MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Halorhodospira halophila SL1 chromosome

Total Repeats: 66757

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
3001	NC_008789	CAC	3	9	135335	135343	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	121996929
3002	NC_008789	GGT	2	6	135344	135349	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	121996929
3003	NC_008789	CGT	2	6	135460	135465	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121996929
3004	NC_008789	AGG	2	6	135502	135507	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	121996929
3005	NC_008789	GTC	2	6	135666	135671	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121996929
3006	NC_008789	AGG	2	6	135868	135873	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	121996929
3007	NC_008789	CTG	2	6	135951	135956	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121996929
3008	NC_008789	CAA	2	6	136028	136033	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	121996929
3009	NC_008789	CGA	2	6	136100	136105	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121996929
3010	NC_008789	ACG	2	6	136144	136149	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121996929
3011	NC_008789	GCC	2	6	136155	136160	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121996929
3012	NC_008789	CGC	2	6	136178	136183	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121996929
3013	NC_008789	GGA	2	6	136187	136192	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	121996929
3014	NC_008789	CGG	2	6	136196	136201	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121996929
3015	NC_008789	GCA	2	6	136211	136216	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121996929
3016	NC_008789	ACG	2	6	136273	136278	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121996929
3017	NC_008789	GCT	2	6	136376	136381	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121996929
3018	NC_008789	CGC	2	6	136403	136408	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121996929
3019	NC_008789	GCCCAC	2	12	136431	136442	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	121996929
3020	NC_008789	AGC	2	6	136471	136476	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121996929
3021	NC_008789	GCT	2	6	136517	136522	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121996929
3022	NC_008789	GAC	2	6	136569	136574	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121996929
3023	NC_008789	TCC	2	6	136648	136653	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	121996929
3024	NC_008789	GAG	2	6	136701	136706	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	121996929
3025	NC_008789	CT	3	6	136718	136723	0 %	50 %	0 %	50 %	121996929
3026	NC_008789	ACCT	2	8	136782	136789	25 %	25 %	0 %	50 %	121996929
3027	NC_008789	CGT	2	6	136805	136810	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121996929
3028	NC_008789	ACG	2	6	136828	136833	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121996929
3029	NC_008789	GCC	2	6	136945	136950	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121996929
3030	NC_008789	CGC	2	6	137051	137056	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121996929
3031	NC_008789	GCCGAG	2	12	137085	137096	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	121996929
3032	NC_008789	CCGG	2	8	137180	137187	0 %	0 %	50 %	50 %	121996929
3033	NC_008789	CCT	2	6	137327	137332	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	121996929
3034	NC_008789	AAC	2	6	137361	137366	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	121996929
3035	NC_008789	CGC	2	6	137375	137380	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121996929
3036	NC_008789	GCT	2	6	137384	137389	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121996929
3037	NC_008789	CGCCA	2	10	137430	137439	20 %	0 %	20 %	60 %	121996929
3038	NC_008789	TGT	2	6	137598	137603	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	121996930
3039	NC_008789	GGCCT	2	10	137624	137633	0 %	20 %	40 %	40 %	121996930
3040	NC_008789	TCC	2	6	137636	137641	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	121996930
3041	NC_008789	CAC	2	6	137646	137651	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	121996930
3042	NC_008789	GCC	2	6	137669	137674	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121996930
3043	NC_008789	GC	3	6	137729	137734	0 %	0 %	50 %	50 %	121996930
3044	NC_008789	GTC	2	6	137735	137740	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121996930
3045	NC_008789	CGA	2	6	137782	137787	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121996930
3046	NC_008789	AGC	2	6	137823	137828	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121996930
3047	NC_008789	CTT	2	6	137842	137847	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	121996930
3048	NC_008789	TCT	2	6	137848	137853	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	121996930
3049	NC_008789	AGG	2	6	137856	137861	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	121996930
3050	NC_008789	GAGC	2	8	137887	137894	25 %	0 %	50 %	25 %	121996930
3051	NC_008789	GCC	2	6	137927	137932	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121996930
3052	NC_008789	GCC	2	6	138062	138067	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121996930
3053	NC_008789	CGA	2	6	138082	138087	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121996930
3054	NC_008789	GGC	2	6	138093	138098	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121996930
3055	NC_008789	ACG	2	6	138111	138116	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121996930
3056	NC_008789	GCA	2	6	138141	138146	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121996930
3057	NC_008789	GAG	2	6	138149	138154	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	121996930
3058	NC_008789	CGG	2	6	138173	138178	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121996930
3059	NC_008789	CAT	2	6	138223	138228	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	121996930
3060	NC_008789	GCG	2	6	138251	138256	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121996930
3061	NC_008789	CGC	2	6	138285	138290	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121996930
3062	NC_008789	GAG	2	6	138299	138304	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	121996930
3063	NC_008789	TCG	2	6	138378	138383	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121996930
3064	NC_008789	CGG	2	6	138394	138399	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121996930
3065	NC_008789	CAT	2	6	138439	138444	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	121996930
3066	NC_008789	CGT	2	6	138481	138486	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121996930
3067	NC_008789	GGC	2	6	138492	138497	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121996930
3068	NC_008789	TGC	2	6	138555	138560	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121996930
3069	NC_008789	CGCC	2	8	138561	138568	0 %	0 %	25 %	75 %	121996930
3070	NC_008789	CAA	2	6	138610	138615	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	121996930
3071	NC_008789	GCC	2	6	138635	138640	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121996930
3072	NC_008789	AGG	2	6	138645	138650	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	121996930
3073	NC_008789	GGC	2	6	138730	138735	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121996930
3074	NC_008789	GAC	2	6	138749	138754	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121996930
3075	NC_008789	GCA	2	6	138759	138764	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121996930
3076	NC_008789	CTG	2	6	138821	138826	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121996930
3077	NC_008789	CGG	2	6	138847	138852	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121996930
3078	NC_008789	CGG	3	9	138892	138900	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121996930
3079	NC_008789	CGG	2	6	138903	138908	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121996930
3080	NC_008789	GCG	2	6	138957	138962	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121996930
3081	NC_008789	ACG	2	6	138972	138977	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121996930
3082	NC_008789	TGG	2	6	138993	138998	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	121996930
3083	NC_008789	GCA	2	6	139099	139104	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121996930
3084	NC_008789	GAT	2	6	139105	139110	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	121996930
3085	NC_008789	GAG	2	6	139139	139144	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	121996930
3086	NC_008789	GA	3	6	139194	139199	50 %	0 %	50 %	0 %	121996930
3087	NC_008789	GAG	2	6	139256	139261	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	121996930
3088	NC_008789	CAT	2	6	139345	139350	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	121996930
3089	NC_008789	CGA	2	6	139351	139356	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121996930
3090	NC_008789	CCG	2	6	139363	139368	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121996930
3091	NC_008789	GGA	2	6	139384	139389	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	121996930
3092	NC_008789	AGG	2	6	139482	139487	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	121996930
3093	NC_008789	GCT	2	6	139510	139515	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121996930
3094	NC_008789	GCG	2	6	139619	139624	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121996930
3095	NC_008789	CGA	2	6	139663	139668	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121996930
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3097	NC_008789	AAGG	2	8	139691	139698	50 %	0 %	50 %	0 %	121996930
3098	NC_008789	CGTCG	2	10	139703	139712	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
3099	NC_008789	GGCC	2	8	139720	139727	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
3100	NC_008789	CGG	2	6	139750	139755	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121996931
3101	NC_008789	ACCGG	2	10	139893	139902	20 %	0 %	40 %	40 %	121996931
3102	NC_008789	CCG	2	6	140016	140021	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121996931
3103	NC_008789	CTC	2	6	140054	140059	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	121996931
3104	NC_008789	C	6	6	140106	140111	0 %	0 %	0 %	100 %	121996931
3105	NC_008789	CGT	2	6	140116	140121	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121996931
3106	NC_008789	GCC	2	6	140198	140203	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121996931
3107	NC_008789	CG	3	6	140229	140234	0 %	0 %	50 %	50 %	121996931
3108	NC_008789	GC	3	6	140240	140245	0 %	0 %	50 %	50 %	121996931
3109	NC_008789	CAG	2	6	140246	140251	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121996931
3110	NC_008789	ACCG	2	8	140274	140281	25 %	0 %	25 %	50 %	121996931
3111	NC_008789	CG	3	6	140280	140285	0 %	0 %	50 %	50 %	121996931
3112	NC_008789	CCG	2	6	140326	140331	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121996931
3113	NC_008789	GGT	2	6	140335	140340	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	121996931
3114	NC_008789	CG	3	6	140394	140399	0 %	0 %	50 %	50 %	121996931
3115	NC_008789	CA	3	6	140402	140407	50 %	0 %	0 %	50 %	121996931
3116	NC_008789	TCT	2	6	140424	140429	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	121996931
3117	NC_008789	CGC	2	6	140484	140489	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121996931
3118	NC_008789	CGC	2	6	140513	140518	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121996931
3119	NC_008789	GCAG	2	8	140551	140558	25 %	0 %	50 %	25 %	121996931
3120	NC_008789	GTC	2	6	140576	140581	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121996931
3121	NC_008789	CGG	2	6	140590	140595	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121996931
3122	NC_008789	CGGC	2	8	140655	140662	0 %	0 %	50 %	50 %	121996931
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3234	NC_008789	GC	3	6	144830	144835	0 %	0 %	50 %	50 %	121996934
3235	NC_008789	GCCGAG	2	12	144892	144903	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	121996934
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3238	NC_008789	CGC	2	6	144995	145000	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121996935
3239	NC_008789	GTTC	2	8	145041	145048	0 %	50 %	25 %	25 %	121996935
3240	NC_008789	TCA	2	6	145073	145078	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	121996935
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3242	NC_008789	AGC	2	6	145130	145135	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121996935
3243	NC_008789	TTC	2	6	145136	145141	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	121996935
3244	NC_008789	GC	3	6	145183	145188	0 %	0 %	50 %	50 %	121996935
3245	NC_008789	GCC	2	6	145232	145237	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121996935
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3247	NC_008789	ACC	2	6	145559	145564	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	121996935
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3249	NC_008789	GAA	2	6	145603	145608	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	121996935
3250	NC_008789	CTTGGG	2	12	145663	145674	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	121996935
3251	NC_008789	CGA	2	6	145704	145709	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121996935
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3253	NC_008789	CCT	2	6	145854	145859	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	121996935
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3257	NC_008789	AATC	2	8	146350	146357	50 %	25 %	0 %	25 %	121996936
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3267	NC_008789	ACAT	2	8	146722	146729	50 %	25 %	0 %	25 %	121996937
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3283	NC_008789	GC	3	6	147261	147266	0 %	0 %	50 %	50 %	121996937
3284	NC_008789	CCA	2	6	147334	147339	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	121996937
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3301	NC_008789	CGA	2	6	148019	148024	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121996937
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3332	NC_008789	GCA	2	6	149266	149271	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121996938
3333	NC_008789	CTC	2	6	149297	149302	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3334	NC_008789	AGACC	2	10	149390	149399	40 %	0 %	20 %	40 %	121996939
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3349	NC_008789	GCA	2	6	150117	150122	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121996940
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3352	NC_008789	AGC	2	6	150257	150262	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121996940
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3354	NC_008789	GCC	2	6	150709	150714	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
3355	NC_008789	AGA	2	6	150733	150738	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3356	NC_008789	AGCCG	2	10	150810	150819	20 %	0 %	40 %	40 %	121996941
3357	NC_008789	GCG	2	6	150869	150874	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121996941
3358	NC_008789	ACCGAC	2	12	150901	150912	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	121996941
3359	NC_008789	CCG	2	6	150914	150919	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121996941
3360	NC_008789	CAA	2	6	150990	150995	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	121996941
3361	NC_008789	CGG	2	6	151007	151012	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121996941
3362	NC_008789	TCG	2	6	151064	151069	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121996941
3363	NC_008789	GCT	2	6	151095	151100	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121996941
3364	NC_008789	GAT	2	6	151197	151202	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	121996941
3365	NC_008789	GAC	2	6	151261	151266	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121996941
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3453	NC_008789	TCG	2	6	155108	155113	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121996944
3454	NC_008789	CCT	2	6	155138	155143	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3455	NC_008789	CCAG	2	8	155286	155293	25 %	0 %	25 %	50 %	121996945
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3468	NC_008789	GTC	2	6	155731	155736	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121996945
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3470	NC_008789	GGGA	2	8	155769	155776	25 %	0 %	75 %	0 %	121996945
3471	NC_008789	GCCA	2	8	155831	155838	25 %	0 %	25 %	50 %	121996945
3472	NC_008789	GCCG	2	8	155839	155846	0 %	0 %	50 %	50 %	121996945
3473	NC_008789	AGG	2	6	155879	155884	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	121996945
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3476	NC_008789	CGCCC	2	10	155974	155983	0 %	0 %	20 %	80 %	121996945
3477	NC_008789	TGA	2	6	155984	155989	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	121996945
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3479	NC_008789	CCT	2	6	156091	156096	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3480	NC_008789	CGC	2	6	156163	156168	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	121996946
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3482	NC_008789	CGG	2	6	156323	156328	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121996946
3483	NC_008789	GGC	2	6	156396	156401	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121996946
3484	NC_008789	CGA	2	6	156509	156514	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121996946
3485	NC_008789	ACC	2	6	156516	156521	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	121996946
3486	NC_008789	GACC	2	8	156566	156573	25 %	0 %	25 %	50 %	121996946
3487	NC_008789	GAG	2	6	156576	156581	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	121996946
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3489	NC_008789	GGC	2	6	156613	156618	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121996946
3490	NC_008789	ACA	2	6	156721	156726	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	121996946
3491	NC_008789	ACC	2	6	156741	156746	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	121996946
3492	NC_008789	GAC	2	6	156759	156764	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121996946
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3495	NC_008789	CGA	2	6	156812	156817	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121996946
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