MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Gardnerella vaginalis HMP9231 chromosome

Total Repeats: 29867

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_017456	AAT	3	9	25118	25126	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385801006
502	NC_017456	AAG	2	6	25199	25204	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385801006
503	NC_017456	TCC	2	6	25298	25303	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	385801006
504	NC_017456	GAA	3	9	25325	25333	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385801006
505	NC_017456	GA	3	6	25370	25375	50 %	0 %	50 %	0 %	385801006
506	NC_017456	AACA	2	8	25424	25431	75 %	0 %	0 %	25 %	385801006
507	NC_017456	T	6	6	25457	25462	0 %	100 %	0 %	0 %	385801006
508	NC_017456	GAA	2	6	25528	25533	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385801006
509	NC_017456	CAA	2	6	25540	25545	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385801006
510	NC_017456	CAAA	2	8	25548	25555	75 %	0 %	0 %	25 %	385801006
511	NC_017456	CA	3	6	25556	25561	50 %	0 %	0 %	50 %	385801006
512	NC_017456	TAA	2	6	25612	25617	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385801006
513	NC_017456	T	6	6	25620	25625	0 %	100 %	0 %	0 %	385801006
514	NC_017456	CAT	2	6	25809	25814	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385801007
515	NC_017456	GCA	2	6	25882	25887	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385801007
516	NC_017456	TGTA	2	8	25889	25896	25 %	50 %	25 %	0 %	385801007
517	NC_017456	AGC	2	6	25901	25906	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385801007
518	NC_017456	AGC	2	6	25931	25936	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385801007
519	NC_017456	A	6	6	25976	25981	100 %	0 %	0 %	0 %	385801007
520	NC_017456	GAA	2	6	25990	25995	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385801007
521	NC_017456	TAGA	2	8	26023	26030	50 %	25 %	25 %	0 %	385801007
522	NC_017456	ATT	2	6	26223	26228	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385801008
523	NC_017456	AGA	2	6	26290	26295	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385801008
524	NC_017456	CAG	2	6	26505	26510	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385801008
525	NC_017456	GTA	2	6	26533	26538	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385801008
526	NC_017456	GAA	2	6	26611	26616	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385801008
527	NC_017456	TGT	2	6	26790	26795	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385801008
528	NC_017456	GAA	2	6	26806	26811	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385801008
529	NC_017456	GTT	2	6	26842	26847	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385801008
530	NC_017456	TTG	2	6	26864	26869	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385801008
531	NC_017456	CATAG	2	10	26893	26902	40 %	20 %	20 %	20 %	385801008
532	NC_017456	GAA	2	6	26923	26928	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385801008
533	NC_017456	GGA	2	6	27000	27005	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385801008
534	NC_017456	CTT	2	6	27127	27132	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385801008
535	NC_017456	CTT	2	6	27145	27150	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385801008
536	NC_017456	ATC	2	6	27163	27168	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385801008
537	NC_017456	AAG	2	6	27190	27195	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385801008
538	NC_017456	TAA	2	6	27237	27242	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385801008
539	NC_017456	CGA	2	6	27278	27283	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385801008
540	NC_017456	CAA	2	6	27358	27363	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385801008
541	NC_017456	ACC	2	6	27400	27405	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385801008
542	NC_017456	GTAG	2	8	27406	27413	25 %	25 %	50 %	0 %	385801008
543	NC_017456	AAT	2	6	27547	27552	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385801008
544	NC_017456	GTGGC	2	10	27559	27568	0 %	20 %	60 %	20 %	385801008
545	NC_017456	GAA	2	6	27615	27620	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385801008
546	NC_017456	TGG	2	6	27648	27653	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385801008
547	NC_017456	CTTG	2	8	27760	27767	0 %	50 %	25 %	25 %	385801008
548	NC_017456	GGT	2	6	27772	27777	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385801008
549	NC_017456	CAT	2	6	27819	27824	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385801008
550	NC_017456	AGC	2	6	27832	27837	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385801008
551	NC_017456	GAA	2	6	27841	27846	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385801008
552	NC_017456	CTG	2	6	27850	27855	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385801008
553	NC_017456	GCCTT	2	10	27869	27878	0 %	40 %	20 %	40 %	385801008
554	NC_017456	TCT	2	6	27890	27895	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385801008
555	NC_017456	CTG	2	6	27921	27926	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385801008
556	NC_017456	TTG	2	6	27962	27967	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385801008
557	NC_017456	CAAAT	2	10	27976	27985	60 %	20 %	0 %	20 %	385801008
558	NC_017456	CAA	2	6	28116	28121	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385801008
559	NC_017456	CGC	2	6	28125	28130	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	385801008
560	NC_017456	TCG	2	6	28226	28231	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385801008
561	NC_017456	GCT	2	6	28236	28241	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385801008
562	NC_017456	GCGA	2	8	28298	28305	25 %	0 %	50 %	25 %	385801008
563	NC_017456	GAC	2	6	28326	28331	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385801008
564	NC_017456	CCG	2	6	28337	28342	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	385801008
565	NC_017456	TTG	2	6	28412	28417	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385801008
566	NC_017456	GCT	2	6	28458	28463	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385801008
567	NC_017456	TCATG	2	10	28518	28527	20 %	40 %	20 %	20 %	385801008
568	NC_017456	AGC	2	6	28573	28578	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385801008
569	NC_017456	CGC	2	6	28666	28671	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	385801008
570	NC_017456	AAGGCG	2	12	29036	29047	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	385801009
571	NC_017456	TAG	2	6	29110	29115	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385801009
572	NC_017456	GAT	2	6	29117	29122	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385801009
573	NC_017456	CA	3	6	29244	29249	50 %	0 %	0 %	50 %	385801009
574	NC_017456	CGC	2	6	29256	29261	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	385801009
575	NC_017456	AGC	2	6	29331	29336	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385801009
576	NC_017456	CTG	2	6	29384	29389	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385801009
577	NC_017456	AAT	2	6	29418	29423	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385801009
578	NC_017456	CTT	2	6	29474	29479	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385801010
579	NC_017456	GGCATA	2	12	29493	29504	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385801010
580	NC_017456	TGG	3	9	29511	29519	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385801010
581	NC_017456	GCT	2	6	29568	29573	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385801010
582	NC_017456	CAG	2	6	29575	29580	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385801010
583	NC_017456	ATC	2	6	29669	29674	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385801010
584	NC_017456	TCT	2	6	29691	29696	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385801010
585	NC_017456	TCA	2	6	29721	29726	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385801010
586	NC_017456	GTC	2	6	29814	29819	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385801010
587	NC_017456	GTC	2	6	29863	29868	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385801010
588	NC_017456	AGA	2	6	30040	30045	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385801011
589	NC_017456	GCT	2	6	30059	30064	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385801011
590	NC_017456	GAAAT	2	10	30066	30075	60 %	20 %	20 %	0 %	385801011
591	NC_017456	AGC	2	6	30091	30096	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385801011
592	NC_017456	AAATC	2	10	30131	30140	60 %	20 %	0 %	20 %	385801011
593	NC_017456	ACT	2	6	30198	30203	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385801011
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595	NC_017456	AGA	2	6	30310	30315	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385801011
596	NC_017456	GCT	2	6	30347	30352	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385801011
597	NC_017456	AC	3	6	30383	30388	50 %	0 %	0 %	50 %	385801011
598	NC_017456	TGC	2	6	30417	30422	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385801011
599	NC_017456	GCAAA	2	10	30558	30567	60 %	0 %	20 %	20 %	385801011
600	NC_017456	TGT	2	6	30568	30573	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385801011
601	NC_017456	CA	3	6	30597	30602	50 %	0 %	0 %	50 %	385801011
602	NC_017456	GA	3	6	30638	30643	50 %	0 %	50 %	0 %	385801011
603	NC_017456	AGA	2	6	30651	30656	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385801011
604	NC_017456	GACG	2	8	30716	30723	25 %	0 %	50 %	25 %	385801011
605	NC_017456	CAG	2	6	30768	30773	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385801011
606	NC_017456	AAG	2	6	30794	30799	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385801011
607	NC_017456	ACT	2	6	30869	30874	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385801011
608	NC_017456	TGGTT	2	10	30877	30886	0 %	60 %	40 %	0 %	385801011
609	NC_017456	AAC	2	6	30971	30976	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385801011
610	NC_017456	GCT	2	6	31064	31069	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385801011
611	NC_017456	GCAA	2	8	31312	31319	50 %	0 %	25 %	25 %	385801012
612	NC_017456	AGCA	2	8	31523	31530	50 %	0 %	25 %	25 %	385801012
613	NC_017456	TGC	2	6	31544	31549	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385801012
614	NC_017456	GCA	2	6	31557	31562	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385801012
615	NC_017456	ATT	2	6	31611	31616	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385801012
616	NC_017456	GAG	2	6	31639	31644	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385801012
617	NC_017456	ACAGA	2	10	31651	31660	60 %	0 %	20 %	20 %	385801012
618	NC_017456	CCAG	2	8	31775	31782	25 %	0 %	25 %	50 %	385801012
619	NC_017456	AAT	2	6	31799	31804	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385801012
620	NC_017456	AATC	2	8	31843	31850	50 %	25 %	0 %	25 %	385801012
621	NC_017456	GCC	2	6	31865	31870	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	385801012
622	NC_017456	TAA	2	6	31873	31878	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385801012
623	NC_017456	ACAA	2	8	31896	31903	75 %	0 %	0 %	25 %	385801012
624	NC_017456	TAT	2	6	31924	31929	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385801012
625	NC_017456	AGC	2	6	31937	31942	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385801012
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627	NC_017456	CAACAG	2	12	31993	32004	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385801012
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