MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Halalkalicoccus jeotgali B3 plasmid 4

Total Repeats: 111

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014301	AAGT	2	8	87	94	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_014301	CTCG	2	8	223	230	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
3	NC_014301	AAGG	2	8	589	596	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_014301	AGCG	2	8	1486	1493	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
5	NC_014301	ACCA	2	8	1775	1782	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
6	NC_014301	GATA	2	8	1827	1834	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
7	NC_014301	AGTG	2	8	1923	1930	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_014301	ACTC	2	8	2157	2164	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
9	NC_014301	ATCA	2	8	2503	2510	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_014301	AGAC	2	8	2849	2856	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
11	NC_014301	CGTT	2	8	2915	2922	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
12	NC_014301	CGAA	2	8	3337	3344	50 %	0 %	25 %	25 %	299883434
13	NC_014301	ACAA	2	8	3464	3471	75 %	0 %	0 %	25 %	299883434
14	NC_014301	GTCA	2	8	3738	3745	25 %	25 %	25 %	25 %	299883434
15	NC_014301	TCGA	2	8	3791	3798	25 %	25 %	25 %	25 %	299883434
16	NC_014301	TGCG	2	8	4353	4360	0 %	25 %	50 %	25 %	299883434
17	NC_014301	AGAT	2	8	4512	4519	50 %	25 %	25 %	0 %	299883434
18	NC_014301	GATC	2	8	4876	4883	25 %	25 %	25 %	25 %	299883434
19	NC_014301	CCGA	2	8	5098	5105	25 %	0 %	25 %	50 %	299883434
20	NC_014301	AGGT	2	8	5259	5266	25 %	25 %	50 %	0 %	299883434
21	NC_014301	TCGA	2	8	5347	5354	25 %	25 %	25 %	25 %	299883434
22	NC_014301	AGTC	2	8	6190	6197	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_014301	AGTT	2	8	6236	6243	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_014301	GAAT	2	8	6482	6489	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_014301	CGGT	2	8	7818	7825	0 %	25 %	50 %	25 %	299883436
26	NC_014301	CGTC	2	8	7886	7893	0 %	25 %	25 %	50 %	299883436
27	NC_014301	TCTA	2	8	8235	8242	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
28	NC_014301	TACT	2	8	8243	8250	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_014301	TGTA	2	8	8292	8299	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_014301	TCCA	2	8	8520	8527	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
31	NC_014301	GCAC	2	8	9563	9570	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
32	NC_014301	GTGC	2	8	10217	10224	0 %	25 %	50 %	25 %	299883441
33	NC_014301	TTGA	2	8	10975	10982	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_014301	GGGT	2	8	11387	11394	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
35	NC_014301	GTTT	2	8	11403	11410	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_014301	AACG	2	8	12182	12189	50 %	0 %	25 %	25 %	299883443
37	NC_014301	TCCC	2	8	12631	12638	0 %	25 %	0 %	75 %	299883444
38	NC_014301	GTGG	2	8	13454	13461	0 %	25 %	75 %	0 %	299883444
39	NC_014301	TTTG	2	8	14163	14170	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_014301	TCGG	2	8	14401	14408	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
41	NC_014301	TCGA	2	8	14618	14625	25 %	25 %	25 %	25 %	299883446
42	NC_014301	GCTC	2	8	15849	15856	0 %	25 %	25 %	50 %	299883447
43	NC_014301	ACGA	2	8	16263	16270	50 %	0 %	25 %	25 %	299883448
44	NC_014301	CGAA	2	8	18168	18175	50 %	0 %	25 %	25 %	299883448
45	NC_014301	AGCG	2	8	18257	18264	25 %	0 %	50 %	25 %	299883448
46	NC_014301	CTTG	2	8	18755	18762	0 %	50 %	25 %	25 %	299883448
47	NC_014301	TTGA	2	8	18780	18787	25 %	50 %	25 %	0 %	299883448
48	NC_014301	CGGA	2	8	18900	18907	25 %	0 %	50 %	25 %	299883448
49	NC_014301	TCGC	2	8	18997	19004	0 %	25 %	25 %	50 %	299883448
50	NC_014301	AAAT	2	8	20090	20097	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_014301	GCGA	2	8	20667	20674	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
52	NC_014301	CGAG	3	12	20728	20739	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
53	NC_014301	GTGA	2	8	20795	20802	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_014301	CGAG	2	8	21254	21261	25 %	0 %	50 %	25 %	299883449
55	NC_014301	TTCA	2	8	21604	21611	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_014301	CGGA	2	8	21972	21979	25 %	0 %	50 %	25 %	299883450
57	NC_014301	TGAC	2	8	22385	22392	25 %	25 %	25 %	25 %	299883450
58	NC_014301	GCCG	2	8	22635	22642	0 %	0 %	50 %	50 %	299883451
59	NC_014301	AAGC	2	8	22875	22882	50 %	0 %	25 %	25 %	299883451
60	NC_014301	GTCG	2	8	23969	23976	0 %	25 %	50 %	25 %	299883452
61	NC_014301	CGTT	2	8	25588	25595	0 %	50 %	25 %	25 %	299883454
62	NC_014301	GTCG	2	8	25715	25722	0 %	25 %	50 %	25 %	299883454
63	NC_014301	TTGA	2	8	26368	26375	25 %	50 %	25 %	0 %	299883455
64	NC_014301	AGCC	2	8	27253	27260	25 %	0 %	25 %	50 %	299883455
65	NC_014301	GCGA	2	8	27387	27394	25 %	0 %	50 %	25 %	299883455
66	NC_014301	CTCG	2	8	27429	27436	0 %	25 %	25 %	50 %	299883455
67	NC_014301	GACG	2	8	27471	27478	25 %	0 %	50 %	25 %	299883455
68	NC_014301	TGCG	2	8	27576	27583	0 %	25 %	50 %	25 %	299883455
69	NC_014301	CCGA	2	8	27663	27670	25 %	0 %	25 %	50 %	299883455
70	NC_014301	ATTC	2	8	27683	27690	25 %	50 %	0 %	25 %	299883455
71	NC_014301	AGTC	2	8	28023	28030	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
72	NC_014301	GTTG	2	8	28037	28044	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
73	NC_014301	TTGG	2	8	28155	28162	0 %	50 %	50 %	0 %	299883456
74	NC_014301	TGAA	2	8	28762	28769	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
75	NC_014301	TGCC	2	8	28793	28800	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
76	NC_014301	ATTC	2	8	28819	28826	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_014301	CGCT	2	8	29408	29415	0 %	25 %	25 %	50 %	299883457
78	NC_014301	GCCG	2	8	29481	29488	0 %	0 %	50 %	50 %	299883457
79	NC_014301	CGAT	2	8	30612	30619	25 %	25 %	25 %	25 %	299883458
80	NC_014301	TCTG	3	12	31598	31609	0 %	50 %	25 %	25 %	299883459
81	NC_014301	GACC	2	8	33001	33008	25 %	0 %	25 %	50 %	299883460
82	NC_014301	GGTC	2	8	34477	34484	0 %	25 %	50 %	25 %	299883461
83	NC_014301	TTTG	2	8	34597	34604	0 %	75 %	25 %	0 %	299883461
84	NC_014301	CGAT	2	8	34736	34743	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
85	NC_014301	GTTC	2	8	34761	34768	0 %	50 %	25 %	25 %	299883462
86	NC_014301	GTCC	2	8	35098	35105	0 %	25 %	25 %	50 %	299883462
87	NC_014301	TGGA	2	8	35540	35547	25 %	25 %	50 %	0 %	299883463
88	NC_014301	ACCC	2	8	35655	35662	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
89	NC_014301	AAGT	2	8	35766	35773	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_014301	TGTT	2	8	35911	35918	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
91	NC_014301	TTTC	2	8	36128	36135	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
92	NC_014301	CATT	2	8	36586	36593	25 %	50 %	0 %	25 %	299883464
93	NC_014301	GGAG	2	8	36949	36956	25 %	0 %	75 %	0 %	299883464
94	NC_014301	AGCA	2	8	36981	36988	50 %	0 %	25 %	25 %	299883464
95	NC_014301	ATCT	2	8	37380	37387	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
96	NC_014301	ATCC	2	8	38299	38306	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
97	NC_014301	ATAG	2	8	38505	38512	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
98	NC_014301	CATA	2	8	38513	38520	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
99	NC_014301	TAAT	2	8	38976	38983	50 %	50 %	0 %	0 %	299883466
100	NC_014301	GAGT	2	8	41265	41272	25 %	25 %	50 %	0 %	299883470
101	NC_014301	CAAA	2	8	41358	41365	75 %	0 %	0 %	25 %	299883470
102	NC_014301	TCGG	2	8	41598	41605	0 %	25 %	50 %	25 %	299883471
103	NC_014301	CGCC	2	8	41972	41979	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
104	NC_014301	GAAC	2	8	42378	42385	50 %	0 %	25 %	25 %	299883472
105	NC_014301	GGTG	2	8	42463	42470	0 %	25 %	75 %	0 %	299883472
106	NC_014301	AGAC	2	8	43125	43132	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
107	NC_014301	GCAA	2	8	43310	43317	50 %	0 %	25 %	25 %	299883473
108	NC_014301	CGGA	2	8	43320	43327	25 %	0 %	50 %	25 %	299883473
109	NC_014301	CGAA	2	8	43521	43528	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
110	NC_014301	ATCT	2	8	44331	44338	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
111	NC_014301	ACTC	2	8	44431	44438	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.