MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Frankia sp. CcI3 chromosome

Total Repeats: 3384

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007777	CGGTGC	2	12	525	536	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86738725
2	NC_007777	CCGGCA	2	12	542	553	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	86738725
3	NC_007777	ATCGAG	2	12	2962	2973	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	86738726
4	NC_007777	AGATCG	2	12	3948	3959	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	86738727
5	NC_007777	CCCTCG	2	12	4656	4667	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	86738727
6	NC_007777	AGACCA	2	12	7039	7050	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	86738729
7	NC_007777	CGGCAG	2	12	9565	9576	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86738730
8	NC_007777	GCCGGC	2	12	11072	11083	0 %	0 %	50 %	50 %	86738731
9	NC_007777	GCGGCC	2	12	11262	11273	0 %	0 %	50 %	50 %	86738731
10	NC_007777	GTTCGG	2	12	11403	11414	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	86738731
11	NC_007777	ACCCGG	2	12	11704	11715	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	86738731
12	NC_007777	CAAGCT	2	12	12151	12162	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	86738732
13	NC_007777	CGGGAC	3	18	14410	14427	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86738733
14	NC_007777	ACCGCG	3	18	15299	15316	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	86738735
15	NC_007777	GGACGG	2	12	16347	16358	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	86738735
16	NC_007777	CAGGCC	2	12	16578	16589	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	86738736
17	NC_007777	GCGGCC	2	12	16872	16883	0 %	0 %	50 %	50 %	86738736
18	NC_007777	CGTCGA	2	12	17519	17530	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86738737
19	NC_007777	GGTACG	2	12	23628	23639	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	86738740
20	NC_007777	TGAGGA	2	12	25945	25956	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	86738741
21	NC_007777	TGGCGG	2	12	26919	26930	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	86738741
22	NC_007777	GCCACC	2	12	27751	27762	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	86738742
23	NC_007777	CGTCGA	2	12	28632	28643	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86738743
24	NC_007777	CACCAA	2	12	29085	29096	50 %	0 %	0 %	50 %	86738743
25	NC_007777	CCCCCG	2	12	30456	30467	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	86738745
26	NC_007777	CCACCC	2	12	31850	31861	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	86738746
27	NC_007777	CGCGGC	2	12	32756	32767	0 %	0 %	50 %	50 %	86738749
28	NC_007777	GACCGT	2	12	34461	34472	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86738750
29	NC_007777	AGGTCG	2	12	36082	36093	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	86738753
30	NC_007777	GTCGAA	2	12	41341	41352	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	86738757
31	NC_007777	GTCGCC	2	12	41809	41820	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	86738757
32	NC_007777	GACCGT	2	12	43824	43835	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86738759
33	NC_007777	CACGGT	2	12	45021	45032	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86738759
34	NC_007777	CAACGG	2	12	45928	45939	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	86738761
35	NC_007777	ACCAGC	2	12	46940	46951	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	86738762
36	NC_007777	TCGTCC	2	12	47255	47266	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	86738762
37	NC_007777	CGCAGG	2	12	50740	50751	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86738764
38	NC_007777	CCGAGC	2	12	53219	53230	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	86738766
39	NC_007777	AGCCCG	2	12	53237	53248	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	86738766
40	NC_007777	CCGGCT	2	12	53249	53260	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	86738766
41	NC_007777	CGACCG	2	12	53526	53537	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	86738767
42	NC_007777	ATCGAC	2	12	54364	54375	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	86738767
43	NC_007777	GCGGCC	2	12	55526	55537	0 %	0 %	50 %	50 %	86738767
44	NC_007777	CATCGG	2	12	56642	56653	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86738768
45	NC_007777	GGCCGT	2	12	63853	63864	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86738774
46	NC_007777	GGCGTG	2	12	65600	65611	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	86738775
47	NC_007777	TGGTGA	2	12	71099	71110	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	86738779
48	NC_007777	GGTGTC	2	12	72159	72170	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	86738779
49	NC_007777	GGTGTC	2	12	72177	72188	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	86738779
50	NC_007777	TCCAGG	2	12	72725	72736	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86738780
51	NC_007777	GCTCGG	2	12	75164	75175	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86738782
52	NC_007777	GGCTCG	2	12	75588	75599	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86738782
53	NC_007777	GCCGAC	2	12	76034	76045	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	86738783
54	NC_007777	GGTGAT	2	12	77357	77368	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	86738784
55	NC_007777	AGTCCG	2	12	84273	84284	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86738790
56	NC_007777	CGTCGG	2	12	85178	85189	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86738791
57	NC_007777	GAGGGC	2	12	85404	85415	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	86738791
58	NC_007777	CGGCGA	2	12	85687	85698	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86738791
59	NC_007777	TCGGCG	2	12	85860	85871	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86738791
60	NC_007777	GCTGCC	5	30	85965	85994	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	86738791
61	NC_007777	GGGGAT	2	12	88277	88288	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	86738792
62	NC_007777	AGGGGG	2	12	88463	88474	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	86738792
63	NC_007777	GACCGC	2	12	89035	89046	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	86738793
64	NC_007777	CCACTC	2	12	89679	89690	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	86738794
65	NC_007777	CCGCAC	2	12	89691	89702	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	86738794
66	NC_007777	GGCCGA	2	12	93414	93425	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86738797
67	NC_007777	AGGTGA	2	12	95822	95833	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	86738800
68	NC_007777	GTCGAC	2	12	96729	96740	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86738801
69	NC_007777	CGGCGA	2	12	97334	97345	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86738802
70	NC_007777	GTCCGG	2	12	98007	98018	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86738802
71	NC_007777	CGGCGA	2	12	98377	98388	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86738803
72	NC_007777	CTGTTC	2	12	100836	100847	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	86738805
73	NC_007777	GCTCCA	2	12	101625	101636	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	86738806
74	NC_007777	GCGGGC	2	12	104559	104570	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	86738808
75	NC_007777	GCCTCG	2	12	106836	106847	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	86738810
76	NC_007777	GCGGTA	2	12	108097	108108	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	86738811
77	NC_007777	TCCGCG	2	12	114494	114505	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	86738816
78	NC_007777	GAGCCC	2	12	116962	116973	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	86738817
79	NC_007777	CCGAGC	2	12	116984	116995	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	86738817
80	NC_007777	GGGGTC	2	12	117492	117503	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	86738818
81	NC_007777	GGCCCG	2	12	119120	119131	0 %	0 %	50 %	50 %	86738820
82	NC_007777	GTCGAG	2	12	119354	119365	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	86738820
83	NC_007777	GTCCGG	2	12	119372	119383	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86738820
84	NC_007777	GGGCCA	2	12	119419	119430	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86738820
85	NC_007777	AGGGCG	2	12	119868	119879	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	86738820
86	NC_007777	CGCCTA	2	12	122521	122532	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	86738823
87	NC_007777	CGATCG	2	12	122649	122660	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86738823
88	NC_007777	CAGCCG	2	12	129072	129083	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	86738830
89	NC_007777	GACGAG	2	12	132619	132630	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	86738833
90	NC_007777	CCCGCG	2	12	134255	134266	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	86738833
91	NC_007777	ACCCGG	2	12	135828	135839	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	86738835
92	NC_007777	GCCGGT	2	12	136695	136706	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86738835
93	NC_007777	CCGCTC	2	12	137014	137025	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	86738835
94	NC_007777	GTCGAC	2	12	142216	142227	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86738838
95	NC_007777	CGGAGA	2	12	146052	146063	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	86738842
96	NC_007777	CGAAGA	2	12	146856	146867	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	86738842
97	NC_007777	CTCTAC	2	12	148805	148816	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	86738843
98	NC_007777	CGCCCC	2	12	149863	149874	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	86738844
99	NC_007777	TCGCCT	2	12	150285	150296	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	86738844
100	NC_007777	TCCGGC	2	12	151549	151560	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	86738845
101	NC_007777	GCAGCC	2	12	152347	152358	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	86738845
102	NC_007777	CGCGAG	2	12	153392	153403	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86738846
103	NC_007777	CCCGAA	2	12	158703	158714	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	86738852
104	NC_007777	GCGACG	2	12	160226	160237	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86738853
105	NC_007777	GTCTTC	2	12	160295	160306	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	86738853
106	NC_007777	TGACGA	2	12	165687	165698	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	86738859
107	NC_007777	CGGGTC	2	12	166428	166439	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86738861
108	NC_007777	CACACC	3	18	167898	167915	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	86738862
109	NC_007777	GCAACC	2	12	168132	168143	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	86738862
110	NC_007777	CAGGAT	2	12	169979	169990	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	86738864
111	NC_007777	CCGGCG	2	12	170145	170156	0 %	0 %	50 %	50 %	86738865
112	NC_007777	GTAGAG	2	12	171166	171177	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	86738866
113	NC_007777	CCGCGG	2	12	172042	172053	0 %	0 %	50 %	50 %	86738867
114	NC_007777	CGGTGA	2	12	172444	172455	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	86738867
115	NC_007777	TCACCG	2	12	173428	173439	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	86738867
116	NC_007777	GGCGTC	2	12	175458	175469	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86738869
117	NC_007777	CTCGGC	2	12	176275	176286	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	86738870
118	NC_007777	CCTCGC	2	12	178149	178160	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	86738873
119	NC_007777	AACGAC	2	12	178741	178752	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	86738873
120	NC_007777	CGACGC	2	12	178905	178916	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	86738873
121	NC_007777	CGACAT	2	12	180752	180763	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	86738875
122	NC_007777	GACCGC	2	12	187968	187979	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	86738879
123	NC_007777	GGGCGG	2	12	189760	189771	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	86738880
124	NC_007777	GTCGAA	2	12	190899	190910	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	86738882
125	NC_007777	ACAGCC	2	12	192398	192409	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	86738884
126	NC_007777	TGGGCG	2	12	193273	193284	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	86738884
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128	NC_007777	CGGCGA	2	12	197444	197455	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86738888
129	NC_007777	GGCGCT	2	12	198191	198202	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86738888
130	NC_007777	CAGTTC	2	12	202154	202165	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	86738892
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140	NC_007777	TCGAAC	2	12	220550	220561	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	86738908
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151	NC_007777	CGGTGA	2	12	235307	235318	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	86738916
152	NC_007777	GCTGGC	2	12	235761	235772	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86738916
153	NC_007777	CGGTGG	2	12	237419	237430	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	86738918
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157	NC_007777	TCGCCC	2	12	239342	239353	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	86738919
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220	NC_007777	GGGGCG	2	12	345755	345766	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	86739013
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227	NC_007777	CCAGCA	2	12	369583	369594	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	86739034
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229	NC_007777	GCCGGC	2	12	371905	371916	0 %	0 %	50 %	50 %	86739035
230	NC_007777	GTGACC	2	12	374068	374079	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86739036
231	NC_007777	TCGGCC	2	12	379130	379141	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	86739038
232	NC_007777	CTTCGC	2	12	380583	380594	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	86739040
233	NC_007777	GCAGGT	2	12	381125	381136	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	86739040
234	NC_007777	CGCGGC	2	12	384534	384545	0 %	0 %	50 %	50 %	86739043
235	NC_007777	GTCGGT	2	12	385817	385828	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	86739044
236	NC_007777	AGCCGG	2	12	391618	391629	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86739053
237	NC_007777	CGCGGT	2	12	392710	392721	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86739054
238	NC_007777	ATCATG	2	12	393048	393059	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	86739055
239	NC_007777	TGACCG	2	12	393825	393836	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86739056
240	NC_007777	AAGGGC	2	12	396082	396093	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	86739057
241	NC_007777	CGGCGC	2	12	396831	396842	0 %	0 %	50 %	50 %	86739058
242	NC_007777	TCGCGA	2	12	397085	397096	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86739058
243	NC_007777	GGCCGG	2	12	397242	397253	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	86739058
244	NC_007777	TCCTGG	2	12	397448	397459	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	86739058
245	NC_007777	GCTGCG	2	12	398225	398236	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86739059
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249	NC_007777	CGCCGG	2	12	404009	404020	0 %	0 %	50 %	50 %	86739064
250	NC_007777	CGATCG	2	12	405173	405184	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86739065
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260	NC_007777	TGTCGA	2	12	423702	423713	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	86739078
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300	NC_007777	GATCTT	2	12	501526	501537	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	86739137
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334	NC_007777	CCTGGT	2	12	544812	544823	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	86739180
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337	NC_007777	CCCGGG	2	12	546564	546575	0 %	0 %	50 %	50 %	86739181
338	NC_007777	GCCGCG	2	12	547492	547503	0 %	0 %	50 %	50 %	86739182
339	NC_007777	GCACCG	2	12	548262	548273	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	86739183
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341	NC_007777	CAGCCG	2	12	552763	552774	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	86739187
342	NC_007777	GCGTGC	2	12	552782	552793	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86739187
343	NC_007777	CGGGGA	2	12	555212	555223	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	86739189
344	NC_007777	GTCCCT	2	12	556609	556620	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	86739190
345	NC_007777	CTGGAC	2	12	556735	556746	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86739190
346	NC_007777	GTACGG	2	12	557923	557934	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	86739190
347	NC_007777	GCTGCC	2	12	559997	560008	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	86739193
348	NC_007777	GTCGAG	2	12	561279	561290	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	86739194
349	NC_007777	CGGCCT	2	12	563384	563395	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	86739196
350	NC_007777	CCGGGC	2	12	564778	564789	0 %	0 %	50 %	50 %	86739197
351	NC_007777	GAGCAG	2	12	565340	565351	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	86739198
352	NC_007777	CGGCTG	2	12	568397	568408	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86739201
353	NC_007777	GGCGCT	2	12	568423	568434	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86739201
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467	NC_007777	CGCGGC	2	12	736330	736341	0 %	0 %	50 %	50 %	86739359
468	NC_007777	CGGGCG	2	12	737958	737969	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	86739360
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471	NC_007777	GCGCCG	2	12	742130	742141	0 %	0 %	50 %	50 %	86739362
472	NC_007777	GGCCGC	2	12	742464	742475	0 %	0 %	50 %	50 %	86739362
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