MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Halobacterium salinarum R1 plasmid PHS3

Total Repeats: 814

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010368	TCTG	2	8	696	703	0 %	50 %	25 %	25 %	169237354
2	NC_010368	CTCG	2	8	1011	1018	0 %	25 %	25 %	50 %	169237355
3	NC_010368	CGTC	2	8	1680	1687	0 %	25 %	25 %	50 %	169237355
4	NC_010368	GGTC	2	8	2136	2143	0 %	25 %	50 %	25 %	169237355
5	NC_010368	TCGA	2	8	2186	2193	25 %	25 %	25 %	25 %	169237355
6	NC_010368	TCGC	2	8	2469	2476	0 %	25 %	25 %	50 %	169237355
7	NC_010368	CGTT	2	8	3987	3994	0 %	50 %	25 %	25 %	169237355
8	NC_010368	CTGG	2	8	4392	4399	0 %	25 %	50 %	25 %	169237355
9	NC_010368	CGTC	2	8	6152	6159	0 %	25 %	25 %	50 %	169237356
10	NC_010368	GTTC	2	8	6466	6473	0 %	50 %	25 %	25 %	169237356
11	NC_010368	TTCC	2	8	6798	6805	0 %	50 %	0 %	50 %	169237356
12	NC_010368	CGGC	2	8	7232	7239	0 %	0 %	50 %	50 %	169237357
13	NC_010368	CGTT	2	8	7656	7663	0 %	50 %	25 %	25 %	169237357
14	NC_010368	GCCC	2	8	7694	7701	0 %	0 %	25 %	75 %	169237357
15	NC_010368	TTAG	2	8	8421	8428	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_010368	GGAA	2	8	8473	8480	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_010368	GGGT	2	8	8727	8734	0 %	25 %	75 %	0 %	169237358
18	NC_010368	GCAA	2	8	9206	9213	50 %	0 %	25 %	25 %	169237358
19	NC_010368	CGCT	2	8	9764	9771	0 %	25 %	25 %	50 %	169237358
20	NC_010368	AACG	2	8	10964	10971	50 %	0 %	25 %	25 %	169237359
21	NC_010368	TGAA	2	8	11855	11862	50 %	25 %	25 %	0 %	169237360
22	NC_010368	TCAA	2	8	12251	12258	50 %	25 %	0 %	25 %	169237360
23	NC_010368	GGCT	2	8	12763	12770	0 %	25 %	50 %	25 %	169237360
24	NC_010368	GCTT	2	8	13219	13226	0 %	50 %	25 %	25 %	169237360
25	NC_010368	TTTG	2	8	13612	13619	0 %	75 %	25 %	0 %	169237360
26	NC_010368	GAGG	2	8	13729	13736	25 %	0 %	75 %	0 %	169237360
27	NC_010368	TGGG	2	8	14077	14084	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
28	NC_010368	CCAG	2	8	14185	14192	25 %	0 %	25 %	50 %	169237361
29	NC_010368	CACG	2	8	15045	15052	25 %	0 %	25 %	50 %	169237361
30	NC_010368	ACCT	2	8	15146	15153	25 %	25 %	0 %	50 %	169237362
31	NC_010368	CCCT	2	8	15215	15222	0 %	25 %	0 %	75 %	169237362
32	NC_010368	GACC	2	8	15255	15262	25 %	0 %	25 %	50 %	169237362
33	NC_010368	ATCT	2	8	15590	15597	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
34	NC_010368	CTGT	2	8	15711	15718	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
35	NC_010368	CTCG	2	8	15870	15877	0 %	25 %	25 %	50 %	169237363
36	NC_010368	TCCG	2	8	16370	16377	0 %	25 %	25 %	50 %	169237363
37	NC_010368	GTGC	2	8	17216	17223	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
38	NC_010368	GGTG	2	8	18411	18418	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
39	NC_010368	CGCC	2	8	18544	18551	0 %	0 %	25 %	75 %	169237365
40	NC_010368	CCGT	2	8	18801	18808	0 %	25 %	25 %	50 %	169237365
41	NC_010368	GTAC	2	8	18813	18820	25 %	25 %	25 %	25 %	169237365
42	NC_010368	TGCT	2	8	19566	19573	0 %	50 %	25 %	25 %	169237365
43	NC_010368	AGCA	2	8	19593	19600	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
44	NC_010368	CTAA	2	8	19607	19614	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
45	NC_010368	CCGT	2	8	19802	19809	0 %	25 %	25 %	50 %	169237366
46	NC_010368	TCAC	2	8	20883	20890	25 %	25 %	0 %	50 %	169237368
47	NC_010368	ACGA	2	8	20989	20996	50 %	0 %	25 %	25 %	169237368
48	NC_010368	CGTT	2	8	21302	21309	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
49	NC_010368	AACG	2	8	21793	21800	50 %	0 %	25 %	25 %	169237370
50	NC_010368	TTTG	2	8	22404	22411	0 %	75 %	25 %	0 %	169237370
51	NC_010368	AAAT	2	8	22490	22497	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_010368	CGGC	2	8	22668	22675	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
53	NC_010368	ACGA	2	8	22871	22878	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
54	NC_010368	AGCG	2	8	23215	23222	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
55	NC_010368	CGAC	2	8	23865	23872	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
56	NC_010368	GACG	2	8	24156	24163	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
57	NC_010368	CTCC	2	8	24357	24364	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
58	NC_010368	TCGT	2	8	24990	24997	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
59	NC_010368	GACT	2	8	25167	25174	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
60	NC_010368	CGAG	2	8	26171	26178	25 %	0 %	50 %	25 %	169237374
61	NC_010368	CTGC	2	8	27631	27638	0 %	25 %	25 %	50 %	169237375
62	NC_010368	GGAC	2	8	27639	27646	25 %	0 %	50 %	25 %	169237375
63	NC_010368	ACGG	2	8	27783	27790	25 %	0 %	50 %	25 %	169237376
64	NC_010368	GTTT	2	8	28086	28093	0 %	75 %	25 %	0 %	169237376
65	NC_010368	AGCG	2	8	28206	28213	25 %	0 %	50 %	25 %	169237376
66	NC_010368	GTGA	2	8	28296	28303	25 %	25 %	50 %	0 %	169237376
67	NC_010368	CGAA	2	8	28760	28767	50 %	0 %	25 %	25 %	169237376
68	NC_010368	ACGA	2	8	29167	29174	50 %	0 %	25 %	25 %	169237376
69	NC_010368	GGAA	2	8	29955	29962	50 %	0 %	50 %	0 %	169237377
70	NC_010368	GCTC	2	8	30375	30382	0 %	25 %	25 %	50 %	169237377
71	NC_010368	GAAA	2	8	30562	30569	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
72	NC_010368	ATAA	2	8	30693	30700	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_010368	ACGT	2	8	30784	30791	25 %	25 %	25 %	25 %	169237378
74	NC_010368	GTTC	2	8	31192	31199	0 %	50 %	25 %	25 %	169237379
75	NC_010368	GAAC	2	8	31558	31565	50 %	0 %	25 %	25 %	169237379
76	NC_010368	GCAG	2	8	32177	32184	25 %	0 %	50 %	25 %	169237379
77	NC_010368	CGAT	2	8	32206	32213	25 %	25 %	25 %	25 %	169237379
78	NC_010368	TTCG	2	8	32625	32632	0 %	50 %	25 %	25 %	169237380
79	NC_010368	GCAG	2	8	32841	32848	25 %	0 %	50 %	25 %	169237380
80	NC_010368	CAAC	2	8	34095	34102	50 %	0 %	0 %	50 %	169237380
81	NC_010368	ACGA	2	8	34234	34241	50 %	0 %	25 %	25 %	169237380
82	NC_010368	GAAG	2	8	34302	34309	50 %	0 %	50 %	0 %	169237380
83	NC_010368	AGCG	2	8	34515	34522	25 %	0 %	50 %	25 %	169237380
84	NC_010368	TGAG	2	8	35026	35033	25 %	25 %	50 %	0 %	169237381
85	NC_010368	GACA	2	8	35704	35711	50 %	0 %	25 %	25 %	169237382
86	NC_010368	ACGT	2	8	35900	35907	25 %	25 %	25 %	25 %	169237382
87	NC_010368	AGAC	2	8	36117	36124	50 %	0 %	25 %	25 %	169237382
88	NC_010368	CGGT	2	8	36380	36387	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
89	NC_010368	TCGC	2	8	36613	36620	0 %	25 %	25 %	50 %	169237383
90	NC_010368	GCTT	2	8	37100	37107	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
91	NC_010368	CAGG	2	8	37187	37194	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
92	NC_010368	TCAA	2	8	37405	37412	50 %	25 %	0 %	25 %	169237384
93	NC_010368	ATCC	2	8	37583	37590	25 %	25 %	0 %	50 %	169237384
94	NC_010368	CGCT	2	8	38251	38258	0 %	25 %	25 %	50 %	169237385
95	NC_010368	GTTC	2	8	39124	39131	0 %	50 %	25 %	25 %	169237386
96	NC_010368	TGGG	2	8	39133	39140	0 %	25 %	75 %	0 %	169237386
97	NC_010368	ATCC	2	8	39982	39989	25 %	25 %	0 %	50 %	169237387
98	NC_010368	AACG	2	8	40395	40402	50 %	0 %	25 %	25 %	169237387
99	NC_010368	TCAA	2	8	42192	42199	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
100	NC_010368	CGAC	2	8	44211	44218	25 %	0 %	25 %	50 %	169237392
101	NC_010368	GCCA	2	8	44425	44432	25 %	0 %	25 %	50 %	169237392
102	NC_010368	CGGA	2	8	44558	44565	25 %	0 %	50 %	25 %	169237392
103	NC_010368	GTAG	2	8	45380	45387	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
104	NC_010368	CGAC	2	8	45645	45652	25 %	0 %	25 %	50 %	169237396
105	NC_010368	CGTT	2	8	45729	45736	0 %	50 %	25 %	25 %	169237396
106	NC_010368	CAGC	2	8	45850	45857	25 %	0 %	25 %	50 %	169237396
107	NC_010368	AGAC	2	8	47207	47214	50 %	0 %	25 %	25 %	169237398
108	NC_010368	ACCG	2	8	48695	48702	25 %	0 %	25 %	50 %	169237400
109	NC_010368	GACC	2	8	49330	49337	25 %	0 %	25 %	50 %	169237400
110	NC_010368	ATGT	2	8	50256	50263	25 %	50 %	25 %	0 %	169237402
111	NC_010368	CTCG	2	8	50701	50708	0 %	25 %	25 %	50 %	169237402
112	NC_010368	GCTG	2	8	50854	50861	0 %	25 %	50 %	25 %	169237403
113	NC_010368	GCCA	2	8	50895	50902	25 %	0 %	25 %	50 %	169237403
114	NC_010368	AACG	2	8	52295	52302	50 %	0 %	25 %	25 %	169237405
115	NC_010368	CGAA	2	8	53024	53031	50 %	0 %	25 %	25 %	169237406
116	NC_010368	ACGA	2	8	53077	53084	50 %	0 %	25 %	25 %	169237406
117	NC_010368	CGGA	2	8	53221	53228	25 %	0 %	50 %	25 %	169237406
118	NC_010368	TCCA	2	8	53440	53447	25 %	25 %	0 %	50 %	169237406
119	NC_010368	AGCG	2	8	53745	53752	25 %	0 %	50 %	25 %	169237407
120	NC_010368	GAGC	2	8	53830	53837	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
121	NC_010368	TATT	2	8	54019	54026	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_010368	TGAC	2	8	54099	54106	25 %	25 %	25 %	25 %	169237408
123	NC_010368	ACGC	2	8	54162	54169	25 %	0 %	25 %	50 %	169237408
124	NC_010368	CGCT	2	8	54179	54186	0 %	25 %	25 %	50 %	169237408
125	NC_010368	CCGC	2	8	54337	54344	0 %	0 %	25 %	75 %	169237408
126	NC_010368	GCCG	2	8	54451	54458	0 %	0 %	50 %	50 %	169237408
127	NC_010368	ATCC	2	8	54685	54692	25 %	25 %	0 %	50 %	169237408
128	NC_010368	CGCC	2	8	55247	55254	0 %	0 %	25 %	75 %	169237408
129	NC_010368	GACG	2	8	56157	56164	25 %	0 %	50 %	25 %	169237409
130	NC_010368	CGAC	2	8	56261	56268	25 %	0 %	25 %	50 %	169237409
131	NC_010368	AGCG	2	8	56380	56387	25 %	0 %	50 %	25 %	169237409
132	NC_010368	TCGG	2	8	56621	56628	0 %	25 %	50 %	25 %	169237409
133	NC_010368	CCGG	2	8	56754	56761	0 %	0 %	50 %	50 %	169237409
134	NC_010368	GCCG	2	8	57053	57060	0 %	0 %	50 %	50 %	169237410
135	NC_010368	GCCG	2	8	57161	57168	0 %	0 %	50 %	50 %	169237410
136	NC_010368	CGCC	2	8	57290	57297	0 %	0 %	25 %	75 %	169237410
137	NC_010368	GCCG	2	8	57314	57321	0 %	0 %	50 %	50 %	169237410
138	NC_010368	CGGT	2	8	57714	57721	0 %	25 %	50 %	25 %	169237410
139	NC_010368	GCAC	2	8	57800	57807	25 %	0 %	25 %	50 %	169237410
140	NC_010368	CCGG	2	8	58322	58329	0 %	0 %	50 %	50 %	169237410
141	NC_010368	GCGG	2	8	58602	58609	0 %	0 %	75 %	25 %	169237410
142	NC_010368	ACCG	2	8	59273	59280	25 %	0 %	25 %	50 %	169237411
143	NC_010368	GTCC	2	8	59508	59515	0 %	25 %	25 %	50 %	169237411
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