MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Escherichia coli JJ1886 plasmid pJJ1886_4

Total Repeats: 133

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022650	CCG	2	6	19	24	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_022650	AAC	2	6	92	97	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_022650	TCA	2	6	216	221	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_022650	CAG	2	6	227	232	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_022650	CAG	2	6	235	240	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_022650	ATTC	2	8	286	293	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
7	NC_022650	TCA	2	6	313	318	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_022650	GACCA	2	10	338	347	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
9	NC_022650	GCA	2	6	351	356	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_022650	A	6	6	383	388	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_022650	CAG	2	6	470	475	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_022650	TG	3	6	507	512	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
13	NC_022650	GCC	2	6	528	533	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
14	NC_022650	AGTGA	2	10	534	543	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
15	NC_022650	TTA	2	6	585	590	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_022650	CGG	2	6	3802	3807	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_022650	AAAGT	2	10	3867	3876	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_022650	T	6	6	3979	3984	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_022650	A	6	6	4008	4013	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_022650	AC	3	6	4087	4092	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
21	NC_022650	AC	3	6	4120	4125	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
22	NC_022650	A	6	6	5824	5829	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_022650	AATT	2	8	6132	6139	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_022650	TGT	2	6	6294	6299	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_022650	G	6	6	6356	6361	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
26	NC_022650	TTG	2	6	6368	6373	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_022650	A	8	8	6377	6384	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_022650	TAT	2	6	8353	8358	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_022650	A	9	9	8401	8409	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_022650	T	6	6	10691	10696	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_022650	TTTAG	2	10	13540	13549	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_022650	A	9	9	14134	14142	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_022650	CCT	2	6	15243	15248	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
34	NC_022650	TGGC	2	8	15306	15313	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
35	NC_022650	TCT	2	6	15364	15369	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_022650	GCT	2	6	15513	15518	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_022650	A	6	6	17538	17543	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_022650	ATA	2	6	17545	17550	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_022650	ATT	3	9	17576	17584	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_022650	ATA	2	6	18289	18294	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_022650	T	6	6	18312	18317	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_022650	TTTA	2	8	18515	18522	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_022650	CAT	2	6	20305	20310	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_022650	ATT	2	6	20311	20316	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_022650	ATC	2	6	20330	20335	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_022650	CTT	2	6	20440	20445	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_022650	CTG	2	6	20460	20465	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_022650	GAGT	2	8	20572	20579	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
49	NC_022650	AGT	2	6	20586	20591	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_022650	CAT	2	6	20594	20599	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_022650	TTA	2	6	20624	20629	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_022650	GAGT	2	8	20738	20745	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
53	NC_022650	G	6	6	20789	20794	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
54	NC_022650	G	6	6	20830	20835	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
55	NC_022650	C	6	6	20839	20844	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
56	NC_022650	A	8	8	20864	20871	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_022650	TA	3	6	20876	20881	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_022650	A	6	6	20889	20894	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_022650	AAG	2	6	20910	20915	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_022650	A	7	7	20927	20933	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_022650	T	8	8	20961	20968	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_022650	A	7	7	21036	21042	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_022650	TTTA	2	8	21160	21167	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_022650	A	6	6	21187	21192	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_022650	GAT	2	6	22268	22273	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_022650	ATCTCT	2	12	22733	22744	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_022650	T	8	8	22845	22852	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_022650	GAA	2	6	22874	22879	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_022650	A	6	6	23281	23286	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_022650	ACC	2	6	23309	23314	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
71	NC_022650	AAT	2	6	23315	23320	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_022650	CTTG	2	8	23344	23351	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
73	NC_022650	GTTT	2	8	23355	23362	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
74	NC_022650	GGA	2	6	24383	24388	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_022650	CA	4	8	24398	24405	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
76	NC_022650	AAC	2	6	24466	24471	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_022650	GGC	2	6	24906	24911	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_022650	GAAC	2	8	24917	24924	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
79	NC_022650	AAT	2	6	34059	34064	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_022650	GAT	2	6	35578	35583	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_022650	A	6	6	35649	35654	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_022650	ATG	2	6	35775	35780	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_022650	TGT	3	9	35791	35799	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_022650	GGT	2	6	35864	35869	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_022650	CTG	2	6	35921	35926	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_022650	CAG	2	6	35949	35954	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_022650	GGGA	2	8	36104	36111	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
88	NC_022650	TAA	2	6	36127	36132	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_022650	GTC	2	6	37584	37589	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_022650	AGC	2	6	37598	37603	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_022650	CAA	2	6	37643	37648	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_022650	AG	3	6	37667	37672	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
93	NC_022650	A	7	7	39390	39396	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_022650	CAAT	2	8	39405	39412	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_022650	AGT	2	6	41329	41334	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_022650	AAC	2	6	41388	41393	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_022650	ACC	2	6	41398	41403	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
98	NC_022650	ATC	2	6	41494	41499	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_022650	T	6	6	41944	41949	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_022650	A	6	6	41994	41999	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_022650	AAATG	2	10	42016	42025	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_022650	CAT	2	6	42048	42053	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_022650	CTGT	2	8	45133	45140	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
104	NC_022650	GGC	2	6	45210	45215	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_022650	AAT	2	6	45251	45256	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_022650	TA	3	6	46666	46671	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_022650	TTC	2	6	46674	46679	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_022650	GCAG	2	8	47221	47228	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
109	NC_022650	TCA	2	6	54666	54671	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_022650	GCA	2	6	54675	54680	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_022650	CG	3	6	54686	54691	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
112	NC_022650	CGGT	2	8	54696	54703	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
113	NC_022650	GAA	2	6	54752	54757	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_022650	ACC	2	6	54801	54806	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
115	NC_022650	CGC	2	6	54811	54816	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
116	NC_022650	CAG	2	6	54881	54886	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_022650	CCT	2	6	54898	54903	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
118	NC_022650	AC	3	6	54916	54921	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
119	NC_022650	TGTC	2	8	54980	54987	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
120	NC_022650	AAGG	2	8	55154	55161	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
121	NC_022650	AGA	2	6	55221	55226	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_022650	TTC	2	6	55242	55247	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_022650	GTT	2	6	55316	55321	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_022650	CAG	2	6	55352	55357	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_022650	TCA	2	6	55456	55461	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_022650	CCA	2	6	55501	55506	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
127	NC_022650	CAT	2	6	55580	55585	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_022650	GAT	2	6	55612	55617	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_022650	TCCA	2	8	55650	55657	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
130	NC_022650	CTC	2	6	55669	55674	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
131	NC_022650	ATG	2	6	55689	55694	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
132	NC_022650	CAT	2	6	55726	55731	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_022650	GGA	2	6	55753	55758	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.