MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Halobacterium salinarum R1 plasmid PHS1

Total Repeats: 380

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010366	GCGA	2	8	102	109	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
2	NC_010366	GCTG	2	8	558	565	0 %	25 %	50 %	25 %	169237161
3	NC_010366	GGTG	2	8	1158	1165	0 %	25 %	75 %	0 %	169237162
4	NC_010366	GTCT	2	8	1584	1591	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
5	NC_010366	GAAA	2	8	1770	1777	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_010366	CGGG	2	8	1910	1917	0 %	0 %	75 %	25 %	169237163
7	NC_010366	CCAC	2	8	2216	2223	25 %	0 %	0 %	75 %	169237163
8	NC_010366	CGCT	2	8	2715	2722	0 %	25 %	25 %	50 %	169237163
9	NC_010366	TCGC	2	8	2948	2955	0 %	25 %	25 %	50 %	169237163
10	NC_010366	GCGG	2	8	3856	3863	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
11	NC_010366	TGAA	2	8	5687	5694	50 %	25 %	25 %	0 %	169237167
12	NC_010366	CTTG	2	8	5911	5918	0 %	50 %	25 %	25 %	169237167
13	NC_010366	CATT	2	8	6887	6894	25 %	50 %	0 %	25 %	169237167
14	NC_010366	TTGA	2	8	7606	7613	25 %	50 %	25 %	0 %	169237167
15	NC_010366	GACA	2	8	8566	8573	50 %	0 %	25 %	25 %	169237168
16	NC_010366	ACTA	2	8	8693	8700	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
17	NC_010366	TGCA	2	8	9399	9406	25 %	25 %	25 %	25 %	169237169
18	NC_010366	CACG	3	12	9593	9604	25 %	0 %	25 %	50 %	169237169
19	NC_010366	GCAG	2	8	10307	10314	25 %	0 %	50 %	25 %	169237169
20	NC_010366	ATCC	2	8	10455	10462	25 %	25 %	0 %	50 %	169237169
21	NC_010366	CAAG	2	8	10509	10516	50 %	0 %	25 %	25 %	169237169
22	NC_010366	GAGG	2	8	10544	10551	25 %	0 %	75 %	0 %	169237169
23	NC_010366	ATTC	2	8	11280	11287	25 %	50 %	0 %	25 %	169237169
24	NC_010366	CGAC	2	8	12215	12222	25 %	0 %	25 %	50 %	169237169
25	NC_010366	CGGT	2	8	12871	12878	0 %	25 %	50 %	25 %	169237170
26	NC_010366	CCGT	2	8	13228	13235	0 %	25 %	25 %	50 %	169237170
27	NC_010366	GTAC	2	8	13240	13247	25 %	25 %	25 %	25 %	169237170
28	NC_010366	CTTG	2	8	13344	13351	0 %	50 %	25 %	25 %	169237170
29	NC_010366	AAGA	2	8	13444	13451	75 %	0 %	25 %	0 %	169237170
30	NC_010366	GTGA	2	8	13623	13630	25 %	25 %	50 %	0 %	169237170
31	NC_010366	TGCT	2	8	13993	14000	0 %	50 %	25 %	25 %	169237170
32	NC_010366	AGCA	2	8	14020	14027	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
33	NC_010366	GGAA	2	8	14254	14261	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_010366	GACT	2	8	15491	15498	25 %	25 %	25 %	25 %	169237171
35	NC_010366	CGCT	2	8	15545	15552	0 %	25 %	25 %	50 %	169237171
36	NC_010366	GAGC	2	8	15609	15616	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
37	NC_010366	GGAT	2	8	16177	16184	25 %	25 %	50 %	0 %	169237172
38	NC_010366	CACG	2	8	16207	16214	25 %	0 %	25 %	50 %	169237172
39	NC_010366	TTCT	2	8	16855	16862	0 %	75 %	0 %	25 %	169237174
40	NC_010366	TCCG	2	8	16961	16968	0 %	25 %	25 %	50 %	169237174
41	NC_010366	GATT	2	8	17124	17131	25 %	50 %	25 %	0 %	169237174
42	NC_010366	TCGC	2	8	17270	17277	0 %	25 %	25 %	50 %	169237174
43	NC_010366	CCGT	2	8	17490	17497	0 %	25 %	25 %	50 %	169237174
44	NC_010366	CGAA	2	8	18078	18085	50 %	0 %	25 %	25 %	169237176
45	NC_010366	CCGG	2	8	18750	18757	0 %	0 %	50 %	50 %	169237178
46	NC_010366	CTCG	2	8	18768	18775	0 %	25 %	25 %	50 %	169237178
47	NC_010366	TGCT	2	8	19278	19285	0 %	50 %	25 %	25 %	169237179
48	NC_010366	GTCG	2	8	19959	19966	0 %	25 %	50 %	25 %	169237180
49	NC_010366	CTTG	2	8	20843	20850	0 %	50 %	25 %	25 %	169237182
50	NC_010366	GCCC	2	8	21020	21027	0 %	0 %	25 %	75 %	169237182
51	NC_010366	TTAG	2	8	22473	22480	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
52	NC_010366	TGCT	2	8	22487	22494	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
53	NC_010366	AGCA	2	8	22514	22521	50 %	0 %	25 %	25 %	169237183
54	NC_010366	GTAC	2	8	23267	23274	25 %	25 %	25 %	25 %	169237183
55	NC_010366	ACGG	2	8	23279	23286	25 %	0 %	50 %	25 %	169237183
56	NC_010366	GGCG	2	8	23536	23543	0 %	0 %	75 %	25 %	169237183
57	NC_010366	CACC	2	8	23669	23676	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
58	NC_010366	ACAA	2	8	24520	24527	75 %	0 %	0 %	25 %	169237185
59	NC_010366	CGTT	2	8	24922	24929	0 %	50 %	25 %	25 %	169237185
60	NC_010366	GCCG	2	8	25094	25101	0 %	0 %	50 %	50 %	169237185
61	NC_010366	ACGA	2	8	25346	25353	50 %	0 %	25 %	25 %	169237185
62	NC_010366	GTTC	2	8	25510	25517	0 %	50 %	25 %	25 %	169237186
63	NC_010366	CGAT	2	8	26428	26435	25 %	25 %	25 %	25 %	169237187
64	NC_010366	ATTC	2	8	26508	26515	25 %	50 %	0 %	25 %	169237187
65	NC_010366	ATGG	2	8	27131	27138	25 %	25 %	50 %	0 %	169237188
66	NC_010366	CGAA	2	8	27548	27555	50 %	0 %	25 %	25 %	169237188
67	NC_010366	CCCA	2	8	28148	28155	25 %	0 %	0 %	75 %	169237189
68	NC_010366	TGCT	2	8	29823	29830	0 %	50 %	25 %	25 %	169237189
69	NC_010366	GATT	2	8	30717	30724	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
70	NC_010366	CGAG	2	8	30842	30849	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
71	NC_010366	TACA	2	8	30964	30971	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
72	NC_010366	GGAC	2	8	30992	30999	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
73	NC_010366	GTCG	2	8	31593	31600	0 %	25 %	50 %	25 %	169237191
74	NC_010366	TCAC	2	8	31899	31906	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
75	NC_010366	AGCG	2	8	32046	32053	25 %	0 %	50 %	25 %	169237192
76	NC_010366	TTCC	2	8	33337	33344	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_010366	TTAG	2	8	33456	33463	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_010366	TGCT	2	8	33470	33477	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
79	NC_010366	AGCA	2	8	33497	33504	50 %	0 %	25 %	25 %	169237193
80	NC_010366	GTAC	2	8	34250	34257	25 %	25 %	25 %	25 %	169237193
81	NC_010366	ACGG	2	8	34262	34269	25 %	0 %	50 %	25 %	169237193
82	NC_010366	GGCG	2	8	34519	34526	0 %	0 %	75 %	25 %	169237193
83	NC_010366	CACC	2	8	34652	34659	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
84	NC_010366	CTCC	2	8	34896	34903	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
85	NC_010366	CTGC	2	8	34998	35005	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
86	NC_010366	AGCA	2	8	36300	36307	50 %	0 %	25 %	25 %	169237194
87	NC_010366	CGCC	2	8	36440	36447	0 %	0 %	25 %	75 %	169237194
88	NC_010366	TGGA	2	8	36495	36502	25 %	25 %	50 %	0 %	169237194
89	NC_010366	CGTG	2	8	36668	36675	0 %	25 %	50 %	25 %	169237194
90	NC_010366	TCGC	2	8	37070	37077	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
91	NC_010366	CGAC	2	8	38195	38202	25 %	0 %	25 %	50 %	169237195
92	NC_010366	AGTG	2	8	38662	38669	25 %	25 %	50 %	0 %	169237196
93	NC_010366	TTGA	2	8	38801	38808	25 %	50 %	25 %	0 %	169237196
94	NC_010366	ACTT	2	8	38937	38944	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_010366	GTAC	2	8	39269	39276	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
96	NC_010366	ATCA	2	8	39933	39940	50 %	25 %	0 %	25 %	169237199
97	NC_010366	CGGC	2	8	39941	39948	0 %	0 %	50 %	50 %	169237199
98	NC_010366	TCAC	2	8	40139	40146	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
99	NC_010366	TGCT	2	8	40245	40252	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
100	NC_010366	TTCG	2	8	41639	41646	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
101	NC_010366	GGGC	2	8	42377	42384	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
102	NC_010366	ACGT	2	8	43526	43533	25 %	25 %	25 %	25 %	169237204
103	NC_010366	CGGC	2	8	43882	43889	0 %	0 %	50 %	50 %	169237204
104	NC_010366	ACCC	2	8	44112	44119	25 %	0 %	0 %	75 %	169237204
105	NC_010366	CGAG	2	8	44349	44356	25 %	0 %	50 %	25 %	169237204
106	NC_010366	ACTG	2	8	44434	44441	25 %	25 %	25 %	25 %	169237204
107	NC_010366	TGAC	2	8	44548	44555	25 %	25 %	25 %	25 %	169237204
108	NC_010366	CGGA	2	8	44688	44695	25 %	0 %	50 %	25 %	169237205
109	NC_010366	GCCG	2	8	44982	44989	0 %	0 %	50 %	50 %	169237205
110	NC_010366	GACC	2	8	45553	45560	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
111	NC_010366	GACG	2	8	46204	46211	25 %	0 %	50 %	25 %	169237206
112	NC_010366	AGTC	2	8	46349	46356	25 %	25 %	25 %	25 %	169237207
113	NC_010366	GTCT	2	8	46500	46507	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
114	NC_010366	TGCG	2	8	47209	47216	0 %	25 %	50 %	25 %	169237208
115	NC_010366	ACCG	2	8	47220	47227	25 %	0 %	25 %	50 %	169237208
116	NC_010366	CGCC	2	8	47540	47547	0 %	0 %	25 %	75 %	169237208
117	NC_010366	CGGC	2	8	47793	47800	0 %	0 %	50 %	50 %	169237208
118	NC_010366	GCCA	2	8	47895	47902	25 %	0 %	25 %	50 %	169237208
119	NC_010366	CGGG	2	8	49653	49660	0 %	0 %	75 %	25 %	169237211
120	NC_010366	CGAG	2	8	50226	50233	25 %	0 %	50 %	25 %	169237212
121	NC_010366	CCGT	2	8	50240	50247	0 %	25 %	25 %	50 %	169237212
122	NC_010366	CGAG	2	8	50573	50580	25 %	0 %	50 %	25 %	169237212
123	NC_010366	ACTG	2	8	51046	51053	25 %	25 %	25 %	25 %	169237213
124	NC_010366	GACG	2	8	51190	51197	25 %	0 %	50 %	25 %	169237213
125	NC_010366	ACGC	2	8	51410	51417	25 %	0 %	25 %	50 %	169237213
126	NC_010366	TCGT	2	8	52190	52197	0 %	50 %	25 %	25 %	169237214
127	NC_010366	GGCC	2	8	52726	52733	0 %	0 %	50 %	50 %	169237214
128	NC_010366	TGGA	2	8	53222	53229	25 %	25 %	50 %	0 %	169237214
129	NC_010366	ACCG	2	8	53532	53539	25 %	0 %	25 %	50 %	169237215
130	NC_010366	CAGA	2	8	55413	55420	50 %	0 %	25 %	25 %	169237218
131	NC_010366	TGCG	2	8	56248	56255	0 %	25 %	50 %	25 %	169237219
132	NC_010366	GCAG	2	8	56537	56544	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
133	NC_010366	CCGA	2	8	56555	56562	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
134	NC_010366	GCCG	2	8	57147	57154	0 %	0 %	50 %	50 %	169237220
135	NC_010366	CGCC	2	8	57507	57514	0 %	0 %	25 %	75 %	169237220
136	NC_010366	CGTC	2	8	57525	57532	0 %	25 %	25 %	50 %	169237220
137	NC_010366	CAGC	2	8	58236	58243	25 %	0 %	25 %	50 %	169237221
138	NC_010366	CGCT	2	8	58322	58329	0 %	25 %	25 %	50 %	169237221
139	NC_010366	GTTT	2	8	58383	58390	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
140	NC_010366	AATG	2	8	58777	58784	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
141	NC_010366	CTGG	2	8	58828	58835	0 %	25 %	50 %	25 %	169237222
142	NC_010366	TGTC	2	8	58867	58874	0 %	50 %	25 %	25 %	169237222
143	NC_010366	TTCA	2	8	59238	59245	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
144	NC_010366	CTGC	2	8	60335	60342	0 %	25 %	25 %	50 %	169237224
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.