MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Halalkalicoccus jeotgali B3 plasmid 1

Total Repeats: 267

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014298	GAGAG	2	10	3569	3578	40 %	0 %	60 %	0 %	300712409
2	NC_014298	CGTCG	2	10	3619	3628	0 %	20 %	40 %	40 %	300712409
3	NC_014298	ACAGT	2	10	4635	4644	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_014298	AGTGC	2	10	5827	5836	20 %	20 %	40 %	20 %	300712413
5	NC_014298	CATCG	2	10	6075	6084	20 %	20 %	20 %	40 %	300712413
6	NC_014298	CAGAC	2	10	7056	7065	40 %	0 %	20 %	40 %	300712414
7	NC_014298	GCCGG	2	10	10180	10189	0 %	0 %	60 %	40 %	300712416
8	NC_014298	GTCCG	2	10	10621	10630	0 %	20 %	40 %	40 %	300712417
9	NC_014298	TCCGG	2	10	11488	11497	0 %	20 %	40 %	40 %	300712417
10	NC_014298	GCTCG	2	10	14364	14373	0 %	20 %	40 %	40 %	300712422
11	NC_014298	AGAGG	2	10	15349	15358	40 %	0 %	60 %	0 %	300712422
12	NC_014298	CTCGC	2	10	16135	16144	0 %	20 %	20 %	60 %	300712422
13	NC_014298	GTCCA	2	10	16634	16643	20 %	20 %	20 %	40 %	300712423
14	NC_014298	GGATT	2	10	16863	16872	20 %	40 %	40 %	0 %	300712424
15	NC_014298	CCATC	2	10	17297	17306	20 %	20 %	0 %	60 %	300712424
16	NC_014298	GGCGA	2	10	20002	20011	20 %	0 %	60 %	20 %	300712427
17	NC_014298	TAGGG	2	10	23589	23598	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
18	NC_014298	GGTGA	2	10	23681	23690	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
19	NC_014298	TCGCG	2	10	24217	24226	0 %	20 %	40 %	40 %	300712431
20	NC_014298	ACAAT	2	10	24937	24946	60 %	20 %	0 %	20 %	300712431
21	NC_014298	CGGTT	2	10	25451	25460	0 %	40 %	40 %	20 %	300712432
22	NC_014298	TCGCT	2	10	26237	26246	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
23	NC_014298	CCGAA	2	10	33683	33692	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
24	NC_014298	GGGGA	2	10	33731	33740	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
25	NC_014298	CCATA	2	10	35838	35847	40 %	20 %	0 %	40 %	300712444
26	NC_014298	CGTCG	2	10	36246	36255	0 %	20 %	40 %	40 %	300712445
27	NC_014298	TTCGG	2	10	37550	37559	0 %	40 %	40 %	20 %	300712447
28	NC_014298	ACTCG	2	10	37612	37621	20 %	20 %	20 %	40 %	300712447
29	NC_014298	CAATT	2	10	38042	38051	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_014298	CATTC	2	10	39545	39554	20 %	40 %	0 %	40 %	300712449
31	NC_014298	CGGAC	2	10	39620	39629	20 %	0 %	40 %	40 %	300712449
32	NC_014298	CAGTA	2	10	40037	40046	40 %	20 %	20 %	20 %	300712449
33	NC_014298	GTCTC	2	10	41142	41151	0 %	40 %	20 %	40 %	300712450
34	NC_014298	ACTCG	2	10	42730	42739	20 %	20 %	20 %	40 %	300712452
35	NC_014298	CGAAA	2	10	43595	43604	60 %	0 %	20 %	20 %	300712452
36	NC_014298	GTCGT	2	10	44534	44543	0 %	40 %	40 %	20 %	300712453
37	NC_014298	TGGTC	2	10	44646	44655	0 %	40 %	40 %	20 %	300712453
38	NC_014298	CGCAA	2	10	46735	46744	40 %	0 %	20 %	40 %	300712456
39	NC_014298	GCTCG	2	10	46887	46896	0 %	20 %	40 %	40 %	300712457
40	NC_014298	CGATC	2	10	48522	48531	20 %	20 %	20 %	40 %	300712459
41	NC_014298	CCGTC	2	10	49188	49197	0 %	20 %	20 %	60 %	300712461
42	NC_014298	TCGAT	2	10	50251	50260	20 %	40 %	20 %	20 %	300712462
43	NC_014298	TCGAG	2	10	51759	51768	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
44	NC_014298	GATCA	2	10	52007	52016	40 %	20 %	20 %	20 %	300712465
45	NC_014298	TGGCG	2	10	52691	52700	0 %	20 %	60 %	20 %	300712465
46	NC_014298	GTTCA	2	10	55720	55729	20 %	40 %	20 %	20 %	300712467
47	NC_014298	CGGTC	2	10	59572	59581	0 %	20 %	40 %	40 %	300712472
48	NC_014298	TACGG	2	10	63022	63031	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
49	NC_014298	CGGAG	2	10	63122	63131	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
50	NC_014298	ACGCA	2	10	64133	64142	40 %	0 %	20 %	40 %	300712478
51	NC_014298	CCTAC	2	10	67815	67824	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
52	NC_014298	AGACG	2	10	70966	70975	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
53	NC_014298	GTGCG	2	10	72269	72278	0 %	20 %	60 %	20 %	300712488
54	NC_014298	AACTC	2	10	73260	73269	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
55	NC_014298	CGAAA	2	10	77120	77129	60 %	0 %	20 %	20 %	300712494
56	NC_014298	CATCG	2	10	77207	77216	20 %	20 %	20 %	40 %	300712494
57	NC_014298	CCCTT	2	10	80407	80416	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
58	NC_014298	GTTCG	2	10	82549	82558	0 %	40 %	40 %	20 %	300712497
59	NC_014298	GAACC	2	10	83439	83448	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
60	NC_014298	CTCGT	2	10	85599	85608	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
61	NC_014298	TGAAC	2	10	85878	85887	40 %	20 %	20 %	20 %	300712501
62	NC_014298	TTCGA	2	10	88321	88330	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
63	NC_014298	ACTGT	2	10	89570	89579	20 %	40 %	20 %	20 %	300712505
64	NC_014298	CGACT	2	10	90793	90802	20 %	20 %	20 %	40 %	300712506
65	NC_014298	GAACT	2	10	91865	91874	40 %	20 %	20 %	20 %	300712507
66	NC_014298	CTCGA	2	10	92950	92959	20 %	20 %	20 %	40 %	300712507
67	NC_014298	CGGCG	2	10	94135	94144	0 %	0 %	60 %	40 %	300712508
68	NC_014298	CACGT	2	10	95448	95457	20 %	20 %	20 %	40 %	300712510
69	NC_014298	TCGAT	2	10	95982	95991	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_014298	AACGC	2	10	99082	99091	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
71	NC_014298	TACGG	2	10	99302	99311	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
72	NC_014298	TCGTC	2	10	100294	100303	0 %	40 %	20 %	40 %	300712515
73	NC_014298	AGCCG	2	10	100657	100666	20 %	0 %	40 %	40 %	300712515
74	NC_014298	AGTCG	2	10	101864	101873	20 %	20 %	40 %	20 %	300712516
75	NC_014298	GACGG	2	10	103781	103790	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
76	NC_014298	CCGTC	2	10	104693	104702	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
77	NC_014298	CGAGA	2	10	105409	105418	40 %	0 %	40 %	20 %	300712518
78	NC_014298	ACGGC	2	10	105741	105750	20 %	0 %	40 %	40 %	300712518
79	NC_014298	GAGCA	2	10	105896	105905	40 %	0 %	40 %	20 %	300712518
80	NC_014298	CAGTG	2	10	107310	107319	20 %	20 %	40 %	20 %	300712520
81	NC_014298	GAACG	2	10	109098	109107	40 %	0 %	40 %	20 %	300712522
82	NC_014298	CCGTT	2	10	110766	110775	0 %	40 %	20 %	40 %	300712523
83	NC_014298	CGGCA	2	10	112052	112061	20 %	0 %	40 %	40 %	300712525
84	NC_014298	ACACC	2	10	112281	112290	40 %	0 %	0 %	60 %	300712525
85	NC_014298	TGAGA	2	10	113440	113449	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
86	NC_014298	GGGCA	2	10	116423	116432	20 %	0 %	60 %	20 %	300712529
87	NC_014298	GGTCT	2	10	116591	116600	0 %	40 %	40 %	20 %	300712529
88	NC_014298	GGCGA	2	10	119475	119484	20 %	0 %	60 %	20 %	300712532
89	NC_014298	GTCCG	2	10	120429	120438	0 %	20 %	40 %	40 %	300712533
90	NC_014298	TCGCG	2	10	121822	121831	0 %	20 %	40 %	40 %	300712535
91	NC_014298	TCGCC	2	10	121875	121884	0 %	20 %	20 %	60 %	300712535
92	NC_014298	GCGCC	2	10	122897	122906	0 %	0 %	40 %	60 %	300712536
93	NC_014298	TTCGG	2	10	126141	126150	0 %	40 %	40 %	20 %	300712539
94	NC_014298	CGATC	2	10	127460	127469	20 %	20 %	20 %	40 %	300712542
95	NC_014298	CGCTT	2	10	128591	128600	0 %	40 %	20 %	40 %	300712542
96	NC_014298	CCGTC	2	10	129112	129121	0 %	20 %	20 %	60 %	300712543
97	NC_014298	TCGAT	2	10	130292	130301	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
98	NC_014298	TGGTC	2	10	132770	132779	0 %	40 %	40 %	20 %	300712546
99	NC_014298	AGATC	2	10	134069	134078	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_014298	TTCCG	2	10	136090	136099	0 %	40 %	20 %	40 %	300712548
101	NC_014298	TCTTT	2	10	137057	137066	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_014298	CGGAA	2	10	137402	137411	40 %	0 %	40 %	20 %	300712550
103	NC_014298	ATCAT	2	10	137932	137941	40 %	40 %	0 %	20 %	300712550
104	NC_014298	ATCGA	2	10	138054	138063	40 %	20 %	20 %	20 %	300712550
105	NC_014298	ACGAT	2	10	138394	138403	40 %	20 %	20 %	20 %	300712550
106	NC_014298	GAGTG	2	10	138485	138494	20 %	20 %	60 %	0 %	300712550
107	NC_014298	TTTTC	2	10	139526	139535	0 %	80 %	0 %	20 %	300712552
108	NC_014298	CATCG	2	10	139603	139612	20 %	20 %	20 %	40 %	300712552
109	NC_014298	GTCGG	2	10	139877	139886	0 %	20 %	60 %	20 %	300712552
110	NC_014298	TATGC	2	10	140990	140999	20 %	40 %	20 %	20 %	300712553
111	NC_014298	GAGAT	2	10	141051	141060	40 %	20 %	40 %	0 %	300712553
112	NC_014298	TTTTC	2	10	141730	141739	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_014298	GTTCC	2	10	142399	142408	0 %	40 %	20 %	40 %	300712554
114	NC_014298	TGGAA	2	10	142503	142512	40 %	20 %	40 %	0 %	300712554
115	NC_014298	TCTCG	2	10	142797	142806	0 %	40 %	20 %	40 %	300712554
116	NC_014298	GCGGT	2	10	143093	143102	0 %	20 %	60 %	20 %	300712554
117	NC_014298	CGGGT	2	10	144463	144472	0 %	20 %	60 %	20 %	300712555
118	NC_014298	ATCGC	2	10	146363	146372	20 %	20 %	20 %	40 %	300712556
119	NC_014298	GATCG	2	10	146940	146949	20 %	20 %	40 %	20 %	300712556
120	NC_014298	GCTCG	2	10	146994	147003	0 %	20 %	40 %	40 %	300712556
121	NC_014298	GGATG	2	10	147670	147679	20 %	20 %	60 %	0 %	300712557
122	NC_014298	GAGAT	2	10	148714	148723	40 %	20 %	40 %	0 %	300712558
123	NC_014298	TATTG	2	10	149261	149270	20 %	60 %	20 %	0 %	300712559
124	NC_014298	TTTGC	2	10	151224	151233	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
125	NC_014298	GGAGA	2	10	152015	152024	40 %	0 %	60 %	0 %	300712561
126	NC_014298	TCCGA	2	10	152045	152054	20 %	20 %	20 %	40 %	300712561
127	NC_014298	GCTGG	2	10	154447	154456	0 %	20 %	60 %	20 %	300712562
128	NC_014298	GATCA	2	10	155020	155029	40 %	20 %	20 %	20 %	300712563
129	NC_014298	GTGAC	2	10	158090	158099	20 %	20 %	40 %	20 %	300712566
130	NC_014298	CCTTC	2	10	158275	158284	0 %	40 %	0 %	60 %	300712566
131	NC_014298	CGCTC	2	10	158640	158649	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
132	NC_014298	GATGG	2	10	158843	158852	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
133	NC_014298	GCCCG	2	10	159976	159985	0 %	0 %	40 %	60 %	300712567
134	NC_014298	TTTGT	2	10	163459	163468	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_014298	TCGTT	2	10	163663	163672	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
136	NC_014298	GAACG	2	10	165996	166005	40 %	0 %	40 %	20 %	300712573
137	NC_014298	TAACG	2	10	166620	166629	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
138	NC_014298	ATGGT	2	10	167778	167787	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
139	NC_014298	ACTGC	2	10	169862	169871	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
140	NC_014298	CAAGT	2	10	170419	170428	40 %	20 %	20 %	20 %	300712577
141	NC_014298	AACGA	2	10	172979	172988	60 %	0 %	20 %	20 %	300712580
142	NC_014298	GAGAA	2	10	173521	173530	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
143	NC_014298	GTCGA	2	10	175091	175100	20 %	20 %	40 %	20 %	300712583
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145	NC_014298	GTCCG	2	10	176743	176752	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
146	NC_014298	GATCG	2	10	186053	186062	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
147	NC_014298	TCACG	2	10	188693	188702	20 %	20 %	20 %	40 %	300712593
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151	NC_014298	TCGGT	2	10	194647	194656	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
152	NC_014298	AGGAA	2	10	199661	199670	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
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163	NC_014298	CACTA	2	10	221131	221140	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
164	NC_014298	AATAA	2	10	221588	221597	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_014298	ACCGC	2	10	223852	223861	20 %	0 %	20 %	60 %	300712620
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171	NC_014298	CTTCC	2	10	234403	234412	0 %	40 %	0 %	60 %	300712632
172	NC_014298	CCTTC	2	10	234973	234982	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
173	NC_014298	ACGCG	2	10	236398	236407	20 %	0 %	40 %	40 %	300712634
174	NC_014298	CTCGT	2	10	236457	236466	0 %	40 %	20 %	40 %	300712634
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176	NC_014298	TCGGG	2	10	240592	240601	0 %	20 %	60 %	20 %	300712637
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178	NC_014298	CCTTA	2	10	245132	245141	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
179	NC_014298	GGTTA	2	10	245177	245186	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
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182	NC_014298	GACTC	2	10	247613	247622	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
183	NC_014298	TGGGT	2	10	248912	248921	0 %	40 %	60 %	0 %	300712643
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185	NC_014298	GCCGG	2	10	249583	249592	0 %	0 %	60 %	40 %	300712643
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192	NC_014298	TGTAG	2	10	258305	258314	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
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199	NC_014298	GTCGA	2	10	268383	268392	20 %	20 %	40 %	20 %	300712660
200	NC_014298	TTGGC	2	10	268393	268402	0 %	40 %	40 %	20 %	300712660
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204	NC_014298	CGGAT	2	10	271419	271428	20 %	20 %	40 %	20 %	300712662
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221	NC_014298	ATTAT	2	10	320873	320882	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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253	NC_014298	ACGAT	2	10	376740	376749	40 %	20 %	20 %	20 %	300712742
254	NC_014298	AGCGA	2	10	379001	379010	40 %	0 %	40 %	20 %	300712744
255	NC_014298	ATGAT	2	10	381090	381099	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
256	NC_014298	TTAGC	2	10	381372	381381	20 %	40 %	20 %	20 %	300712745
257	NC_014298	TGATT	2	10	382300	382309	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
258	NC_014298	CGCAG	2	10	395522	395531	20 %	0 %	40 %	40 %	300712757
259	NC_014298	CAACC	2	10	400321	400330	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
260	NC_014298	GTCTC	2	10	400507	400516	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
261	NC_014298	GACGA	2	10	401543	401552	40 %	0 %	40 %	20 %	300712763
262	NC_014298	GCGCG	2	10	403851	403860	0 %	0 %	60 %	40 %	300712766
263	NC_014298	GTCGC	2	10	404104	404113	0 %	20 %	40 %	40 %	300712766
264	NC_014298	GACCA	2	10	404911	404920	40 %	0 %	20 %	40 %	300712766
265	NC_014298	CGGCG	2	10	405108	405117	0 %	0 %	60 %	40 %	300712766
266	NC_014298	ACCCG	2	10	405629	405638	20 %	0 %	20 %	60 %	300712766
267	NC_014298	CGTTC	2	10	406197	406206	0 %	40 %	20 %	40 %	300712768

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.