MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Halothermothrix orenii H 168 chromosome

Total Repeats: 37538

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011899	TAA	2	6	136	141	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_011899	TTA	2	6	146	151	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_011899	AAT	2	6	220	225	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_011899	ATA	2	6	413	418	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_011899	ACT	2	6	526	531	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_011899	AGG	2	6	579	584	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_011899	TAA	2	6	715	720	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	220930851
8	NC_011899	TTA	2	6	798	803	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	220930851
9	NC_011899	GAA	2	6	848	853	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	220930851
10	NC_011899	TGC	2	6	1015	1020	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	220930851
11	NC_011899	GAT	2	6	1208	1213	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	220930851
12	NC_011899	TCC	2	6	1254	1259	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	220930851
13	NC_011899	GAA	2	6	1304	1309	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	220930851
14	NC_011899	ATA	2	6	1355	1360	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	220930851
15	NC_011899	AGG	2	6	1641	1646	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	220930851
16	NC_011899	TGG	2	6	1659	1664	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	220930851
17	NC_011899	ATA	2	6	1671	1676	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	220930851
18	NC_011899	ATT	2	6	1725	1730	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	220930851
19	NC_011899	AGA	2	6	1744	1749	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	220930851
20	NC_011899	TTC	2	6	1828	1833	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	220930851
21	NC_011899	GGA	2	6	1859	1864	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	220930851
22	NC_011899	TAC	2	6	1873	1878	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	220930851
23	NC_011899	GAT	2	6	1919	1924	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	220930851
24	NC_011899	TAA	2	6	2068	2073	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_011899	TAA	2	6	2101	2106	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_011899	CTT	2	6	2163	2168	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_011899	AAC	2	6	2203	2208	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_011899	TAC	2	6	2242	2247	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_011899	TCT	2	6	2395	2400	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	220930852
30	NC_011899	TAT	2	6	2562	2567	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	220930852
31	NC_011899	TGA	2	6	2580	2585	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	220930852
32	NC_011899	TGA	2	6	2673	2678	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	220930852
33	NC_011899	TGA	3	9	2958	2966	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	220930852
34	NC_011899	CAG	2	6	3067	3072	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	220930852
35	NC_011899	TAA	2	6	3114	3119	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	220930852
36	NC_011899	TTA	2	6	3121	3126	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	220930852
37	NC_011899	AAG	2	6	3135	3140	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	220930852
38	NC_011899	ATT	2	6	3205	3210	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	220930852
39	NC_011899	AGA	2	6	3225	3230	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	220930852
40	NC_011899	GAA	2	6	3244	3249	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	220930852
41	NC_011899	ATG	3	9	3329	3337	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	220930852
42	NC_011899	TGA	2	6	3396	3401	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	220930852
43	NC_011899	CCG	2	6	3426	3431	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	220930852
44	NC_011899	GGA	2	6	3526	3531	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	220930853
45	NC_011899	GAA	2	6	3577	3582	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	220930853
46	NC_011899	TAA	2	6	3722	3727	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	220930854
47	NC_011899	ATA	2	6	3734	3739	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	220930854
48	NC_011899	TTG	2	6	3752	3757	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	220930854
49	NC_011899	CTT	2	6	3815	3820	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	220930854
50	NC_011899	TGT	2	6	3873	3878	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	220930854
51	NC_011899	TAA	2	6	3930	3935	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	220930854
52	NC_011899	ATG	2	6	3959	3964	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	220930854
53	NC_011899	AGA	2	6	4023	4028	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	220930854
54	NC_011899	GGA	2	6	4061	4066	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	220930854
55	NC_011899	TAA	2	6	4179	4184	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	220930854
56	NC_011899	TAC	2	6	4191	4196	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	220930854
57	NC_011899	CCT	2	6	4197	4202	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	220930854
58	NC_011899	AGC	2	6	4217	4222	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	220930854
59	NC_011899	ATA	2	6	4243	4248	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	220930854
60	NC_011899	GAA	2	6	4369	4374	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	220930854
61	NC_011899	TAA	2	6	4419	4424	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	220930854
62	NC_011899	GAT	2	6	4474	4479	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	220930854
63	NC_011899	CAG	2	6	4531	4536	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	220930854
64	NC_011899	TGA	2	6	4617	4622	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	220930854
65	NC_011899	ATA	2	6	4640	4645	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	220930854
66	NC_011899	AAG	2	6	4647	4652	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	220930854
67	NC_011899	TTA	2	6	4694	4699	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	220930854
68	NC_011899	TAA	2	6	4772	4777	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	220930854
69	NC_011899	GGT	2	6	4809	4814	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_011899	CCA	2	6	4855	4860	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	220930855
71	NC_011899	GAA	2	6	4938	4943	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	220930855
72	NC_011899	ATT	2	6	4957	4962	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	220930855
73	NC_011899	GAA	2	6	5089	5094	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	220930855
74	NC_011899	CCA	2	6	5211	5216	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	220930856
75	NC_011899	ATA	2	6	5237	5242	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	220930856
76	NC_011899	TGA	2	6	5247	5252	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	220930856
77	NC_011899	TTA	2	6	5285	5290	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	220930856
78	NC_011899	GGT	2	6	5379	5384	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	220930856
79	NC_011899	GGT	2	6	5440	5445	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	220930856
80	NC_011899	TGT	2	6	5466	5471	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	220930856
81	NC_011899	CTG	2	6	5505	5510	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	220930856
82	NC_011899	ATT	2	6	5710	5715	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	220930856
83	NC_011899	AGG	2	6	5735	5740	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	220930856
84	NC_011899	TGA	2	6	5820	5825	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	220930856
85	NC_011899	ATG	2	6	5885	5890	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	220930856
86	NC_011899	AAT	2	6	5920	5925	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	220930856
87	NC_011899	ATG	2	6	6026	6031	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	220930856
88	NC_011899	GGA	2	6	6045	6050	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	220930856
89	NC_011899	TAT	2	6	6072	6077	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	220930856
90	NC_011899	TTG	2	6	6152	6157	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	220930856
91	NC_011899	GCC	2	6	6241	6246	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	220930856
92	NC_011899	TTC	2	6	6339	6344	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	220930856
93	NC_011899	GGT	2	6	6394	6399	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	220930856
94	NC_011899	CAA	2	6	6495	6500	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	220930856
95	NC_011899	GAA	2	6	6502	6507	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	220930856
96	NC_011899	TAA	2	6	6518	6523	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	220930856
97	NC_011899	AAT	2	6	6582	6587	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	220930856
98	NC_011899	ACT	2	6	6768	6773	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	220930856
99	NC_011899	TAT	2	6	6876	6881	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	220930856
100	NC_011899	GTA	2	6	6907	6912	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	220930856
101	NC_011899	TAC	2	6	6927	6932	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	220930856
102	NC_011899	ATT	2	6	7127	7132	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_011899	GGA	2	6	7276	7281	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	220930857
104	NC_011899	CTG	2	6	7387	7392	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	220930857
105	NC_011899	ACC	2	6	7530	7535	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	220930857
106	NC_011899	TGA	2	6	7586	7591	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	220930857
107	NC_011899	GAA	2	6	7599	7604	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	220930857
108	NC_011899	TGA	2	6	7639	7644	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	220930857
109	NC_011899	GTT	2	6	7719	7724	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	220930857
110	NC_011899	ATA	2	6	7770	7775	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	220930857
111	NC_011899	TGG	2	6	7796	7801	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	220930857
112	NC_011899	AGA	2	6	7883	7888	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	220930857
113	NC_011899	ATA	2	6	7911	7916	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	220930857
114	NC_011899	TAA	2	6	7940	7945	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	220930857
115	NC_011899	TGG	2	6	7954	7959	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	220930857
116	NC_011899	TTA	2	6	8131	8136	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	220930857
117	NC_011899	AGT	2	6	8216	8221	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	220930857
118	NC_011899	TGA	2	6	8306	8311	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	220930857
119	NC_011899	TAT	2	6	8534	8539	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	220930857
120	NC_011899	CTT	2	6	8550	8555	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	220930857
121	NC_011899	AAG	2	6	8582	8587	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	220930857
122	NC_011899	GAA	2	6	8640	8645	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	220930857
123	NC_011899	GGT	2	6	8648	8653	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	220930857
124	NC_011899	CCA	2	6	8666	8671	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	220930857
125	NC_011899	CGT	2	6	8715	8720	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	220930857
126	NC_011899	TTG	2	6	8764	8769	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	220930857
127	NC_011899	CAT	2	6	8793	8798	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	220930857
128	NC_011899	GCC	2	6	8866	8871	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	220930857
129	NC_011899	CTG	2	6	8898	8903	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	220930857
130	NC_011899	GAA	3	9	8910	8918	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	220930857
131	NC_011899	ACT	2	6	8928	8933	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	220930857
132	NC_011899	TGA	2	6	8954	8959	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	220930857
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139	NC_011899	TTA	2	6	9343	9348	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	220930857
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150	NC_011899	AAC	2	6	9989	9994	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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162	NC_011899	AAC	2	6	10659	10664	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	220930859
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171	NC_011899	TTA	2	6	10987	10992	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
172	NC_011899	ACC	2	6	11028	11033	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
173	NC_011899	ATA	2	6	11058	11063	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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230	NC_011899	TAA	3	9	15366	15374	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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257	NC_011899	AGG	2	6	16889	16894	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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