MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Repeats of Haloferax volcanii DS2 plasmid pHV1

Total Repeats: 197

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013968	CG	3	6	850	855	0 %	0 %	50 %	50 %	292657125
2	NC_013968	GA	3	6	955	960	50 %	0 %	50 %	0 %	292657125
3	NC_013968	TC	3	6	987	992	0 %	50 %	0 %	50 %	292657125
4	NC_013968	AG	3	6	997	1002	50 %	0 %	50 %	0 %	292657125
5	NC_013968	GA	3	6	1213	1218	50 %	0 %	50 %	0 %	292657125
6	NC_013968	AC	3	6	3083	3088	50 %	0 %	0 %	50 %	292657127
7	NC_013968	GA	3	6	3277	3282	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_013968	AG	3	6	3638	3643	50 %	0 %	50 %	0 %	292657128
9	NC_013968	TC	3	6	4358	4363	0 %	50 %	0 %	50 %	292657128
10	NC_013968	GA	3	6	4455	4460	50 %	0 %	50 %	0 %	292657128
11	NC_013968	AG	3	6	4476	4481	50 %	0 %	50 %	0 %	292657128
12	NC_013968	CG	3	6	4836	4841	0 %	0 %	50 %	50 %	292657129
13	NC_013968	CG	3	6	5124	5129	0 %	0 %	50 %	50 %	292657129
14	NC_013968	CG	3	6	6690	6695	0 %	0 %	50 %	50 %	292657133
15	NC_013968	GT	3	6	6942	6947	0 %	50 %	50 %	0 %	292657133
16	NC_013968	AC	3	6	6999	7004	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
17	NC_013968	AT	3	6	7064	7069	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_013968	GA	3	6	8138	8143	50 %	0 %	50 %	0 %	292657135
19	NC_013968	AC	3	6	9290	9295	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
20	NC_013968	TC	3	6	9515	9520	0 %	50 %	0 %	50 %	292657136
21	NC_013968	GA	3	6	9954	9959	50 %	0 %	50 %	0 %	292657137
22	NC_013968	GC	3	6	10402	10407	0 %	0 %	50 %	50 %	292657137
23	NC_013968	TC	3	6	11099	11104	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
24	NC_013968	CT	3	6	11427	11432	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
25	NC_013968	GC	3	6	11961	11966	0 %	0 %	50 %	50 %	292657138
26	NC_013968	AC	3	6	12100	12105	50 %	0 %	0 %	50 %	292657138
27	NC_013968	GT	3	6	12413	12418	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_013968	CA	3	6	12588	12593	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
29	NC_013968	AT	3	6	12621	12626	50 %	50 %	0 %	0 %	292657140
30	NC_013968	CT	3	6	12799	12804	0 %	50 %	0 %	50 %	292657140
31	NC_013968	AC	3	6	13870	13875	50 %	0 %	0 %	50 %	292657141
32	NC_013968	CG	3	6	13929	13934	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
33	NC_013968	TC	3	6	14032	14037	0 %	50 %	0 %	50 %	292657142
34	NC_013968	AT	3	6	14065	14070	50 %	50 %	0 %	0 %	292657142
35	NC_013968	GA	3	6	14271	14276	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
36	NC_013968	TA	3	6	14913	14918	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_013968	CT	3	6	15259	15264	0 %	50 %	0 %	50 %	292657143
38	NC_013968	CT	3	6	15279	15284	0 %	50 %	0 %	50 %	292657143
39	NC_013968	GA	3	6	15377	15382	50 %	0 %	50 %	0 %	292657143
40	NC_013968	CT	3	6	16097	16102	0 %	50 %	0 %	50 %	292657143
41	NC_013968	TC	3	6	16458	16463	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
42	NC_013968	GT	3	6	16586	16591	0 %	50 %	50 %	0 %	292657144
43	NC_013968	AT	3	6	17131	17136	50 %	50 %	0 %	0 %	292657145
44	NC_013968	CG	3	6	17353	17358	0 %	0 %	50 %	50 %	292657145
45	NC_013968	CG	3	6	17567	17572	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
46	NC_013968	AC	3	6	17987	17992	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
47	NC_013968	TA	3	6	18475	18480	50 %	50 %	0 %	0 %	292657147
48	NC_013968	CA	3	6	19336	19341	50 %	0 %	0 %	50 %	292657149
49	NC_013968	AG	4	8	19431	19438	50 %	0 %	50 %	0 %	292657149
50	NC_013968	TA	4	8	20095	20102	50 %	50 %	0 %	0 %	292657150
51	NC_013968	AC	3	6	20459	20464	50 %	0 %	0 %	50 %	292657151
52	NC_013968	AC	3	6	20585	20590	50 %	0 %	0 %	50 %	292657151
53	NC_013968	CG	3	6	21607	21612	0 %	0 %	50 %	50 %	292657154
54	NC_013968	GA	3	6	21650	21655	50 %	0 %	50 %	0 %	292657154
55	NC_013968	GT	3	6	21951	21956	0 %	50 %	50 %	0 %	292657154
56	NC_013968	GA	3	6	22516	22521	50 %	0 %	50 %	0 %	292657155
57	NC_013968	GC	3	6	23319	23324	0 %	0 %	50 %	50 %	292657155
58	NC_013968	AC	3	6	23465	23470	50 %	0 %	0 %	50 %	292657156
59	NC_013968	CA	3	6	23749	23754	50 %	0 %	0 %	50 %	292657156
60	NC_013968	CG	3	6	23983	23988	0 %	0 %	50 %	50 %	292657156
61	NC_013968	GT	3	6	25096	25101	0 %	50 %	50 %	0 %	292657156
62	NC_013968	CA	3	6	25690	25695	50 %	0 %	0 %	50 %	292657156
63	NC_013968	CG	3	6	26667	26672	0 %	0 %	50 %	50 %	292657157
64	NC_013968	GA	3	6	27222	27227	50 %	0 %	50 %	0 %	292657157
65	NC_013968	GA	3	6	27384	27389	50 %	0 %	50 %	0 %	292657157
66	NC_013968	CG	3	6	28547	28552	0 %	0 %	50 %	50 %	292657157
67	NC_013968	TC	3	6	29058	29063	0 %	50 %	0 %	50 %	292657157
68	NC_013968	CG	3	6	29635	29640	0 %	0 %	50 %	50 %	292657157
69	NC_013968	AC	3	6	29865	29870	50 %	0 %	0 %	50 %	292657157
70	NC_013968	AC	3	6	30012	30017	50 %	0 %	0 %	50 %	292657157
71	NC_013968	CG	3	6	30087	30092	0 %	0 %	50 %	50 %	292657157
72	NC_013968	AT	3	6	30614	30619	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_013968	CT	3	6	30849	30854	0 %	50 %	0 %	50 %	292657158
74	NC_013968	GA	3	6	30947	30952	50 %	0 %	50 %	0 %	292657158
75	NC_013968	CG	3	6	31201	31206	0 %	0 %	50 %	50 %	292657158
76	NC_013968	GT	3	6	32641	32646	0 %	50 %	50 %	0 %	292657159
77	NC_013968	AC	3	6	32736	32741	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
78	NC_013968	CT	3	6	33011	33016	0 %	50 %	0 %	50 %	292657160
79	NC_013968	CT	3	6	33031	33036	0 %	50 %	0 %	50 %	292657160
80	NC_013968	CT	3	6	34540	34545	0 %	50 %	0 %	50 %	292657161
81	NC_013968	GA	3	6	34944	34949	50 %	0 %	50 %	0 %	292657161
82	NC_013968	AG	3	6	35173	35178	50 %	0 %	50 %	0 %	292657161
83	NC_013968	AC	3	6	35517	35522	50 %	0 %	0 %	50 %	292657161
84	NC_013968	TA	3	6	35868	35873	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_013968	CT	3	6	35973	35978	0 %	50 %	0 %	50 %	292657162
86	NC_013968	GC	3	6	36390	36395	0 %	0 %	50 %	50 %	292657162
87	NC_013968	GA	3	6	37844	37849	50 %	0 %	50 %	0 %	292657162
88	NC_013968	CG	3	6	40011	40016	0 %	0 %	50 %	50 %	292657163
89	NC_013968	AG	3	6	40686	40691	50 %	0 %	50 %	0 %	292657163
90	NC_013968	CA	3	6	41031	41036	50 %	0 %	0 %	50 %	292657163
91	NC_013968	CT	3	6	41211	41216	0 %	50 %	0 %	50 %	292657163
92	NC_013968	AC	3	6	41326	41331	50 %	0 %	0 %	50 %	292657163
93	NC_013968	AG	3	6	41864	41869	50 %	0 %	50 %	0 %	292657163
94	NC_013968	CG	3	6	44357	44362	0 %	0 %	50 %	50 %	292657164
95	NC_013968	CA	3	6	45751	45756	50 %	0 %	0 %	50 %	292657166
96	NC_013968	CA	3	6	45980	45985	50 %	0 %	0 %	50 %	292657166
97	NC_013968	CT	3	6	45999	46004	0 %	50 %	0 %	50 %	292657166
98	NC_013968	CG	4	8	46594	46601	0 %	0 %	50 %	50 %	292657166
99	NC_013968	TC	3	6	47094	47099	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
100	NC_013968	AG	3	6	47867	47872	50 %	0 %	50 %	0 %	292657168
101	NC_013968	GA	3	6	48365	48370	50 %	0 %	50 %	0 %	292657169
102	NC_013968	AT	3	6	49176	49181	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_013968	CA	3	6	49276	49281	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
104	NC_013968	TC	3	6	50047	50052	0 %	50 %	0 %	50 %	292657171
105	NC_013968	AG	3	6	50868	50873	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
106	NC_013968	TG	3	6	51755	51760	0 %	50 %	50 %	0 %	292657173
107	NC_013968	GC	3	6	52104	52109	0 %	0 %	50 %	50 %	292657173
108	NC_013968	GC	3	6	52133	52138	0 %	0 %	50 %	50 %	292657173
109	NC_013968	TC	3	6	52147	52152	0 %	50 %	0 %	50 %	292657173
110	NC_013968	GA	3	6	52403	52408	50 %	0 %	50 %	0 %	292657173
111	NC_013968	GA	4	8	52570	52577	50 %	0 %	50 %	0 %	292657173
112	NC_013968	TC	3	6	52757	52762	0 %	50 %	0 %	50 %	292657173
113	NC_013968	GA	3	6	52863	52868	50 %	0 %	50 %	0 %	292657173
114	NC_013968	GT	3	6	52901	52906	0 %	50 %	50 %	0 %	292657173
115	NC_013968	GC	3	6	52963	52968	0 %	0 %	50 %	50 %	292657173
116	NC_013968	TA	4	8	53302	53309	50 %	50 %	0 %	0 %	292657174
117	NC_013968	TG	4	8	53642	53649	0 %	50 %	50 %	0 %	292657174
118	NC_013968	TC	3	6	53862	53867	0 %	50 %	0 %	50 %	292657174
119	NC_013968	TC	3	6	53894	53899	0 %	50 %	0 %	50 %	292657174
120	NC_013968	CT	3	6	54199	54204	0 %	50 %	0 %	50 %	292657174
121	NC_013968	AT	3	6	54984	54989	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_013968	AC	3	6	55866	55871	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
123	NC_013968	AG	3	6	56191	56196	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
124	NC_013968	CG	3	6	56501	56506	0 %	0 %	50 %	50 %	292657177
125	NC_013968	AG	3	6	56996	57001	50 %	0 %	50 %	0 %	292657177
126	NC_013968	CA	3	6	57684	57689	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
127	NC_013968	GT	3	6	57898	57903	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
128	NC_013968	GT	3	6	57938	57943	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
129	NC_013968	GA	3	6	57981	57986	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
130	NC_013968	AT	3	6	58130	58135	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_013968	GA	3	6	58210	58215	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
132	NC_013968	TC	3	6	59048	59053	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
133	NC_013968	TC	3	6	59468	59473	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
134	NC_013968	CG	3	6	59805	59810	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
135	NC_013968	AC	3	6	60292	60297	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
136	NC_013968	AG	3	6	60705	60710	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
137	NC_013968	CT	3	6	60735	60740	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
138	NC_013968	GC	3	6	60761	60766	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
139	NC_013968	CT	3	6	60980	60985	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
140	NC_013968	CT	3	6	61083	61088	0 %	50 %	0 %	50 %	292657179
141	NC_013968	TC	3	6	61332	61337	0 %	50 %	0 %	50 %	292657179
142	NC_013968	AT	3	6	61363	61368	50 %	50 %	0 %	0 %	292657179
143	NC_013968	GA	3	6	62007	62012	50 %	0 %	50 %	0 %	292657181
144	NC_013968	CG	3	6	62181	62186	0 %	0 %	50 %	50 %	292657181
145	NC_013968	CT	3	6	62604	62609	0 %	50 %	0 %	50 %	292657181
146	NC_013968	AG	3	6	62923	62928	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
147	NC_013968	TC	3	6	63204	63209	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.