MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Escherichia coli O104:H4 str. 2009EL-2071 plasmid pAA-09EL71

Total Repeats: 126

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018662	TGTT	2	8	10	17	0 %	75 %	25 %	0 %	407471877
2	NC_018662	TCAG	2	8	325	332	25 %	25 %	25 %	25 %	407471877
3	NC_018662	GCTG	2	8	1209	1216	0 %	25 %	50 %	25 %	407471878
4	NC_018662	GCGA	2	8	1346	1353	25 %	0 %	50 %	25 %	407471878
5	NC_018662	CACT	2	8	1461	1468	25 %	25 %	0 %	50 %	407471878
6	NC_018662	GAGC	2	8	2833	2840	25 %	0 %	50 %	25 %	407471881
7	NC_018662	CGAA	2	8	2995	3002	50 %	0 %	25 %	25 %	407471882
8	NC_018662	TTAT	2	8	3494	3501	25 %	75 %	0 %	0 %	407471883
9	NC_018662	TGGG	2	8	4984	4991	0 %	25 %	75 %	0 %	407471884
10	NC_018662	TCAT	2	8	4994	5001	25 %	50 %	0 %	25 %	407471884
11	NC_018662	AGTC	2	8	5622	5629	25 %	25 %	25 %	25 %	407471884
12	NC_018662	CGTC	2	8	6034	6041	0 %	25 %	25 %	50 %	407471885
13	NC_018662	CCAG	2	8	6127	6134	25 %	0 %	25 %	50 %	407471885
14	NC_018662	GGCG	2	8	6400	6407	0 %	0 %	75 %	25 %	407471885
15	NC_018662	CGCA	2	8	6417	6424	25 %	0 %	25 %	50 %	407471885
16	NC_018662	TCCA	2	8	6459	6466	25 %	25 %	0 %	50 %	407471885
17	NC_018662	CACT	2	8	6578	6585	25 %	25 %	0 %	50 %	407471885
18	NC_018662	CTGT	2	8	9502	9509	0 %	50 %	25 %	25 %	407471890
19	NC_018662	GTCG	2	8	9598	9605	0 %	25 %	50 %	25 %	407471890
20	NC_018662	GGTA	2	8	9642	9649	25 %	25 %	50 %	0 %	407471890
21	NC_018662	GAGC	2	8	10038	10045	25 %	0 %	50 %	25 %	407471892
22	NC_018662	AGAA	2	8	10048	10055	75 %	0 %	25 %	0 %	407471892
23	NC_018662	TCTG	2	8	10555	10562	0 %	50 %	25 %	25 %	407471893
24	NC_018662	TGCA	2	8	11041	11048	25 %	25 %	25 %	25 %	407471894
25	NC_018662	GCTG	2	8	11228	11235	0 %	25 %	50 %	25 %	407471894
26	NC_018662	TCCA	2	8	12392	12399	25 %	25 %	0 %	50 %	407471895
27	NC_018662	TGCC	2	8	12769	12776	0 %	25 %	25 %	50 %	407471896
28	NC_018662	GCCG	2	8	13147	13154	0 %	0 %	50 %	50 %	407471896
29	NC_018662	CTGG	2	8	13263	13270	0 %	25 %	50 %	25 %	407471897
30	NC_018662	CGCC	2	8	13627	13634	0 %	0 %	25 %	75 %	407471898
31	NC_018662	CCGG	2	8	13972	13979	0 %	0 %	50 %	50 %	407471898
32	NC_018662	CCTG	2	8	13994	14001	0 %	25 %	25 %	50 %	407471898
33	NC_018662	ATCC	2	8	14516	14523	25 %	25 %	0 %	50 %	407471898
34	NC_018662	TGCA	2	8	14655	14662	25 %	25 %	25 %	25 %	407471898
35	NC_018662	TTAT	2	8	15226	15233	25 %	75 %	0 %	0 %	407471899
36	NC_018662	GGCA	2	8	16575	16582	25 %	0 %	50 %	25 %	407471902
37	NC_018662	CAGC	2	8	17238	17245	25 %	0 %	25 %	50 %	407471903
38	NC_018662	AGGC	2	8	17246	17253	25 %	0 %	50 %	25 %	407471903
39	NC_018662	CCAC	2	8	17395	17402	25 %	0 %	0 %	75 %	407471903
40	NC_018662	CAGC	2	8	18337	18344	25 %	0 %	25 %	50 %	407471905
41	NC_018662	TCCG	2	8	18962	18969	0 %	25 %	25 %	50 %	407471905
42	NC_018662	CAGG	2	8	20815	20822	25 %	0 %	50 %	25 %	407471905
43	NC_018662	GCCC	2	8	20835	20842	0 %	0 %	25 %	75 %	407471905
44	NC_018662	TCGC	2	8	20942	20949	0 %	25 %	25 %	50 %	407471905
45	NC_018662	CCGG	2	8	20971	20978	0 %	0 %	50 %	50 %	407471905
46	NC_018662	CCAG	2	8	21175	21182	25 %	0 %	25 %	50 %	407471905
47	NC_018662	GCGA	2	8	21676	21683	25 %	0 %	50 %	25 %	407471905
48	NC_018662	TGCG	2	8	22183	22190	0 %	25 %	50 %	25 %	407471906
49	NC_018662	AAAT	2	8	25795	25802	75 %	25 %	0 %	0 %	407471911
50	NC_018662	AATA	2	8	27341	27348	75 %	25 %	0 %	0 %	407471912
51	NC_018662	GACT	2	8	27387	27394	25 %	25 %	25 %	25 %	407471912
52	NC_018662	TTAT	2	8	32304	32311	25 %	75 %	0 %	0 %	407471913
53	NC_018662	GCAG	2	8	34401	34408	25 %	0 %	50 %	25 %	407471916
54	NC_018662	GTCT	2	8	34819	34826	0 %	50 %	25 %	25 %	407471916
55	NC_018662	GAAA	2	8	34829	34836	75 %	0 %	25 %	0 %	407471916
56	NC_018662	CGGT	2	8	35287	35294	0 %	25 %	50 %	25 %	407471917
57	NC_018662	TGAT	2	8	35686	35693	25 %	50 %	25 %	0 %	407471917
58	NC_018662	TCTG	2	8	35932	35939	0 %	50 %	25 %	25 %	407471917
59	NC_018662	TAAA	2	8	37211	37218	75 %	25 %	0 %	0 %	407471918
60	NC_018662	CAAT	2	8	38099	38106	50 %	25 %	0 %	25 %	407471918
61	NC_018662	ACTC	2	8	38343	38350	25 %	25 %	0 %	50 %	407471918
62	NC_018662	ATTC	2	8	39097	39104	25 %	50 %	0 %	25 %	407471920
63	NC_018662	CTAG	2	8	39567	39574	25 %	25 %	25 %	25 %	407471920
64	NC_018662	TCTT	2	8	39612	39619	0 %	75 %	0 %	25 %	407471920
65	NC_018662	AGTT	2	8	39963	39970	25 %	50 %	25 %	0 %	407471921
66	NC_018662	TTTC	2	8	40052	40059	0 %	75 %	0 %	25 %	407471921
67	NC_018662	ATAA	2	8	40229	40236	75 %	25 %	0 %	0 %	407471921
68	NC_018662	ATTA	2	8	40629	40636	50 %	50 %	0 %	0 %	407471921
69	NC_018662	ATAA	2	8	40748	40755	75 %	25 %	0 %	0 %	407471921
70	NC_018662	CTGT	2	8	40762	40769	0 %	50 %	25 %	25 %	407471921
71	NC_018662	ATTG	2	8	40784	40791	25 %	50 %	25 %	0 %	407471921
72	NC_018662	GAAA	2	8	40913	40920	75 %	0 %	25 %	0 %	407471921
73	NC_018662	TTTC	2	8	41251	41258	0 %	75 %	0 %	25 %	407471922
74	NC_018662	CAGA	2	8	41347	41354	50 %	0 %	25 %	25 %	407471922
75	NC_018662	AAGA	2	8	41519	41526	75 %	0 %	25 %	0 %	407471922
76	NC_018662	GAAA	2	8	41870	41877	75 %	0 %	25 %	0 %	407471922
77	NC_018662	CTTT	2	8	43846	43853	0 %	75 %	0 %	25 %	407471925
78	NC_018662	TAGT	2	8	44025	44032	25 %	50 %	25 %	0 %	407471925
79	NC_018662	AGGC	2	8	44552	44559	25 %	0 %	50 %	25 %	407471925
80	NC_018662	GCCA	2	8	47812	47819	25 %	0 %	25 %	50 %	407471927
81	NC_018662	CCTT	2	8	48263	48270	0 %	50 %	0 %	50 %	407471928
82	NC_018662	GCCA	2	8	49936	49943	25 %	0 %	25 %	50 %	407471929
83	NC_018662	GAAG	2	8	54788	54795	50 %	0 %	50 %	0 %	407471931
84	NC_018662	AATA	2	8	54838	54845	75 %	25 %	0 %	0 %	407471931
85	NC_018662	GTCA	2	8	55606	55613	25 %	25 %	25 %	25 %	407471932
86	NC_018662	GGAA	2	8	55841	55848	50 %	0 %	50 %	0 %	407471932
87	NC_018662	CTGA	2	8	56353	56360	25 %	25 %	25 %	25 %	407471933
88	NC_018662	GTTC	2	8	56719	56726	0 %	50 %	25 %	25 %	407471933
89	NC_018662	GCAT	2	8	56802	56809	25 %	25 %	25 %	25 %	407471933
90	NC_018662	CGAA	2	8	56985	56992	50 %	0 %	25 %	25 %	407471933
91	NC_018662	GCCA	2	8	58000	58007	25 %	0 %	25 %	50 %	407471934
92	NC_018662	CCTT	2	8	58451	58458	0 %	50 %	0 %	50 %	407471935
93	NC_018662	TGAT	2	8	58549	58556	25 %	50 %	25 %	0 %	407471936
94	NC_018662	AATG	2	8	58571	58578	50 %	25 %	25 %	0 %	407471936
95	NC_018662	TTCT	2	8	60391	60398	0 %	75 %	0 %	25 %	407471939
96	NC_018662	TAAA	2	8	60549	60556	75 %	25 %	0 %	0 %	407471939
97	NC_018662	TAAT	2	8	60698	60705	50 %	50 %	0 %	0 %	407471939
98	NC_018662	ACTG	2	8	61362	61369	25 %	25 %	25 %	25 %	407471940
99	NC_018662	GATT	2	8	61515	61522	25 %	50 %	25 %	0 %	407471940
100	NC_018662	CAGT	2	8	62575	62582	25 %	25 %	25 %	25 %	407471943
101	NC_018662	CAGC	2	8	63083	63090	25 %	0 %	25 %	50 %	407471944
102	NC_018662	GGAT	2	8	63375	63382	25 %	25 %	50 %	0 %	407471944
103	NC_018662	GTCA	2	8	63542	63549	25 %	25 %	25 %	25 %	407471944
104	NC_018662	GCCG	2	8	63646	63653	0 %	0 %	50 %	50 %	407471944
105	NC_018662	GCGA	2	8	64779	64786	25 %	0 %	50 %	25 %	407471946
106	NC_018662	CTAA	2	8	66277	66284	50 %	25 %	0 %	25 %	407471949
107	NC_018662	TTCT	2	8	66304	66311	0 %	75 %	0 %	25 %	407471949
108	NC_018662	ACCC	2	8	66589	66596	25 %	0 %	0 %	75 %	407471950
109	NC_018662	TACA	2	8	66889	66896	50 %	25 %	0 %	25 %	407471951
110	NC_018662	ACTG	2	8	66962	66969	25 %	25 %	25 %	25 %	407471951
111	NC_018662	TTTC	2	8	67075	67082	0 %	75 %	0 %	25 %	407471951
112	NC_018662	GCCA	2	8	67334	67341	25 %	0 %	25 %	50 %	407471951
113	NC_018662	CGCC	2	8	67885	67892	0 %	0 %	25 %	75 %	407471951
114	NC_018662	AATG	2	8	68014	68021	50 %	25 %	25 %	0 %	407471951
115	NC_018662	ACTT	2	8	68226	68233	25 %	50 %	0 %	25 %	407471951
116	NC_018662	CATA	2	8	68270	68277	50 %	25 %	0 %	25 %	407471951
117	NC_018662	TAAT	2	8	69133	69140	50 %	50 %	0 %	0 %	407471951
118	NC_018662	ATTT	2	8	69636	69643	25 %	75 %	0 %	0 %	407471952
119	NC_018662	ACGA	2	8	69706	69713	50 %	0 %	25 %	25 %	407471952
120	NC_018662	ATTT	2	8	71029	71036	25 %	75 %	0 %	0 %	407471955
121	NC_018662	TCGA	2	8	71093	71100	25 %	25 %	25 %	25 %	407471955
122	NC_018662	TCAC	2	8	72069	72076	25 %	25 %	0 %	50 %	407471956
123	NC_018662	GCTG	2	8	73145	73152	0 %	25 %	50 %	25 %	407471958
124	NC_018662	TAAC	2	8	73659	73666	50 %	25 %	0 %	25 %	407471959
125	NC_018662	ATTT	2	8	73779	73786	25 %	75 %	0 %	0 %	407471959
126	NC_018662	CTTT	2	8	74405	74412	0 %	75 %	0 %	25 %	407471960

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.