MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Escherichia coli O55:H7 str. RM12579 plasmid p12579_1

Total Repeats: 258

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017653	CAC	2	6	181	186	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_017653	CAAT	2	8	187	194	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_017653	CAAT	2	8	1885	1892	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
4	NC_017653	A	6	6	1926	1931	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017653	ATTG	2	8	1966	1973	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017653	GCA	2	6	2044	2049	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_017653	GTG	2	6	2167	2172	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017653	TCA	2	6	2182	2187	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_017653	TAC	2	6	2286	2291	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_017653	CCG	2	6	2321	2326	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
11	NC_017653	AAC	2	6	2442	2447	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_017653	CAA	2	6	2620	2625	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_017653	TAC	2	6	2704	2709	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_017653	AG	3	6	2797	2802	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017653	TAA	2	6	2893	2898	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017653	TCA	2	6	3255	3260	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_017653	TATT	2	8	3261	3268	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017653	TTC	2	6	3269	3274	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_017653	TAA	2	6	5137	5142	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017653	ATG	2	6	5159	5164	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017653	GCCT	2	8	5194	5201	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
22	NC_017653	AAT	2	6	5210	5215	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017653	GAT	2	6	5226	5231	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017653	TTC	2	6	5241	5246	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_017653	CTG	2	6	5272	5277	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_017653	AT	3	6	5724	5729	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017653	ATC	2	6	5778	5783	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_017653	GGAT	2	8	5797	5804	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017653	TGT	2	6	5858	5863	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017653	GCC	2	6	5872	5877	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
31	NC_017653	TGG	2	6	5880	5885	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017653	CTTTT	2	10	5886	5895	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_017653	T	6	6	5892	5897	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017653	GTT	2	6	5928	5933	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017653	AGTA	2	8	6600	6607	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017653	TA	3	6	6617	6622	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017653	TGA	2	6	6694	6699	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017653	ACTC	2	8	6759	6766	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
39	NC_017653	ATT	2	6	6775	6780	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017653	GAA	2	6	6812	6817	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017653	GCT	2	6	6818	6823	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_017653	AT	3	6	6919	6924	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017653	GCTG	2	8	6991	6998	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
44	NC_017653	GA	3	6	6999	7004	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017653	GTT	2	6	7106	7111	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017653	ATT	2	6	7122	7127	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017653	TAT	2	6	7237	7242	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017653	TCC	2	6	7280	7285	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
49	NC_017653	GGGTTA	2	12	7353	7364	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017653	A	7	7	7423	7429	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017653	TCAA	2	8	7450	7457	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
52	NC_017653	TAA	2	6	7463	7468	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017653	A	6	6	7467	7472	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017653	AG	3	6	7477	7482	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017653	TATCA	2	10	7519	7528	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_017653	TCC	2	6	7531	7536	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
57	NC_017653	TCA	2	6	7540	7545	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_017653	AAT	2	6	7561	7566	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017653	T	6	6	7583	7588	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017653	TAATA	2	10	7590	7599	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017653	A	7	7	7603	7609	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017653	TTAT	2	8	7667	7674	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017653	A	6	6	7714	7719	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017653	TACA	2	8	7720	7727	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_017653	CT	3	6	7839	7844	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
66	NC_017653	ACA	2	6	7875	7880	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_017653	TA	3	6	7905	7910	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017653	ATAG	2	8	15423	15430	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017653	ATT	2	6	15492	15497	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017653	ATT	2	6	19216	19221	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017653	TAAT	2	8	19226	19233	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017653	TTATT	2	10	19234	19243	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017653	A	6	6	19750	19755	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017653	GAAA	2	8	19761	19768	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017653	GGT	2	6	19772	19777	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017653	CAAA	2	8	19805	19812	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_017653	TGG	2	6	19875	19880	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017653	CCG	2	6	21415	21420	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
79	NC_017653	CCT	2	6	28385	28390	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
80	NC_017653	AGG	2	6	28399	28404	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017653	AAT	2	6	28483	28488	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017653	TCAT	2	8	28538	28545	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_017653	CGG	2	6	28590	28595	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_017653	AAG	2	6	28678	28683	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017653	T	6	6	28716	28721	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017653	ACA	2	6	28728	28733	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_017653	AAC	2	6	28742	28747	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_017653	CA	4	8	28778	28785	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
89	NC_017653	TTAA	2	8	28795	28802	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017653	AATA	2	8	28817	28824	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017653	AGC	2	6	28949	28954	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_017653	A	6	6	28955	28960	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017653	A	6	6	28978	28983	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017653	ACA	2	6	29032	29037	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_017653	CAG	2	6	29064	29069	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_017653	CG	3	6	29096	29101	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
97	NC_017653	AAC	2	6	29729	29734	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_017653	TAGG	2	8	29767	29774	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017653	TGT	2	6	34993	34998	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017653	TTC	2	6	41102	41107	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_017653	GT	3	6	43255	43260	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017653	AGT	2	6	43275	43280	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017653	TTG	2	6	43304	43309	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017653	G	6	6	43313	43318	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017653	GATAT	2	10	43342	43351	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017653	GTT	2	6	43369	43374	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017653	T	7	7	43409	43415	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017653	A	8	8	44752	44759	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017653	TTA	2	6	44764	44769	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017653	TATT	2	8	44782	44789	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017653	TAA	2	6	44805	44810	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017653	CAT	2	6	44846	44851	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_017653	CCG	2	6	44883	44888	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
114	NC_017653	AGC	2	6	44915	44920	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_017653	TGG	2	6	45001	45006	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017653	CTG	2	6	45029	45034	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_017653	AGC	2	6	45084	45089	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_017653	GTT	2	6	45099	45104	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017653	A	6	6	45186	45191	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017653	CAC	2	6	45192	45197	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
121	NC_017653	GCA	2	6	45213	45218	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_017653	AACT	2	8	45281	45288	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
123	NC_017653	G	6	6	45338	45343	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017653	A	6	6	45350	45355	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017653	ATT	2	6	45525	45530	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017653	GCA	2	6	45566	45571	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_017653	AGG	2	6	45582	45587	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017653	A	6	6	46397	46402	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017653	TAA	2	6	46475	46480	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017653	GTA	2	6	47360	47365	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017653	ACC	2	6	47369	47374	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
132	NC_017653	AGA	2	6	48583	48588	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017653	GA	3	6	48876	48881	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017653	GT	3	6	48897	48902	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017653	A	6	6	48937	48942	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017653	TA	3	6	49532	49537	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017653	GAA	2	6	49540	49545	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017653	ATG	2	6	49642	49647	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017653	ACC	2	6	49692	49697	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
140	NC_017653	ATC	2	6	49726	49731	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_017653	GCG	2	6	49741	49746	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_017653	CAAA	2	8	49775	49782	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_017653	CGG	2	6	49812	49817	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_017653	GTT	2	6	49864	49869	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017653	GCC	2	6	49966	49971	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
146	NC_017653	AT	3	6	49981	49986	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017653	CCT	3	9	50108	50116	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
148	NC_017653	TG	3	6	54326	54331	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017653	TTG	2	6	54367	54372	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017653	T	7	7	54392	54398	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_017653	T	7	7	54400	54406	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_017653	GGA	2	6	54417	54422	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
153	NC_017653	TGC	2	6	56782	56787	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
154	NC_017653	ATA	2	6	56793	56798	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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157	NC_017653	TGA	2	6	57732	57737	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
158	NC_017653	CCA	2	6	57835	57840	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
159	NC_017653	CCA	2	6	57950	57955	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
160	NC_017653	TG	3	6	58907	58912	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
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176	NC_017653	TTTG	2	8	61493	61500	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
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181	NC_017653	GCG	2	6	64947	64952	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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184	NC_017653	AAG	2	6	65011	65016	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
185	NC_017653	GTC	2	6	65037	65042	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
186	NC_017653	A	6	6	65050	65055	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
187	NC_017653	TCT	2	6	65181	65186	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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195	NC_017653	TGA	2	6	65820	65825	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.