MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Halothermothrix orenii H 168 chromosome

Total Repeats: 2356

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011899	CCCGG	2	10	1042	1051	0 %	0 %	40 %	60 %	220930851
2	NC_011899	AAAGA	2	10	1759	1768	80 %	0 %	20 %	0 %	220930851
3	NC_011899	TTTTG	2	10	4982	4991	0 %	80 %	20 %	0 %	220930855
4	NC_011899	AATGA	2	10	7182	7191	60 %	20 %	20 %	0 %	220930857
5	NC_011899	AAAGA	2	10	8478	8487	80 %	0 %	20 %	0 %	220930857
6	NC_011899	CCGAC	2	10	12158	12167	20 %	0 %	20 %	60 %	220930860
7	NC_011899	TCTTA	2	10	12866	12875	20 %	60 %	0 %	20 %	220930861
8	NC_011899	GGGCA	2	10	15536	15545	20 %	0 %	60 %	20 %	220930863
9	NC_011899	TCGTG	2	10	20917	20926	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
10	NC_011899	GGGAG	2	10	22114	22123	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
11	NC_011899	ATCTC	2	10	24515	24524	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
12	NC_011899	GTAGC	2	10	25531	25540	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_011899	GTCGG	2	10	26272	26281	0 %	20 %	60 %	20 %	220930868
14	NC_011899	TATTT	2	10	26514	26523	20 %	80 %	0 %	0 %	220930868
15	NC_011899	ATTTG	2	10	28031	28040	20 %	60 %	20 %	0 %	220930869
16	NC_011899	CATAA	2	10	28339	28348	60 %	20 %	0 %	20 %	220930869
17	NC_011899	AAAAG	2	10	29344	29353	80 %	0 %	20 %	0 %	220930870
18	NC_011899	AAGTC	2	10	31855	31864	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_011899	AATTC	2	10	33352	33361	40 %	40 %	0 %	20 %	220930876
20	NC_011899	GAATT	2	10	34166	34175	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_011899	AATTA	2	10	34294	34303	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_011899	TAATC	2	10	35684	35693	40 %	40 %	0 %	20 %	220930877
23	NC_011899	AGAAA	2	10	36153	36162	80 %	0 %	20 %	0 %	220930878
24	NC_011899	ACATA	2	10	36264	36273	60 %	20 %	0 %	20 %	220930878
25	NC_011899	TTATA	2	10	36889	36898	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_011899	TAATT	2	10	37113	37122	40 %	60 %	0 %	0 %	220930879
27	NC_011899	AAAGA	2	10	37588	37597	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_011899	ATTTT	2	10	39865	39874	20 %	80 %	0 %	0 %	220930883
29	NC_011899	ATATT	2	10	39961	39970	40 %	60 %	0 %	0 %	220930883
30	NC_011899	GTGCT	2	10	41506	41515	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_011899	TCAGG	2	10	41987	41996	20 %	20 %	40 %	20 %	220930885
32	NC_011899	ACCCC	2	10	45197	45206	20 %	0 %	0 %	80 %	220930888
33	NC_011899	CAGAG	2	10	46756	46765	40 %	0 %	40 %	20 %	220930889
34	NC_011899	GATAT	2	10	46822	46831	40 %	40 %	20 %	0 %	220930889
35	NC_011899	CCTTC	2	10	49351	49360	0 %	40 %	0 %	60 %	220930890
36	NC_011899	ATAAA	2	10	50099	50108	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_011899	GGAAG	2	10	50312	50321	40 %	0 %	60 %	0 %	220930891
38	NC_011899	TTAAA	2	10	53175	53184	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_011899	TATGG	2	10	53860	53869	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
40	NC_011899	AGAAA	2	10	57496	57505	80 %	0 %	20 %	0 %	220930899
41	NC_011899	TATAA	2	10	59154	59163	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_011899	TAAAG	2	10	59373	59382	60 %	20 %	20 %	0 %	220930900
43	NC_011899	ACCCT	2	10	59802	59811	20 %	20 %	0 %	60 %	220930901
44	NC_011899	GGCAG	2	10	61653	61662	20 %	0 %	60 %	20 %	220930903
45	NC_011899	GATGG	2	10	63345	63354	20 %	20 %	60 %	0 %	220930903
46	NC_011899	TTTAA	2	10	64301	64310	40 %	60 %	0 %	0 %	220930904
47	NC_011899	AATAA	2	10	64577	64586	80 %	20 %	0 %	0 %	220930904
48	NC_011899	ATTAT	2	10	66413	66422	40 %	60 %	0 %	0 %	220930906
49	NC_011899	GCCGG	2	10	67401	67410	0 %	0 %	60 %	40 %	220930906
50	NC_011899	TTTTA	2	10	68041	68050	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_011899	ATTTT	2	10	68072	68081	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_011899	TAATA	2	10	68138	68147	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_011899	CAAAG	2	10	69815	69824	60 %	0 %	20 %	20 %	220930908
54	NC_011899	ATAAG	2	10	70351	70360	60 %	20 %	20 %	0 %	220930908
55	NC_011899	GGTGG	2	10	70713	70722	0 %	20 %	80 %	0 %	220930908
56	NC_011899	CAGTT	2	10	70998	71007	20 %	40 %	20 %	20 %	220930908
57	NC_011899	TTAAA	2	10	73952	73961	60 %	40 %	0 %	0 %	220930911
58	NC_011899	CAGGG	2	10	74127	74136	20 %	0 %	60 %	20 %	220930911
59	NC_011899	AAGAA	2	10	74943	74952	80 %	0 %	20 %	0 %	220930911
60	NC_011899	GGAGG	2	10	75039	75048	20 %	0 %	80 %	0 %	220930911
61	NC_011899	TCAGG	2	10	75280	75289	20 %	20 %	40 %	20 %	220930912
62	NC_011899	GAAGG	2	10	75746	75755	40 %	0 %	60 %	0 %	220930912
63	NC_011899	TTATT	2	10	76370	76379	20 %	80 %	0 %	0 %	220930913
64	NC_011899	CTTAT	2	10	76720	76729	20 %	60 %	0 %	20 %	220930913
65	NC_011899	TACAT	2	10	77369	77378	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_011899	AAAAG	2	10	77791	77800	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_011899	TTATA	2	10	77954	77963	40 %	60 %	0 %	0 %	220930914
68	NC_011899	AGGAG	2	10	78702	78711	40 %	0 %	60 %	0 %	220930914
69	NC_011899	AAAGA	2	10	79878	79887	80 %	0 %	20 %	0 %	220930915
70	NC_011899	ATATA	2	10	79954	79963	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_011899	GGCCA	2	10	80555	80564	20 %	0 %	40 %	40 %	220930916
72	NC_011899	AGAAC	2	10	81762	81771	60 %	0 %	20 %	20 %	220930917
73	NC_011899	ATGTT	2	10	82349	82358	20 %	60 %	20 %	0 %	220930918
74	NC_011899	TTGGA	2	10	83504	83513	20 %	40 %	40 %	0 %	220930919
75	NC_011899	CCGGA	2	10	83992	84001	20 %	0 %	40 %	40 %	220930919
76	NC_011899	AAAAG	2	10	84841	84850	80 %	0 %	20 %	0 %	220930920
77	NC_011899	TTAAA	2	10	86570	86579	60 %	40 %	0 %	0 %	220930922
78	NC_011899	ATGAT	2	10	87623	87632	40 %	40 %	20 %	0 %	220930923
79	NC_011899	GTATG	2	10	88155	88164	20 %	40 %	40 %	0 %	220930923
80	NC_011899	TAAAG	2	10	89501	89510	60 %	20 %	20 %	0 %	220930925
81	NC_011899	GAAGA	2	10	90631	90640	60 %	0 %	40 %	0 %	220930926
82	NC_011899	TTACC	2	10	92301	92310	20 %	40 %	0 %	40 %	220930927
83	NC_011899	GTCTG	2	10	92803	92812	0 %	40 %	40 %	20 %	220930928
84	NC_011899	CCTGG	2	10	93173	93182	0 %	20 %	40 %	40 %	220930928
85	NC_011899	ATGAT	2	10	93283	93292	40 %	40 %	20 %	0 %	220930928
86	NC_011899	GATAT	2	10	93791	93800	40 %	40 %	20 %	0 %	220930929
87	NC_011899	TTTTA	2	10	94946	94955	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_011899	TCGTG	2	10	96343	96352	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
89	NC_011899	GGGAG	2	10	97641	97650	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
90	NC_011899	ATCTC	2	10	100042	100051	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
91	NC_011899	TTTAA	2	10	100093	100102	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_011899	AATTT	2	10	100954	100963	40 %	60 %	0 %	0 %	220930931
93	NC_011899	TTAAA	2	10	101170	101179	60 %	40 %	0 %	0 %	220930931
94	NC_011899	CCTCC	2	10	101937	101946	0 %	20 %	0 %	80 %	220930931
95	NC_011899	CAGAT	2	10	102195	102204	40 %	20 %	20 %	20 %	220930932
96	NC_011899	AAAAT	2	10	103368	103377	80 %	20 %	0 %	0 %	220930934
97	NC_011899	GAGAA	2	10	109410	109419	60 %	0 %	40 %	0 %	220930938
98	NC_011899	TTCTG	2	10	110944	110953	0 %	60 %	20 %	20 %	220930939
99	NC_011899	ATATA	2	10	113148	113157	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_011899	GATCA	2	10	113818	113827	40 %	20 %	20 %	20 %	220930943
101	NC_011899	CTGGG	2	10	114163	114172	0 %	20 %	60 %	20 %	220930943
102	NC_011899	TATAT	2	10	114945	114954	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_011899	ATTAT	2	10	117225	117234	40 %	60 %	0 %	0 %	220930946
104	NC_011899	CGGAC	2	10	118797	118806	20 %	0 %	40 %	40 %	220930948
105	NC_011899	TAATT	2	10	118876	118885	40 %	60 %	0 %	0 %	220930948
106	NC_011899	AAAAT	2	10	118887	118896	80 %	20 %	0 %	0 %	220930948
107	NC_011899	CCAGA	2	10	119521	119530	40 %	0 %	20 %	40 %	220930949
108	NC_011899	GGTAG	2	10	119876	119885	20 %	20 %	60 %	0 %	220930949
109	NC_011899	AGCCA	2	10	120067	120076	40 %	0 %	20 %	40 %	220930949
110	NC_011899	CTGAA	2	10	120881	120890	40 %	20 %	20 %	20 %	220930951
111	NC_011899	AAGAT	2	10	121167	121176	60 %	20 %	20 %	0 %	220930952
112	NC_011899	AATTG	2	10	121420	121429	40 %	40 %	20 %	0 %	220930952
113	NC_011899	AGGTA	2	10	122647	122656	40 %	20 %	40 %	0 %	220930954
114	NC_011899	AAATA	2	10	123037	123046	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_011899	TAAAT	2	10	124259	124268	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_011899	TATAA	2	10	124404	124413	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_011899	GTTTA	2	10	124527	124536	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_011899	ACCAG	2	10	125736	125745	40 %	0 %	20 %	40 %	220930957
119	NC_011899	GACCA	2	10	125799	125808	40 %	0 %	20 %	40 %	220930957
120	NC_011899	TGGAA	2	10	126359	126368	40 %	20 %	40 %	0 %	220930957
121	NC_011899	CCGGT	2	10	129806	129815	0 %	20 %	40 %	40 %	220930958
122	NC_011899	GTACT	2	10	130945	130954	20 %	40 %	20 %	20 %	220930958
123	NC_011899	CCAGA	2	10	135328	135337	40 %	0 %	20 %	40 %	220930963
124	NC_011899	GGTAG	2	10	135683	135692	20 %	20 %	60 %	0 %	220930963
125	NC_011899	AGCCA	2	10	135874	135883	40 %	0 %	20 %	40 %	220930963
126	NC_011899	CAGCT	2	10	137440	137449	20 %	20 %	20 %	40 %	220930966
127	NC_011899	ATTGT	2	10	137899	137908	20 %	60 %	20 %	0 %	220930966
128	NC_011899	GCAAG	2	10	139505	139514	40 %	0 %	40 %	20 %	220930970
129	NC_011899	ATGAT	2	10	139646	139655	40 %	40 %	20 %	0 %	220930970
130	NC_011899	CAGGC	2	10	143255	143264	20 %	0 %	40 %	40 %	220930979
131	NC_011899	CAGGT	2	10	145113	145122	20 %	20 %	40 %	20 %	220930983
132	NC_011899	TAAAG	2	10	146863	146872	60 %	20 %	20 %	0 %	220930985
133	NC_011899	ATATT	2	10	148072	148081	40 %	60 %	0 %	0 %	220930987
134	NC_011899	GGAAA	2	10	148605	148614	60 %	0 %	40 %	0 %	220930989
135	NC_011899	TTCTA	2	10	150131	150140	20 %	60 %	0 %	20 %	220930992
136	NC_011899	ATTAT	2	10	154948	154957	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_011899	ATAGA	2	10	156090	156099	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_011899	AAACA	2	10	159471	159480	80 %	0 %	0 %	20 %	220931004
139	NC_011899	TACCC	2	10	160556	160565	20 %	20 %	0 %	60 %	220931005
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