2	8	217108	217115	0 %	0 %	75 %	25 %	300309546
5513	NC_014323	GTG	2	6	217139	217144	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	300309546
5514	NC_014323	CGGC	2	8	217155	217162	0 %	0 %	50 %	50 %	300309546
5515	NC_014323	GC	3	6	217165	217170	0 %	0 %	50 %	50 %	300309546
5516	NC_014323	GGC	2	6	217237	217242	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300309546
5517	NC_014323	CCA	2	6	217290	217295	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	300309546
5518	NC_014323	CG	3	6	217362	217367	0 %	0 %	50 %	50 %	300309546
5519	NC_014323	GCA	2	6	217407	217412	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300309546
5520	NC_014323	TGG	2	6	217431	217436	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	300309546
5521	NC_014323	AGT	2	6	217464	217469	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	300309547
5522	NC_014323	TCG	3	9	217640	217648	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300309547
5523	NC_014323	CTG	2	6	217660	217665	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300309547
5524	NC_014323	GGC	2	6	217698	217703	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300309547
5525	NC_014323	GC	3	6	217729	217734	0 %	0 %	50 %	50 %	300309547
5526	NC_014323	GGC	2	6	217801	217806	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300309547
5527	NC_014323	GTT	2	6	217822	217827	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	300309547
5528	NC_014323	GC	3	6	217983	217988	0 %	0 %	50 %	50 %	300309547
5529	NC_014323	TGA	2	6	218004	218009	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	300309547
5530	NC_014323	GATGCG	2	12	218347	218358	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	300309547
5531	NC_014323	GCCA	2	8	218378	218385	25 %	0 %	25 %	50 %	300309547
5532	NC_014323	TGA	2	6	218421	218426	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	300309547
5533	NC_014323	TGG	2	6	218478	218483	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	300309547
5534	NC_014323	TGT	2	6	218633	218638	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	300309547
5535	NC_014323	GCC	2	6	218676	218681	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300309548
5536	NC_014323	GC	3	6	218699	218704	0 %	0 %	50 %	50 %	300309548
5537	NC_014323	GCC	2	6	218706	218711	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300309548
5538	NC_014323	GCC	2	6	218715	218720	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300309548
5539	NC_014323	TCC	2	6	218748	218753	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	300309548
5540	NC_014323	CGGCGC	2	12	218758	218769	0 %	0 %	50 %	50 %	300309548
5541	NC_014323	GC	3	6	218800	218805	0 %	0 %	50 %	50 %	300309548
5542	NC_014323	CCA	2	6	218821	218826	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	300309548
5543	NC_014323	CGCC	2	8	218830	218837	0 %	0 %	25 %	75 %	300309548
5544	NC_014323	GCG	3	9	218853	218861	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300309548
5545	NC_014323	CAT	2	6	218921	218926	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	300309548
5546	NC_014323	GCGTTC	2	12	219002	219013	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300309548
5547	NC_014323	GCG	2	6	219028	219033	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300309548
5548	NC_014323	TGT	2	6	219082	219087	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	300309548
5549	NC_014323	GAA	2	6	219090	219095	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	300309548
5550	NC_014323	AGT	2	6	219135	219140	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5551	NC_014323	TGT	2	6	219252	219257	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	300309549
5552	NC_014323	GTA	2	6	219322	219327	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	300309549
5553	NC_014323	GCG	2	6	219335	219340	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300309549
5554	NC_014323	CGC	2	6	219372	219377	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300309549
5555	NC_014323	CAC	2	6	219581	219586	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	300309549
5556	NC_014323	GC	3	6	219591	219596	0 %	0 %	50 %	50 %	300309549
5557	NC_014323	TGC	2	6	219630	219635	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300309549
5558	NC_014323	TG	3	6	219658	219663	0 %	50 %	50 %	0 %	300309549
5559	NC_014323	TGA	2	6	219675	219680	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	300309549
5560	NC_014323	CCA	2	6	219690	219695	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	300309549
5561	NC_014323	AGGA	2	8	219767	219774	50 %	0 %	50 %	0 %	300309549
5562	NC_014323	CCG	2	6	219879	219884	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300309549
5563	NC_014323	CGA	2	6	219894	219899	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300309549
5564	NC_014323	CAC	2	6	219940	219945	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	300309549
5565	NC_014323	GATGCG	2	12	220018	220029	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	300309550
5566	NC_014323	TGA	2	6	220092	220097	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	300309550
5567	NC_014323	TGG	2	6	220149	220154	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	300309550
5568	NC_014323	CGA	2	6	220212	220217	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300309550
5569	NC_014323	TTG	2	6	220250	220255	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5570	NC_014323	CCA	2	6	220257	220262	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
5571	NC_014323	GTT	3	9	220302	220310	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5572	NC_014323	CA	3	6	220369	220374	50 %	0 %	0 %	50 %	300309551
5573	NC_014323	GC	3	6	220377	220382	0 %	0 %	50 %	50 %	300309551
5574	NC_014323	GCT	2	6	220400	220405	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300309551
5575	NC_014323	AGC	2	6	220488	220493	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300309551
5576	NC_014323	CGCTCG	2	12	220668	220679	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	300309551
5577	NC_014323	GCG	2	6	220694	220699	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300309551
5578	NC_014323	CCG	2	6	220713	220718	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300309551
5579	NC_014323	GGGTGA	2	12	220738	220749	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	300309551
5580	NC_014323	CTGG	2	8	220763	220770	0 %	25 %	50 %	25 %	300309551
5581	NC_014323	GGC	2	6	220786	220791	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300309551
5582	NC_014323	TGG	2	6	220804	220809	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	300309551
5583	NC_014323	ATG	2	6	220821	220826	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	300309551
5584	NC_014323	GCA	2	6	220872	220877	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300309552
5585	NC_014323	CGG	2	6	220878	220883	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300309552
5586	NC_014323	GAC	2	6	220911	220916	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300309552
5587	NC_014323	CCGC	2	8	220932	220939	0 %	0 %	25 %	75 %	300309552
5588	NC_014323	GCC	2	6	220946	220951	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300309552
5589	NC_014323	GCA	2	6	220956	220961	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300309552
5590	NC_014323	CG	5	10	221001	221010	0 %	0 %	50 %	50 %	300309552
5591	NC_014323	GC	3	6	221020	221025	0 %	0 %	50 %	50 %	300309552
5592	NC_014323	GCA	2	6	221049	221054	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300309552
5593	NC_014323	GC	3	6	221063	221068	0 %	0 %	50 %	50 %	300309552
5594	NC_014323	AGC	2	6	221102	221107	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300309552
5595	NC_014323	GCGG	2	8	221135	221142	0 %	0 %	75 %	25 %	300309552
5596	NC_014323	CCA	2	6	221152	221157	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	300309552
5597	NC_014323	GGC	2	6	221166	221171	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300309552
5598	NC_014323	AGC	2	6	221252	221257	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300309552
5599	NC_014323	CAG	2	6	221317	221322	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300309552
5600	NC_014323	CAGCAC	2	12	221380	221391	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	300309552
5601	NC_014323	GA	3	6	221393	221398	50 %	0 %	50 %	0 %	300309552
5602	NC_014323	GCG	2	6	221405	221410	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300309552
5603	NC_014323	GC	4	8	221413	221420	0 %	0 %	50 %	50 %	300309552
5604	NC_014323	GA	3	6	221444	221449	50 %	0 %	50 %	0 %	300309552
5605	NC_014323	GCG	3	9	221460	221468	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300309552
5606	NC_014323	AGC	2	6	221471	221476	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300309552
5607	NC_014323	GGT	2	6	221581	221586	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	300309553
5608	NC_014323	CAG	2	6	221593	221598	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300309553
5609	NC_014323	CGCC	2	8	221613	221620	0 %	0 %	25 %	75 %	300309553
5610	NC_014323	GCTG	2	8	221640	221647	0 %	25 %	50 %	25 %	300309553
5611	NC_014323	CAC	2	6	221650	221655	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	300309553
5612	NC_014323	CGG	2	6	221697	221702	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300309553
5613	NC_014323	GGC	2	6	221725	221730	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300309553
5614	NC_014323	GC	3	6	221762	221767	0 %	0 %	50 %	50 %	300309553
5615	NC_014323	GGTC	2	8	221808	221815	0 %	25 %	50 %	25 %	300309553
5616	NC_014323	GGC	2	6	221842	221847	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300309553
5617	NC_014323	CGG	2	6	221853	221858	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300309553
5618	NC_014323	GCA	3	9	221901	221909	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300309553
5619	NC_014323	CGGG	2	8	221916	221923	0 %	0 %	75 %	25 %	300309553
5620	NC_014323	TGG	2	6	221931	221936	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	300309553
5621	NC_014323	GC	3	6	221967	221972	0 %	0 %	50 %	50 %	300309553
5622	NC_014323	GGC	2	6	222040	222045	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300309553
5623	NC_014323	TCG	2	6	222092	222097	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300309553
5624	NC_014323	TCT	2	6	222098	222103	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	300309553
5625	NC_014323	GCC	2	6	222112	222117	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300309553
5626	NC_014323	GTG	2	6	222122	222127	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	300309553
5627	NC_014323	CGGCCA	2	12	222144	222155	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	300309553
5628	NC_014323	GC	3	6	222156	222161	0 %	0 %	50 %	50 %	300309553
5629	NC_014323	TGC	2	6	222249	222254	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300309553
5630	NC_014323	CGG	2	6	222261	222266	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300309553
5631	NC_014323	CGC	2	6	222303	222308	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300309553
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5637	NC_014323	CAG	2	6	222532	222537	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300309553
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5639	NC_014323	GGTG	2	8	222689	222696	0 %	25 %	75 %	0 %	300309554
5640	NC_014323	GC	4	8	222849	222856	0 %	0 %	50 %	50 %	300309554
5641	NC_014323	GAT	2	6	222939	222944	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	300309554
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5643	NC_014323	GAA	2	6	223050	223055	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	300309554
5644	NC_014323	GGA	2	6	223070	223075	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	300309554
5645	NC_014323	GC	3	6	223109	223114	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
5646	NC_014323	GC	3	6	223150	223155	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
5647	NC_014323	GCC	2	6	223184	223189	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300309555
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5650	NC_014323	GCC	3	9	223265	223273	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300309555
5651	NC_014323	GCC	2	6	223286	223291	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300309555
5652	NC_014323	AGC	2	6	223353	223358	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300309555
5653	NC_014323	GCT	2	6	223436	223441	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300309555
5654	NC_014323	GCC	2	6	223460	223465	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300309555
5655	NC_014323	GCG	3	9	223507	223515	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300309555
5656	NC_014323	CGA	2	6	223520	223525	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300309555
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5658	NC_014323	CATC	2	8	223564	223571	25 %	25 %	0 %	50 %	300309555
5659	NC_014323	AGGC	2	8	223572	223579	25 %	0 %	50 %	25 %	300309555
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5664	NC_014323	GCT	2	6	223801	223806	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300309556
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5667	NC_014323	CTGGT	2	10	223940	223949	0 %	40 %	40 %	20 %	300309556
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5688	NC_014323	CAG	2	6	224689	224694	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300309556
5689	NC_014323	CGC	2	6	224723	224728	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300309556
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5740	NC_014323	GCG	2	6	226477	226482	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300309559
5741	NC_014323	G	6	6	226495	226500	0 %	0 %	100 %	0 %	300309559
5742	NC_014323	TCG	2	6	226505	226510	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300309559
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5744	NC_014323	ACC	2	6	226601	226606	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	300309559
5745	NC_014323	TGG	2	6	226617	226622	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	300309559
5746	NC_014323	GCA	2	6	226686	226691	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300309559
5747	NC_014323	GGT	2	6	226744	226749	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	300309559
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5749	NC_014323	GCT	2	6	226840	226845	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300309559
5750	NC_014323	TGC	2	6	226878	226883	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300309559
5751	NC_014323	CAGC	2	8	226890	226897	25 %	0 %	25 %	50 %	300309559
5752	NC_014323	GCT	2	6	226989	226994	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300309559
5753	NC_014323	GGCC	2	8	227121	227128	0 %	0 %	50 %	50 %	300309559
5754	NC_014323	CAG	2	6	227152	227157	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300309559
5755	NC_014323	GC	3	6	227180	227185	0 %	0 %	50 %	50 %	300309559
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5759	NC_014323	GC	3	6	227278	227283	0 %	0 %	50 %	50 %	300309559
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5767	NC_014323	GCA	2	6	227520	227525	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300309559
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5777	NC_014323	CAGGT	2	10	227953	227962	20 %	20 %	40 %	20 %	300309559
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5779	NC_014323	CTT	2	6	227986	227991	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	300309560
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5783	NC_014323	GC	3	6	228052	228057	0 %	0 %	50 %	50 %	300309560
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5789	NC_014323	CAG	2	6	228171	228176	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300309560
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5792	NC_014323	CTC	2	6	228325	228330	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	300309560
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5794	NC_014323	GTG	2	6	228419	228424	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5795	NC_014323	GCC	2	6	228550	228555	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300309561
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5799	NC_014323	CG	3	6	228717	228722	0 %	0 %	50 %	50 %	300309561
5800	NC_014323	GAAG	2	8	228778	228785	50 %	0 %	50 %	0 %	300309561
5801	NC_014323	AGG	2	6	228914	228919	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	300309561
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5805	NC_014323	GGC	2	6	229089	229094	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300309562
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5837	NC_014323	GC	3	6	230607	230612	0 %	0 %	50 %	50 %	300309563
5838	NC_014323	GGAA	2	8	230703	230710	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
5839	NC_014323	GCA	2	6	230757	230762	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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5856	NC_014323	TCG	2	6	231626	231631	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300309564
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5859	NC_014323	A	6	6	231745	231750	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5860	NC_014323	TC	3	6	231799	231804	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
5861	NC_014323	GAT	2	6	231805	231810	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	300309565
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5863	NC_014323	GCG	2	6	231838	231843	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300309565
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5865	NC_014323	ATC	2	6	231985	231990	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	300309565
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5985	NC_014323	TGGCG	2	10	236454	236463	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
5986	NC_014323	CGA	2	6	236509	236514	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300309571
5987	NC_014323	TTG	2	6	236516	236521	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	300309571
5988	NC_014323	GCT	2	6	236581	236586	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300309571
5989	NC_014323	GTG	2	6	236717	236722	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	300309571
5990	NC_014323	GC	3	6	236728	236733	0 %	0 %	50 %	50 %	300309571
5991	NC_014323	TCGG	2	8	236804	236811	0 %	25 %	50 %	25 %	300309571
5992	NC_014323	CGG	2	6	236869	236874	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300309571
5993	NC_014323	CTG	2	6	236935	236940	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300309572
5994	NC_014323	GCT	2	6	236949	236954	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300309572
5995	NC_014323	CCCAGG	2	12	236996	237007	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	300309572
5996	NC_014323	GCA	2	6	237036	237041	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300309572
5997	NC_014323	GCA	2	6	237125	237130	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300309572
5998	NC_014323	CGG	2	6	237138	237143	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300309572
5999	NC_014323	GGC	2	6	237146	237151	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300309572
6000	NC_014323	CTG	2	6	237196	237201	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300309572

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