MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Haloferax volcanii DS2 plasmid pHV1

Total Repeats: 236

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013968	CTCG	2	8	591	598	0 %	25 %	25 %	50 %	292657125
2	NC_013968	GAAC	2	8	667	674	50 %	0 %	25 %	25 %	292657125
3	NC_013968	ATAA	2	8	1547	1554	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_013968	AGCG	2	8	1638	1645	25 %	0 %	50 %	25 %	292657126
5	NC_013968	CGCC	2	8	3504	3511	0 %	0 %	25 %	75 %	292657128
6	NC_013968	CCGT	2	8	3761	3768	0 %	25 %	25 %	50 %	292657128
7	NC_013968	GGTA	2	8	3772	3779	25 %	25 %	50 %	0 %	292657128
8	NC_013968	CGTC	2	8	3887	3894	0 %	25 %	25 %	50 %	292657128
9	NC_013968	GTGA	2	8	4156	4163	25 %	25 %	50 %	0 %	292657128
10	NC_013968	CCGT	2	8	4170	4177	0 %	25 %	25 %	50 %	292657128
11	NC_013968	TGCT	2	8	4526	4533	0 %	50 %	25 %	25 %	292657128
12	NC_013968	AGCA	2	8	4556	4563	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
13	NC_013968	GGCG	2	8	4660	4667	0 %	0 %	75 %	25 %	292657129
14	NC_013968	ACCG	2	8	4939	4946	25 %	0 %	25 %	50 %	292657129
15	NC_013968	CGAC	2	8	5322	5329	25 %	0 %	25 %	50 %	292657129
16	NC_013968	GATG	2	8	6127	6134	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_013968	CGGT	2	8	6166	6173	0 %	25 %	50 %	25 %	292657132
18	NC_013968	CAGT	2	8	6193	6200	25 %	25 %	25 %	25 %	292657132
19	NC_013968	GGAC	2	8	6311	6318	25 %	0 %	50 %	25 %	292657132
20	NC_013968	TGTT	2	8	6606	6613	0 %	75 %	25 %	0 %	292657133
21	NC_013968	CAGA	2	8	6912	6919	50 %	0 %	25 %	25 %	292657133
22	NC_013968	TCTT	2	8	6988	6995	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
23	NC_013968	CGAC	2	8	7164	7171	25 %	0 %	25 %	50 %	292657134
24	NC_013968	TGGC	2	8	7694	7701	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
25	NC_013968	CGAA	2	8	7752	7759	50 %	0 %	25 %	25 %	292657135
26	NC_013968	ACCG	2	8	8086	8093	25 %	0 %	25 %	50 %	292657135
27	NC_013968	ACGA	2	8	8438	8445	50 %	0 %	25 %	25 %	292657135
28	NC_013968	TGAC	2	8	8709	8716	25 %	25 %	25 %	25 %	292657135
29	NC_013968	ACCT	2	8	8861	8868	25 %	25 %	0 %	50 %	292657135
30	NC_013968	CGGA	2	8	9392	9399	25 %	0 %	50 %	25 %	292657136
31	NC_013968	CAAG	2	8	9727	9734	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
32	NC_013968	TCGT	2	8	9834	9841	0 %	50 %	25 %	25 %	292657137
33	NC_013968	GGCG	2	8	9869	9876	0 %	0 %	75 %	25 %	292657137
34	NC_013968	TTCC	2	8	10290	10297	0 %	50 %	0 %	50 %	292657137
35	NC_013968	GAGT	2	8	10672	10679	25 %	25 %	50 %	0 %	292657137
36	NC_013968	TGGT	2	8	10876	10883	0 %	50 %	50 %	0 %	292657137
37	NC_013968	GTCC	2	8	11229	11236	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
38	NC_013968	CGAA	2	8	11296	11303	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
39	NC_013968	ATTC	2	8	11637	11644	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
40	NC_013968	TGGT	2	8	11696	11703	0 %	50 %	50 %	0 %	292657138
41	NC_013968	TCTG	2	8	12335	12342	0 %	50 %	25 %	25 %	292657139
42	NC_013968	ACTA	2	8	13528	13535	50 %	25 %	0 %	25 %	292657140
43	NC_013968	ACTC	2	8	13768	13775	25 %	25 %	0 %	50 %	292657141
44	NC_013968	TTGA	2	8	14055	14062	25 %	50 %	25 %	0 %	292657142
45	NC_013968	GTGG	2	8	14717	14724	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
46	NC_013968	AATT	2	8	14980	14987	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_013968	TGCT	2	8	15177	15184	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
48	NC_013968	AGCA	2	8	15207	15214	50 %	0 %	25 %	25 %	292657143
49	NC_013968	ACGG	2	8	15563	15570	25 %	0 %	50 %	25 %	292657143
50	NC_013968	TCAC	2	8	15577	15584	25 %	25 %	0 %	50 %	292657143
51	NC_013968	ACGC	2	8	15630	15637	25 %	0 %	25 %	50 %	292657143
52	NC_013968	GACG	2	8	15846	15853	25 %	0 %	50 %	25 %	292657143
53	NC_013968	TACC	2	8	15961	15968	25 %	25 %	0 %	50 %	292657143
54	NC_013968	ACGG	2	8	15972	15979	25 %	0 %	50 %	25 %	292657143
55	NC_013968	GGCG	2	8	16229	16236	0 %	0 %	75 %	25 %	292657143
56	NC_013968	ACGA	2	8	17042	17049	50 %	0 %	25 %	25 %	292657145
57	NC_013968	CGTG	2	8	17580	17587	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
58	NC_013968	AAGT	2	8	18046	18053	50 %	25 %	25 %	0 %	292657147
59	NC_013968	ACGA	2	8	18304	18311	50 %	0 %	25 %	25 %	292657147
60	NC_013968	TTGG	2	8	19516	19523	0 %	50 %	50 %	0 %	292657149
61	NC_013968	GCCG	2	8	19654	19661	0 %	0 %	50 %	50 %	292657149
62	NC_013968	AATC	2	8	20145	20152	50 %	25 %	0 %	25 %	292657150
63	NC_013968	ATGA	2	8	20524	20531	50 %	25 %	25 %	0 %	292657151
64	NC_013968	AACT	2	8	20668	20675	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_013968	ACAA	2	8	20753	20760	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_013968	AGGG	2	8	20989	20996	25 %	0 %	75 %	0 %	292657152
67	NC_013968	AGAC	2	8	21474	21481	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_013968	GCAT	2	8	22713	22720	25 %	25 %	25 %	25 %	292657155
69	NC_013968	CGTT	2	8	22972	22979	0 %	50 %	25 %	25 %	292657155
70	NC_013968	CGTT	2	8	23014	23021	0 %	50 %	25 %	25 %	292657155
71	NC_013968	CAAG	2	8	23352	23359	50 %	0 %	25 %	25 %	292657155
72	NC_013968	CTGA	2	8	24093	24100	25 %	25 %	25 %	25 %	292657156
73	NC_013968	CCGA	2	8	24180	24187	25 %	0 %	25 %	50 %	292657156
74	NC_013968	ACAA	2	8	24267	24274	75 %	0 %	0 %	25 %	292657156
75	NC_013968	CTAT	2	8	24351	24358	25 %	50 %	0 %	25 %	292657156
76	NC_013968	GGGT	2	8	24477	24484	0 %	25 %	75 %	0 %	292657156
77	NC_013968	GGAT	2	8	24676	24683	25 %	25 %	50 %	0 %	292657156
78	NC_013968	CGTG	2	8	24914	24921	0 %	25 %	50 %	25 %	292657156
79	NC_013968	CGCC	2	8	25033	25040	0 %	0 %	25 %	75 %	292657156
80	NC_013968	GAAC	2	8	25136	25143	50 %	0 %	25 %	25 %	292657156
81	NC_013968	AGTC	2	8	25365	25372	25 %	25 %	25 %	25 %	292657156
82	NC_013968	CACG	2	8	25963	25970	25 %	0 %	25 %	50 %	292657156
83	NC_013968	TCGC	2	8	26002	26009	0 %	25 %	25 %	50 %	292657156
84	NC_013968	GTTC	2	8	26186	26193	0 %	50 %	25 %	25 %	292657156
85	NC_013968	CCGT	2	8	26203	26210	0 %	25 %	25 %	50 %	292657156
86	NC_013968	TTCG	2	8	26647	26654	0 %	50 %	25 %	25 %	292657157
87	NC_013968	GACG	2	8	26965	26972	25 %	0 %	50 %	25 %	292657157
88	NC_013968	AAGA	2	8	27128	27135	75 %	0 %	25 %	0 %	292657157
89	NC_013968	GTCG	2	8	27190	27197	0 %	25 %	50 %	25 %	292657157
90	NC_013968	CTGC	2	8	27241	27248	0 %	25 %	25 %	50 %	292657157
91	NC_013968	GGCG	2	8	28021	28028	0 %	0 %	75 %	25 %	292657157
92	NC_013968	GGAC	2	8	28100	28107	25 %	0 %	50 %	25 %	292657157
93	NC_013968	CTCG	2	8	29968	29975	0 %	25 %	25 %	50 %	292657157
94	NC_013968	AGTC	2	8	29985	29992	25 %	25 %	25 %	25 %	292657157
95	NC_013968	TGCT	2	8	30747	30754	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
96	NC_013968	TCAC	2	8	31147	31154	25 %	25 %	0 %	50 %	292657158
97	NC_013968	GACG	2	8	31416	31423	25 %	0 %	50 %	25 %	292657158
98	NC_013968	TACC	2	8	31531	31538	25 %	25 %	0 %	50 %	292657158
99	NC_013968	GGCG	2	8	31799	31806	0 %	0 %	75 %	25 %	292657158
100	NC_013968	TTAG	2	8	32918	32925	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
101	NC_013968	TGCT	2	8	32932	32939	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
102	NC_013968	TCAC	2	8	33329	33336	25 %	25 %	0 %	50 %	292657160
103	NC_013968	ACGC	2	8	33382	33389	25 %	0 %	25 %	50 %	292657160
104	NC_013968	GACG	2	8	33598	33605	25 %	0 %	50 %	25 %	292657160
105	NC_013968	TACC	2	8	33713	33720	25 %	25 %	0 %	50 %	292657160
106	NC_013968	ACGG	2	8	33724	33731	25 %	0 %	50 %	25 %	292657160
107	NC_013968	ACGA	2	8	35214	35221	50 %	0 %	25 %	25 %	292657161
108	NC_013968	GGTC	2	8	36156	36163	0 %	25 %	50 %	25 %	292657162
109	NC_013968	GTCA	2	8	36198	36205	25 %	25 %	25 %	25 %	292657162
110	NC_013968	TACC	2	8	36407	36414	25 %	25 %	0 %	50 %	292657162
111	NC_013968	TACG	2	8	36447	36454	25 %	25 %	25 %	25 %	292657162
112	NC_013968	GGTT	2	8	36791	36798	0 %	50 %	50 %	0 %	292657162
113	NC_013968	TCTG	2	8	37011	37018	0 %	50 %	25 %	25 %	292657162
114	NC_013968	ACCG	2	8	37458	37465	25 %	0 %	25 %	50 %	292657162
115	NC_013968	TCGT	2	8	37787	37794	0 %	50 %	25 %	25 %	292657162
116	NC_013968	TCTA	2	8	38241	38248	25 %	50 %	0 %	25 %	292657162
117	NC_013968	CACT	2	8	39139	39146	25 %	25 %	0 %	50 %	292657163
118	NC_013968	ACGG	2	8	39213	39220	25 %	0 %	50 %	25 %	292657163
119	NC_013968	ACTC	2	8	39317	39324	25 %	25 %	0 %	50 %	292657163
120	NC_013968	CAGC	2	8	39675	39682	25 %	0 %	25 %	50 %	292657163
121	NC_013968	TTGG	2	8	40428	40435	0 %	50 %	50 %	0 %	292657163
122	NC_013968	AGCC	2	8	40654	40661	25 %	0 %	25 %	50 %	292657163
123	NC_013968	CGTT	2	8	40711	40718	0 %	50 %	25 %	25 %	292657163
124	NC_013968	GGGA	2	8	41980	41987	25 %	0 %	75 %	0 %	292657163
125	NC_013968	CTAT	2	8	42297	42304	25 %	50 %	0 %	25 %	292657163
126	NC_013968	TGGG	2	8	43013	43020	0 %	25 %	75 %	0 %	292657164
127	NC_013968	TTCG	2	8	43102	43109	0 %	50 %	25 %	25 %	292657164
128	NC_013968	CTCG	2	8	44023	44030	0 %	25 %	25 %	50 %	292657164
129	NC_013968	AGCG	2	8	44418	44425	25 %	0 %	50 %	25 %	292657164
130	NC_013968	GTCC	2	8	44988	44995	0 %	25 %	25 %	50 %	292657165
131	NC_013968	ACCA	2	8	45252	45259	50 %	0 %	0 %	50 %	292657165
132	NC_013968	TTTA	2	8	45522	45529	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_013968	GCTT	2	8	45799	45806	0 %	50 %	25 %	25 %	292657166
134	NC_013968	GGCT	2	8	45840	45847	0 %	25 %	50 %	25 %	292657166
135	NC_013968	CAAT	2	8	46390	46397	50 %	25 %	0 %	25 %	292657166
136	NC_013968	AATC	2	8	46851	46858	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_013968	AAAT	2	8	47142	47149	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_013968	CGTT	2	8	47197	47204	0 %	50 %	25 %	25 %	292657167
139	NC_013968	CACC	2	8	47549	47556	25 %	0 %	0 %	75 %	292657167
140	NC_013968	GCAG	2	8	47838	47845	25 %	0 %	50 %	25 %	292657168
141	NC_013968	GAGC	2	8	48460	48467	25 %	0 %	50 %	25 %	292657169
142	NC_013968	GTCA	2	8	48495	48502	25 %	25 %	25 %	25 %	292657169
143	NC_013968	GAGC	2	8	48834	48841	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.