MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Halothiobacillus neapolitanus c2 chromosome

Total Repeats: 1893

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013422	CATCA	2	10	158	167	40 %	20 %	0 %	40 %	261854631
2	NC_013422	CCGTT	2	10	833	842	0 %	40 %	20 %	40 %	261854631
3	NC_013422	AGATC	2	10	1247	1256	40 %	20 %	20 %	20 %	261854631
4	NC_013422	GGCCG	2	10	3156	3165	0 %	0 %	60 %	40 %	261854633
5	NC_013422	GGATT	2	10	3448	3457	20 %	40 %	40 %	0 %	261854633
6	NC_013422	CGGCA	2	10	7484	7493	20 %	0 %	40 %	40 %	261854636
7	NC_013422	AGCCA	2	10	9742	9751	40 %	0 %	20 %	40 %	261854638
8	NC_013422	AAATT	2	10	10433	10442	60 %	40 %	0 %	0 %	261854638
9	NC_013422	TCGCT	2	10	10456	10465	0 %	40 %	20 %	40 %	261854638
10	NC_013422	CCGAA	2	10	14065	14074	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_013422	AATTT	2	10	16259	16268	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_013422	TTGGC	2	10	20165	20174	0 %	40 %	40 %	20 %	261854648
13	NC_013422	ATGAT	2	10	21113	21122	40 %	40 %	20 %	0 %	261854649
14	NC_013422	TCACT	2	10	25498	25507	20 %	40 %	0 %	40 %	261854651
15	NC_013422	CGGTG	2	10	32242	32251	0 %	20 %	60 %	20 %	261854656
16	NC_013422	ATCGA	2	10	39695	39704	40 %	20 %	20 %	20 %	261854663
17	NC_013422	TGAAT	2	10	42123	42132	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_013422	CCCAG	2	10	42958	42967	20 %	0 %	20 %	60 %	261854666
19	NC_013422	TTGGC	2	10	44335	44344	0 %	40 %	40 %	20 %	261854668
20	NC_013422	GATCT	2	10	44448	44457	20 %	40 %	20 %	20 %	261854668
21	NC_013422	TGATC	2	10	46723	46732	20 %	40 %	20 %	20 %	261854670
22	NC_013422	GGCGC	2	10	47750	47759	0 %	0 %	60 %	40 %	261854671
23	NC_013422	GCAAG	2	10	49899	49908	40 %	0 %	40 %	20 %	261854672
24	NC_013422	CCGGC	2	10	50030	50039	0 %	0 %	40 %	60 %	261854672
25	NC_013422	TTTCA	2	10	52808	52817	20 %	60 %	0 %	20 %	261854675
26	NC_013422	CCGGC	2	10	52972	52981	0 %	0 %	40 %	60 %	261854675
27	NC_013422	CGCAG	2	10	53199	53208	20 %	0 %	40 %	40 %	261854675
28	NC_013422	CCGGC	2	10	53618	53627	0 %	0 %	40 %	60 %	261854676
29	NC_013422	GTATT	2	10	57836	57845	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_013422	TGCGC	2	10	60978	60987	0 %	20 %	40 %	40 %	261854683
31	NC_013422	TTGCT	2	10	61709	61718	0 %	60 %	20 %	20 %	261854683
32	NC_013422	GACCG	2	10	62019	62028	20 %	0 %	40 %	40 %	261854683
33	NC_013422	CGGGC	2	10	65560	65569	0 %	0 %	60 %	40 %	261854688
34	NC_013422	AGCGA	2	10	67290	67299	40 %	0 %	40 %	20 %	261854688
35	NC_013422	CACGG	2	10	70101	70110	20 %	0 %	40 %	40 %	261854692
36	NC_013422	ATGCC	2	10	72216	72225	20 %	20 %	20 %	40 %	261854695
37	NC_013422	TCGGG	2	10	72733	72742	0 %	20 %	60 %	20 %	261854695
38	NC_013422	GCCCC	2	10	72847	72856	0 %	0 %	20 %	80 %	261854695
39	NC_013422	GAGGC	2	10	73280	73289	20 %	0 %	60 %	20 %	261854695
40	NC_013422	ATCAA	2	10	75009	75018	60 %	20 %	0 %	20 %	261854698
41	NC_013422	CTCGC	2	10	77075	77084	0 %	20 %	20 %	60 %	261854698
42	NC_013422	GGCGG	2	10	78248	78257	0 %	0 %	80 %	20 %	261854701
43	NC_013422	TTTTG	2	10	84174	84183	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_013422	GCGCG	2	10	85161	85170	0 %	0 %	60 %	40 %	261854716
45	NC_013422	CCCAG	2	10	85479	85488	20 %	0 %	20 %	60 %	261854717
46	NC_013422	GCGCG	2	10	87224	87233	0 %	0 %	60 %	40 %	261854720
47	NC_013422	AGCGA	2	10	87500	87509	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_013422	ACCAA	2	10	88059	88068	60 %	0 %	0 %	40 %	261854722
49	NC_013422	TAAGG	2	10	90073	90082	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
50	NC_013422	AAAGA	2	10	91610	91619	80 %	0 %	20 %	0 %	261854728
51	NC_013422	ACTCG	2	10	95325	95334	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
52	NC_013422	CATCC	2	10	97399	97408	20 %	20 %	0 %	60 %	261854732
53	NC_013422	GCGCC	2	10	97772	97781	0 %	0 %	40 %	60 %	261854732
54	NC_013422	AACGA	2	10	98279	98288	60 %	0 %	20 %	20 %	261854732
55	NC_013422	CGGCT	2	10	98738	98747	0 %	20 %	40 %	40 %	261854732
56	NC_013422	GCGTA	2	10	98857	98866	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
57	NC_013422	CGCAG	2	10	100498	100507	20 %	0 %	40 %	40 %	261854735
58	NC_013422	CGATT	2	10	101557	101566	20 %	40 %	20 %	20 %	261854735
59	NC_013422	AGCAA	2	10	101877	101886	60 %	0 %	20 %	20 %	261854735
60	NC_013422	GTCGG	2	10	104710	104719	0 %	20 %	60 %	20 %	261854739
61	NC_013422	AGCCA	2	10	108363	108372	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
62	NC_013422	ACCGC	2	10	110190	110199	20 %	0 %	20 %	60 %	261854748
63	NC_013422	GCTTG	2	10	113361	113370	0 %	40 %	40 %	20 %	261854751
64	NC_013422	CGTTC	2	10	114790	114799	0 %	40 %	20 %	40 %	261854752
65	NC_013422	ATTCA	2	10	116859	116868	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_013422	GAAAA	2	10	117227	117236	80 %	0 %	20 %	0 %	261854753
67	NC_013422	TGGCG	2	10	118181	118190	0 %	20 %	60 %	20 %	261854754
68	NC_013422	TGCGC	2	10	119195	119204	0 %	20 %	40 %	40 %	261854755
69	NC_013422	TGGCT	2	10	121544	121553	0 %	40 %	40 %	20 %	261854757
70	NC_013422	ATCGA	2	10	122063	122072	40 %	20 %	20 %	20 %	261854758
71	NC_013422	TGACA	2	10	123238	123247	40 %	20 %	20 %	20 %	261854759
72	NC_013422	GTCCT	2	10	123304	123313	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
73	NC_013422	GCCGT	2	10	123339	123348	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
74	NC_013422	ACGGC	2	10	124194	124203	20 %	0 %	40 %	40 %	261854760
75	NC_013422	GGGTG	2	10	125845	125854	0 %	20 %	80 %	0 %	261854760
76	NC_013422	GAATT	2	10	128552	128561	40 %	40 %	20 %	0 %	261854763
77	NC_013422	CGGCG	2	10	128638	128647	0 %	0 %	60 %	40 %	261854763
78	NC_013422	TTGGT	2	10	129905	129914	0 %	60 %	40 %	0 %	261854763
79	NC_013422	TTGTT	2	10	133081	133090	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_013422	AATGC	2	10	133864	133873	40 %	20 %	20 %	20 %	261854766
81	NC_013422	CGGTG	2	10	136439	136448	0 %	20 %	60 %	20 %	261854769
82	NC_013422	CGCAG	2	10	137375	137384	20 %	0 %	40 %	40 %	261854769
83	NC_013422	CAGCG	2	10	137771	137780	20 %	0 %	40 %	40 %	261854769
84	NC_013422	CAGAA	2	10	138130	138139	60 %	0 %	20 %	20 %	261854769
85	NC_013422	CCGTG	2	10	141523	141532	0 %	20 %	40 %	40 %	261854773
86	NC_013422	GCGCT	2	10	141586	141595	0 %	20 %	40 %	40 %	261854773
87	NC_013422	CCCCG	2	10	142476	142485	0 %	0 %	20 %	80 %	261854774
88	NC_013422	AGCCG	2	10	142898	142907	20 %	0 %	40 %	40 %	261854775
89	NC_013422	CTGGC	2	10	146298	146307	0 %	20 %	40 %	40 %	261854779
90	NC_013422	ATCGC	2	10	146442	146451	20 %	20 %	20 %	40 %	261854779
91	NC_013422	GCGCT	2	10	146767	146776	0 %	20 %	40 %	40 %	261854779
92	NC_013422	ACCGC	3	15	149032	149046	20 %	0 %	20 %	60 %	261854781
93	NC_013422	TCACA	2	10	149598	149607	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
94	NC_013422	TTGAT	2	10	150165	150174	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_013422	GCCAA	2	10	152096	152105	40 %	0 %	20 %	40 %	261854782
96	NC_013422	TGATT	2	10	152342	152351	20 %	60 %	20 %	0 %	261854782
97	NC_013422	TGCCG	2	10	153921	153930	0 %	20 %	40 %	40 %	261854784
98	NC_013422	AATGG	2	10	155225	155234	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
99	NC_013422	TTTCG	2	10	155267	155276	0 %	60 %	20 %	20 %	261854785
100	NC_013422	GCAGC	2	10	155998	156007	20 %	0 %	40 %	40 %	261854785
101	NC_013422	TCGTC	2	10	156550	156559	0 %	40 %	20 %	40 %	261854786
102	NC_013422	TGATC	2	10	156596	156605	20 %	40 %	20 %	20 %	261854786
103	NC_013422	GGAAA	2	10	157557	157566	60 %	0 %	40 %	0 %	261854786
104	NC_013422	GTTGA	2	10	157641	157650	20 %	40 %	40 %	0 %	261854786
105	NC_013422	AAGCA	2	10	158139	158148	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_013422	ACGTA	2	10	158625	158634	40 %	20 %	20 %	20 %	261854787
107	NC_013422	GGAAT	2	10	159452	159461	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
108	NC_013422	TTGCG	2	10	160338	160347	0 %	40 %	40 %	20 %	261854789
109	NC_013422	CGAAT	2	10	160467	160476	40 %	20 %	20 %	20 %	261854789
110	NC_013422	GCAGA	2	10	161850	161859	40 %	0 %	40 %	20 %	261854789
111	NC_013422	CAGGC	2	10	168369	168378	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
112	NC_013422	TTTCT	2	10	172443	172452	0 %	80 %	0 %	20 %	261854796
113	NC_013422	TTTCG	2	10	175020	175029	0 %	60 %	20 %	20 %	261854799
114	NC_013422	GCGCG	2	10	176748	176757	0 %	0 %	60 %	40 %	261854801
115	NC_013422	ATTCG	2	10	180464	180473	20 %	40 %	20 %	20 %	261854804
116	NC_013422	CCGTG	2	10	181666	181675	0 %	20 %	40 %	40 %	261854806
117	NC_013422	GCAAA	2	10	182230	182239	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_013422	TGGCT	2	10	186729	186738	0 %	40 %	40 %	20 %	261854811
119	NC_013422	GTGCG	2	10	187242	187251	0 %	20 %	60 %	20 %	261854812
120	NC_013422	GGGCA	2	10	187256	187265	20 %	0 %	60 %	20 %	261854812
121	NC_013422	TTTGC	2	10	188581	188590	0 %	60 %	20 %	20 %	261854813
122	NC_013422	CGATG	2	10	189082	189091	20 %	20 %	40 %	20 %	261854814
123	NC_013422	AATGC	2	10	193995	194004	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
124	NC_013422	TCGGA	2	10	194206	194215	20 %	20 %	40 %	20 %	261854818
125	NC_013422	GCCAG	2	10	196322	196331	20 %	0 %	40 %	40 %	261854820
126	NC_013422	AAAAC	2	10	196502	196511	80 %	0 %	0 %	20 %	261854820
127	NC_013422	GACTG	2	10	201045	201054	20 %	20 %	40 %	20 %	261854825
128	NC_013422	GCAAA	2	10	201808	201817	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
129	NC_013422	TGCCG	2	10	202393	202402	0 %	20 %	40 %	40 %	261854826
130	NC_013422	AAATC	2	10	203439	203448	60 %	20 %	0 %	20 %	261854827
131	NC_013422	AGGAC	2	10	204486	204495	40 %	0 %	40 %	20 %	261854828
132	NC_013422	CAAAA	2	10	204912	204921	80 %	0 %	0 %	20 %	261854828
133	NC_013422	GATTT	2	10	207342	207351	20 %	60 %	20 %	0 %	261854831
134	NC_013422	TCGAA	2	10	211660	211669	40 %	20 %	20 %	20 %	261854833
135	NC_013422	ACCGA	2	10	212645	212654	40 %	0 %	20 %	40 %	261854834
136	NC_013422	GACCG	2	10	213517	213526	20 %	0 %	40 %	40 %	261854835
137	NC_013422	CGCGA	2	10	217758	217767	20 %	0 %	40 %	40 %	261854838
138	NC_013422	GCCAA	2	10	220114	220123	40 %	0 %	20 %	40 %	261854839
139	NC_013422	TTGAA	2	10	220860	220869	40 %	40 %	20 %	0 %	261854839
140	NC_013422	GGCCA	2	10	220962	220971	20 %	0 %	40 %	40 %	261854839
141	NC_013422	GGGTT	2	10	221248	221257	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
142	NC_013422	GTGCC	2	10	225529	225538	0 %	20 %	40 %	40 %	261854844
143	NC_013422	TGTGA	2	10	227607	227616	20 %	40 %	40 %	0 %	261854845
144	NC_013422	ATGGA	2	10	228619	228628	40 %	20 %	40 %	0 %	261854846
145	NC_013422	CAAAG	2	10	229346	229355	60 %	0 %	20 %	20 %	261854846
146	NC_013422	TGGCG	2	10	234977	234986	0 %	20 %	60 %	20 %	261854851
147	NC_013422	GATTG	2	10	235627	235636	20 %	40 %	40 %	0 %	261854851
148	NC_013422	CACCG	2	10	236727	236736	20 %	0 %	20 %	60 %	261854853
149	NC_013422	TCGAT	2	10	236993	237002	20 %	40 %	20 %	20 %	261854853
150	NC_013422	CCTTG	2	10	238925	238934	0 %	40 %	20 %	40 %	261854854
151	NC_013422	GTGGC	2	10	240253	240262	0 %	20 %	60 %	20 %	261854854
152	NC_013422	CCGGA	2	10	242444	242453	20 %	0 %	40 %	40 %	261854857
153	NC_013422	ACGGC	2	10	243227	243236	20 %	0 %	40 %	40 %	261854858
154	NC_013422	CAGTA	2	10	243250	243259	40 %	20 %	20 %	20 %	261854858
155	NC_013422	CGCCA	2	10	245191	245200	20 %	0 %	20 %	60 %	261854859
156	NC_013422	CTGAT	2	10	246953	246962	20 %	40 %	20 %	20 %	261854862
157	NC_013422	CGGCG	2	10	254354	254363	0 %	0 %	60 %	40 %	261854875
158	NC_013422	AAAGA	2	10	257155	257164	80 %	0 %	20 %	0 %	261854878
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161	NC_013422	CGATG	2	10	259924	259933	20 %	20 %	40 %	20 %	261854882
162	NC_013422	GGCGA	2	10	261546	261555	20 %	0 %	60 %	20 %	261854883
163	NC_013422	GCATG	2	10	262804	262813	20 %	20 %	40 %	20 %	261854884
164	NC_013422	CGTGC	2	10	263163	263172	0 %	20 %	40 %	40 %	261854884
165	NC_013422	TTGGA	2	10	263498	263507	20 %	40 %	40 %	0 %	261854885
166	NC_013422	TCCGT	2	10	263755	263764	0 %	40 %	20 %	40 %	261854885
167	NC_013422	TGATT	2	10	263862	263871	20 %	60 %	20 %	0 %	261854885
168	NC_013422	CGGTG	2	10	264897	264906	0 %	20 %	60 %	20 %	261854886
169	NC_013422	CTATT	2	10	270024	270033	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
170	NC_013422	GAGTT	2	10	270101	270110	20 %	40 %	40 %	0 %	261854893
171	NC_013422	CCCAT	2	10	270502	270511	20 %	20 %	0 %	60 %	261854893
172	NC_013422	ATGCC	2	10	272998	273007	20 %	20 %	20 %	40 %	261854894
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174	NC_013422	GCCGA	2	10	273244	273253	20 %	0 %	40 %	40 %	261854894
175	NC_013422	TGCGG	2	10	273860	273869	0 %	20 %	60 %	20 %	261854895
176	NC_013422	GTTCG	2	10	275274	275283	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
177	NC_013422	TCCGC	2	10	275860	275869	0 %	20 %	20 %	60 %	261854898
178	NC_013422	CCGGC	2	10	276901	276910	0 %	0 %	40 %	60 %	261854899
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181	NC_013422	GAACT	2	10	280319	280328	40 %	20 %	20 %	20 %	261854902
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200	NC_013422	GTTGC	2	10	310821	310830	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
201	NC_013422	TTATT	2	10	311370	311379	20 %	80 %	0 %	0 %	261854927
202	NC_013422	ATACG	2	10	311973	311982	40 %	20 %	20 %	20 %	261854928
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205	NC_013422	CGCAT	2	10	316190	316199	20 %	20 %	20 %	40 %	261854933
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237	NC_013422	AAAAG	2	10	366478	366487	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
238	NC_013422	GCGTT	2	10	368031	368040	0 %	40 %	40 %	20 %	261854988
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250	NC_013422	GCTTG	2	10	388244	388253	0 %	40 %	40 %	20 %	261854997
251	NC_013422	TGCGT	3	15	388783	388797	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
252	NC_013422	GGGTT	2	10	389035	389044	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
253	NC_013422	TGCGC	2	10	389103	389112	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
254	NC_013422	CCTTG	2	10	389832	389841	0 %	40 %	20 %	40 %	261854998
255	NC_013422	GCCAC	2	10	392974	392983	20 %	0 %	20 %	60 %	261855001
256	NC_013422	TGGGT	2	10	393158	393167	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
257	NC_013422	GCCGG	2	10	393563	393572	0 %	0 %	60 %	40 %	261855002
258	NC_013422	AGGTC	2	10	396661	396670	20 %	20 %	40 %	20 %	261855004
259	NC_013422	TTGCC	2	10	397091	397100	0 %	40 %	20 %	40 %	261855005
260	NC_013422	GCAGC	2	10	397249	397258	20 %	0 %	40 %	40 %	261855005
261	NC_013422	GGCGG	2	10	397729	397738	0 %	0 %	80 %	20 %	261855005
262	NC_013422	TCTCT	2	10	398528	398537	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
263	NC_013422	TTGCC	2	10	400461	400470	0 %	40 %	20 %	40 %	261855007
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265	NC_013422	CGTAC	2	10	402358	402367	20 %	20 %	20 %	40 %	261855010
266	NC_013422	TGGAT	2	10	403220	403229	20 %	40 %	40 %	0 %	261855010
267	NC_013422	CGCAA	2	10	406950	406959	40 %	0 %	20 %	40 %	261855012
268	NC_013422	CAGCT	2	10	408243	408252	20 %	20 %	20 %	40 %	261855013
269	NC_013422	TGAAA	2	10	408533	408542	60 %	20 %	20 %	0 %	261855014
270	NC_013422	GTCGG	2	10	408655	408664	0 %	20 %	60 %	20 %	261855014
271	NC_013422	GGGTC	2	10	409256	409265	0 %	20 %	60 %	20 %	261855014
272	NC_013422	CGCCT	2	10	410494	410503	0 %	20 %	20 %	60 %	261855014
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281	NC_013422	GCATG	2	10	416423	416432	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
282	NC_013422	GCGAG	2	10	418073	418082	20 %	0 %	60 %	20 %	261855022
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288	NC_013422	GCCAC	2	10	427283	427292	20 %	0 %	20 %	60 %	261855029
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341	NC_013422	TCGGT	2	10	487613	487622	0 %	40 %	40 %	20 %	261855082
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344	NC_013422	ATTGC	2	10	490018	490027	20 %	40 %	20 %	20 %	261855083
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363	NC_013422	AGATG	2	10	510389	510398	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
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393	NC_013422	TTTGC	2	10	553854	553863	0 %	60 %	20 %	20 %	261855136
394	NC_013422	GCGCA	2	10	556688	556697	20 %	0 %	40 %	40 %	261855137
395	NC_013422	TTGCC	2	10	556794	556803	0 %	40 %	20 %	40 %	261855137
396	NC_013422	AATGG	2	10	557913	557922	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
397	NC_013422	GGTAG	2	10	559702	559711	20 %	20 %	60 %	0 %	261855139
398	NC_013422	CTGAC	2	10	560110	560119	20 %	20 %	20 %	40 %	261855140
399	NC_013422	TTTTC	2	10	560261	560270	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
400	NC_013422	GGCGA	2	10	561123	561132	20 %	0 %	60 %	20 %	261855143
401	NC_013422	GGTTG	2	10	563043	563052	0 %	40 %	60 %	0 %	261855145
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432	NC_013422	TGAGT	2	10	594403	594412	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
433	NC_013422	GTTTC	2	10	595564	595573	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
434	NC_013422	GCATG	2	10	596061	596070	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
435	NC_013422	CTGTA	2	10	596866	596875	20 %	40 %	20 %	20 %	261855180
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454	NC_013422	ATGAT	2	10	637893	637902	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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497	NC_013422	GGCCG	2	10	705095	705104	0 %	0 %	60 %	40 %	261855268
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499	NC_013422	GATTG	2	10	706184	706193	20 %	40 %	40 %	0 %	261855268
500	NC_013422	AAACC	2	10	706862	706871	60 %	0 %	0 %	40 %	261855269

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