MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Herpetosiphon aurantiacus DSM 785 plasmid pHAU02

Total Repeats: 276

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009974	TTGC	2	8	1395	1402	0 %	50 %	25 %	25 %	159901744
2	NC_009974	GCCA	2	8	1787	1794	25 %	0 %	25 %	50 %	159901744
3	NC_009974	CCAT	2	8	3094	3101	25 %	25 %	0 %	50 %	159901745
4	NC_009974	CCAC	3	12	3244	3255	25 %	0 %	0 %	75 %	159901745
5	NC_009974	TGGT	2	8	3485	3492	0 %	50 %	50 %	0 %	159901745
6	NC_009974	ATCA	2	8	3636	3643	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
7	NC_009974	GTCG	2	8	3832	3839	0 %	25 %	50 %	25 %	159901746
8	NC_009974	CGAA	2	8	4418	4425	50 %	0 %	25 %	25 %	159901747
9	NC_009974	CCAT	2	8	4462	4469	25 %	25 %	0 %	50 %	159901747
10	NC_009974	GCGT	2	8	4867	4874	0 %	25 %	50 %	25 %	159901747
11	NC_009974	ATCA	2	8	4959	4966	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
12	NC_009974	AATG	2	8	5131	5138	50 %	25 %	25 %	0 %	159901748
13	NC_009974	GCCC	2	8	5386	5393	0 %	0 %	25 %	75 %	159901748
14	NC_009974	TCAC	2	8	5585	5592	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
15	NC_009974	CGTC	2	8	5593	5600	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
16	NC_009974	CACC	2	8	5854	5861	25 %	0 %	0 %	75 %	159901749
17	NC_009974	TGCC	2	8	6911	6918	0 %	25 %	25 %	50 %	159901750
18	NC_009974	TGCT	2	8	7551	7558	0 %	50 %	25 %	25 %	159901750
19	NC_009974	CGCC	2	8	8192	8199	0 %	0 %	25 %	75 %	159901750
20	NC_009974	TCGC	2	8	8274	8281	0 %	25 %	25 %	50 %	159901750
21	NC_009974	TGCC	2	8	8542	8549	0 %	25 %	25 %	50 %	159901750
22	NC_009974	CCGT	2	8	8665	8672	0 %	25 %	25 %	50 %	159901751
23	NC_009974	CCAA	2	8	9144	9151	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
24	NC_009974	TCAG	2	8	9243	9250	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
25	NC_009974	CCCG	2	8	9862	9869	0 %	0 %	25 %	75 %	159901752
26	NC_009974	GTGC	2	8	10932	10939	0 %	25 %	50 %	25 %	159901752
27	NC_009974	TGAT	2	8	11061	11068	25 %	50 %	25 %	0 %	159901752
28	NC_009974	TCGC	2	8	12598	12605	0 %	25 %	25 %	50 %	159901754
29	NC_009974	CTCA	2	8	13814	13821	25 %	25 %	0 %	50 %	159901754
30	NC_009974	GCGG	2	8	13893	13900	0 %	0 %	75 %	25 %	159901755
31	NC_009974	GGTC	2	8	13991	13998	0 %	25 %	50 %	25 %	159901755
32	NC_009974	GTCA	2	8	14031	14038	25 %	25 %	25 %	25 %	159901755
33	NC_009974	CGCT	2	8	14212	14219	0 %	25 %	25 %	50 %	159901755
34	NC_009974	GTTG	2	8	14224	14231	0 %	50 %	50 %	0 %	159901755
35	NC_009974	CGTT	2	8	14404	14411	0 %	50 %	25 %	25 %	159901755
36	NC_009974	GCCC	2	8	14627	14634	0 %	0 %	25 %	75 %	159901755
37	NC_009974	GCGG	2	8	15669	15676	0 %	0 %	75 %	25 %	159901755
38	NC_009974	ACCA	2	8	15691	15698	50 %	0 %	0 %	50 %	159901755
39	NC_009974	TCGC	2	8	16310	16317	0 %	25 %	25 %	50 %	159901756
40	NC_009974	TTGC	2	8	16503	16510	0 %	50 %	25 %	25 %	159901756
41	NC_009974	GGCG	2	8	16794	16801	0 %	0 %	75 %	25 %	159901756
42	NC_009974	CGCC	2	8	16894	16901	0 %	0 %	25 %	75 %	159901756
43	NC_009974	TCAA	2	8	17306	17313	50 %	25 %	0 %	25 %	159901756
44	NC_009974	CCGC	2	8	17418	17425	0 %	0 %	25 %	75 %	159901756
45	NC_009974	ATCC	2	8	17968	17975	25 %	25 %	0 %	50 %	159901756
46	NC_009974	TCCG	2	8	18451	18458	0 %	25 %	25 %	50 %	159901757
47	NC_009974	CACC	2	8	18642	18649	25 %	0 %	0 %	75 %	159901758
48	NC_009974	CCAG	2	8	18705	18712	25 %	0 %	25 %	50 %	159901758
49	NC_009974	TCGC	2	8	18852	18859	0 %	25 %	25 %	50 %	159901758
50	NC_009974	CGAC	2	8	18865	18872	25 %	0 %	25 %	50 %	159901758
51	NC_009974	CTGC	2	8	18993	19000	0 %	25 %	25 %	50 %	159901758
52	NC_009974	ACTG	2	8	19165	19172	25 %	25 %	25 %	25 %	159901759
53	NC_009974	CAAT	2	8	19280	19287	50 %	25 %	0 %	25 %	159901759
54	NC_009974	CCAC	2	8	19715	19722	25 %	0 %	0 %	75 %	159901759
55	NC_009974	CGTC	2	8	19823	19830	0 %	25 %	25 %	50 %	159901759
56	NC_009974	TGGG	2	8	19886	19893	0 %	25 %	75 %	0 %	159901759
57	NC_009974	GATT	2	8	19980	19987	25 %	50 %	25 %	0 %	159901759
58	NC_009974	GCTC	2	8	20276	20283	0 %	25 %	25 %	50 %	159901759
59	NC_009974	TCCA	2	8	20381	20388	25 %	25 %	0 %	50 %	159901760
60	NC_009974	GCGG	2	8	20434	20441	0 %	0 %	75 %	25 %	159901760
61	NC_009974	GGCG	2	8	20674	20681	0 %	0 %	75 %	25 %	159901760
62	NC_009974	GTGG	2	8	20725	20732	0 %	25 %	75 %	0 %	159901760
63	NC_009974	CGTC	2	8	20939	20946	0 %	25 %	25 %	50 %	159901760
64	NC_009974	CCGC	2	8	21202	21209	0 %	0 %	25 %	75 %	159901760
65	NC_009974	ACAG	2	8	21664	21671	50 %	0 %	25 %	25 %	159901760
66	NC_009974	ATCC	2	8	22289	22296	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
67	NC_009974	GCAT	2	8	23419	23426	25 %	25 %	25 %	25 %	159901762
68	NC_009974	GCAG	2	8	24301	24308	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
69	NC_009974	AACG	2	8	24502	24509	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_009974	CAGC	2	8	24591	24598	25 %	0 %	25 %	50 %	159901763
71	NC_009974	CAGG	2	8	24710	24717	25 %	0 %	50 %	25 %	159901763
72	NC_009974	GCCA	2	8	24906	24913	25 %	0 %	25 %	50 %	159901763
73	NC_009974	CTTT	2	8	25304	25311	0 %	75 %	0 %	25 %	159901763
74	NC_009974	CCTG	2	8	25349	25356	0 %	25 %	25 %	50 %	159901763
75	NC_009974	GCAC	2	8	25664	25671	25 %	0 %	25 %	50 %	159901763
76	NC_009974	CGAT	2	8	25898	25905	25 %	25 %	25 %	25 %	159901763
77	NC_009974	AGGA	2	8	26064	26071	50 %	0 %	50 %	0 %	159901763
78	NC_009974	TGGG	2	8	26140	26147	0 %	25 %	75 %	0 %	159901763
79	NC_009974	TTCT	2	8	26297	26304	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
80	NC_009974	GCAA	2	8	26461	26468	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
81	NC_009974	ATTG	2	8	26640	26647	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_009974	CTTT	2	8	27390	27397	0 %	75 %	0 %	25 %	159901764
83	NC_009974	CTAT	2	8	27766	27773	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
84	NC_009974	CCCT	2	8	28096	28103	0 %	25 %	0 %	75 %	159901765
85	NC_009974	ATCA	2	8	30585	30592	50 %	25 %	0 %	25 %	159901767
86	NC_009974	TGTA	2	8	32363	32370	25 %	50 %	25 %	0 %	159901770
87	NC_009974	TATC	2	8	32389	32396	25 %	50 %	0 %	25 %	159901770
88	NC_009974	TCAG	2	8	32406	32413	25 %	25 %	25 %	25 %	159901770
89	NC_009974	CACC	2	8	32465	32472	25 %	0 %	0 %	75 %	159901770
90	NC_009974	ATTT	2	8	33370	33377	25 %	75 %	0 %	0 %	159901770
91	NC_009974	CCTT	2	8	34291	34298	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
92	NC_009974	TTGG	2	8	34620	34627	0 %	50 %	50 %	0 %	159901771
93	NC_009974	CGAT	2	8	35305	35312	25 %	25 %	25 %	25 %	159901771
94	NC_009974	TCAT	2	8	35320	35327	25 %	50 %	0 %	25 %	159901771
95	NC_009974	GATG	2	8	35786	35793	25 %	25 %	50 %	0 %	159901771
96	NC_009974	GGAT	2	8	36934	36941	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
97	NC_009974	CCCG	2	8	37032	37039	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
98	NC_009974	TGTT	2	8	37200	37207	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NC_009974	ACCT	2	8	38320	38327	25 %	25 %	0 %	50 %	159901774
100	NC_009974	TCGG	2	8	38407	38414	0 %	25 %	50 %	25 %	159901774
101	NC_009974	GCCC	2	8	39388	39395	0 %	0 %	25 %	75 %	159901774
102	NC_009974	TGGG	2	8	39793	39800	0 %	25 %	75 %	0 %	159901774
103	NC_009974	GGCA	2	8	39884	39891	25 %	0 %	50 %	25 %	159901774
104	NC_009974	ATAG	2	8	40478	40485	50 %	25 %	25 %	0 %	159901775
105	NC_009974	ATAG	2	8	40604	40611	50 %	25 %	25 %	0 %	159901775
106	NC_009974	GGCA	2	8	41348	41355	25 %	0 %	50 %	25 %	159901776
107	NC_009974	TCGC	2	8	41460	41467	0 %	25 %	25 %	50 %	159901776
108	NC_009974	CCGA	2	8	42119	42126	25 %	0 %	25 %	50 %	159901776
109	NC_009974	AATT	2	8	42417	42424	50 %	50 %	0 %	0 %	159901776
110	NC_009974	GAGC	2	8	42910	42917	25 %	0 %	50 %	25 %	159901777
111	NC_009974	GGCT	2	8	43840	43847	0 %	25 %	50 %	25 %	159901777
112	NC_009974	TGCA	2	8	44138	44145	25 %	25 %	25 %	25 %	159901777
113	NC_009974	GACG	2	8	44442	44449	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
114	NC_009974	GATT	2	8	44487	44494	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
115	NC_009974	AATC	2	8	44503	44510	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
116	NC_009974	CCGC	2	8	45052	45059	0 %	0 %	25 %	75 %	159901778
117	NC_009974	TCCC	2	8	45300	45307	0 %	25 %	0 %	75 %	159901778
118	NC_009974	TCAG	2	8	45740	45747	25 %	25 %	25 %	25 %	159901778
119	NC_009974	TGCC	2	8	45770	45777	0 %	25 %	25 %	50 %	159901778
120	NC_009974	ATCT	2	8	46503	46510	25 %	50 %	0 %	25 %	159901778
121	NC_009974	GTCA	2	8	47049	47056	25 %	25 %	25 %	25 %	159901778
122	NC_009974	CGCA	2	8	47532	47539	25 %	0 %	25 %	50 %	159901778
123	NC_009974	AACA	2	8	47622	47629	75 %	0 %	0 %	25 %	159901778
124	NC_009974	CCAC	2	8	47728	47735	25 %	0 %	0 %	75 %	159901778
125	NC_009974	CCAC	2	8	48835	48842	25 %	0 %	0 %	75 %	159901778
126	NC_009974	CCAC	2	8	49372	49379	25 %	0 %	0 %	75 %	159901778
127	NC_009974	GAAC	2	8	50834	50841	50 %	0 %	25 %	25 %	159901778
128	NC_009974	GTTG	2	8	51140	51147	0 %	50 %	50 %	0 %	159901779
129	NC_009974	TGGA	2	8	51293	51300	25 %	25 %	50 %	0 %	159901779
130	NC_009974	AGTC	2	8	51577	51584	25 %	25 %	25 %	25 %	159901779
131	NC_009974	ACCA	2	8	51869	51876	50 %	0 %	0 %	50 %	159901779
132	NC_009974	ATCC	2	8	51941	51948	25 %	25 %	0 %	50 %	159901779
133	NC_009974	TGAT	2	8	52087	52094	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_009974	CAAT	2	8	52103	52110	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_009974	GAAC	2	8	52439	52446	50 %	0 %	25 %	25 %	159901780
136	NC_009974	ACGA	2	8	52585	52592	50 %	0 %	25 %	25 %	159901780
137	NC_009974	GATT	2	8	52645	52652	25 %	50 %	25 %	0 %	159901780
138	NC_009974	CTTG	2	8	53021	53028	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
139	NC_009974	GATG	2	8	53517	53524	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
140	NC_009974	GCAT	2	8	53957	53964	25 %	25 %	25 %	25 %	159901781
141	NC_009974	GATC	2	8	53995	54002	25 %	25 %	25 %	25 %	159901781
142	NC_009974	TTCG	2	8	54905	54912	0 %	50 %	25 %	25 %	159901781
143	NC_009974	GAGC	2	8	55731	55738	25 %	0 %	50 %	25 %	159901781
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.